View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18025_low_2 (Length: 741)

Name: NF18025_low_2
Description: NF18025
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18025_low_2
NF18025_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-734)||(30871054-30871776)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 601; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 601; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 734
Target Start/End: Original strand, 30871054 - 30871776
Alignment:
Q  18 tcacttgcaccaactggaatctttgacgtactttcatgttcaatgtattagcatatcaatatcaaatggtatcccttcatcaatgtcaaacattaatgat 117  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30871054 tcactttcaccaactggaatctttgacgtactttcatgttcaatgtattagcatatcaatagcaaatggtatcccttcatcaatgtcaaacattaatgat 30871153  T
Q  118 attttggattcatttattccgtacccacgtgaatgatggttgaactgatcatgacttgagtttacaactatttgtggaatgtcatgtctgattatgtatt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30871154 attttggattcatttattccgtacccacgtgaatgatggttgaactgatcatgacttgagtttacaactatttgtggaatgtcatgtctgattatgtatt 30871253  T
Q  218 tcaatagtggctgnnnnnnnatttgtc---ggtagaagaagtgacaagctatacggaaagtcgaaaactcatacacatgtaa--gtaaggttttgaattt 312  Q
    |||||||||||||       |||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||    
T  30871254 tcaatagtggctgtttttttatttgtcggtggtagaagaagtgacaagctacacggaaagtcgaaaactcatatacatgtaactgtaaggttttgaattt 30871353  T
Q  313 gaaatgtctaatctaataatattgtcattgtcagttaaattaggctttatggaggatagtagtttttgttttgtagatagttgaaatgacaataaccatt 412  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30871354 gaaatgtctagtctaataatattgtcatcgtcagttgaattaggctttatggaggatagtagtttttgttttgtagatagttgaaatgacaataactatt 30871453  T
Q  413 gaaaacttactcattaacacaagtgcagaagtcgagtttgaatcttgatcattatgtctaacttaac-attttaatatttttatcattgatcttgaactt 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30871454 gaaaacttactcattaacacaagtggagaagtcgagtttgaatcttgatcattatgtctaacttaacaattttaatatttttatcattgatcttgaactt 30871553  T
Q  512 gtggacggtattaaccattcttgattgtcttgctttgatttttaattaacatatttatgcggtatagtttatgtgtaaaagaattggaaccatatgtgga 611  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30871554 gtggacggtattaaccattcttaattgtctggctttaatttttaattaacatattcatgcggtatagtttatgtgtaaaagaattagaaccatatgtgga 30871653  T
Q  612 taacgctatttgtttccacattattaaaactagcgtgcaagttattaaaataacatacaaattgataacgaatgattgtagttggtagttgaacatatcc 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30871654 taacgctatttgtttccacattattaaaactagcgtgcaagttattaaaataacgtacaaattgataacgaatgattgtagttggttgttgaacatatcc 30871753  T
Q  712 aaaatatttgggagtgatgatgt 734  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  30871754 aaaatatttggtagtgatgatgt 30871776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University