View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18053_low_3 (Length: 727)

Name: NF18053_low_3
Description: NF18053
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18053_low_3
NF18053_low_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-711)||(7810625-7811347)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 593; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 593; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 711
Target Start/End: Original strand, 7810625 - 7811347
Alignment:
Q  1 gtatgcataatacgttaaccgtaatatagtaatctagcttatgacttaatttaattagttcattaagatatatagttacttgcgaaacaagtaaagtaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7810625 gtatgcataatacgttaaccgtcatatagtaatctagcttatgacttaatttaattagttcattaagatatatagttacttgcgaaacaagtaaagtaac 7810724  T
Q  101 tagttaaactccatagttgtattttgttgta----------------ttgtggacaatatttaaaggcattatatggttaataagatgagtgaaatcaag 184  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7810725 tagttaaactccatagttgtattttgttgtagttgtattttgttgtattgtggacaatatttaaaggcattatatggttaataagatgagtgaaatcaag 7810824  T
Q  185 tttgattttaacaattggtattagagtctggttgaggattcaacctagagaaccaaaataacttatataagttttcagtttgcaagtttgttacacatgc 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7810825 tttgattttaacaattggtattagagtctggttgaggattcaacctagagaaccaaaataacttatataagttttcagtttgcaagtttgttacacatgc 7810924  T
Q  285 aatctcaaagattgttctttctcaatctttttcatgaaacaatggaggaatcatgcaactttatgcaacttgcagttccattatttgatggcttctatga 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7810925 aatctcaaagattgttctttctcaatctttttcatgaaacaatggaggaatcatgc----------aacttgcagttccattatttgatggcttctatga 7811014  T
Q  385 tcatttggaaaagttactggagatcttgcttcactacaaggaatatttgagtttgattgagaaaggtgttgtcaaggcgtcatcggagcaactcaagaac 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7811015 tcatttggaaaagttactggagatcttgcttcactacaaggaatatttgagtttgattgagaaaggtgttgtcaaggcgtcatcggagcaactcaagaac 7811114  T
Q  485 aacaaaagttag-----tagatgagagcaagttgaaggatttgaggccaagaattatcgttttcaagagaatgataaatcaaccttggagctgcc-aaag 578  Q
    ||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7811115 aacaaaagttaggagatgagatgagagcaagttgaaggatttgaggccaaaaattattgttttcaagagaatgataaatcaaccttggagctgccaaaag 7811214  T
Q  579 acatttgagattatatgcccaataaatattaaggctccaccaaggtcaaacgagcatagttgcatgcctcgagtacttcatttcataaattttggaaaaa 678  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7811215 acatttgagattatatgcccaataaatattaaggctccaccaaggtcaaacgagcatagttgcatgtctcgagtacttcatttcataaattttggaaaaa 7811314  T
Q  679 caatgttggttttctcctaactaacttgctttc 711  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7811315 caatgttggttttctcctgactaacttgctttc 7811347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University