View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18042_high_5 (Length: 456)

Name: NF18042_high_5
Description: NF18042
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18042_high_5
NF18042_high_5
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-443)||(549315-549757)
chr8 (1-443)||(23422871-23423313)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 443
Target Start/End: Original strand, 549315 - 549757
Alignment:
Q  1 aggaaaatcttttaccttagaagaaacatttgaatctggaatgtcaaatgtttttgttgtgtccatgaactcagaggaaacactctcatctagtttggga 100  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  549315 aggaaaatcatttaccttaaaagaaacatttgaaactggaatgtcaaatgtttttgttgtgtccatgaactcaaaggaaacactctcatctagtttggga 549414  T
Q  101 agattaagacagaattgaagtgatataactgatgaagtagcgaaaatataagacataaggttgaattttttagcgatgtcgattacatcgcttgagaaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  549415 agattaagacagaattgaagtgatataactgatgaagtagcgaaaatataagacataaggttgaattttttagcgatgtcgattacatcacttgagaaaa 549514  T
Q  201 gatcaaaaaccaaaccaacaaagtttgtttttgaacaagttaccattttgttaacttcttgatgcaaatagggcatagagtgtttaactgtgagtttcat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  549515 gatcaaaaaccaaaccaacaaagtttgtttttgaacaagttacgattttgttaacttcttgatgcaaatagggtatagagtgtttaactgtgagtttcat 549614  T
Q  301 ttgtgttgcgatgtgaatgttgggaggaaggtcttggatattgatctgaggaaggaatgtaaaatcaatgtttggtggaagagagtttaagatagatttg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  549615 ttgtgttgcgatgtgaatgttgggaggaaggtcttggatattgatctgaggaaggaatgtaaaatcaatgtttggtggaagagagtttaagatagatttg 549714  T
Q  401 gtggatggtgtaggagaaccaagagttggaatgaggaaagtga 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  549715 gtggatggtgtaggagaaccaagagttggaatgaggaaagtga 549757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 23423313 - 23422871
Alignment:
Q  1 aggaaaatcttttaccttagaagaaacatttgaatctggaatgtcaaatgtttttgttgtgtccatgaactcagaggaaacactctcatctagtttggga 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23423313 aggaaaatcttttaccttaaaagaaacatttgaaactggaatgtcaaatgtttttgttgtgtccatgaactcaaaggaaacactctcatctagtttggga 23423214  T
Q  101 agattaagacagaattgaagtgatataactgatgaagtagcgaaaatataagacataaggttgaattttttagcgatgtcgattacatcgcttgagaaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23423213 agattaagacagaattgaagtgatataactgatgaagtagcgaaaatataagacataaggttgaattttttagcgatgtcgattacatcgcttgagaaaa 23423114  T
Q  201 gatcaaaaaccaaaccaacaaagtttgtttttgaacaagttaccattttgttaacttcttgatgcaaatagggcatagagtgtttaactgtgagtttcat 300  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23423113 gatcaaaaaccaaacaaacaaagtttgtttttgaacaagttaccattttgttaacttcttgatgcaaatagggtatagagtgtttaactgtgagtttcat 23423014  T
Q  301 ttgtgttgcgatgtgaatgttgggaggaaggtcttggatattgatctgaggaaggaatgtaaaatcaatgtttggtggaagagagtttaagatagatttg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23423013 ttgtgttgcgatgtgaatgttgggaggaaggtcctggatattgatatgaggaaggaatgtaaaatcaatgtttggtggaagagagtttaagatggatttg 23422914  T
Q  401 gtggatggtgtaggagaaccaagagttggaatgaggaaagtga 443  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23422913 gtagatggtgtaggagaaccaagagttggaatgaggaaagtga 23422871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University