View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18042_low_9 (Length: 449)

Name: NF18042_low_9
Description: NF18042
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18042_low_9
NF18042_low_9
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (3-434)||(24354537-24354968)
chr3 (2-422)||(24369564-24369987)
chr3 (1-422)||(24364659-24365083)
chr3 (64-428)||(24344270-24344634)
chr3 (1-415)||(24358219-24358632)
chr3 (150-408)||(24313727-24313985)
chr3 (132-408)||(24351478-24351753)
chr3 (143-428)||(24361897-24362183)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 24354968 - 24354537
Alignment:
Q  3 aactttcttatgtggtcgagt-gagatgaaaggtgatctttgtctagcattcttccgattaagccattcttccaaaatctcaacagactcatcatcacta 101  Q
    |||||||||||| |||||||  || | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24354968 aactttcttatgaggtcgaggagaaacgaaaggtgatctttgtctagcattcttctgattaagccattcttccaaaatctcaacagactcatcatcacta 24354869  T
Q  102 tgatcaatatcatttttctcatcataaccatcacatgaaggatcatagtctatttctactgcattctggccaagtatgtgtacatcaaactttgaagctc 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  24354868 tgatcaatatcatttttctcatcataaccatcacatgaaggatcatagtctatttctactgcattctggccaagtatgtgtacatcaaactttgaatctc 24354769  T
Q  202 ctttatatttgaacaccaccaaacaaccatgtccaagagagtaattttcaataaaatatttccaacccttttcaaaccaaatctctccattgannnnnnn 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  24354768 ctttatatttgaacaccaccaaacaaccatgtccaagagagtaattttcaataaaatatttccaacccttttcaaaccaaatctctccattga-tttttt 24354670  T
Q  302 nccaataaactttccatttagtgccatcaggaggcttgatcaacactggatttgatagaccaattccatgtttccttgtaaacttatttggaattttctg 401  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24354669 tccaataaactttccatttagtgccatctggaggcttgatcaacactggatttgatagaccaactccatgtttccttgtaaacttatttggaattttctg 24354570  T
Q  402 taaaaattaaagaaccccttttggtcaacaaaa 434  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24354569 taaaaattaaagaaccccttttggtcaacaaaa 24354537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 2 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 24369987 - 24369564
Alignment:
Q  2 gaactttcttatgtggtcgagt-gagatgaaaggtgatctttgtctagcattcttccgattaagccattcttccaaaatctcaacagactcatcatca-- 98  Q
    |||||||||||||||||||||  || |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||      
T  24369987 gaactttcttatgtggtcgagaagaaacaaaaggtgatctttgtctagccttcttccgattaagccattcatccaaaatctcaactgattcatcatcatc 24369888  T
Q  99 -ctatgatcaatatcatttttctcatcataaccatcacatgaaggatcatagtctatttctactgcattctggccaagtatgtgtacatcaaactttgaa 197  Q
     |||||||||| ||  |  || ||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||   ||||||||||||  ||    
T  24369887 actatgatcaacattgtcattttcatcatcactgtcacatgaagtatcatagtctatttctaatgcattcttgccaagtattactacatcaaacttgaaa 24369788  T
Q  198 gctcctttatatttgaacaccaccaaacaaccatgtccaagagagtaattttcaataaaatatttccaacccttttcaaaccaaatctctccattgannn 297  Q
    | |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||       
T  24369787 gttcctttatattcaaacaccaccaagcaaccatgtccaagagagtaattttcagtaaaagttttccaacccttttcaaaccaaatctcaccattga-tt 24369689  T
Q  298 nnnnnccaataaactttccatttagtgccatcaggaggcttgatcaacactggatttgatagaccaattccatgtttccttgtaaacttatttggaattt 397  Q
         |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| |||| ||||    
T  24369688 tttttccaataaactttccatttagtgtcatcaggagtctttatcaccactggatttgatagaccaactccatgtctctttgtaaacttacttggtattt 24369589  T
Q  398 tctgtaaaaattaaagaaccccttt 422  Q
     ||||||||||||||||||||||||    
T  24369588 gctgtaaaaattaaagaaccccttt 24369564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 422
Target Start/End: Original strand, 24364659 - 24365083
Alignment:
Q  1 cgaactttcttatgtggtcgagt-gagatgaaaggtgatctttgtctagcattcttccgattaagccattcttccaaaatctcaacagactcatcatca- 98  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||     
T  24364659 cgaactttcttatgtggtcgagtagaaataaaaggtgatctttgtctagccttcttccgattaagccattcatccaaaatctcaactgattcatcatcat 24364758  T
Q  99 --ctatgatcaatatcatttttctcatcataaccatcacatgaaggatcatagtctatttctactgcattctggccaagtatgtgtacatcaaactttga 196  Q
      |||||||||| ||  |  || ||||||| |   |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||    
T  24364759 cactatgatcaacattgtcattttcatcattagtgtcacttgaagaatcataatctatttctactgcattctggccaagtattactacatcaaacttgga 24364858  T
Q  197 agctcctttatatttgaacaccaccaaacaaccatgtccaagagagtaattttcaataaaatatttccaacccttttcaaaccaaatctctccattgann 296  Q
    || |||||||||||  |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||      
T  24364859 agttcctttatattcaaacatcaccaaacagccatgttcaagagagtaattttcagtaaaagttttccaacccttttcaaaccacatctcgccattga-t 24364957  T
Q  297 nnnnnnccaataaactttccatttagtgccatcaggaggcttgatcaacactggatttgatagaccaattccatgtttccttgtaaacttatttggaatt 396  Q
          ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| | |    
T  24364958 ttttttccaataaactttccatccagtgccatcaggaagcttgatcaacactggattagatagaccaactccatgtttcctagtaaacttatttggtaat 24365057  T
Q  397 ttctgtaaaaattaaagaaccccttt 422  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||    
T  24365058 tgctgtaaaaattaaagaacctcttt 24365083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 64 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 24344634 - 24344270
Alignment:
Q  64 gccattcttccaaaatctcaacagactcatcatcactatgatcaatatcatttttctcatcataaccatcacatgaaggatcatagtctatttctactgc 163  Q
    ||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||| ||| ||  |  || ||||||| |   |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24344634 gccattcatctaaaatctcaactgattcatcatcactatgaccaacattgtcattttcatcatcagtgtcacatgaagtatcatagtctatttctactgc 24344535  T
Q  164 attctggccaagtatgtgtacatcaaactttgaagctcctttatatttgaacaccaccaaacaaccatgtccaagagagtaattttcaataaaatatttc 263  Q
    |||| | ||||||||   ||||||||| || |||| |||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24344534 attccgaccaagtattactacatcaaatttcgaagttcctttatattcaaacaccaccaaagagccatgtccaagagagtaattttcagtaaaatatttc 24344435  T
Q  264 caacccttttcaaaccaaatctctccattgannnnnnnnccaataaactttccatttagtgccatcaggaggcttgatcaacactggatttgatagacca 363  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||        ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24344434 caacccttttcaaaccaaatctcaccatcga-tttttttccaataaactttccatttagtgccatctggaggcttgatcaacactggatttgatagacca 24344336  T
Q  364 attccatgtttccttgtaaacttatttggaattttctgtaaaaatt-aaagaaccccttttggtca 428  Q
    | |||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| || |||||||||    
T  24344335 actccatgtttctttgtaaacttatgtggtattttctgtaaaaattaaaagaagccgttttggtca 24344270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 24358632 - 24358219
Alignment:
Q  1 cgaactttcttatgtggtcgagt-gagatgaaaggtgatctttgtctagcattcttccgattaagccattcttccaaaatctcaacagactcatcatca- 98  Q
    |||||||| |||||||||||||  || | |||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||     
T  24358632 cgaacttttttatgtggtcgaggagaaacgaaaggtgatctttgtttagccttcttccaattaagccattcgtccaaaatctcaactgattcatcatcat 24358533  T
Q  99 --ctatgatcaatatcatttttctcatcataaccatcacatgaaggatcatagtctatttctactgcattctggccaagtatgtgtacatcaaactttga 196  Q
      |||||||||| ||  |  || ||||||| ||  |||||||||| || ||   ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||    
T  24358532 cactatgatcaacattgtcattttcatcatcactgtcacatgaagaataat---ctatttctactgcattccggccaaaaatgtgtacatcaaacttgga 24358436  T
Q  197 agctcctttatatttgaacaccaccaaacaaccatgtccaagagagtaattttcaataaaatatttccaacccttttcaaaccaaatctctccattgann 296  Q
    || || ||||||||  ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||      
T  24358435 agttcttttatattcaaacacaaccaaagagccatgtccaagagagtaattttcagtaaaatatttccaacccttttcaaaccaaatctcgccattga-t 24358337  T
Q  297 nnnnnnccaataaactttccatttagtgccatcaggaggcttgatcaacactggatttgatagaccaattccatgtttccttgtaaacttatttggaatt 396  Q
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  || ||||| | |||| |||||||||||||| |||    
T  24358336 ttttttccaataaactttccatttagtgccatcaggaggctttatcaacactggatttgataaatgaactccatatctcctagtaaacttatttggtatt 24358237  T
Q  397 ttctgtaaaaattaaagaa 415  Q
    | ||| |||||||||||||    
T  24358236 tgctg-aaaaattaaagaa 24358219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 150 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 24313985 - 24313727
Alignment:
Q  150 tctatttctactgcattctggccaagtatgtgtacatcaaactttgaagctcctttatatttgaacaccaccaaacaaccatgtccaagagagtaatttt 249  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24313985 tctatttctagtgcattctggtcaagtatgagtacatcaaactttgaagttcctttatatttgaacattaccaaacacccatgtccaagagagtaatttt 24313886  T
Q  250 caataaaatatttccaacccttttcaaaccaaatctctccattgannnnnnnnccaataaactttccatttagtgccatcaggaggcttgatcaacactg 349  Q
    || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||        |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24313885 cagtaaaaaatttccaacccctttcaaaccaaatctcaccattgattttttttccaatacactttccatttagtgccatcaggaggctttatcaacactg 24313786  T
Q  350 gatttgatagaccaattccatgtttccttgtaaacttatttggaattttctgtaaaaat 408  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||| |||| ||||||||||    
T  24313785 gatttgatagaccaactccatgtctccttgtaaaattatttggtatttgctgtaaaaat 24313727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 132 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 24351753 - 24351478
Alignment:
Q  132 tcacatgaaggatcatagtctatttctactgcattctggccaagtatgtgtacatcaaactttgaagctcctttatatttgaacaccaccaaacaaccat 231  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| || ||||| |  ||||||||  ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  24351753 tcacatgaagaatcatagtctatttcaaccgcattattaccaagtattagtacatcaaacttggaagttcctttatatttaaacaccaccaaacatccat 24351654  T
Q  232 gtccaagagagtaattttcaataaaatatttccaacccttttcaaaccaaatctctccattgannnnnnnnccaataaactttccatttagtgccatcag 331  Q
    ||   ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||        ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24351653 gttgtagagagtaattttcagtaaaatgtttccaacccttttcaaaccaaatctcaccattga-tttttttccagtaaactttccatttagtgccatcag 24351555  T
Q  332 gaggcttgatcaacactggatttgatagaccaattccatgtttccttgtaaacttatttggaattttctgtaaaaat 408  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||||| |||||||| |||| ||||||||||    
T  24351554 gagccttgatcaacactggatttgttagaccaactccatatctccttgtaaaattatttggtatttgctgtaaaaat 24351478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 143 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 24362183 - 24361897
Alignment:
Q  143 atcatagtctatttctactgcattctggccaagtatgtgtacatcaaactttgaagctccttt---atatttgaacaccaccaaacaaccatgtccaaga 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||| |||| |||||    ||| || |||| ||||||| | ||||||||||||    
T  24362183 atcatagtctatttctactgcattcttgccaagtatgtgtacaaggaacttagaagttccttcttcataattaaacaacaccaaaaacccatgtccaaga 24362084  T
Q  240 gagtaattttcaataaaatatttccaacccttttcaaaccaaatctctccattgannnnnnnnccaataaactttccatttagtgccatcaggaggcttg 339  Q
    |||||||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||        ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24362083 gagtaattttcagtaaaagttttccaacccttttcgaaccaaatctcaccattgattttttt-ccaataaactttccatttagttccatcaggaggcttg 24361985  T
Q  340 atcaacactggatttgatagaccaattccatgtttccttgtaaacttatttggaattttctgtaaaaattaaagaaccccttttggtca 428  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||    
T  24361984 atcaacactggatttgacagaccaactccatgtctccttgtaaactcatttggtattttctgtaaaatttaaacaa-cccttttggtca 24361897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University