View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1804_low_2 (Length: 630)

Name: NF1804_low_2
Description: NF1804
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1804_low_2
NF1804_low_2
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (80-519)||(11501400-11501840)
chr5 (80-519)||(11516169-11516609)
chr5 (80-519)||(11523571-11524011)
chr5 (77-519)||(11561931-11562374)
chr5 (80-519)||(11508797-11509236)
chr5 (80-519)||(11530983-11531422)
chr5 (76-519)||(11538447-11538892)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (196-516)||(17613677-17613992)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (264-514)||(11011259-11011512)
chr2 (517-566)||(28782027-28782076)
chr2 (553-597)||(28782146-28782190)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (194-516)||(40492177-40492500)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (194-505)||(35602168-35602483)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 80 - 519
Target Start/End: Original strand, 11501400 - 11501840
Alignment:
Q  80 tgctactaaaacattagcctatataacataccaatacatggacatctaacatgacnnnnnnncagccataacctcaccctgaaaaaccacgccaacagaa 179  Q
    |||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||       || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11501400 tgcttctaaaacattagcctatag--cataccaatacatggacatctaacatgaccaaaaaacaaccataacctcaccctgaaaaaccacgccaacagaa 11501497  T
Q  180 gggccctcttcaagctatctaagaagacactcgcgaggattccaacaccattcaaaaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaagctccaagacc 279  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11501498 gggccctctccaagctatctaataagacactcgcggggattccaacaccattcataaagcaagctcggcccaatcttaagcctatgcaaactccaagacc 11501597  T
Q  280 aagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaatcacccacaaagtcgc 379  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11501598 aagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatttcatttctcaccttccaaatcacccacaaagtcgc 11501697  T
Q  380 atgccaaattaaccaaaaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaatta 476  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11501698 atgccaaattaaccaaaaaccttgtcggagttttctagtggacacctctttcgaccaacattccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaatta 11501797  T
Q  477 caattaagccaacacattaactttttccaaaccctttgtatct 519  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11501798 caattaagccaactcattaactttttccaaaccctttgtatct 11501840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 80 - 519
Target Start/End: Original strand, 11516169 - 11516609
Alignment:
Q  80 tgctactaaaacattagcctatataacataccaatacatggacatctaacatgacnnnnnnncagccataacctcaccctgaaaaaccacgccaacagaa 179  Q
    |||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||       || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11516169 tgcttctaaaacattagcctatag--cataccaatacatggacatctaacatgaccaaaaaacaaccataacctcaccctgaaaaaccacgccaacagaa 11516266  T
Q  180 gggccctcttcaagctatctaagaagacactcgcgaggattccaacaccattcaaaaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaagctccaagacc 279  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11516267 gggccctctccaagctatctaataagacactcgcggggattccaacaccattcataaagcaagctcggcccaatcttaagcctatgcaaactccaagacc 11516366  T
Q  280 aagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaatcacccacaaagtcgc 379  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11516367 aagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatttcatttctcaccttccaaatcacccacaaagtcgc 11516466  T
Q  380 atgccaaattaaccaaaaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaatta 476  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11516467 atgccaaattaaccaaaaaccttgtcggagttttctagtggacacctctttcgaccaacattccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaatta 11516566  T
Q  477 caattaagccaacacattaactttttccaaaccctttgtatct 519  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11516567 caattaagccaactcattaactttttccaaaccctttgtatct 11516609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 80 - 519
Target Start/End: Original strand, 11523571 - 11524011
Alignment:
Q  80 tgctactaaaacattagcctatataacataccaatacatggacatctaacatgacnnnnnnncagccataacctcaccctgaaaaaccacgccaacagaa 179  Q
    |||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||       || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11523571 tgcttctaaaacattagcctatag--cataccaatacatggacatctaacatgaccaaaaaacaaccataacctcaccctgaaaaaccacgccaacagaa 11523668  T
Q  180 gggccctcttcaagctatctaagaagacactcgcgaggattccaacaccattcaaaaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaagctccaagacc 279  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11523669 gggccctctccaagctatctaataagacactcgcggggattccaacaccattcataaagcaagctcggcccaatcttaagcctatgcaaactccaagacc 11523768  T
Q  280 aagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaatcacccacaaagtcgc 379  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11523769 aagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatttcatttctcaccttccaaatcacccacaaagtcgc 11523868  T
Q  380 atgccaaattaaccaaaaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaatta 476  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11523869 atgccaaattaaccaaaaaccttgtcggagttttctagtggacacctctttcgaccaacattccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaatta 11523968  T
Q  477 caattaagccaacacattaactttttccaaaccctttgtatct 519  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11523969 caattaagccaactcattaactttttccaaaccctttgtatct 11524011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 77 - 519
Target Start/End: Original strand, 11561931 - 11562374
Alignment:
Q  77 aactgctactaaaacattagcctatataacataccaatacatggacatctaacatgacnnnnnnncagccataacctcaccctgaaaaaccacgccaaca 176  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||       || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11561931 aactgcttctaaaacattagcctatag--cataccaatacatggacatctaacatgaccaaaaaacaaccataacctcaccctgaaaaaccacgccaaca 11562028  T
Q  177 gaagggccctcttcaagctatctaagaagacactcgcgaggattccaacaccattcaaaaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaagctccaag 276  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11562029 gaagggccctctccaagctatctaagaagacactcgcggggattccaacaccattcataaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaaactccaag 11562128  T
Q  277 accaagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaatcacccacaaagt 376  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11562129 accaagataaaaatttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatttcatttctcaccttccaaatcacccacaaagt 11562228  T
Q  377 cgcatgccaaattaaccaaaaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaa 473  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  11562229 cgcatgccaaattaaccaaaaaccttgtcggagttttctagtggacacctctttcgaccaacattccaaatgcaccaaaagattatcatgaacaataaaa 11562328  T
Q  474 ttacaattaagccaacacattaactttttccaaaccctttgtatct 519  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11562329 ttacaattaagccaactcattaactttttccaaaccctttgtatct 11562374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 80 - 519
Target Start/End: Original strand, 11508797 - 11509236
Alignment:
Q  80 tgctactaaaacattagcctatataacataccaatacatggacatctaacatgacnnnnnnncagccataacctcaccctgaaaaaccacgccaacagaa 179  Q
    |||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||       || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11508797 tgcttctaaaacattagcctatag--cataccaatacatggacatctaacatgaccaaaaaacaaccataacctcaccctgaaaaaccacgccaacagaa 11508894  T
Q  180 gggccctcttcaagctatctaagaagacactcgcgaggattccaacaccattcaaaaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaagctccaagacc 279  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  11508895 gggccctctccaagctatctaataagacactcgcggggattccaacaccattcataaagcaagctcggcccaatcttaagc-tatgcaaactccaagacc 11508993  T
Q  280 aagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaatcacccacaaagtcgc 379  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11508994 aagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatttcatttctcaccttccaaatcacccacaaagtcgc 11509093  T
Q  380 atgccaaattaaccaaaaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaatta 476  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11509094 atgccaaattaaccaaaaaccttgtcggagttttctagtggacacctctttcgaccaacattccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaatta 11509193  T
Q  477 caattaagccaacacattaactttttccaaaccctttgtatct 519  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11509194 caattaagccaactcattaactttttccaaaccctttgtatct 11509236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 80 - 519
Target Start/End: Original strand, 11530983 - 11531422
Alignment:
Q  80 tgctactaaaacattagcctatataacataccaatacatggacatctaacatgacnnnnnnncagccataacctcaccctgaaaaaccacgccaacagaa 179  Q
    |||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||       || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11530983 tgcttctaaaacattagcctatag--cataccaatacatggacatctaacatgaccaaaaaacaaccataacctcaccctgaaaaaccacgccaacagaa 11531080  T
Q  180 gggccctcttcaagctatctaagaagacactcgcgaggattccaacaccattcaaaaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaagctccaagacc 279  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  11531081 gggccctctccaagctatctaataagacactcgcggggattccaacaccattcataaagcaagctcggcccaatcttaagc-tatgcaaactccaagacc 11531179  T
Q  280 aagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaatcacccacaaagtcgc 379  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11531180 aagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatttcatttctcaccttccaaatcacccacaaagtcgc 11531279  T
Q  380 atgccaaattaaccaaaaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaatta 476  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11531280 atgccaaattaaccaaaaaccttgtcggagttttctagtggacacctctttcgaccaacattccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaatta 11531379  T
Q  477 caattaagccaacacattaactttttccaaaccctttgtatct 519  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11531380 caattaagccaactcattaactttttccaaaccctttgtatct 11531422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 76 - 519
Target Start/End: Original strand, 11538447 - 11538892
Alignment:
Q  76 caactgctactaaaacattagcctatataacataccaatacatggacatctaacatgacnnnnnnncagccataacctcaccctgaaaaaccacgccaac 175  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||       || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11538447 caactgcttctaaaacattagcctatag--cataccaatacatggacatctaacatgaccaaaaaacaaccataacctcaccctgaaaaaccacgccaac 11538544  T
Q  176 a---gaagggccctcttcaagctatctaagaagacactcgcgaggattccaacaccattcaaaaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaagctc 272  Q
    |   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11538545 actagaagggccctctccaagctatctaagaagacactcgcggggattccaacaccattcataaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaaactc 11538644  T
Q  273 caagaccaagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaatcacccaca 372  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||     
T  11538645 caagaccaagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatttcatttctcaccttccaaatcacccac- 11538743  T
Q  373 aagtcgcatgccaaattaaccaaaaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattattaggaacaat 469  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11538744 -agtcacatgccaaattaaccaaaaaccttgtcggagttttgtagtggacacctcattcgaccaacattccaaatgcaccaaaagattattaggaacaat 11538842  T
Q  470 aaaattacaattaagccaacacattaactttttccaaaccctttgtatct 519  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11538843 aaaattacaattatgccaactcattaactttttccaaaccctttgtatct 11538892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 105; Significance: 4e-52; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 196 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 17613992 - 17613677
Alignment:
Q  196 atctaagaagacactcgcgaggattccaacaccattcaaaaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaagctccaagaccaagataaaactttaat 295  Q
    ||||||||| ||| ||||  | |||||||||||||||| || |||| || || || ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| |||||    
T  17613992 atctaagaaaacattcgctggtattccaacaccattcataatacaaacttggaccgatcttaagcctatgcaagctccaagtccaagagataaccttaat 17613893  T
Q  296 attctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaatcacccacaaagtcgcatgccaaattaaccaa 395  Q
    ||||||||| |||||  |||| || || |||||||| |||||||| || || || || |||||| ||||||||||        ||| |||| ||||||||    
T  17613892 attctccactacctcaccaacctcaaaagtcccattattgaaaattatctctttcctcaccttcaaaatcaccca--------cattccaagttaaccaa 17613801  T
Q  396 aaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaattacaattaagccaacaca 492  Q
    |||| || ||  |||||  ||| |||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||| |||||||||||    
T  17613800 aaacattgtctaagttttttagaggacacctctttcggccaacattccaaatgcaccaaaagattatttgggacaataaaataacaatgaagccaacaca 17613701  T
Q  493 ttaactttttccaaaccctttgta 516  Q
    | | ||||||||||||||||||||    
T  17613700 taagctttttccaaaccctttgta 17613677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 100; Significance: 4e-49; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 264 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 11011512 - 11011259
Alignment:
Q  264 tgcaagctccaagaccaagataaaactttaatattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaa 363  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||  | || ||||  || ||  | ||||||||||| || |||||||| ||  || ||||||    
T  11011512 tgcaagctccaaaaccaagatagaaccttaatcttctccactgcatcatcaaactcaaagataccattgttgaagattatatcattcctcgccatccaaa 11011413  T
Q  364 tcacccacaaagtcgcatgccaaattaaccaaaaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattatt 460  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  |||||  | | |||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||| |||    
T  11011412 tcacccacaaagacgcatgccaaattaaccaaaaaccttgtctaagttttttggaggacacctctttcgactaacattccaaatgcaccaaaagatcatt 11011313  T
Q  461 aggaacaataaaattacaattaagccaacacattaactttttccaaaccctttg 514  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  11011312 aggaacaataaaataacaatgaagccaacacataagctttttccacaccctttg 11011259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 517 - 566
Target Start/End: Original strand, 28782027 - 28782076
Alignment:
Q  517 tctttcaataatccgtccttacgtttttcacataacaaggttcacctttt 566  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28782027 tctttcaataatccgtccttacgtttttcacataataaggttcacctttt 28782076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 553 - 597
Target Start/End: Original strand, 28782146 - 28782190
Alignment:
Q  553 aaggttcacctttttaaagaaccacgttattgttgggaaacaaaa 597  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  28782146 aaggtttaccttttgaaagaaccaagttattgttgggaaaaaaaa 28782190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 194 - 516
Target Start/End: Original strand, 40492177 - 40492500
Alignment:
Q  194 ctatctaagaagacactcgcgaggattccaacaccattcaaaaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaagctccaagaccaagataaaacttta 293  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |  ||||| ||||| || ||||||| |||||||  || ||| |  |  || |||    
T  40492177 ctatcttagaagacattcgcgaggattccaacaccattcataaaatagactcggaccaatattgagcctatacaagctc--agtccatgcgagcacctta 40492274  T
Q  294 atattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaatcacccacaaagtcgcatgccaaattaacc 393  Q
    || || ||||||||||| |||||||| || |||||||| || || ||||| || || || |||||||||||||||||||| | | ||| |||||||| ||    
T  40492275 atcttttccaccacctcatcaacatcaaaagtcccattattaaatataatgtcgttcctcaccttccaaatcacccacaaggacacataccaaattagcc 40492374  T
Q  394 aaaaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaattacaattaagccaaca 490  Q
    |||| || |  |  |||||  ||| |||||||||| ||||||||   || |||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||||||    
T  40492375 aaaatccgtgcctaagttttttagaggacacctctatcgaccaacattctaaatgcacaaaaagattattaggaacaatgaaatcacaatggagccaaca 40492474  T
Q  491 cattaactttttccaaaccctttgta 516  Q
    ||| ||||||||||| || |||||||    
T  40492475 cataaactttttccatactctttgta 40492500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 66; Significance: 7e-29; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 194 - 505
Target Start/End: Original strand, 35602168 - 35602483
Alignment:
Q  194 ctatctaagaagacactcgcgaggattccaacaccattcaaaaaacaagctcggcccaatcttaagcctatgcaagctccaagaccaagataaaacttta 293  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| || ||||| || || ||||| |||||||||||||||  |||    |  ||||||    
T  35602168 ctatctaagaagacattcgcgcggattccaacaccattcataaaataaactcggaccgattttaagtctatgcaagctccaaatccacacaagcacttta 35602267  T
Q  294 atattctccaccacctcctcaacatcgaacgtcccattgttgaaaataatatcatttctgaccttccaaatcacccacaaagtcgcatgccaaatta-ac 392  Q
    || ||||| |||||||| || || || || | |||||| || || || || ||||| || |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  |    
T  35602268 atcttctctaccacctcatcgacttcaaaagacccattattaaagatgatgtcattcctcaccttccaaatcacccacaaggacgcatgccaaattagtc 35602367  T
Q  393 caaaaaccttatcggagtttactagtggacacctctttcgaccaa---tccaaatgcaccaaaagattattaggaacaataaaattacaattaagccaac 489  Q
     ||||||| |  |  |||||  ||| |||||||||  ||||||||   ||||||||||| |||||||||| ||  ||||| |||| ||| |  |||||||    
T  35602368 aaaaaaccatccctaagtttcttagaggacacctcaatcgaccaacattccaaatgcacaaaaagattatcagagacaatgaaataacattagagccaac 35602467  T
Q  490 acattaactttttcca 505  Q
    |||| | |||||||||    
T  35602468 acataagctttttcca 35602483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University