View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1804_high_6 (Length: 449)

Name: NF1804_high_6
Description: NF1804
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1804_high_6
NF1804_high_6
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-435)||(720985-721419)
chr1 (1-435)||(38880209-38880643)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (1-435)||(37145102-37145536)
chr3 (1-435)||(53606573-53607007)
chr3 (1-235)||(17716828-17717062)
chr3 (1-235)||(19018057-19018291)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-435)||(45211095-45211529)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (1-435)||(23946221-23946655)
chr5 (287-435)||(42690063-42690211)
chr5 (245-385)||(16781215-16781355)
chr5 (156-210)||(10115868-10115922)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-435)||(33805421-33805855)
chr4 (1-361)||(11239628-11239988)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-435)||(46830867-46831301)
chr7 (162-422)||(48953130-48953390)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (162-385)||(8684316-8684539)
chr6 (158-202)||(4839599-4839643)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 383; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 435
Target Start/End: Original strand, 720985 - 721419
Alignment:
Q  1 aagatgaaaccttcctgcactttgtcagggactgtcatttttctagaagcatatggcagaaaattgggtttataggtaatgatttcttcacagctacatc 100  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  720985 aagatgaaaccttcctacactgtgtcagggactgtcatttttctagaagcatatggcaggaaattgggtttacaggtaatgatttcttcacagctacatc 721084  T
Q  101 agctcacgattggatcaagatcggcatgtctggctcccttccgaatatccttttcgctggcctttggtgggtttggagacatcgtaacttaatgtgcctt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  721085 agctcacgattggatcaagatcggtatgtctggctcccttccgaatatctttttcgctggcctttggtgggtttggagacatcgtaacttaatgtgactt 721184  T
Q  201 aataatgaaaacatgtctctcattcggctgtgcaacaatgtcgtttcagcagctgcagatatcaattcggcctttgatagtgaggaaaatgtgaatcatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  721185 aataatgaaaacatgtctctcattcggctgtgcaacaatatcgtttcagcagctgcagatatcaattcggcctttgatagtgaggaaaatgtgaatcatt 721284  T
Q  301 ccgaccgtttcgtgaaatggaacaacagaaatcacgttgactacattcttaatgttgatggcagctgcttaggcactccttcccgcaccggttacagtag 400  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  721285 atgaccgtttcgtgaaatggaacaacagaaatcaccttgactacattcttaatgttgatggcagctgcttaggcactccttcccgcactggttacagtgg 721384  T
Q  401 tattctccgtaatagtgcaggcttgttcatctcag 435  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  721385 tattctccgtaatagtgcaggcttgttcatctcag 721419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 435
Target Start/End: Original strand, 38880209 - 38880643
Alignment:
Q  1 aagatgaaaccttcctgcactttgtcagggactgtcatttttctagaagcatatggcagaaaattgggtttataggtaatgatttcttcacagctacatc 100  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38880209 aagatgaaacctttctgcactgtgtcagggattgtcatttttctagaagcatatggcagaacattgggtttacaggtaatgatttcttcacagctacatc 38880308  T
Q  101 agctcacgattggatcaagatcggcatgtctggctcccttccgaatatccttttcgctggcctttggtgggtttggagacatcgtaacttaatgtgcctt 200  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38880309 atctcacgattggatcaagatcggtatgtctggctcccttccgaatatctttttcgttggcctttggtgggtttggagacatcgtaacttaatgtgcctt 38880408  T
Q  201 aataatgaaaacatgtctctcattcggctgtgcaacaatgtcgtttcagcagctgcagatatcaattcggcctttgatagtgaggaaaatgtgaatcatt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38880409 aataatgaaaacatgtctctcattcgactgtgcaacaatatcgtttcaacagctgtagatatcaattcggcctttaatagtgaggaaaatgtgaatcatt 38880508  T
Q  301 ccgaccgtttcgtgaaatggaacaacagaaatcacgttgactacattcttaatgttgatggcagctgcttaggcactccttcccgcaccggttacagtag 400  Q
    | |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || |    
T  38880509 ctgaccgttttgtgaaatggaacaacaaaaatcacattgactacattcttaatgttgatggcagctgcttaggtactccttcccgcactggttacggtgg 38880608  T
Q  401 tattctccgtaatagtgcaggcttgttcatctcag 435  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38880609 tattctccgtaatagtgcaggcttgttcatctcag 38880643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 1 - 435
Target Start/End: Original strand, 37145102 - 37145536
Alignment:
Q  1 aagatgaaaccttcctgcactttgtcagggactgtcatttttctagaagcatatggcagaaaattgggtttataggtaatgatttcttcacagctacatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  37145102 aagatgaaaccttcctgcactgtgtcagggactgtcatttttctagaagcatatggcagaaaattgggtttacatgtaatgatttcttcacagctacatc 37145201  T
Q  101 agctcacgattggatcaagatcggcatgtctggctcccttccgaatatccttttcgctggcctttggtgggtttggagacatcgtaacttaatgtgcctt 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||  ||||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37145202 agctcacgattggttcaagatcggtatgtccagctccctcccggatatctttttcgctggtctttggtgggtttggagacatcgtaacttaatgtgcctt 37145301  T
Q  201 aataatgaaaacatgtctctcattcggctgtgcaacaatgtcgtttcagcagctgcagatatcaattcggcctttgatagtgaggaaaatgtgaatcatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  37145302 aataatgaaaacatgtctctttttcggttgtgcaacaatatcgtttcagcagctgcagatatcaattctgcctttgatagcgaggaaaatgtgaaccatt 37145401  T
Q  301 ccgaccgtttcgtgaaatggaacaacagaaatcacgttgactacattcttaatgttgatggcagctgcttaggcactccttcccgcaccggttacagtag 400  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||      
T  37145402 ctgaccgtttcgtgaaatggaacaacaggaatcaccatgaccatattcttaatgtggatggcagctgcttaggcactccctcacgcaccggttacggtga 37145501  T
Q  401 tattctccgtaatagtgcaggcttgttcatctcag 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37145502 tattctccgtaatagtgcaggcttgctcatctcag 37145536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 53607007 - 53606573
Alignment:
Q  1 aagatgaaaccttcctgcactttgtcagggactgtcatttttctagaagcatatggcagaaaattgggtttataggtaatgatttcttcacagctacatc 100  Q
    |||||||||||||  |||| | |||||||||||||  ||||||||    ||| |||||||||||||| |||| | |||| |||||| ||||| || |  |    
T  53607007 aagatgaaacctttatgcattgtgtcagggactgttgtttttctaaggacatctggcagaaaattggttttacaagtaacgatttcgtcacaactgctac 53606908  T
Q  101 agctcacgattggatcaagatcggcatgtctggctcccttccgaatatccttttcgctggcctttggtgggtttggagacatcgtaacttaatgtgcctt 200  Q
    | || | |||||||| ||| | || || |||||||| | | | | |||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  53606907 aacttatgattggataaagcttggtatttctggctcacgttctagtatctttttagccggcctttggtgggtttggagacaccgtaacttaatgtgcctt 53606808  T
Q  201 aataatgaaaacatgtctctcattcggctgtgcaacaatgtcgtttcagcagctgcagatatcaattcggcctttgatagtgaggaaaatgtgaatcatt 300  Q
    ||||||||||   ||||| |  ||||| ||||||||||  || ||||||||||||  |    ||| ||||| ||  |  |||| ||||||     |||||    
T  53606807 aataatgaaactttgtctttatttcggttgtgcaacaacatcatttcagcagctgatgcagccaactcggcattcaacggtgaagaaaatccccctcatt 53606708  T
Q  301 ccgaccgtttcgtgaaatggaacaacagaaatcacgttgactacattcttaatgttgatggcagctgcttaggcactccttcccgcaccggttacagtag 400  Q
    | ||||| || |||||||||||||| ||||| |||   || | ||||||||||||||||||||||||| | || || ||| | |||||||||||| || |    
T  53606707 cagaccgattggtgaaatggaacaatagaaaccaccaagatttcattcttaatgttgatggcagctgcattggaacccctccacgcaccggttacggtgg 53606608  T
Q  401 tattctccgtaatagtgcaggcttgttcatctcag 435  Q
    | | || || ||||||||||| ||||| |||||||    
T  53606607 tgtcctacgcaatagtgcaggtttgtttatctcag 53606573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 17717062 - 17716828
Alignment:
Q  1 aagatgaaaccttcctgcactttgtcagggactgtcatttttctagaagcatatggcagaaaattgggtttataggtaatgatttcttcacagctacatc 100  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||  ||||||||||| || ||||| | | |||| |||    ||||||| |||  ||||||  | ||    
T  17717062 aagatgaaacattcctgcactgtgttagggattgtcgcttttctagaagtatctggcaaacatttggcttttattgtaatgagttcaccacagccgcttc 17716963  T
Q  101 agctcacgattggatcaagatcggcatgtctggctcccttccgaatatccttttcgctggcctttggtgggtttggagacatcgtaacttaatgtgcctt 200  Q
    |||||| |||||||||||| | ||  ||| |||  | | | | |||||| || | ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17716962 agctcatgattggatcaagtttggtttgtttggtactcgttcaaatatctttctagctagtctttggtgggtttggagacatcgaaacttaatgtgcctt 17716863  T
Q  201 aataatgaaaacatgtctctcattcggctgtgcaa 235  Q
    |||||||| ||  |||||||  |||||||||||||    
T  17716862 aataatgagaatttgtctctatttcggctgtgcaa 17716828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 19018291 - 19018057
Alignment:
Q  1 aagatgaaaccttcctgcactttgtcagggactgtcatttttctagaagcatatggcagaaaattgggtttataggtaatgatttcttcacagctacatc 100  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||  ||||||||||| || ||||| | | |||| |||    ||||||| |||  ||||||  | ||    
T  19018291 aagatgaaacattcctgcactgtgttagggattgtcgcttttctagaagtatctggcaaacatttggcttttattgtaatgagttcaccacagccgcttc 19018192  T
Q  101 agctcacgattggatcaagatcggcatgtctggctcccttccgaatatccttttcgctggcctttggtgggtttggagacatcgtaacttaatgtgcctt 200  Q
    |||||| |||||||||||| | ||  ||| |||  | | | | |||||| || | ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19018191 agctcatgattggatcaagtttggtttgtttggtactcgttcaaatatctttctagctagtctttggtgggtttggagacatcgaaacttaatgtgcctt 19018092  T
Q  201 aataatgaaaacatgtctctcattcggctgtgcaa 235  Q
    |||||||| ||  |||||||  |||||||||||||    
T  19018091 aataatgagaatttgtctctatttcggctgtgcaa 19018057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 45211529 - 45211095
Alignment:
Q  1 aagatgaaaccttcctgcactttgtcagggactgtcatttttctagaagcatatggcagaaaattgggtttataggtaatgatttcttcacagctacatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  45211529 aagatgaaaccttcctgcactgtgtcagggactgtcatttttctagaagcatatggcagaaaatcgggtttacaggtaatgatttcttcacagctacatc 45211430  T
Q  101 agctcacgattggatcaagatcggcatgtctggctcccttccgaatatccttttcgctggcctttggtgggtttggagacatcgtaacttaatgtgcctt 200  Q
    |||||| |||||| |||||||||| |||||  ||||||| ||  ||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  45211429 agctcatgattggttcaagatcggtatgtccagctccctcccagatatctttttcggtggtctttggtgggcttggagacaccgtaacttaatgtgcctt 45211330  T
Q  201 aataatgaaaacatgtctctcattcggctgtgcaacaatgtcgtttcagcagctgcagatatcaattcggcctttgatagtgaggaaaatgtgaatcatt 300  Q
    ||||||||||  ||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  45211329 aataatgaaacaatgtctctttttcggttgtgcaacaatatcgtttcagcagctacatatatcaagtctgcctttgatagcgaggaaaatgtgaaccatt 45211230  T
Q  301 ccgaccgtttcgtgaaatggaacaacagaaatcacgttgactacattcttaatgttgatggcagctgcttaggcactccttcccgcaccggttacagtag 400  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| || |    
T  45211229 ctgaccgtttcgtgaaatggaacaacagaaatcaccatgaccatattcttaatgtggatggcagctgcttaggcactccctcacgcaccggttacggtgg 45211130  T
Q  401 tattctccgtaatagtgcaggcttgttcatctcag 435  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45211129 tattctccgtaatagtgcaggcttgttcatctcag 45211095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 435
Target Start/End: Original strand, 23946221 - 23946655
Alignment:
Q  1 aagatgaaaccttcctgcactttgtcagggactgtcatttttctagaagcatatggcagaaaattgggtttataggtaatgatttcttcacagctacatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23946221 aagatgaaaccttcctgcactgtgtcagggactgtcatttttctagaagcatatggcagaaaattgggtttacaggtaatgatttcttcacagctacatc 23946320  T
Q  101 agctcacgattggatcaagatcggcatgtctggctcccttccgaatatccttttcgctggcctttggtgggtttggagacatcgtaacttaatgtgcctt 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||  ||||||| ||  ||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23946321 agctcacgattggttcaagatcggtatgtccagctccctcccagatatctttttcggtggtctttggtgggcttggagacaccgtaacttaatgtgcctt 23946420  T
Q  201 aataatgaaaacatgtctctcattcggctgtgcaacaatgtcgtttcagcagctgcagatatcaattcggcctttgatagtgaggaaaatgtgaatcatt 300  Q
    ||||||||||  ||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  23946421 aataatgaaacaatgtctctttttcggttgtgcaacaatatcgtttcagcagctacaaatatcaagtctgcctttgatagcgaggaaaatgtgaaccatt 23946520  T
Q  301 ccgaccgtttcgtgaaatggaacaacagaaatcacgttgactacattcttaatgttgatggcagctgcttaggcactccttcccgcaccggttacagtag 400  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||| || |    
T  23946521 ctgaccgtttcgtgaaatggaacaacagaaatcaccatgaccatattcttaatgtggatggcagctgcttaggtactccctcacgcaccagttacggtgg 23946620  T
Q  401 tattctccgtaatagtgcaggcttgttcatctcag 435  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23946621 tattctccgtaatagtgcaggcttgttcatctcag 23946655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 287 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 42690211 - 42690063
Alignment:
Q  287 aaatgtgaatcattccgaccgtttcgtgaaatggaacaacagaaatcacgttgactacattcttaatgttgatggcagctgcttaggcactccttcccgc 386  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  42690211 aaatgtgaatcattctgaccgtttcgtgaaatgcaacaacagaaatcaccatgaccacattcttaatgttgatggcagctgcttaggcactccctcacgc 42690112  T
Q  387 accggttacagtagtattctccgtaatagtgcaggcttgttcatctcag 435  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42690111 accggttacggtggtattctccgtaatagtgcaggcttgttcatctcag 42690063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 245 - 385
Target Start/End: Original strand, 16781215 - 16781355
Alignment:
Q  245 ttcagcagctgcagatatcaattcggcctttgatagtgaggaaaatgtgaatcattccgaccgtttcgtgaaatggaacaacagaaatcacgttgactac 344  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||| | ||||||||| | |   | |||| | ||||| || ||||||||||||| ||||||||||   ||| ||    
T  16781215 ttcagcagcttctgatatcaattcggccttcggtagtgaggacatttcaattcatgctgaccgctttgtgaaatggaacagcagaaatcacaaagacaac 16781314  T
Q  345 attcttaatgttgatggcagctgcttaggcactccttcccg 385  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||    
T  16781315 attctcaatgttgatggcagctgcattggaactccttcccg 16781355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 156 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 10115922 - 10115868
Alignment:
Q  156 gctggcctttggtgggtttggagacatcgtaacttaatgtgccttaataatgaaa 210  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||| ||||||    
T  10115922 gctggtctttggtgggtttggaggcatcgaaacctagtgtgccttaattatgaaa 10115868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 275; Significance: 1e-153; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 1 - 435
Target Start/End: Original strand, 33805421 - 33805855
Alignment:
Q  1 aagatgaaaccttcctgcactttgtcagggactgtcatttttctagaagcatatggcagaaaattgggtttataggtaatgatttcttcacagctacatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  33805421 aagatgaaaccttcctgcactgtgtcagggactgtcatttttctagaagcatatggcagaaaatcgggtttacaggtaataatttcttcacagctacatc 33805520  T
Q  101 agctcacgattggatcaagatcggcatgtctggctcccttccgaatatccttttcgctggcctttggtgggtttggagacatcgtaacttaatgtgcctt 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||  ||||||| ||  ||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33805521 agctcacgattggttcaagatcggtatgtccagctccctcccagatatctttttcggtggtctttggtgggcttggagacaccgtaacttaatgtgcctt 33805620  T
Q  201 aataatgaaaacatgtctctcattcggctgtgcaacaatgtcgtttcagcagctgcagatatcaattcggcctttgatagtgaggaaaatgtgaatcatt 300  Q
    ||||||||||  || |||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  33805621 aataatgaaacaatttctctttttcggttgtgcaacaatatcgtttcagcagctacagatatcaagtctgcctttgatagcgaggaaaatgtgaaccatt 33805720  T
Q  301 ccgaccgtttcgtgaaatggaacaacagaaatcacgttgactacattcttaatgttgatggcagctgcttaggcactccttcccgcaccggttacagtag 400  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| || |    
T  33805721 ctgaccgtttcgtgaaatggaacaacagaaatcaccatgaccatattcttaatgtggatggcagctgcttaggcactccctcacgcaccggttacggtgg 33805820  T
Q  401 tattctccgtaatagtgcaggcttgttcatctcag 435  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  33805821 tattctccgcaatagtgcaggcttgttcatatcag 33805855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 361
Target Start/End: Original strand, 11239628 - 11239988
Alignment:
Q  1 aagatgaaaccttcctgcactttgtcagggactgtcatttttctagaagcatatggcagaaaattgggtttataggtaatgatttcttcacagctacatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| | |||||| |||||||||||||| ||||   ||||||||||| |||||||  | ||    
T  11239628 aagatgaaaccttcctgcactgtgtcagggactgtcgcttttccataagcatctggcagaaaattggttttacttgtaatgatttcgtcacagccgcttc 11239727  T
Q  101 agctcacgattggatcaagatcggcatgtctggctcccttccgaatatccttttcgctggcctttggtgggtttggagacatcgtaacttaatgtgcctt 200  Q
    |||  | || ||||||||| ||||  ||||| || | | | ||||||   |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  11239728 agcctatgactggatcaagctcggattgtctagccctcgttcgaatacatttttagctggtctttggtgggtttagagacatcgaaacttaatgtgcctt 11239827  T
Q  201 aataatgaaaacatgtctctcattcggctgtgcaacaatgtcgtttcagcagctgcagatatcaattcggcctttgatagtgaggaaaatgtgaatcatt 300  Q
    | |||  || || ||||||| |  ||| |||||| |||  || | ||||||||  | ||||||| |||||  |||||||||||||| |||  ||||||      
T  11239828 agtaacaaacacttgtctctaaaccggttgtgcagcaacatcatctcagcagccaccgatatcagttcggtttttgatagtgaggacaattcgaatcagc 11239927  T
Q  301 ccgaccgtttcgtgaaatggaacaacagaaatcacgttgactacattcttaatgttgatgg 361  Q
    ||||||| || || |||| ||||| || |||||| |  ||| |||||||||||||||||||    
T  11239928 ccgaccgctttgttaaattgaacagcataaatcatgaggaccacattcttaatgttgatgg 11239988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 83; Significance: 4e-39; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 435
Target Start/End: Original strand, 46830867 - 46831301
Alignment:
Q  1 aagatgaaaccttcctgcactttgtcagggactgtcatttttctagaagcatatggcagaaaattgggtttataggtaatgatttcttcacagctacatc 100  Q
    |||||||||||||  |||| | |||||||||||||  ||||||||    ||| |||||||||||||| |||| | |||| |||||| ||||| || |  |    
T  46830867 aagatgaaacctttatgcattgtgtcagggactgttgtttttctaaggacatctggcagaaaattggttttacaagtaacgatttcgtcacaactgctac 46830966  T
Q  101 agctcacgattggatcaagatcggcatgtctggctcccttccgaatatccttttcgctggcctttggtgggtttggagacatcgtaacttaatgtgcctt 200  Q
    | || | |||||||| ||| | || || |||||||| | | | | |||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  46830967 aacttatgattggataaagcttggtatttctggctcacgttctagtatctttttagccggcctttggtgggtttggagacaccgtaacttaatgtgcctt 46831066  T
Q  201 aataatgaaaacatgtctctcattcggctgtgcaacaatgtcgtttcagcagctgcagatatcaattcggcctttgatagtgaggaaaatgtgaatcatt 300  Q
    ||||||||||   ||||| |  ||||| ||||||||||  || ||||||||||||  |    ||| ||||| ||  |  |||| ||||||     |||||    
T  46831067 aataatgaaactttgtctttatttcggttgtgcaacaacatcatttcagcagctgatgcagccaactcggcattcaacggtgaagaaaatccccctcatt 46831166  T
Q  301 ccgaccgtttcgtgaaatggaacaacagaaatcacgttgactacattcttaatgttgatggcagctgcttaggcactccttcccgcaccggttacagtag 400  Q
    | ||||| || |||||||||||||| ||||| |||   || | ||||||||||||||||||||||||| | || || ||| | |||||||||||| || |    
T  46831167 cagaccgattggtgaaatggaacaatagaaaccaccaagatttcattcttaatgttgatggcagctgcattggaacccctccacgcaccggttacggtgg 46831266  T
Q  401 tattctccgtaatagtgcaggcttgttcatctcag 435  Q
    | | ||||| ||||||||||| ||||| |||||||    
T  46831267 tgtcctccgcaatagtgcaggtttgtttatctcag 46831301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 162 - 422
Target Start/End: Original strand, 48953130 - 48953390
Alignment:
Q  162 ctttggtgggtttggagacatcgtaacttaatgtgccttaataatgaaaacatgtctctcattcggctgtgcaacaatgtcgtttcagcagctgcagata 261  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  || | |||||||||||  ||  | || || | |  |  |    
T  48953130 ctttggtgggtttggcgacatcgaaacttaatgtgccttaataatgaaaacttgtccctattttgactgtgcaacaacatcactgcatcatcagatgcaa 48953229  T
Q  262 tcaattcggcctttgatagtgaggaaaatgtgaatcattccgaccgtttcgtgaaatggaacaacagaaatcacgttgactacattcttaatgttgatgg 361  Q
    ||||||| || ||||  ||||| |  |||  ||   |||| ||||| || || ||||||||||||||||| |||   || ||||||||||||||||||||    
T  48953230 tcaattcagcttttggaagtgaaggtaattcgacaaattcagaccgctttgtcaaatggaacaacagaaaccaccaagattacattcttaatgttgatgg 48953329  T
Q  362 cagctgcttaggcactccttcccgcaccggttacagtagtattctccgtaatagtgcaggc 422  Q
    || | |||||||  ||||| ||||||| |||||  ||||| ||||||| ||||| ||||||    
T  48953330 caaccgcttaggatctcctccccgcactggttatggtagtgttctccgcaatagcgcaggc 48953390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 162 - 385
Target Start/End: Original strand, 8684316 - 8684539
Alignment:
Q  162 ctttggtgggtttggagacatcgtaacttaatgtgccttaataatgaaaacatgtctctcattcggctgtgcaacaatgtcgtttcagcagctgcagata 261  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||  ||||||||||||| ||  ||  || ||| ||| | ||||    
T  8684316 ctttggtgggtttggagacatcgaaacttaatgtgccttaataatgagaatttgtctctatttcggctgtgcaataacatcactttagcggcttctgata 8684415  T
Q  262 tcaattcggcctttgatagtgaggaaaatgtgaatcattccgaccgtttcgtgaaatggaacaacagaaatcacgttgactacattcttaatgttgatgg 361  Q
    ||| |||||||||  |||||| ||| | |   | ||||   ||||| ||||||||||||||   ||||||||||   | |  |||| | |||||||||||    
T  8684416 tcacttcggccttccatagtgcggacactacaattcatgaagaccgcttcgtgaaatggaatggcagaaatcacaaaggcagcattatcaatgttgatgg 8684515  T
Q  362 cagctgcttaggcactccttcccg 385  Q
    ||||||| | || |||||||||||    
T  8684516 cagctgcattggaactccttcccg 8684539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 158 - 202
Target Start/End: Original strand, 4839599 - 4839643
Alignment:
Q  158 tggcctttggtgggtttggagacatcgtaacttaatgtgccttaa 202  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  4839599 tggcctctggtgggtttggagacatcgtaatttgatgtgccttaa 4839643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University