View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18042_high_2 (Length: 482)

Name: NF18042_high_2
Description: NF18042
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18042_high_2
NF18042_high_2
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (11-228)||(5165273-5165491)
chr6 (12-228)||(25942203-25942420)
chr6 (12-228)||(17694281-17694498)
chr6 (12-228)||(13879273-13879490)
chr6 (12-165)||(22351348-22351501)
chr6 (413-465)||(5163565-5163617)
chr6 (409-461)||(5821423-5821475)
chr6 (403-465)||(5883851-5883913)
chr6 (403-464)||(5889297-5889358)
chr6 (403-464)||(5881135-5881196)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (13-228)||(47882318-47882534)
chr3 (12-228)||(22625409-22625626)
chr3 (12-228)||(10612207-10612424)
chr3 (12-228)||(10897539-10897756)
chr3 (12-228)||(29913385-29913602)
chr3 (16-228)||(54189048-54189261)
chr3 (12-216)||(16458000-16458205)
chr3 (12-228)||(6303845-6304062)
chr3 (12-228)||(10205121-10205338)
chr3 (12-228)||(10098225-10098442)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (12-228)||(33033175-33033391)
chr8 (12-219)||(21034402-21034610)
chr8 (12-218)||(28891298-28891505)
chr8 (12-228)||(16756690-16756907)
chr8 (12-228)||(28328442-28328659)
chr8 (15-228)||(15945189-15945409)
chr8 (129-228)||(4819669-4819769)
chr8 (297-366)||(32211224-32211293)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (12-228)||(44016095-44016312)
chr7 (12-228)||(25351886-25352103)
chr7 (12-228)||(7070329-7070546)
chr7 (12-228)||(25405948-25406165)
chr7 (12-228)||(3324217-3324434)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (12-228)||(20054190-20054407)
chr2 (12-228)||(22716663-22716880)
chr2 (11-228)||(28456933-28457151)
chr2 (12-228)||(2736739-2736956)
chr2 (12-228)||(39680580-39680797)
chr2 (56-220)||(10941948-10942113)
chr2 (56-220)||(10947817-10947982)
chr2 (297-366)||(22985792-22985861)
chr2 (297-366)||(37781103-37781172)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (12-219)||(4558842-4559050)
chr4 (12-216)||(15312852-15313057)
chr4 (11-218)||(16633023-16633231)
chr4 (301-387)||(26633303-26633389)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (12-228)||(16859-17076)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (12-219)||(9522259-9522467)
chr1 (12-228)||(2400654-2400871)
chr1 (11-228)||(14997570-14997786)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (11-228)||(31781890-31782109)
chr5 (11-228)||(10627892-10628110)
chr5 (12-228)||(25446021-25446238)
chr5 (15-158)||(28786936-28787079)
chr5 (158-219)||(28788402-28788464)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (12-93)||(16601-16682)
[»] scaffold0087 (3 HSPs)
scaffold0087 (403-465)||(40862-40924)
scaffold0087 (403-461)||(20481-20539)
scaffold0087 (403-461)||(30829-30887)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 155; Significance: 4e-82; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 11 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 5165491 - 5165273
Alignment:
Q  11 tgagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaat 110  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5165491 tgagatgaatgataaagcggtcagtgctatcattctttgtcttggggataaggtttcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaat 5165392  T
Q  111 aaacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgg 209  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  5165391 aaacttgattcattgtacatgaccaagtccttggcacatagacaatgtccgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggaatcaaaacctataatgg 5165292  T
Q  210 agcaactgacagaattcaa 228  Q
    | ||| ||||  |||||||    
T  5165291 atcaattgacgaaattcaa 5165273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Original strand, 25942203 - 25942420
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25942203 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 25942302  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  25942303 aacttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatgga 25942402  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  25942403 gcaactgacggagttcaa 25942420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 17694498 - 17694281
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17694498 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 17694399  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    ||||||||| ||| ||||| |||||||  || ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  17694398 aacttgattaattatacataaccaagtctttggcacatagaaaatgtctgaaacaacaactctacttttatcgaatggtggagtcaaaacctataatgga 17694299  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  17694298 gcaactgacggagttcaa 17694281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Original strand, 13879273 - 13879490
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  13879273 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaata 13879372  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||    
T  13879373 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatgga 13879472  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  13879473 gcaactgacggagttcaa 13879490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 12 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 22351501 - 22351348
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22351501 gagatgaatgataaagcgatcagtgctatcattctatgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 22351402  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaac 165  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||| |  || |||||||| ||||||| |||||    
T  22351401 aacttgattcattatacatgaccaaatctttggcacatagtcaatgtcggaaac 22351348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 413 - 465
Target Start/End: Original strand, 5163565 - 5163617
Alignment:
Q  413 tattagttggtttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcccaac 465  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5163565 tattagttggtttaaaccttttagggaatattctcacaggattcattcccaac 5163617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 409 - 461
Target Start/End: Original strand, 5821423 - 5821475
Alignment:
Q  409 gtggtattagttggtttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcc 461  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||    
T  5821423 gtggtattagttggtttaaacctttcaaggaataatctcacaggattcattcc 5821475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 403 - 465
Target Start/End: Original strand, 5883851 - 5883913
Alignment:
Q  403 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcccaac 465  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||||||    
T  5883851 aaacttgttgcattagttggtttaaacctttcagggaataatctcacaggaatgattcccaac 5883913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 403 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 5889358 - 5889297
Alignment:
Q  403 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcccaa 464  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||  ||||||| |||| ||||||||    
T  5889358 aaacttgtggtattagttgatttgaacctttcaggaaatcatctcacaggattaattcccaa 5889297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 403 - 464
Target Start/End: Original strand, 5881135 - 5881196
Alignment:
Q  403 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcccaa 464  Q
    ||||| |||| ||||||||||||| |||||||||| |||  ||||||| |||| ||||||||    
T  5881135 aaactcgtggcattagttggtttagacctttcaggaaatcatctcacaggattaattcccaa 5881196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 145; Significance: 4e-76; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 47882534 - 47882318
Alignment:
Q  13 agatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataa 112  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  47882534 agatgaatgataaagcggtcagtgctatcattttgtgtcttggggataaggtgttgagagaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtgaaataa 47882435  T
Q  113 acttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggag 211  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||    
T  47882434 acttgattcattgtacatgaccaagtccttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggag 47882335  T
Q  212 caactgacagaattcaa 228  Q
    |||| ||| || |||||    
T  47882334 caacagacggagttcaa 47882318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 22625626 - 22625409
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||  || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22625626 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgatagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 22625527  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  22625526 aacttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatgga 22625427  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  22625426 gcaactgacggagttcaa 22625409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 10612424 - 10612207
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||  | ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10612424 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgttttggggataaggtgttgagaaaagtatcaagggagactattgttgtgtctatgtggaata 10612325  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | || |||||| ||||||| |||||||||    
T  10612324 aacttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttatcaaatggtggagtcaaaacctataatgga 10612225  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  10612224 gcaactgacggagttcaa 10612207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Original strand, 10897539 - 10897756
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  10897539 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaata 10897638  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  || || ||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||| ||    
T  10897639 aacttgattcattatacatgaccaagtctttggcccataggcaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatcga 10897738  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  10897739 gcaactgacggagttcaa 10897756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 29913602 - 29913385
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||| ||||||    
T  29913602 gagatgaatgataaggcggttagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagtctactgctgtgtctatgaggaata 29913503  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  29913502 aacttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatgga 29913403  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  29913402 gcaactgacggagttcaa 29913385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 16 - 228
Target Start/End: Original strand, 54189048 - 54189261
Alignment:
Q  16 tgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaact 115  Q
    |||||||||| ||| |||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  54189048 tgaatgataaggcggtcagcgctatcattatgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaaactactgctgtgtctatgtggaataaact 54189147  T
Q  116 tgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaa 214  Q
    ||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  54189148 tgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaa 54189247  T
Q  215 ctgacagaattcaa 228  Q
    ||||| || |||||    
T  54189248 ctgacggagttcaa 54189261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 12 - 216
Target Start/End: Original strand, 16458000 - 16458205
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16458000 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 16458099  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||| ||||||| |||||||||    
T  16458100 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttaccaaatggtggagtcaaaacctataatgga 16458199  T
Q  211 gcaact 216  Q
    ||||||    
T  16458200 gcaact 16458205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Original strand, 6303845 - 6304062
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||| ||| |||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  6303845 gagatgaatgataaggcggtcaacgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaata 6303944  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||    
T  6303945 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatgga 6304044  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  6304045 gcaactgacggagttcaa 6304062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 10205338 - 10205121
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||| | | |||||| |||||||||||||||||    
T  10205338 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagaggggctactgctgtgtctatgtggaata 10205239  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||| ||||||| |||||||||    
T  10205238 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttaccgtatggtggagtcaaaacctataatgga 10205139  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  10205138 gcaactgacggagttcaa 10205121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 10098442 - 10098225
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||| | |||||| |||||||||||||||||    
T  10098442 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattttgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaaggggggctactgctgtgtctatgtggaata 10098343  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||| ||||||| |||||||||    
T  10098342 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttaccgtatggtggagtcaaaacctataatgga 10098243  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    |||| |||| || |||||    
T  10098242 gcaattgacggagttcaa 10098225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Original strand, 33033175 - 33033391
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  33033175 gagatgaatgataaagcggtcagtgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaggtagcaagggagactactactgtgtctatgtggaata 33033274  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||| || |||| |||||||||    
T  33033275 aacttgattcattgtacatgaccaagtccttggcacatagacaatgtctgaagcaacaact-tacttttaccgaatggtggagtcgaaacttataatgga 33033373  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  33033374 gcaactgacggagttcaa 33033391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 12 - 219
Target Start/End: Original strand, 21034402 - 21034610
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| | || |||| |||||||||||  || || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21034402 gagatgaatgataaagcggtcagtgctatcattttgtggcttggggataaggtgttaagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 21034501  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  || |||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  21034502 aacttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacaatgactgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatgga 21034601  T
Q  211 gcaactgac 219  Q
    |||||||||    
T  21034602 gcaactgac 21034610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 12 - 218
Target Start/End: Original strand, 28891298 - 28891505
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| ||| || |||||||||||||||||    
T  28891298 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctaatgctgtgtctatgtggaata 28891397  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  28891398 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatgga 28891497  T
Q  211 gcaactga 218  Q
    ||||||||    
T  28891498 gcaactga 28891505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 16756907 - 16756690
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  16756907 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaata 16756808  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||    
T  16756807 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatgga 16756708  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  16756707 gcaactgacggagttcaa 16756690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Original strand, 28328442 - 28328659
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  28328442 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaata 28328541  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||    
T  28328542 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgcctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatgga 28328641  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  28328642 gcaactgacggagttcaa 28328659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 15 - 228
Target Start/End: Original strand, 15945189 - 15945409
Alignment:
Q  15 atgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgtt---gtgtctatgtggaata 111  Q
    ||||||||||||| | ||||||| |||||| | |||||||  ||||||| || | | |||||| ||||||||||||||  |   ||||||||||||||||    
T  15945189 atgaatgataaagtggtcagtgccatcattttgtgtcttggagataaggagttgggagaggtatcaagggagactactactactgtgtctatgtggaata 15945288  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtgg---aatcaaaacatataat 207  Q
    ||| ||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| |||||   | ||||||| ||||||    
T  15945289 aacatgattcatcgtacatgaccaagtccttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttactgaatggtggcgtactcaaaacctataat 15945388  T
Q  208 ggagcaactgacagaattcaa 228  Q
    |||| ||||||| || |||||    
T  15945389 ggagaaactgacggagttcaa 15945409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 129 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 4819769 - 4819669
Alignment:
Q  129 atgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattca 227  Q
    ||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| ||||||||||||| |||| || ||||    
T  4819769 atgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaaatgacggagttca 4819670  T
Q  228 a 228  Q
    |    
T  4819669 a 4819669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 297 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 32211293 - 32211224
Alignment:
Q  297 tttctcttgatatctcttattcttttcaaccagagctagacacgttcatgttttctgtcaatattgctca 366  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||    ||||||||| ||||||||||||||||    
T  32211293 tttctcttgatatcacttattcttttcgatcaaagctagaggtattcatgtttcctgtcaatattgctca 32211224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 44016312 - 44016095
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||  ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  44016312 gagatgaatgataaagcggtcagttctatcattctatgtctttgggataaggtgttgagagaggtagcaagggaaactattgttgtgtctatgtggaata 44016213  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||| ||||||| |||||||||    
T  44016212 aacttgattcattgtacatgaccaagtccttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatagtggagtcaaaacctataatgga 44016113  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  44016112 gcaactgacggagttcaa 44016095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Original strand, 25351886 - 25352103
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25351886 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 25351985  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  25351986 aacttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatgga 25352085  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  25352086 gcaactgacggagttcaa 25352103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Original strand, 7070329 - 7070546
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  7070329 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaata 7070428  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || |||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||    
T  7070429 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacataggcaatgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatgga 7070528  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  7070529 gcaactgacggagttcaa 7070546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Original strand, 25405948 - 25406165
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  25405948 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaata 25406047  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||    
T  25406048 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatgga 25406147  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  25406148 gcaactgacggagttcaa 25406165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 3324434 - 3324217
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||| || |||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  3324434 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggacaaggtgttgagagaagtataaagggaggctactgctgtgtctatgtggaata 3324335  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||    
T  3324334 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatgga 3324235  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  3324234 gcaactgacggagttcaa 3324217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 20054407 - 20054190
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20054407 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 20054308  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  20054307 aacttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatgga 20054208  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  20054207 gcaactgacggagttcaa 20054190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 22716880 - 22716663
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22716880 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 22716781  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  22716780 aacttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatgga 22716681  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  22716680 gcaactgacggagttcaa 22716663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 11 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 28457151 - 28456933
Alignment:
Q  11 tgagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaat 110  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||| || | |||||||||||||| ||||||||||||    
T  28457151 tgagatgaatgataaagcgatcagtgccatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaggtaacatgagagactactgttgtttctatgtggaat 28457052  T
Q  111 aaacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgg 209  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||    
T  28457051 aaacttgattcattgtacatgaccaagtccttgtcacatagacaatgtctgaaacaacaattctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatgg 28456952  T
Q  210 agcaactgacagaattcaa 228  Q
    |  ||||||| || |||||    
T  28456951 aataactgacggagttcaa 28456933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Original strand, 2736739 - 2736956
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||  || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  2736739 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgaaagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaata 2736838  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || |||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||    
T  2736839 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacataggcaatttctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatgga 2736938  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  2736939 gcaactgacggagttcaa 2736956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Original strand, 39680580 - 39680797
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||| ||  |||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  39680580 gagatgaatgataaggcagtcagcgctatcattctgtgtcttagggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaata 39680679  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||    
T  39680680 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgcctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatgga 39680779  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  39680780 gcaactgacggagttcaa 39680797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 56 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 10942113 - 10941948
Alignment:
Q  56 ggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaa 155  Q
    ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||  || |||| |||||||    
T  10942113 ggataaggtgttgagaaaggtagcaagggagactactgatgtgtctatatggaataaactagattcattgtatatgacaaagtctttggcacgtagacaa 10942014  T
Q  156 tgtctgaaacaacaactatactattac-cgaaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgaca 220  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||  || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  10942013 tgtctgaaacaacaactctacttttactggatggtggagtcaaaatatataatggagcaactgaca 10941948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 56 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 10947982 - 10947817
Alignment:
Q  56 ggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaa 155  Q
    ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||  || |||| |||||||    
T  10947982 ggataaggtgttgagaaaggtagcaagggagactactgatgtgtctatatggaataaactagattcattgtatatgacaaagtctttggcacgtagacaa 10947883  T
Q  156 tgtctgaaacaacaactatactattac-cgaaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgaca 220  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||  || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  10947882 tgtctgaaacaacaactctacttttactggatggtggagtcaaaatatataatggagcaactgaca 10947817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 297 - 366
Target Start/End: Original strand, 22985792 - 22985861
Alignment:
Q  297 tttctcttgatatctcttattcttttcaaccagagctagacacgttcatgttttctgtcaatattgctca 366  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||    ||||||||| || |||||||||||||    
T  22985792 tttctcttgatatcacttattcttttcgatcaaagctagaggtattcatgtttcctatcaatattgctca 22985861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 297 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 37781172 - 37781103
Alignment:
Q  297 tttctcttgatatctcttattcttttcaaccagagctagacacgttcatgttttctgtcaatattgctca 366  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | || || ||||    ||||||||| ||||||||||||||||    
T  37781172 tttctcttgatatcacttattcttttcgatcaaagttagaggtattcatgtttcctgtcaatattgctca 37781103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 133; Significance: 6e-69; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 12 - 219
Target Start/End: Original strand, 4558842 - 4559050
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||||| | | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4558842 gagatgaatgataaagaggttagtgctatcattctgtgtcttggggataaggtgtggagagaggtaggaagggagactattgttgtgtctatgtggaata 4558941  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  4558942 aacttgattcattgtacatgaccaagtacttggtacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatgga 4559041  T
Q  211 gcaactgac 219  Q
    |||||||||    
T  4559042 gcaactgac 4559050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 12 - 216
Target Start/End: Original strand, 15312852 - 15313057
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15312852 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgtcttggagataagatgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 15312951  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| | |||| ||||||| |||||||||    
T  15312952 aacttgatttattatacatgaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttatcgaatgatggagtcaaaacctataatgga 15313051  T
Q  211 gcaact 216  Q
    ||||||    
T  15313052 gcaact 15313057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 11 - 218
Target Start/End: Original strand, 16633023 - 16633231
Alignment:
Q  11 tgagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaat 110  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  16633023 tgagatgaatgatgaagcggtcagtgccatcattctgtgtattggggataaggtgttgagagaggcagcaagggagactactgatgtgtctatgtgaaat 16633122  T
Q  111 aaacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgg 209  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||| |||||| |||||||  | |||||    
T  16633123 aaaattgattcattgtacatgaccaagtccttggcacatacacaatgtttgaaacaacaactctacttataccgaatggtggagtcaaaacccacaatgg 16633222  T
Q  210 agcaactga 218  Q
    || ||||||    
T  16633223 agtaactga 16633231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 301 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 26633389 - 26633303
Alignment:
Q  301 tcttgatatctcttattcttttcaaccagagctagacacgttcatgttttctgtcaatattgctcataacaaatgttgaaataagtg 387  Q
    |||||||||| |||||||||||| | ||||| |||| || |||||||||  ||||||||||  |||||| |   |||||||||||||    
T  26633389 tcttgatatcacttattcttttcgatcagagttagagacattcatgtttcttgtcaatattcttcataaaaggggttgaaataagtg 26633303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 122; Significance: 2e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Original strand, 16859 - 17076
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16859 gagatgaatgataaagcggccagtgctatcattctgtgtcttggggacaaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 16958  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  16959 agcttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggaatcaaaacctataatgga 17058  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  17059 gcaactgacggagttcaa 17076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 121; Significance: 8e-62; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 12 - 219
Target Start/End: Original strand, 9522259 - 9522467
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9522259 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaata 9522358  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  9522359 aacttgattcattatacatgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgaatggtggagtcaaaacctataatgga 9522458  T
Q  211 gcaactgac 219  Q
    |||||||||    
T  9522459 gcaactgac 9522467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 2400871 - 2400654
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  2400871 gagatgaatgataaagcggtcagtgatatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaaactactgttgtgtctatatggaata 2400772  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    ||||| ||| ||  |||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||  |||||||||    
T  2400771 aacttaattcataatacatgactaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaatctataatgga 2400672  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    |||||||||||| |||||    
T  2400671 gcaactgacagagttcaa 2400654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 11 - 228
Target Start/End: Original strand, 14997570 - 14997786
Alignment:
Q  11 tgagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaat 110  Q
    ||||||||||||||| | | | ||||| |||||| | ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14997570 tgagatgaatgataacgtggttagtgccatcattatgtgtcttggggataaggtattgagataggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaat 14997669  T
Q  111 aaacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgg 209  Q
    | ||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||| ||||||| ||||||||    
T  14997670 agacttgatt--ttgtacatgaccaagtccttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccaaatggtggagtcaaaacctataatgg 14997767  T
Q  210 agcaactgacagaattcaa 228  Q
    |||||||||| || |||||    
T  14997768 agcaactgacggagttcaa 14997786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 120; Significance: 3e-61; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 11 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 31782109 - 31781890
Alignment:
Q  11 tgagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaat 110  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31782109 tgagatgaatgataaagcgatcagtgccatcgttctgtgtcttggggataaggtgttgagagaggtagcaagggagactattgttgtgtctatgtggaat 31782010  T
Q  111 aaacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatc-aaaacatataatg 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| || || |||||  ||||||    
T  31782009 aaacttgattcattgtacatgaccaagtcctggacacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtcgagtcaaaaaccaataatg 31781910  T
Q  209 gagcaactgacagaattcaa 228  Q
     |||||||||| ||||||||    
T  31781909 aagcaactgacggaattcaa 31781890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 11 - 228
Target Start/End: Original strand, 10627892 - 10628110
Alignment:
Q  11 tgagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaat 110  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||| | ||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10627892 tgagatgaatgataaagctgtcagtgccatcattctgtgtcttggggatacggtatagagagagttagcaagggagactattgttgtgtctatgtggaat 10627991  T
Q  111 aaacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatgg 209  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||| |||||| |||||||  |||||||    
T  10627992 aaacttgattcattgtgcatgaccaagtccttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctactttaaccgaatggtggagtcaaaaccgataatgg 10628091  T
Q  210 agcaactgacagaattcaa 228  Q
    |||||||||| || |||||    
T  10628092 agcaactgacggagttcaa 10628110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 12 - 228
Target Start/End: Original strand, 25446021 - 25446238
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaata 111  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||    
T  25446021 gagatgaatgataaggcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctatgtctatgtggaata 25446120  T
Q  112 aacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatgga 210  Q
    ||||||||| ||| ||||||| |||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||| ||||||| |||||||||    
T  25446121 aacttgattcattatacatgatcaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgaaaggtggagtcaaaacctataatgga 25446220  T
Q  211 gcaactgacagaattcaa 228  Q
    ||||||||| || |||||    
T  25446221 gcaactgacggagttcaa 25446238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 15 - 158
Target Start/End: Original strand, 28786936 - 28787079
Alignment:
Q  15 atgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaac 114  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28786936 atgaatgataaagcggtcagtgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaac 28787035  T
Q  115 ttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaatgt 158  Q
    |||||| ||| |||||| ||||||  || |||||||||||||||    
T  28787036 ttgattcattatacatggccaagtctttggcacatagacaatgt 28787079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 158 - 219
Target Start/End: Original strand, 28788402 - 28788464
Alignment:
Q  158 tctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgac 219  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  28788402 tctgaaacaacaaccatacttttatcgaacggtggagtcaaaacctataatggagcaactgac 28788464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 12 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 16682 - 16601
Alignment:
Q  12 gagatgaatgataaagcgttcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactg 93  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||||||||||    
T  16682 gagatgaatgataaagcggtcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactg 16601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000007; HSPs: 3)
Name: scaffold0087
Description:

Target: scaffold0087; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 403 - 465
Target Start/End: Original strand, 40862 - 40924
Alignment:
Q  403 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcccaac 465  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||| |||||||||    
T  40862 aaacttgtggcattagctggtttaaacctttcaaggaataatctcacaggattaattcccaac 40924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 403 - 461
Target Start/End: Original strand, 20481 - 20539
Alignment:
Q  403 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcc 461  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||    
T  20481 aaactcgtggcattagctggtttaaacctttcatggaataatctcacaggattcattcc 20539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 403 - 461
Target Start/End: Original strand, 30829 - 30887
Alignment:
Q  403 aaacttgtggtattagttggtttaaacctttcagggaatattctcacaagattcattcc 461  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||    
T  30829 aaactcgtggcattagctggtttaaacctttcatggaataatctcacaggattcattcc 30887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University