View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18043_low_5 (Length: 424)

Name: NF18043_low_5
Description: NF18043
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18043_low_5
NF18043_low_5
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (5-382)||(9441398-9441775)
chr8 (159-382)||(24595798-24596021)
chr8 (380-412)||(9441351-9441383)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (5-382)||(42268536-42268913)
chr4 (5-382)||(48699128-48699505)
chr4 (5-382)||(30947490-30947867)
chr4 (267-382)||(2001772-2001887)
chr4 (380-412)||(30947443-30947475)
chr4 (380-412)||(48699081-48699113)
chr4 (380-412)||(42268928-42268960)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (5-382)||(5820582-5820959)
chr3 (159-382)||(42587735-42587958)
chr3 (5-70)||(2814882-2814947)
chr3 (380-412)||(5820535-5820567)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (5-382)||(828112-828489)
chr2 (115-379)||(13842166-13842429)
chr2 (380-412)||(828504-828536)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (5-382)||(27876016-27876393)
chr6 (5-382)||(26978200-26978562)
chr6 (18-367)||(18148526-18148875)
chr6 (256-382)||(8565162-8565288)
chr6 (131-332)||(8564961-8565161)
chr6 (380-409)||(26978153-26978182)
chr6 (380-412)||(27875969-27876001)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (5-382)||(41721043-41721420)
chr5 (5-382)||(34354643-34355020)
chr5 (133-382)||(7778238-7778486)
chr5 (380-412)||(34355035-34355067)
chr5 (380-412)||(41721435-41721467)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (153-382)||(2324901-2325130)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (277-382)||(11926935-11927040)
chr1 (284-382)||(34972298-34972396)
chr1 (144-232)||(11927124-11927212)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 9441775 - 9441398
Alignment:
Q  5 tgacagcacttctaaagagactgctattgtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaactggtgcacgaagaacaagaacca 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9441775 tgacagcacttctaaagagactgctattgtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaaccggtgcacgaagaacaagaacca 9441676  T
Q  105 gatgatgtcaataatggtgttcgtcgatcaacgcgtcagacgcagaaaccatcttggcaatcggactatgttatgacaagccacgatgcatattgtctta 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9441675 gatgatgtcaataatggtgttcgtcgatcaacgcgtcaaacgcagaaaccatcttggcaatcagactatgttatgacgagccacgatgcatattgtctta 9441576  T
Q  205 taactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttaca 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9441575 taactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttaca 9441476  T
Q  305 taggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9441475 taggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 9441398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 159 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 24596021 - 24595798
Alignment:
Q  159 tggcaatcggactatgttatgacaagccacgatgcatattgtcttataactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatg--gttcgga 256  Q
    ||||| || |||||||| |||||||  || ||||||||||||||| |||  ||||| || || || ||||| ||||| |||||  |||| |  | || ||    
T  24596021 tggcattcagactatgtaatgacaactcatgatgcatattgtcttttaaaagaagatggggagccatcaacctttcaggaggc--tgaaagaagctcaga 24595924  T
Q  257 tgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttacataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccatt 356  Q
    || |||||  |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||     
T  24595923 tgtttctctgtggatggcagcaatgcatgaagaaatggaagccttacatagaaacaaaacttgggaacttgtttaacttcccaagggtcggaaagccatc 24595824  T
Q  357 ggaaacaaatgggtatacaagatcaa 382  Q
    || |||||||||||||||||||||||    
T  24595823 gggaacaaatgggtatacaagatcaa 24595798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 380 - 412
Target Start/End: Original strand, 9441351 - 9441383
Alignment:
Q  380 caaccagtcttgcacgataccgttccacttgat 412  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9441351 caaccagccttgcacgataccgttccacttgat 9441383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 382
Target Start/End: Original strand, 42268536 - 42268913
Alignment:
Q  5 tgacagcacttctaaagagactgctattgtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaactggtgcacgaagaacaagaacca 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42268536 tgacagcacttctaaagagactgctattgtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaaccggtgcacgaagaacaagaacca 42268635  T
Q  105 gatgatgtcaataatggtgttcgtcgatcaacgcgtcagacgcagaaaccatcttggcaatcggactatgttatgacaagccacgatgcatattgtctta 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42268636 gatgatgtcaataatggtgttcgtcgatcaacgcgtcaaacgcagaaaccatcttggcaatcagactatgttatgacgagccacgatgcatattgtctta 42268735  T
Q  205 taactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttaca 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42268736 taactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttaca 42268835  T
Q  305 taggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42268836 taggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 42268913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 48699505 - 48699128
Alignment:
Q  5 tgacagcacttctaaagagactgctattgtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaactggtgcacgaagaacaagaacca 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  48699505 tgacagcacttctaaagagactgctatagtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaatcggtgcacgaagaacaagaacca 48699406  T
Q  105 gatgatgtcaataatggtgttcgtcgatcaacgcgtcagacgcagaaaccatcttggcaatcggactatgttatgacaagccacgatgcatattgtctta 204  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  48699405 gatgatgtcaatgatggtgttcgtcgatcaacgcgtcagacgcagaaaccgtcttggcaatcagactatgttatgacaagccatgatgcatattgtctta 48699306  T
Q  205 taactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttaca 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48699305 taactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttaca 48699206  T
Q  305 taggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48699205 taggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 48699128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 5 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 30947867 - 30947490
Alignment:
Q  5 tgacagcacttctaaagagactgctattgtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaactggtgcacgaagaacaagaacca 104  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  30947867 tgacagcacttttaaagagactgctattctgcagatagaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaatcggtgcacgaagaacaagaacca 30947768  T
Q  105 gatgatgtcaataatggtgttcgtcgatcaacgcgtcagacgcagaaaccatcttggcaatcggactatgttatgacaagccacgatgcatattgtctta 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  30947767 gatgatgtcaataatggtgttcgtcgatcaacgcgtcagacgcagaaaccatcttggcaatcagactatgttatgacgggccacgatgcatattgtctta 30947668  T
Q  205 taactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttaca 304  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  30947667 tagctgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggttcagatgcttctcaatggatgacagcaatacatgaagaaatggaggccttacg 30947568  T
Q  305 taggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 382  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30947567 taagaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcgaaaagccattggaaacaaatgggtatataagatcaa 30947490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 267 - 382
Target Start/End: Original strand, 2001772 - 2001887
Alignment:
Q  267 tggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttacataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaat 366  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |  ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||    
T  2001772 tggatggcagcaatgcataaagaaatggaagccttacatagaaacaaaagttgggaacttgttcaacttcccaagggtcggaaagccatcgggaacaaat 2001871  T
Q  367 gggtatacaagatcaa 382  Q
    ||||||||||||||||    
T  2001872 gggtatacaagatcaa 2001887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 380 - 412
Target Start/End: Original strand, 30947443 - 30947475
Alignment:
Q  380 caaccagtcttgcacgataccgttccacttgat 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30947443 caaccagtcttgcacgataccgttccacttgat 30947475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 380 - 412
Target Start/End: Original strand, 48699081 - 48699113
Alignment:
Q  380 caaccagtcttgcacgataccgttccacttgat 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48699081 caaccagtcttgcacgataccgttccacttgat 48699113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 380 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 42268960 - 42268928
Alignment:
Q  380 caaccagtcttgcacgataccgttccacttgat 412  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  42268960 caaccagccttgcacgataccgttccacttgat 42268928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 5820959 - 5820582
Alignment:
Q  5 tgacagcacttctaaagagactgctattgtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaactggtgcacgaagaacaagaacca 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5820959 tgacagcacttctaaagagactgctattgtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaaccggtgcacgaagaacaagaacca 5820860  T
Q  105 gatgatgtcaataatggtgttcgtcgatcaacgcgtcagacgcagaaaccatcttggcaatcggactatgttatgacaagccacgatgcatattgtctta 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5820859 gatgatgtcaataatggtgttcgtcgatcaacgcgtcaaacgcagaaaccatcttggcaatcagactatgttatgacgagccacgatgcatattgtctta 5820760  T
Q  205 taactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttaca 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5820759 taactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttaca 5820660  T
Q  305 taggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5820659 taggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 5820582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 159 - 382
Target Start/End: Original strand, 42587735 - 42587958
Alignment:
Q  159 tggcaatcggactatgttatgacaagccacgatgcatattgtcttataactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatg--gttcgga 256  Q
    ||||| || |||||||| |||||||  || ||||||||||||||| |||| ||||| || || || ||||| ||||| |||||  |||| |  | |  ||    
T  42587735 tggcattcagactatgtaatgacaactcatgatgcatattgtcttttaacagaagatggggagccatcaacctttcaggaggc--tgaaagaagctaaga 42587832  T
Q  257 tgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttacataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccatt 356  Q
    || |||||  |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||     
T  42587833 tgtttctctgtggatggcagcaatgcatgaagaaatggaagccttacatagaaacaaaacttgggaacttgttcaacttcccaagggtcggaaagccatc 42587932  T
Q  357 ggaaacaaatgggtatacaagatcaa 382  Q
    || ||||||| |||||||||||||||    
T  42587933 gggaacaaataggtatacaagatcaa 42587958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 5 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 2814947 - 2814882
Alignment:
Q  5 tgacagcacttctaaagagactgctattgtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttc 70  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2814947 tgacagcatttctaaagagactgctatagtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttc 2814882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 380 - 412
Target Start/End: Original strand, 5820535 - 5820567
Alignment:
Q  380 caaccagtcttgcacgataccgttccacttgat 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5820535 caaccagtcttgcacgataccgttccacttgat 5820567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 382
Target Start/End: Original strand, 828112 - 828489
Alignment:
Q  5 tgacagcacttctaaagagactgctattgtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaactggtgcacgaagaacaagaacca 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  828112 tgacagcacttctaaagagactgctattgtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaaccggtgcacgaagaacaagaacca 828211  T
Q  105 gatgatgtcaataatggtgttcgtcgatcaacgcgtcagacgcagaaaccatcttggcaatcggactatgttatgacaagccacgatgcatattgtctta 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  828212 gatgatgtcaataatggtgttcgtcgatcaacgcgtcagacgcagaaaccatcttggcaatcagactatgttatgacgagccacgatgcatattgtctta 828311  T
Q  205 taactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttaca 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  828312 taactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatgatccagatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttaca 828411  T
Q  305 taggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  828412 taggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 828489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 115 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 13842429 - 13842166
Alignment:
Q  115 ataatggtgttcgtcgatcaacgcgtcagacgcagaaaccatcttggcaatcggactatgttatgacaagccacgatgcatattgtcttataactgaaga 214  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| | | |||| |||| ||| | | | |||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  13842429 ataaaggtgttcgtcgatcaatgcgtcagatgcataaaccatcctagtaatcagactctgtcacggcgagccacaatgcatattgtcttctagctgaaga 13842330  T
Q  215 aggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttacataggaacaag 314  Q
    || ||| || | || || ||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |  | |||||||||||||  | ||||||||||| ||||||    
T  13842329 agatgagcctttaaattatcaagaggtgttgaattgttcgtatgcttctcaatggatga-aaaagtgcatgaagaaattaaagccttacatagaaacaag 13842231  T
Q  315 acatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagat 379  Q
    ||| | || ||||||||||||| ||||| ||| ||| |||| | |||||||||| ||||||||||    
T  13842230 acaagagatcttgttgaacttctaaaggctcgaaaatccatcgaaaacaaatggatatacaagat 13842166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 380 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 828536 - 828504
Alignment:
Q  380 caaccagtcttgcacgataccgttccacttgat 412  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  828536 caaccagtcttgcacgattccgttccacttgat 828504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 27876393 - 27876016
Alignment:
Q  5 tgacagcacttctaaagagactgctattgtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaactggtgcacgaagaacaagaacca 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  27876393 tgacagcacttctaaagagactgctatagtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaatcggtgcacgaagaacaagaacca 27876294  T
Q  105 gatgatgtcaataatggtgttcgtcgatcaacgcgtcagacgcagaaaccatcttggcaatcggactatgttatgacaagccacgatgcatattgtctta 204  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27876293 gatgatgtcaatgatggtgttcgtcgatcaacgcgtcagacgcagaaaccgtcttggcaatcagactatgttatgacaagccatgatgcatattgtctta 27876194  T
Q  205 taactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttaca 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27876193 taactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttaca 27876094  T
Q  305 taggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27876093 taggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 27876016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 5 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 26978562 - 26978200
Alignment:
Q  5 tgacagcacttctaaagagactgctattgtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaactggtgcacgaagaacaagaacca 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||    
T  26978562 tgacagcacttctaaagagactgctattgtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaacc---------------agaacca 26978478  T
Q  105 gatgatgtcaataatggtgttcgtcgatcaacgcgtcagacgcagaaaccatcttggcaatcggactatgttatgacaagccacgatgcatattgtctta 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26978477 gatgatgtcaataatggtgttcgtcgatcaacgcgtcagacgcagaaaccatcttggcaatcagactatgttatgacgagccacgatgcatattgtctta 26978378  T
Q  205 taactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttaca 304  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26978377 taactgaagaaggtgaaccgtcaaattttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttaca 26978278  T
Q  305 taggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26978277 taggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 26978200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 18148875 - 18148526
Alignment:
Q  18 aaagagactgctattgtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaactggtgcacgaagaacaagaaccagatgatgtcaata 117  Q
    ||||||| ||| || ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||   | |||||| |  ||||||||| |||  ||||||     
T  18148875 aaagagattgcaatagtgcatatggaagaaaaattcaaggaaagtgattcttctgaagctgaatcagagcacgatgtgcaagaaccaaatgcggtcaatg 18148776  T
Q  118 atggtgttcgtcgatcaacgcgtcagacgcagaaaccatcttggcaatcggactatgttatgacaagccacgatgcatattgtcttataactgaagaagg 217  Q
     |||||   ||||||||||  ||||| ||||||||||||||    | ||  | ||||| ||||  | |||  |||||||||||||| |||  ||||||||    
T  18148775 gtggtgcctgtcgatcaacatgtcaggcgcagaaaccatctcaatagtcaaaatatgtaatgaagatccaaaatgcatattgtcttctaatggaagaagg 18148676  T
Q  218 tgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttacataggaacaagaca 317  Q
    |||||| |||| |||||| |||||||||||   |||  ||  || | |||  ||||||  |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||    
T  18148675 tgaaccttcaaattttcaagaggcgttgaagaattcatatttttttaaatatatgacaataatgcatgaagaaatggaggccctacaaagaaacaagaca 18148576  T
Q  318 tgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatg 367  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||  |||| ||||||||| |||||    
T  18148575 tgggagcttgttaaactttcaaagggtcaaaaagacattggaaagaaatg 18148526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 256 - 382
Target Start/End: Original strand, 8565162 - 8565288
Alignment:
Q  256 atgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttacataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccat 355  Q
    |||||||| ||||||||| |  |||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  |||| |||    
T  8565162 atgcttcttaatggatgataataatgcatgaagatatgaaggacttacatagaaacaagacatgtgagcttgttgaacttccaaaaggtcaaaaagtcat 8565261  T
Q  356 tggaaacaaatgggtatacaagatcaa 382  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||    
T  8565262 tcgaaacaaatggatatacaagatcaa 8565288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 131 - 332
Target Start/End: Original strand, 8564961 - 8565161
Alignment:
Q  131 atcaacgcgtcagacgcagaaaccatcttggcaatcggactatgttatgacaagccacgatgcatattgtcttataactgaagaaggtgaaccgtcaact 230  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||  ||||||||| ||  || ||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||||| |||||     
T  8564961 atcaacgcctcaaacgcaaaaaccatcttggaaatcaaactatgttacgatgaggcacaattcatatagtcttctaactgaacaaggtgaaccttcaac- 8565059  T
Q  231 tttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttacataggaacaagacatgggagcttgttg 330  Q
    ||||| |||||||| ||  |||   |||||||| ||||||||| | ||| ||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  8565060 tttcaagaggcgttaaacagttaaaatgcttcttaatggatgataacaacgcatgaagatatgaaggacttacatagaaacaagacatctgagcttgttg 8565159  T
Q  331 aa 332  Q
    ||    
T  8565160 aa 8565161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 380 - 409
Target Start/End: Original strand, 26978153 - 26978182
Alignment:
Q  380 caaccagtcttgcacgataccgttccactt 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26978153 caaccagtcttgcacgataccgttccactt 26978182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 380 - 412
Target Start/End: Original strand, 27875969 - 27876001
Alignment:
Q  380 caaccagtcttgcacgataccgttccacttgat 412  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27875969 caaccagtcttgcacgattccgttccacttgat 27876001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 382
Target Start/End: Original strand, 41721043 - 41721420
Alignment:
Q  5 tgacagcacttctaaagagactgctattgtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaactggtgcacgaagaacaagaacca 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  41721043 tgacagcacttctaaagagactgctatagtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaatcggtgcacgaagaacaagaacca 41721142  T
Q  105 gatgatgtcaataatggtgttcgtcgatcaacgcgtcagacgcagaaaccatcttggcaatcggactatgttatgacaagccacgatgcatattgtctta 204  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41721143 gatgatgtcaatgatggtgttcgtcgatcaacgcgtcagacgcagaaaccgtcttggcaatcagactatgttatgacaagccatgatgcatattgtctta 41721242  T
Q  205 taactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttaca 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41721243 taactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttaca 41721342  T
Q  305 taggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41721343 taggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 41721420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 382
Target Start/End: Original strand, 34354643 - 34355020
Alignment:
Q  5 tgacagcacttctaaagagactgctattgtgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaactggtgcacgaagaacaagaacca 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||    
T  34354643 tgacagcacttctaaagagactgctataatgcagatggaagaaaaatccaaagaaagtgattcttctgaagctgaaccgatgcacggagaacaagaacca 34354742  T
Q  105 gatgatgtcaataatggtgttcgtcgatcaacgcgtcagacgcagaaaccatcttggcaatcggactatgttatgacaagccacgatgcatattgtctta 204  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34354743 tatgatgtcaatgatggtgttcgtcgatcaacgcgtcagacgcagaaaccgtcttggcaatcagactatgttatgacaagccacgatgcatattgtctta 34354842  T
Q  205 taactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttaca 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34354843 taactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttaca 34354942  T
Q  305 taggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34354943 taggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 34355020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 133 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 7778486 - 7778238
Alignment:
Q  133 caacgcgtcagacgcagaaaccatcttggcaatcggactatgttatgacaagccacgatgcatattgtcttataactgaagaaggtgaaccgtcaacttt 232  Q
    |||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||  |||||||||| |  || ||| || ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  7778486 caacgcctcaaacgcaaaaaccatcttggaaatcaaactatgttataatgaggcacaattcatattgtcttctaaccgaagaaggtgaaccttcaacttt 7778387  T
Q  233 tcatgaggcgttgaatggttcggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttacataggaacaagacatgggagcttgttgaa 332  Q
     || ||| |||| ||  |||   |||||||| ||| ||||| | ||||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||| || |||||||||    
T  7778386 -caagagacgttaaacagttaaaatgcttcttaatagatgataacaatgcatgaagatatgaaggacttacatagaaacaagacatgtgatcttgttgaa 7778288  T
Q  333 cttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 382  Q
    ||| |||| ||||  ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  7778287 ctttcaaaaggtcaaaaagccattcgaaacaaatggatatacaagatcaa 7778238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 380 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 34355067 - 34355035
Alignment:
Q  380 caaccagtcttgcacgataccgttccacttgat 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34355067 caaccagtcttgcacgataccgttccacttgat 34355035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 380 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 41721467 - 41721435
Alignment:
Q  380 caaccagtcttgcacgataccgttccacttgat 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41721467 caaccagtcttgcacgataccgttccacttgat 41721435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 150; Significance: 4e-79; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 153 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 2325130 - 2324901
Alignment:
Q  153 ccatcttggcaatcggactatgttatgacaagccacgatgcatattgtcttataactgaagaaggtgaaccgtcaacttttcatgaggcgttgaatggtt 252  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  2325130 ccatcttggtaatccgactatgttatgacgagcctcgatgcatatggtcttataactgaagaaggtgaacctttaacttttcaagaggcgttgaacggtt 2325031  T
Q  253 cggatgcttctcaatggatgacagcaatgcatgaagaaatggaggccttacataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagc 352  Q
    | |||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2325030 cagatgtttctcaatggatgacaacaatgcttgaagaaatggaggccttacatagaaacaagataggggaacttgttgaacttccaaagggacggaaagc 2324931  T
Q  353 cattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 382  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||    
T  2324930 cattggaaacaaatggatagacaagatcaa 2324901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 277 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 11927040 - 11926935
Alignment:
Q  277 caatgcatgaagaaatggaggccttacataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaa 376  Q
    ||||||||||||| | | ||| |||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  11927040 caatgcatgaagatacgaaggacttacaaagaaacaagacatgtgagcttgttgaacttccaaaaggtcagaaagccattcgaaacaaatggatatacaa 11926941  T
Q  377 gatcaa 382  Q
    ||||||    
T  11926940 gatcaa 11926935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 284 - 382
Target Start/End: Original strand, 34972298 - 34972396
Alignment:
Q  284 tgaagaaatggaggccttacataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaa 382  Q
    ||||||||| || |||||| ||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||| || |||||||||    
T  34972298 tgaagaaatagaagccttatatagatacaagacatgatagcttgttgaacttccaaagggtcgaaaagtcattagaaacaaatgggcatgcaagatcaa 34972396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 11927212 - 11927124
Alignment:
Q  144 acgcagaaaccatcttggcaatcggactatgttatgacaagccacgatgcatattgtcttataactgaagaaggtgaaccgtcaacttt 232  Q
    ||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||||  || ||| || ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  11927212 acgcaaaaaccatcttggaaatcaaactatgttatgatgaggcacaattcatattgtcttctaaccgaagaaggtgaaccttcaacttt 11927124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University