View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18030_low_18 (Length: 259)

Name: NF18030_low_18
Description: NF18030
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18030_low_18
NF18030_low_18
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (32-249)||(4231205-4231421)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (32-245)||(43044744-43044956)
chr1 (32-245)||(43067035-43067247)
chr1 (32-249)||(43083584-43083800)
chr1 (32-249)||(3300474-3300690)
chr1 (32-212)||(38138184-38138364)
chr1 (36-212)||(45984024-45984200)
chr1 (34-249)||(43076892-43077098)
chr1 (32-212)||(50912155-50912335)
chr1 (108-249)||(7891352-7891492)
chr1 (87-249)||(40035072-40035233)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (32-212)||(4619465-4619645)
chr8 (32-249)||(1846229-1846445)
chr8 (32-178)||(4787734-4787880)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (37-213)||(16348922-16349098)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (32-212)||(34690622-34690802)
chr2 (32-212)||(34713034-34713214)
chr2 (67-212)||(16231963-16232108)
chr2 (108-212)||(33860610-33860715)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (32-248)||(7520046-7520261)
chr6 (32-181)||(7529583-7529732)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 142; Significance: 1e-74; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 32 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 4231421 - 4231205
Alignment:
Q  32 tgactggtacaagggcccaacccttcttgaggcgcttgatcaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtc 131  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4231421 tgactggtacaagggtccaacacttcttgaggctcttgatcaaatcaatgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactacctcttcaggatgtc 4231322  T
Q  132 tacaagattggaggaattggaactgtgcatgtgggacgtgttgagaccggcgtcttgaaacctggaatggtggtgactttttgccccaagtggattgaca 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||  |    
T  4231321 tacaagattggaggaattggaactgttcctgtgggacgtgttgagactggtaccatgaaacctggaatggtggtgac-ttttgctccaactggactgcaa 4231223  T
Q  232 actgaagtcaagtctgtg 249  Q
    ||||||||||||||||||    
T  4231222 actgaagtcaagtctgtg 4231205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 32 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 43044956 - 43044744
Alignment:
Q  32 tgactggtacaagggcccaacccttcttgaggcgcttgatcaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtc 131  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43044956 tgactggtacaagggtccaacccttcttgaggcccttgaccaaatcaatgagcctaagaggccttcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtc 43044857  T
Q  132 tacaagattggaggaattggaactgtgcatgtgggacgtgttgagaccggcgtcttgaaacctggaatggtggtgactttttgccccaagtggattgaca 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| || ||| | |||||||||||||| || || ||||||||| | |||| |||||    
T  43044856 tacaagattggaggaattggaactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcac-ttttgcccctactggactgaca 43044758  T
Q  232 actgaagtcaagtc 245  Q
    ||||||||||||||    
T  43044757 actgaagtcaagtc 43044744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 32 - 245
Target Start/End: Original strand, 43067035 - 43067247
Alignment:
Q  32 tgactggtacaagggcccaacccttcttgaggcgcttgatcaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtc 131  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43067035 tgactggtacaagggtccaacccttcttgaggcccttgaccaaatcaacgagcctaagaggccttcagacaagcccctccgactaccacttcaagatgtc 43067134  T
Q  132 tacaagattggaggaattggaactgtgcatgtgggacgtgttgagaccggcgtcttgaaacctggaatggtggtgactttttgccccaagtggattgaca 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| || ||| | |||||||||||||| || || ||||||||| | |||| |||||    
T  43067135 tacaagattggaggaattggaactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcac-ttttgcccctactggactgaca 43067233  T
Q  232 actgaagtcaagtc 245  Q
    ||||||||||||||    
T  43067234 actgaagtcaagtc 43067247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 32 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 43083800 - 43083584
Alignment:
Q  32 tgactggtacaagggcccaacccttcttgaggcgcttgatcaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtc 131  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43083800 tgactggtacaagggtccaacccttcttgaggcacttgaccaaatcaacgagcctaagaggccttcagacaagcccctccgactaccacttcaagatgtc 43083701  T
Q  132 tacaagattggaggaattggaactgtgcatgtgggacgtgttgagaccggcgtcttgaaacctggaatggtggtgactttttgccccaagtggattgaca 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| || ||| | ||||||||||||||  | || ||||||||| | |||| |||||    
T  43083700 tacaagattggaggaattggaactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttatcac-ttttgcccctactggactgaca 43083602  T
Q  232 actgaagtcaagtctgtg 249  Q
    ||||||||||||||||||    
T  43083601 actgaagtcaagtctgtg 43083584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 32 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 3300690 - 3300474
Alignment:
Q  32 tgactggtacaagggcccaacccttcttgaggcgcttgatcaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtc 131  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  3300690 tgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtc 3300591  T
Q  132 tacaagattggaggaattggaactgtgcatgtgggacgtgttgagaccggcgtcttgaaacctggaatggtggtgactttttgccccaagtggattgaca 231  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||| || ||| | |||||||||||||| || || ||||||||| | |||| |||||    
T  3300590 tacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcac-ttttgcccctactggactgaca 3300492  T
Q  232 actgaagtcaagtctgtg 249  Q
    |||||||| |||||||||    
T  3300491 actgaagtgaagtctgtg 3300474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 32 - 212
Target Start/End: Original strand, 38138184 - 38138364
Alignment:
Q  32 tgactggtacaagggcccaacccttcttgaggcgcttgatcaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtc 131  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||| || ||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  38138184 tgactggtataagggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcaaggagcctaagaggctattagacaagcctctccgattaccacttcaggatgtc 38138283  T
Q  132 tacaagattggaggaattggaactgtgcatgtgggacgtgttgagaccggcgtcttgaaacctggaatggtggtgactttt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  38138284 tacaagattggaggaattggaactgtgcctgtgggacgggttgagagcggtgtcttgaaaccaggaatggcggtgactttt 38138364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 36 - 212
Target Start/End: Original strand, 45984024 - 45984200
Alignment:
Q  36 tggtacaagggcccaacccttcttgaggcgcttgatcaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtctaca 135  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||    
T  45984024 tggtacaagggtccaacccttcttgaagctattgaccaaatcaacgagcctatgaggccatcagacaagcctctcagaataccacttcaggatgtctaca 45984123  T
Q  136 agattggaggaattggaactgtgcatgtgggacgtgttgagaccggcgtcttgaaacctggaatggtggtgactttt 212  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||   |||||| |||||||||||| ||||||||    
T  45984124 agattggaggaatcggaactgtgcctgtgggacgtgttgagactggttccttgaaccctggaatggtgctgactttt 45984200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 34 - 249
Target Start/End: Original strand, 43076892 - 43077098
Alignment:
Q  34 actggtacaagggcccaacccttcttgaggcgcttgatcaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtcta 133  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |        ||||||    
T  43076892 actggtacaagggtccaacccttcttggggcccttgaccaaatcaacgagcctaagaggccttcagacaagcacctccgactacaa--------tgtcta 43076983  T
Q  134 caagattggaggaattggaactgtgcatgtgggacgtgttgagaccggcgtcttgaaacctggaatggtggtgactttttgccccaagtggattgacaac 233  Q
    |||| || |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||| |    
T  43076984 caagtttagaggaattggaactgtacctgtggcacgtgttgagactggtgtcttgaaacctggaatggtggtgac-ttttgcccctactggactgacagc 43077082  T
Q  234 tgaagtcaagtctgtg 249  Q
    | |||||| |||||||    
T  43077083 taaagtcacgtctgtg 43077098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 32 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 50912335 - 50912155
Alignment:
Q  32 tgactggtacaagggcccaacccttcttgaggcgcttgatcaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtc 131  Q
    |||||||||||| || || |||||| |||| || |||||||||||||| |||||||| || |||||| ||| ||| |||||| |||||||||||| ||||    
T  50912335 tgactggtacaaaggtcccacccttattgaagctcttgatcaaatcaaggagcctaatagaccatcacacatgcctctccgattaccacttcaggttgtc 50912236  T
Q  132 tacaagattggaggaattggaactgtgcatgtgggacgtgttgagaccggcgtcttgaaacctggaatggtggtgactttt 212  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  50912235 tacaagattggagaaattggaattgtacctgtgggacgtattgagaccggtgtcttgaaacgtggaatggtggtgactttt 50912155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 108 - 249
Target Start/End: Original strand, 7891352 - 7891492
Alignment:
Q  108 ctccgactaccacttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcatgtgggacgtgttgagaccggcgtcttgaaacctggaatggtggtga 207  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| | ||  |||||||||||||||||||| |||    
T  7891352 ctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctga 7891451  T
Q  208 ctttttgccccaagtggattgacaactgaagtcaagtctgtg 249  Q
    | ||||||||||| |||  |   ||||||||| |||||||||    
T  7891452 c-ttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 7891492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 87 - 249
Target Start/End: Original strand, 40035072 - 40035233
Alignment:
Q  87 aagaggccatcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcatgtgggacgtgttgagaccggcgtct 186  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||| ||||| | |||  ||| |||| ||||||||||||||||   |||| ||| || ||||||  ||| || ||||    
T  40035072 aagaggccatcagataagcctctccgattaccaatccagtctgtttacatgattggaggaattggagtcgtgcctgttggtcgtgttatgactggtgtct 40035171  T
Q  187 tgaaacctggaatggtggtgactttttgccccaagtggattgacaactgaagtcaagtctgtg 249  Q
    ||||||| |||||||  ||||| ||||||||||| |||  ||  ||||||||| | |||||||    
T  40035172 tgaaaccaggaatggctgtgac-ttttgccccaactggggtgcaaactgaagtgaggtctgtg 40035233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 121; Significance: 4e-62; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 32 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 4619645 - 4619465
Alignment:
Q  32 tgactggtacaagggcccaacccttcttgaggcgcttgatcaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtc 131  Q
    |||||||||| |||| || ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| |||||||    
T  4619645 tgactggtacgagggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcaacgagcctaataggccatcaaacaagcctctccgattaccacttcgggatgtc 4619546  T
Q  132 tacaagattggaggaattggaactgtgcatgtgggacgtgttgagaccggcgtcttgaaacctggaatggtggtgactttt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4619545 tacaagattggaggaattggaactgtgcctgtgggatgtgttgagaccggtgtcttgaaacctggaatgatggtgactttt 4619465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 32 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 1846445 - 1846229
Alignment:
Q  32 tgactggtacaagggcccaacccttcttgaggcgcttgatcaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtc 131  Q
    ||||||||||| ||| || ||||||||||| || ||||| |||||||    ||||||||||  |  |  || ||| |||||| |||||||||| ||||||    
T  1846445 tgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtc 1846346  T
Q  132 tacaagattggaggaattggaactgtgcatgtgggacgtgttgagaccggcgtcttgaaacctggaatggtggtgactttttgccccaagtggattgaca 231  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| | ||  |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||  |   |    
T  1846345 tacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgac-ttttgccccaactgggctccaa 1846247  T
Q  232 actgaagtcaagtctgtg 249  Q
    |||||||| |||||||||    
T  1846246 actgaagtgaagtctgtg 1846229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 32 - 178
Target Start/End: Original strand, 4787734 - 4787880
Alignment:
Q  32 tgactggtacaagggcccaacccttcttgaggcgcttgatcaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtc 131  Q
    ||||||||| | ||| || ||||||||||| ||  ||||   ||| || |||||||||||||||||| |   ||| |||||||||||| ||  |||| ||    
T  4787734 tgactggtaaatgggtccgacccttcttgaagctattgacagaatgaaagagcctaagaggccatcaaatttgcctctccgactaccaattatggatttc 4787833  T
Q  132 tacaagattggaggaattggaactgtgcatgtgggacgtgttgagac 178  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||||  |||||||||||| |||||    
T  4787834 tacaagattggaggaatcggagttgtgtctgtgggacgtgtcgagac 4787880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 89; Significance: 5e-43; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 37 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 16349098 - 16348922
Alignment:
Q  37 ggtacaagggcccaacccttcttgaggcgcttgatcaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtctacaa 136  Q
    |||||||||| || ||||||||||| || ||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||    
T  16349098 ggtacaagggtcccacccttcttgaagctcttgaccgaatcaacgagcctaagaggctatcagacaagcctctccgattaccacttcagggtgtctacaa 16348999  T
Q  137 gattggaggaattggaactgtgcatgtgggacgtgttgagaccggcgtcttgaaacctggaatggtggtgacttttt 213  Q
    |||||||||||||||| || ||  ||  ||| ||||   ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16348998 gattggaggaattggagctttggctgcaggatgtgtcaggactggtgtcttgaaacctggaatggtggtgacttttt 16348922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 81; Significance: 3e-38; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 32 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 34690802 - 34690622
Alignment:
Q  32 tgactggtacaagggcccaacccttcttgaggcgcttgatcaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtc 131  Q
    |||||||||| | || || ||||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||| |||| ||||||  |  |||||||||||||  |||||    
T  34690802 tgactggtacgaaggtcctacccttcttgaagctcttgaccaaatcgacgagcctaagaggccttcaggcaagcctttgagactaccacttcaacatgtc 34690703  T
Q  132 tacaagattggaggaattggaactgtgcatgtgggacgtgttgagaccggcgtcttgaaacctggaatggtggtgactttt 212  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| | ||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  34690702 tacaagattggaggtgttggaactgtacctgtcggacgtgttgagactggtgtgttgaaacctggaatggtgctgactttt 34690622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 32 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 34713214 - 34713034
Alignment:
Q  32 tgactggtacaagggcccaacccttcttgaggcgcttgatcaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtc 131  Q
    |||||||||| | || || ||||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||| |||| ||||||  |  |||||||||||||  |||||    
T  34713214 tgactggtacgaaggtcctacccttcttgaagctcttgaccaaatcgacgagcctaagaggccttcaggcaagcctttgagactaccacttcaacatgtc 34713115  T
Q  132 tacaagattggaggaattggaactgtgcatgtgggacgtgttgagaccggcgtcttgaaacctggaatggtggtgactttt 212  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| | ||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  34713114 tacaagattggaggtgttggaactgtacctgtcggacgtgttgagactggtgtgttgaaacctggaatggtgctgactttt 34713034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 67 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 16232108 - 16231963
Alignment:
Q  67 ttgatcaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcatgtggg 166  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||   || |||||| || ||||| || |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  16232108 ttgaccaaatcagcgagcctaagaggcccgaaggcaagcctctgcgacttccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtggg 16232009  T
Q  167 acgtgttgagaccggcgtcttgaaacctggaatggtggtgactttt 212  Q
    |||||||||||| || || || || || ||||||||  ||||||||    
T  16232008 acgtgttgagactggggtattaaagcccggaatggtactgactttt 16231963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 108 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 33860715 - 33860610
Alignment:
Q  108 ctccgactaccacttcaggatgtctacaa-gattggaggaattggaactgtgcatgtgggacgtgttgagaccggcgtcttgaaacctggaatggtggtg 206  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||| ||   ||||||||||||||||| ||||    
T  33860715 ctccgaataccacttcatggtgtctacaaagattggaggaatcggaaatgtgcatgtaggacgtgttgtgactggtcacttgaaacctggaatggcggtg 33860616  T
Q  207 actttt 212  Q
    ||||||    
T  33860615 actttt 33860610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 69; Significance: 5e-31; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 32 - 248
Target Start/End: Original strand, 7520046 - 7520261
Alignment:
Q  32 tgactggtacaagggcccaacccttcttgaggcgcttgatcaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtc 131  Q
    ||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||| | || ||| | || |||||     
T  7520046 tgactggtacaagggaccaactctccttgaggctcttgaccagatcaacgagcccaagagacccacagacaagcccctcaggcttccattgcaagatgtt 7520145  T
Q  132 tacaagattggaggaattggaactgtgcatgtgggacgtgttgagaccggcgtcttgaaacctggaatggtggtgactttttgccccaagtggattgaca 231  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||  || |||||||||||||||||  |  |||| || || ||||| ||||||||| | ||| | ||| ||||||    
T  7520146 tacaagattggtggtattggaactgtgccagttggacgtgttgagaccggtattgtgaagcccggtatggttgtgacttttggaccc-actggtttgaca 7520244  T
Q  232 actgaagtcaagtctgt 248  Q
    |||||||| ||||||||    
T  7520245 actgaagttaagtctgt 7520261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 32 - 181
Target Start/End: Original strand, 7529583 - 7529732
Alignment:
Q  32 tgactggtacaagggcccaacccttcttgaggcgcttgatcaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtc 131  Q
    ||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||| | || ||| | || |||||     
T  7529583 tgactggtacaagggaccaactctccttgaggctcttgaccagatcaacgagcccaagagacccacagacaagcccctcaggcttccattgcaagatgtt 7529682  T
Q  132 tacaagattggaggaattggaactgtgcatgtgggacgtgttgagaccgg 181  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  7529683 tacaagattggtggtattggaactgtgccagtcggacgtgttgagaccgg 7529732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University