View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18039_high_1 (Length: 842)

Name: NF18039_high_1
Description: NF18039
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18039_high_1
NF18039_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-842)||(38286671-38287494)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 694; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 694; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 842
Target Start/End: Complemental strand, 38287494 - 38286671
Alignment:
Q  16 catgaatgtgtgtgtatttgtgtgtctatatatgtattaaggaaaatggaaaagggtagagtagtaccactcctatacaatttggaaccagtacaaagtg 115  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38287494 catgaatgtgtgtttatttgtgtgtctatatacgtattaaggaaaatggaaaagggtagagtagtaccactcctatacaatttggaaccagtacaaagtg 38287395  T
Q  116 atatcatacgcacagacnnnnnnnn---ggaaagccaaatcccatatctaagcaataatcaaccgggttcacatatcactaattaattatagacatcatg 212  Q
    |||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38287394 atatcatacgcacagacaaaaaaaaaaaggaaagccaaatcccatatctaagcaataatcaaccgggttcacatatcactaattaatcatagacatcatg 38287295  T
Q  213 attataaacttgctggattgtcatcaatgaa-gcaataaaaataactaataatcttactgttgattgagctttgtgatcgatgcatgagctaatttaaag 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38287294 attataaacttgctggattgtcatcaatgaaagcagtaa---taactaataatcttactgttgattgagctttgtgatcgatgcatgagctaatttaaag 38287198  T
Q  312 aaaatttgtctttgtacacaaatacaccttattgactctttaagagagaaagaaatnnnnnnnnttatgtgaatatgtgatcgatataattaatatgttg 411  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||    ||||||    
T  38287197 aaaatttgtctttgtacacaaatataccttattgactctttaagagagaaagaaataaaaaaaattatgtgaatatgtgatcgatataat----atgttg 38287102  T
Q  412 atgataagatacaaagaaaatagagagaaaatgatatacatactatggaatgagtgttgagaaattagagatgaggtaatttaaagtaagcaaattgaag 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38287101 atgataagatacaaagaaaatagagagaaaatgatatacatactatggaatgagtgttgagaaattagagatgaggtaatttaaagtaagcaaattgaag 38287002  T
Q  512 tatatgcaaagttatatagttggtagttaactaaacaaataattaagagataggttaaagagggatttgccgactatcactgtattgtgatgattattat 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38287001 tatatgcaaagttatatagttggtagttaattaaacaaataattaagagataggttaaagagggatttgccgactatcactgtattatgatgattattat 38286902  T
Q  612 gtggcaaagaaaagaatcaacgacaatttcaattcattcattaattctatctatctatcaactcaaagcaaattatattgtaatttgtaaagcacacaat 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38286901 gtggcaaagaaaagaatcaacgacaatttcaattcattcattaattctatctatctatcaactcaaagcaaattatattgtaattcgtaaagcacacaat 38286802  T
Q  712 aataataataaactccagcgactttgactttgccccacgtactccttgtacacacacattgtcccacacacatacatacaatatgcctgcttatattatg 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38286801 aataataataaactccagcgactttgactttgccccacgtactccttgtacacacacattgtcccacacacatacatacaatatgcctgcttatattatg 38286702  T
Q  812 agatattctcatcagaccgccagggtcacga 842  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38286701 agatattctcatcagatcgccagggtcacga 38286671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University