View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18035_low_3 (Length: 567)

Name: NF18035_low_3
Description: NF18035
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18035_low_3
NF18035_low_3
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (1-557)||(24189182-24189738)
chr6 (1-556)||(24179376-24179931)
chr6 (20-557)||(24112844-24113381)
chr6 (20-551)||(24168959-24169490)
chr6 (20-557)||(24152132-24152669)
chr6 (20-558)||(24107719-24108260)
chr6 (333-469)||(24214453-24214589)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 509; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 509; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 557
Target Start/End: Original strand, 24189182 - 24189738
Alignment:
Q  1 ccttgacgagaacgtaacagttttaccggcaaatactgatgtgtcaaaatgtttcctagccggagatagcgccggtggaaatttggcacaccatgttgcg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24189182 ccttgacgagaacgtaacagttttaccggaaaatactgacgtgtcaaaatgtttcctagccggagatagcgccggtggaaatttggtacaccatgttgcg 24189281  T
Q  101 gttagggcatgcaaagcggggctccagaatatccgtgttatcgggtcaatattgatccaaccgtttttcggaggagaagaacggacggaggcggagattc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24189282 gttagggcatgcaaagcggggctccagaatatctgtgttatcgggtcaatattgatccaaccgtttttcggaggagaagaacggacggaggcagagattc 24189381  T
Q  201 gcctagttgggatgccgtttgtgtcagtggcaaggactgattggatgtggaaagtgtttttaccggagggatcggaccgggatcatggcgcggttaatgt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24189382 gcctagttgggatgccgtttgtgtcagtggcaaggactgattggatgtggaaagtgtttttaccagagggatcggaccgggatcatggcgcggttaatgt 24189481  T
Q  301 atgtgggccgaacgcggaggatttgtcgggtttggattatcctgatacgcttgtttttgttggtgggtttgatcctttgattgattggcaaaagaggtat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24189482 atgtgggccgaacgcggaggatttgtcgggtttggattatccggatacgcttgtttttgttggtgggtttgatcctttgattgattggcaaaagaggtat 24189581  T
Q  401 tatgattggttgaagaaatgtgggaaaaaagctgagttgattgaatatccaaacatggttcatggttttcatgtttttcctgattttcctgaatctactc 500  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24189582 tatgattggttgaaaaaatgtggaaaaaaagctgagttgattgaatatccaaacatggttcatggttttcatgtttttcctgattttcctgaatctactc 24189681  T
Q  501 agttgattatgcaagtcaaggattttgtcaaaaaagtctccaattctaaatgatgat 557  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  24189682 agttgattatgcaagtcaaggattttatcaacaaagtgtccaattctaaatgatgat 24189738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 556
Target Start/End: Original strand, 24179376 - 24179931
Alignment:
Q  1 ccttgacgagaacgtaacagttttaccggcaaatactgatgtgtcaaaatgtttcctagccggagatagcgccggtggaaatttggcacaccatgttgcg 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  24179376 ccttgacgagaacgtaaccgttttaccggcaaatgctgacctgtcaaaatgtttcctagcaggagatagtgccggtggaaatttggcacacgatgttgtg 24179475  T
Q  101 gttagggcatgcaaagcggggctccagaatatccgtgttatcgggtcaatattgatccaaccgtttttcggaggagaagaacggacggaggcggagattc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  24179476 gttagggcatgcaaaacggggctccagaacatccgggttatcgggttaatattgatccaaccattcttcggtggagaagaacggacggaggcggagatta 24179575  T
Q  201 gcctagttgggatgccgtttgtgtcagtggcaaggactgattggatgtggaaagtgtttttaccggagggatcggaccgggatcatggcgcggttaatgt 300  Q
     ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24179576 acctagttgggatgccatttgtgtcggtggcaaagaccgactggatctggaaagtatttttaccagagggatcggaccgggatcatggtgcggttaatgt 24179675  T
Q  301 atgtgggccgaacgcggaggatttgtcgggtttggattatcctgatacgcttgtttttgttggtgggtttgatcctttgattgattggcaaaagaggtat 400  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24179676 atgcggcccgaacgcggaggatttgtcgggtttggattatccggatacgcttgtttttgttggtgggtttgatcctttgattgattggcaaaagaggtat 24179775  T
Q  401 tatgattggttgaagaaatgtgggaaaaaagctgagttgattgaatatccaaacatggttcatggttttcatgtttttcctgattttcctgaatctactc 500  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24179776 tatgattggttgaaaaaatgtgggaaaaaagctgagttgattgaatatccaaacatggttcatggttttcatgtttttcctgattttcctgaatctactc 24179875  T
Q  501 agttgattatgcaagtcaaggattttgtcaaaaaagtctccaattctaaatgatga 556  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  24179876 agttgattatgcaagtcaaggattttatcaacaaagtgtccaattctaaatgatga 24179931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 20 - 557
Target Start/End: Original strand, 24112844 - 24113381
Alignment:
Q  20 gttttaccggcaaatactgatgtgtcaaaatgtttcctagccggagatagcgccggtggaaatttggcacaccatgttgcggttagggcatgcaaagcgg 119  Q
    |||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||| ||||| |||||||||||| |||  || |||||||    
T  24112844 gttttaccggaaaatgctgacgtgtcaaaatgtttcctcgccggagacagtgccggtgcaaatttagcacatcatgttgcggttcgggtttgtaaagcgg 24112943  T
Q  120 ggctccagaatatccgtgttatcgggtcaatattgatccaaccgtttttcggaggagaagaacggacggaggcggagattcgcctagttgggatg-ccgt 218  Q
    |||||| | | ||||| ||||| ||||   |||  ||||| |||||||| ||||| || ||  ||||||||||||||||| | || |  |||||  || |    
T  24112944 ggctccgggaaatccgggttattgggttggtatccatccagccgttttttggaggggaggagaggacggaggcggagattaggctcga-gggatcaccct 24113042  T
Q  219 ttgtgtcagtggcaaggactgattggatgtggaaagtgtttttaccggagggatcggaccgggatcatggcgcggttaatgtatgtgggccgaacgcgga 318  Q
    | |||||  |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24113043 tagtgtcgatggcgaggacggattggatgtggaaagcgtttttaccggagggatcagaccgggatcatggcgcggttaatgtatgtgggccgaacgcgga 24113142  T
Q  319 ggatttgtcgggtttggattatcctgatacgcttgtttttgttggtgggtttgatcctttgattgattggcaaaagaggtattatgattggttgaagaaa 418  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24113143 ggatttgtcgggtttggattatccggatacgcttgtttttattggtggatttgatcctttaaatgattggcaaaagaggtattatgattggttgaagaaa 24113242  T
Q  419 tgtgggaaaaaagctgagttgattgaatatccaaacatggttcatggttttcatgtttttcctgattttcctgaatctactcagttgattatgcaagtca 518  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| |||||| |||| || ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  24113243 tgtgggaaaaaagctgagttaattcaatatccaaatatgattcatgctttttatatttttcctgatttgcctgaatctggtcagttgattatgcaagtca 24113342  T
Q  519 aggattttgtcaaaaaagtctccaattctaaatgatgat 557  Q
    |||||||  |||  ||||| |||||||||| || |||||    
T  24113343 aggatttcatcagcaaagtgtccaattctagattatgat 24113381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 20 - 551
Target Start/End: Original strand, 24168959 - 24169490
Alignment:
Q  20 gttttaccggcaaatactgatgtgtcaaaatgtttcctagccggagatagcgccggtggaaatttggcacaccatgttgcggttagggcatgcaaagcgg 119  Q
    |||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||| ||  |||| |||||||  || ||||  |    
T  24168959 gttttaccggaaaatgctgacgtgtcaaaatgtttcctcgccggagacagtgccggtgcaaatttggcacatcaccttgcagttagggtttgtaaagaag 24169058  T
Q  120 ggctccagaatatccgtgttatcgggtcaatattgatccaaccgtttttcggaggagaagaacggacggaggcggagattcgcctagttgggatg-ccgt 218  Q
    |||||||| | |||||  |||||||||   ||||||| || |||||||| || || || |||| ||| ||||||||||||   || |  |||||  ||||    
T  24169059 ggctccaggaaatccggattatcgggttggtattgattcagccgttttttggcggggaggaacagaccgaggcggagattaaacttga-gggatctccgt 24169157  T
Q  219 ttgtgtcagtggcaaggactgattggatgtggaaagtgtttttaccggagggatcggaccgggatcatggcgcggttaatgtatgtgggccgaacgcgga 318  Q
    | ||||   ||| |||||| ||||||  |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| | |||||||| |||||    
T  24169158 tggtgttgatggaaaggacggattggtggtggaaggtgttttgaccggagggatcgaaccgggatcatggtgctgttaatgtaagcgggccgaatgcgga 24169257  T
Q  319 ggatttgtcgggtttggattatcctgatacgcttgtttttgttggtgggtttgatcctttgattgattggcaaaagaggtattatgattggttgaagaaa 418  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24169258 ggatttgtcgggtttggattatccggatacgcttgtttttattggtggatttgatcctttaaatgattggcaaaagaggtattatgattggttgaagaaa 24169357  T
Q  419 tgtgggaaaaaagctgagttgattgaatatccaaacatggttcatggttttcatgtttttcctgattttcctgaatctactcagttgattatgcaagtca 518  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| |||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24169358 tgtgggaaaaaagctgagttgattcaatatccaaatatgattcatgctttttatatttttcctgatttgcctgaatctactcagttgattgtgcaagtca 24169457  T
Q  519 aggattttgtcaaaaaagtctccaattctaaat 551  Q
    |||| |||||||| |||||||||  ||||||||    
T  24169458 aggagtttgtcaacaaagtctccggttctaaat 24169490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 20 - 557
Target Start/End: Original strand, 24152132 - 24152669
Alignment:
Q  20 gttttaccggcaaatactgatgtgtcaaaatgtttcctagccggagatagcgccggtggaaatttggcacaccatgttgcggttagggcatgcaaagcgg 119  Q
    |||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||  | |||| |||||| ||||||||| || | |||||||  || ||||| |    
T  24152132 gttttaccggaaaatgctgacgtgtcaaaatgtttccttgccggagacagttctggtgcaaatttagcacaccatcttacagttagggtttgtaaagcag 24152231  T
Q  120 ggctccagaatatccgtgttatcgggtcaatattgatccaaccgtttttcggaggagaagaacggacggaggcggagattcgcctagttgggatgccgtt 219  Q
    |||||| | | |||||  |||||||||   ||| ||| || |||||||| || || || ||  |||| ||||||||||||   || | |||   ||||||    
T  24152232 ggctccgggaaatccggattatcgggttggtatcgattcagccgttttttggcggggaggagaggactgaggcggagattaaacttgatggatcgccgtt 24152331  T
Q  220 tgtgtcagtggcaaggactgattggatgtggaaagtgtttttaccggagggatcggaccgggatcatggcgcggttaatgtatgtgggccgaacgcggag 319  Q
     |||||  |||||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||    
T  24152332 ggtgtctatggcaaggacggattggtggtggaaggtgtttttaccggagggatcaaaccgggatcatggcgccgttaatgtaagcgggccgaatgcggag 24152431  T
Q  320 gatttgtcgggtttggattatcctgatacgcttgtttttgttggtgggtttgatcctttgattgattggcaaaagaggtattatgattggttgaagaaat 419  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| || ||| |||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  24152432 gatttatcgggtttggattttccggagacgattgtttttattggtgggtttgatcctttaaatgattggcaaaagaggtattataattggttgaaaaaat 24152531  T
Q  420 gtgggaaaaaagctgagttgattgaatatccaaacatggttcatggttttcatgtttttcctgattttcctgaatctactcagttgattatgcaagtcaa 519  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24152532 gtggaaaaaaagctgagttgattgaatacccaaacatggttcatgttttttatatttttcctgatttgcctgaatctactcaattgattatgcaagtcaa 24152631  T
Q  520 ggattttgtcaaaaaagtctccaattctaaatgatgat 557  Q
    ||||||  |||  ||||| |||||||||| || |||||    
T  24152632 ggatttcatcagcaaagtgtccaattctagattatgat 24152669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 20 - 558
Target Start/End: Original strand, 24107719 - 24108260
Alignment:
Q  20 gttttaccggcaaatactgatgtgtcaaaatgtttcctagccggagatagcgccggtggaaatttggcacaccatgttgcggttagggcatgcaaagcgg 119  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| |    
T  24107719 gttttaccggaaaatgttgatgtgtcaaaatgtttcctagctggagacagcgcgggtgcaaatttggcacatcatgttgcggttcgggcttgcaaagcag 24107818  T
Q  120 ggctccagaatatccgtgttatcgggtcaatattgatccaaccgtttttcggaggagaagaacggacggaggcggagattcgcctagttgggatgccgtt 219  Q
    |||||||||  ||||| ||   |||||  || |  || ||||||||||| || || || || || || || || ||||||||||| |  ||   |  | |    
T  24107819 ggctccagagaatccgggtagccgggttgatttcaatgcaaccgttttttggtggcgaggagcgaacagaagcagagattcgccttgaaggatcgttgat 24107918  T
Q  220 tgtgtcagtggcaaggactgattggatgtggaaagtgtttttaccggagggatcggaccgggatcatggcgcggttaatgtatgtgggccgaacgcggag 319  Q
      | ||  |||| ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| ||| |||| |||||   ||| | ||||||  |||||||||| ||||||    
T  24107919 gatttcgatggcgaggacagattggatgtggaaggtgtttttgccagagggttcgaaccgagatcacaacgcagctaatgttagtgggccgaatgcggag 24108018  T
Q  320 gatttgtcgggtttggattatcctgatacgcttgtttttgttggtgggtttgatcctttgattgattggcaaaagaggtattatgattggttgaagaaat 419  Q
    ||||| ||  | || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||    ||   |||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||    
T  24108019 gatttatcccgattagattatccagatacgcttgtttttgtgggtgggttggacgggttatatgattggcaaaagaggtattatgaatggttgaaaatat 24108118  T
Q  420 gtgggaaaaaagctgagttgattgaatatccaaacatggttcatggttttcatgtttttcctgattttcctgaatctactcagttgattatgcaagtcaa 519  Q
     ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  |||||| || |||| ||  || |||| |||||| ||||| ||||    
T  24108119 ctggaaaaaaagctcagttgattgaatatccaaacatgatgcatggtttttatgcgtttcctaatgttcccgaggcttctcaattgattttgcaaatcaa 24108218  T
Q  520 ggattttgtcaaaaa---agtctccaattctaaatgatgatg 558  Q
     |||||| |||| ||   ||||||||||| || |||||||||    
T  24108219 agattttatcaacaatagagtctccaattttatatgatgatg 24108260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 333 - 469
Target Start/End: Original strand, 24214453 - 24214589
Alignment:
Q  333 tggattatcctgatacgcttgtttttgttggtgggtttgatcctttgattgattggcaaaagaggtattatgattggttgaagaaatgtgggaaaaaagc 432  Q
    ||||||||||  |||| || || | ||||||||||| ||| || ||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| ||| ||| |||     
T  24214453 tggattatccgaatactctggtgtgtgttggtgggtgtgacccgttagtagattggcaaaagaggtattatgagtggttgagaaaatctggaaaagaagt 24214552  T
Q  433 tgagttgattgaatatccaaacatggttcatggtttt 469  Q
      |  | || |||||||||||||||||||||| ||||    
T  24214553 gcaactaatagaatatccaaacatggttcatgctttt 24214589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University