View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18031_low_5 (Length: 427)

Name: NF18031_low_5
Description: NF18031
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18031_low_5
NF18031_low_5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-410)||(52095262-52095652)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (23-403)||(36410774-36411157)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 52095652 - 52095262
Alignment:
Q  20 gcattgaaggtatcattattttgtctataaaggtggctgaagtgaaatcattgtttattgccccaaacaaacaaaaaagtattgaaaatcaggaaaatgt 119  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52095652 gcattgaaggtgtcattatttcgtctataaaggtggctgaagtgaaatccttgtttattgccccaaacaaacaaaaaagtattgaaaatcaggaaaatgt 52095553  T
Q  120 tatagcaatcctgttggtgaaatctagaatcaagcctaacaagtattatccttagtcttggtggcactattaggctacatctgttctatgatagagtcta 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52095552 tatagcaatcctgttggtgaaatctagaatcaagcctaacaagtattatccttagtcttggtggcactattaggctacatctgttctatgatagagtcta 52095453  T
Q  220 gcaacatattgtttcttgatgtactgcagttttgttgatgtgtttactgatattggagacatggctttcgtttcactgtttccggataaactgtaatgat 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52095452 gcaacatattgtttcttgatgtactgcagttttattgatgtgtttactgatattggagacatggctttcgtttcactgtttccggataaactgtaatgat 52095353  T
Q  320 gatgctgtttcactgccttcttgatttagttgatgcagttgtggaattttatctattatgctgtacgtattggttggtgtgctgcaatatt 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52095352 gatgctgtttcactgccttcttgatttagttgatgcagttgtggaattttatctattatgctgtacgtattggttggtgtgctgcaatatt 52095262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 23 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 36411157 - 36410774
Alignment:
Q  23 ttgaaggtatcattattttgtctataaaggtggctgaagtgaaatcattgtttattgccccaaacaaacaaaaaagtattgaaaatcaggaaaatgttat 122  Q
    ||||| || ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36411157 ttgaacgtgtcattatttcgtctgtaaagatggctgaagtgaaatccttgtttgttgccccaaacaaacaaaaaagtattgaaaatgaggaaaatgttat 36411058  T
Q  123 agcaatcctgttggtgaaatctagaatcaagcctaacaagtattatccttagtcttggtggcactattaggctacatctgttctatgatagagtctagca 222  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36411057 agcaatcctgttggtcaaatctggaatcaagcctaacaagtattttccttagtcttggtggcactattaggctacatctgttctatgatagagtctagaa 36410958  T
Q  223 acatattgtttcttgatgtactgcagtt---ttgttgatgtgtttactgatattggagacatggctttcgtttcactgtttccggataaactgtaatgat 319  Q
    |||||||| ||||||||  |||| ||||   ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||| |||||| ||| |||||    
T  36410957 acatattgcttcttgatacactgaagttctgttgatgatgtgtttactgatattgaagacgtggctttcgtttcactgcttccagataaaatgtcatgat 36410858  T
Q  320 gatgctgtttcactgccttcttgatttagttgatgcagttgtggaattttatctattatgctgtacgtattggttggtgtgctg 403  Q
    | ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36410857 gttgctgtttcgctgccttctggatttagctgatgaagttgtggaattttatctattatgctgtatgtattggttggtgtgctg 36410774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University