View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18033_low_6 (Length: 608)

Name: NF18033_low_6
Description: NF18033
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18033_low_6
NF18033_low_6
[»] chr2 (19 HSPs)
chr2 (82-590)||(35368230-35368725)
chr2 (178-547)||(35374430-35374784)
chr2 (149-448)||(35355899-35356183)
chr2 (171-438)||(35343134-35343388)
chr2 (172-486)||(35347807-35348112)
chr2 (190-547)||(35371646-35371983)
chr2 (170-458)||(35335752-35336021)
chr2 (172-437)||(35346269-35346532)
chr2 (172-298)||(35351474-35351605)
chr2 (170-352)||(35364651-35364830)
chr2 (179-291)||(35341070-35341188)
chr2 (479-590)||(35364355-35364469)
chr2 (485-590)||(35335591-35335699)
chr2 (481-587)||(35346099-35346205)
chr2 (485-590)||(35355703-35355808)
chr2 (485-590)||(35343475-35343580)
chr2 (372-438)||(35340922-35340986)
chr2 (485-586)||(35348166-35348267)
chr2 (90-122)||(35372014-35372046)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 19)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 82 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 35368725 - 35368230
Alignment:
Q  82 ggcctttgactaaccaataaatattcatagcaaaatgaatcgaatcgaatcaacttgtcgcgtgttccactttatatgttctatacatccattatatgca 181  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35368725 ggcctttgaataaccaataaatattcatagcaaaa---at-gaatcgaatcaacttgtcgcgtgttccactttatatgttctatacatccattatatgca 35368630  T
Q  182 tccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattgcgaatgtggctgcacaa 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  35368629 tccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattctttgctgctatttccaacatttaagctgaattgtaaagacaattgccaatgtggctgcccaa 35368530  T
Q  282 gattccattacacatgcagacattaagaaatatatgctcacacc-ttaagcaaacatacacacttcttgtgttgtgtggtttgcttgtgttagaacaact 380  Q
     || ||||||||||||||| ||   ||      |||||||  || |||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35368529 tatgccattacacatgcaggcacgtag----ccatgctcattcctttaagcaaacatacacacttc-----ttgtgtggtttgcttgtgttagaacaact 35368439  T
Q  381 ccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaactcaaacacaactca--tcaactcacataattacattaccatctcat 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| | ||| ||  |||||||||| || ||| ||| ||| | ||    
T  35368438 ccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaactctccaatggtaactcaaata-aacacaactcaactcacacaactaccttagcatataat 35368340  T
Q  479 ataactaaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtat 578  Q
    ||||||  ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35368339 ataact--aatggtattcatttccatggtcattgctctaaactgcaagcagcatgcatatggtgaaggtgaagttgattggtttggttgtacatctgtat 35368242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 178 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 35374784 - 35374430
Alignment:
Q  178 tgcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattgcgaatgtggctgc 277  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  35374784 tgcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttccaacgtgtatgctgaat-gtaaagacaattgccaatgtggctgc 35374686  T
Q  278 acaagattccattacacatgcagacattaagaaatatatgctcacaccttaagcaaacatacacacttcttgtgttgtgtggtttgcttgtgttagaaca 377  Q
    ||||||||| ||||||||||||| || | ||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||    
T  35374685 acaagattctattacacatgcaggcactgagg----tatgctcacaccttaagcaaacatacacacttctt-----gtgtggtttgcttgtgttagaaca 35374595  T
Q  378 actccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaactcaaacacaactcatcaactcacataattacattaccatctca 477  Q
    |||||||||||   |||| | ||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |   |||||||||| |||||||||| |||||||    
T  35374594 actccaacaacaactctttttgt--tatatataacacacaaactctccaatcctaactcaaacacagc---tcaactcacacaattacattagcatctca 35374500  T
Q  478 tataactaaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaaggt 547  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35374499 tataactaaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaaggt 35374430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 149 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 35356183 - 35355899
Alignment:
Q  149 cactttatatgttctatacatccattatatgcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttccaacgtgtatgctga 248  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35356183 cactttatatgttcta--catccattaa--gcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttccaacgtgtaagctga 35356088  T
Q  249 at-tgtaaagacaattgcgaatgtggctgcacaagattccattacacatgcagacattaagaaatatatgctcacaccttaagcaaacatacacacttct 347  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || | ||     |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  35356087 atgtgtaaagacaattgccaatgtggctgcacaagattctattacacatgcaggcactgag----gtatgctcacaccttaagcaaacatacacacttc- 35355993  T
Q  348 tgtgttgtgtggtttgcttgtgttagaacaactccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaactcaaacacaactc 447  Q
        ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||| | ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35355992 ----ttgtgtggtttacttgtgttagaacaactccaacaac-actctttttgt--tatatataacacacaaactctccaatcctaactcaaacacaactc 35355900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 171 - 438
Target Start/End: Original strand, 35343134 - 35343388
Alignment:
Q  171 cattatatgcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattgcgaatg 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||| ||||    
T  35343134 cattatatgcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattctttgctgctatttccaacatttaagctgaattgtaaagacaattgccaatg 35343233  T
Q  271 tggctgcacaagattccattacacatgcagacattaagaaatatatgctcacaccttaagcaaacatacacacttcttgtgttgtgtggtttgcttgtgt 370  Q
    ||||||| ||| || ||||||||||||||| ||   || |    | |||||||||||||| |||||||||||||||     |||||||||||  |||||     
T  35343234 tggctgcccaatatgccattacacatgcaggcacgtagca----aagctcacaccttaagtaaacatacacacttc-----ttgtgtggtttaattgtgg 35343324  T
Q  371 tagaacaactccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaactcaa 438  Q
    | ||| |||| |||||| || |||||||||  ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  35343325 tggaataact-caacaagttctcttctagt--tatatataacaca-aaactctctaatcctaactcaa 35343388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 172 - 486
Target Start/End: Original strand, 35347807 - 35348112
Alignment:
Q  172 attatatgcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttcca-acgtgtat----gctgaattgtaaagacaattgcg 266  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||| ||||||||    ||||||||||| ||||||||||     
T  35347807 attatatgcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgagtctttgcttct-tttccatacgtgtatatatgctgaattgtagagacaattgcc 35347905  T
Q  267 aatgtggctgcacaagattccat--tacacatgcagacattaagaaatatatgctcacaccttaagcaaacatacacacttcttgtgttgtgtggtttgc 364  Q
    |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||| ||   ||  ||    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||     |||||||    
T  35347906 aatgtggctgcacaagaccccatattacacatgcaggcacgtagccat----gctcataccttaagcaaacttacacacttcttgtgt-----ggtttgc 35347996  T
Q  365 ttgtgttagaacaactccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaactcaaacacaactcatcaactcacataatta 464  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |   |||||||||| || ||    
T  35347997 ttgtgttagaactactc-aacaacttctcttcttgttata--tataacacacaaactctccaatcctaactcaaacacagc---tcaactcacacaacta 35348090  T
Q  465 cattaccatctcatataactaa 486  Q
    | ||| ||| ||||||||||||    
T  35348091 ccttagcatatcatataactaa 35348112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 190 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 35371983 - 35371646
Alignment:
Q  190 aacattctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattgcgaatgtggctgcacaagattccat 289  Q
    |||||||||||| ||||   |||||||||||| | |||| ||  ||||||||| ||||||||||||||| || ||| ||||  |||||||||||| ||||    
T  35371983 aacattctatttagtca---ttcttgattctttgttgcttttatcaacgtgtaagctgaattgtaaagagaaatgccaatgatgctgcacaagatcccat 35371887  T
Q  290 tacacatgcagacattaagaaatatatgctcacaccttaagcaaacatacacacttcttgtgttgtgtggtttgcttgtgttagaacaactccaacaact 389  Q
    |||||||| |  ||   ||  ||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||| ||||||  | || ||||| |||| ||    
T  35371886 tacacatggaagcaaggagccat----gctcacaccttaagcaaacatacacacttcttgtgt-----ggtttacttgtggcacaataactc-aaca-ct 35371798  T
Q  390 tatcttctagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaactcaaacacaactcatcaactcacataattacattaccatctcatataactaaaat 489  Q
    |   ||||  |  ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||   ||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  35371797 t---ttctcatgttatatataacacacaaactctccaattctaactcaaacacaactca---actcacacaattacgttagcatctcatataactaaaat 35371704  T
Q  490 ggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaaggt 547  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  35371703 ggcatccattttgatggtcattgctctaaagtgcaagcaacatgtatatggtgaaggt 35371646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 170 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 35336021 - 35335752
Alignment:
Q  170 ccattatatgcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattgcgaat 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||    
T  35336021 ccattatatgcatccactcaaacattttattttgtcaatattcttgattctttgcttct-tttccaacgtgtaagttgaattgtaaagacaattgccaat 35335923  T
Q  270 gtggctgcacaagattccattacacatgcagacattaagaaatatatgctcacaccttaagcaaacatacacacttcttgtgttgtgtggtttgcttgtg 369  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||   ||      |||||||||||||||||||||| |||||||||      || ||||||||||||||    
T  35335922 gtggctacacaagatgccattacacatgcaggcaccgag----ccatgctcacaccttaagcaaacacacacacttc-----ctgcgtggtttgcttgtg 35335832  T
Q  370 ttagaacaactccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaactcaaacacaactc--atcaactcaca 458  Q
     ||||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||          || |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  35335831 ctagaacagct-caacagcttttcttctagttatatat----------aactctccaatcctaactcaaacacaactcaaatcaactcaca 35335752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 172 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 35346532 - 35346269
Alignment:
Q  172 attatatgcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattgcgaatgt 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||  |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  35346532 attatatgcatccactcaaacattctatttggt---tattcttgattctatgctgcattttccaacgtgtaagctgaattgtaaagacaattgccaatgt 35346436  T
Q  272 ggctgcacaagattccattacacatgcagacattaagaaatatatgctcacaccttaagcaaacatacacacttcttgtgttgtgtggtttgcttgtgtt 371  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||  ||      |||||||||||||||||||||| ||||||  ||  | ||||||||||| |||||| |    
T  35346435 ggctgcacaagatcccattgcacatgcaggcatcgag----ccatgctcacaccttaagcaaacacacacac-act--tcttgtgtggtttacttgtgat 35346343  T
Q  372 ag----aacaactccaacaacttatcttc----tagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaactca 437  Q
    ||    |||||||||||||||   |||||    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35346342 agaacaaacaactccaacaacagctcttcttgttagttatatatataacacacaaactctccaatcctaactca 35346269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 172 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 35351605 - 35351474
Alignment:
Q  172 attatatgcatccactcaaacattctattttgtcaatattcttgattctta-----gctgctatttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattgcg 266  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||      ||||||  |||||||||| ||||||| || |||| ||||||||     
T  35351605 attatatgcatccactcaaacattcgattttttcaatattcttgattctttaatttgctgcttcttccaacgtgcatgctgacttataaaaacaattgcc 35351506  T
Q  267 aatgtggctgcacaagattccattacacatgc 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35351505 aatgtggctgcacaagattccattacacatgc 35351474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 170 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 35364830 - 35364651
Alignment:
Q  170 ccattatatgcatccactcaaaca-ttctattttgtcaatattcttgattcttagctgctatttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattgcgaa 268  Q
    |||||||||||||||||| ||| | || ||||||  || ||||||||||||||  || || || ||||| |||| |||||||||||||||||| ||| ||    
T  35364830 ccattatatgcatccactaaaaaaattatattttcccattattcttgattcttttcttcttttcccaacatgtacgctgaattgtaaagacaaatgccaa 35364731  T
Q  269 tgtggctgcacaagattccattacacatgcagacattaagaaatatatgctcacaccttaagcaaacatacacacttcttgtgt 352  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||   ||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35364730 tgtggctgcacaagatcccattacacatgcaagcaaggag----ccatgctcacaccttaagcaaacatacacacttcttgtgt 35364651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 179 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 35341188 - 35341070
Alignment:
Q  179 gcatccactcaaacattctattttgtcaatatt----cttgattcttagctgctatttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaa--ttgcgaatgtg 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||| |||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  35341188 gcatccactcaaacattctattttgtcaatattaattcttgaatctatgctgcttcttccaacgtgtatgctgaattgtaaagacaattttgccaatgtg 35341089  T
Q  273 gctgcacaagattccatta 291  Q
    |||||||||||| ||||||    
T  35341088 gctgcacaagatcccatta 35341070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 479 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 35364469 - 35364355
Alignment:
Q  479 ataactaaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcat---atggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctg 575  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||   ||||||||||||| | ||||||||| |||| ||| | ||    
T  35364469 ataaccaaaatgacattcatttccacggtcattgctccaaagtgcaagcaatatgcatataatggtgaaggtgacggtgattggttcggttatacgtgtg 35364370  T
Q  576 tatcttgcattgaag 590  Q
    |||||||||||||||    
T  35364369 tatcttgcattgaag 35364355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 485 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 35335699 - 35335591
Alignment:
Q  485 aaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcat---atggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtatctt 581  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||   | |||||||| ||   ||||||||||||||  |||  | ||||||    
T  35335699 aaaatggcatccatttccatggtcattgctccaaagtgcaagcaacatgcatttaacggtgaaggcgactgtgattggtttggttacacaaatatatctt 35335600  T
Q  582 gcattgaag 590  Q
    |||||||||    
T  35335599 gcattgaag 35335591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 481 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 35346205 - 35346099
Alignment:
Q  481 aactaaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtatct 580  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |   ||||||||  |||||| |||||||||  | | |||||||||||||| |||||||||||||    
T  35346205 aactaaaatggcatccattttcacggtcattgctccattgtgcaagcagaatgcatgtggtgaaggcaacggtgattggtttggttatacatctgtatct 35346106  T
Q  581 tgcattg 587  Q
    || ||||    
T  35346105 tgtattg 35346099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 485 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 35355808 - 35355703
Alignment:
Q  485 aaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtatcttgca 584  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||| ||| ||| |||||| | |||| ||||| ||||||| | | |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  35355808 aaaatggcatcaatttctatggccattactccaaagtgcaaggagcatggatatgatgaaggtaatggtgattggtttggttatacatatgtatcttgca 35355709  T
Q  585 ttgaag 590  Q
    ||||||    
T  35355708 ttgaag 35355703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 485 - 590
Target Start/End: Original strand, 35343475 - 35343580
Alignment:
Q  485 aaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtatcttgca 584  Q
    |||||||||||||||||  ||| ||||  || ||| ||| |||| |||| ||||||||||||| | | ||||||| || ||| ||||| |||||||||||    
T  35343475 aaaatggcatccatttctttggccattattccaaagtgcgagcagcatggatatggtgaaggtaacggtgattggattagttatacatgtgtatcttgca 35343574  T
Q  585 ttgaag 590  Q
    ||||||    
T  35343575 ttgaag 35343580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 372 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 35340986 - 35340922
Alignment:
Q  372 agaacaactccaacaacttatcttctagttatatatataacacacaaagtctccaatcctaactcaa 438  Q
    |||||||||||||||| || |||||| |||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||    
T  35340986 agaacaactccaacaagttctcttcttgttatatatat--cacacaaactctccaatactaactcaa 35340922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 485 - 586
Target Start/End: Original strand, 35348166 - 35348267
Alignment:
Q  485 aaaatggcatccatttccatggtcattgctctaaactgcaagcaacatgcatatggtgaaggtgaggttgattggtttggttgtacatctgtatcttgca 584  Q
    |||||||||||||||||  |||  ||| ||| ||| |||||||| |||| |||  |||||||| | | |||||||||||||| ||||  |||||||||||    
T  35348166 aaaatggcatccatttctttggctattactccaaagtgcaagcatcatggatacagtgaaggtaacggtgattggtttggttatacaagtgtatcttgca 35348265  T
Q  585 tt 586  Q
    ||    
T  35348266 tt 35348267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 90 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 35372046 - 35372014
Alignment:
Q  90 actaaccaataaatattcatagcaaaatgaatc 122  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35372046 actaaccaataaaaattcatagcaaaatgaatc 35372014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University