View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF18054_low_1 (Length: 1029)
Name: NF18054_low_1
Description: NF18054
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18054_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 853; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 853; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 1013
Target Start/End: Complemental strand, 180200 - 179209
Alignment:
| Q |
15 |
cataggaagcaaaggagatgatgtcagcctctgtcatggaggagagaagaagattgatgattagctgatcaagagtgaaccactttgtgtattcaggatt |
114 |
Q |
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| T |
180200 |
cataggaagcaaaggagatgatgtcagcctttgtcatggaggagagaagaagattgatgattagctgatcaagagtgaaccactttgtgtattcaggatt |
180101 |
T |
|
| Q |
115 |
gggagcatagacaccattgttgataatagtttctgtttgaattggtgtggttccgtctatgtgacccata-cttcgataccagcaagcagggtagtgact |
213 |
Q |
| |
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|
|
| T |
180100 |
gggagcatagacaccgttgttgataatagtttctgtttgaattggtgtggttccgtctatgtgacccataacttcgataccagcaagcagggtagtgact |
180001 |
T |
|
| Q |
214 |
tgacgtttccaagcacgaaaatttttgcgagacaatttgaacttgattgaggcatttagaataagatatgatttggtgttggaagggttggtggccatgt |
313 |
Q |
| |
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| T |
180000 |
tgacgtttccaagcacgaaaatttttgctagacaatttgaacgtgattgaggcatttagaataagatatgatttggtgttggaagggttggtggccatgt |
179901 |
T |
|
| Q |
314 |
tgttgaaaataggatcgtatggtgttgttaagcttcaagaaaatctgataccatataagagtttgaatataagagtttgaatggcaattgtattcaatta |
413 |
Q |
| |
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|
| T |
179900 |
tgttgaaaataggatcttatggtgctgttaagcttcaagaaaatctgataccatataagagtttgaatataagagttg---------ttgtattgaatta |
179810 |
T |
|
| Q |
414 |
tgtattg-tgatacatgtatttaagtacaacgatatgcctcgacattaagagataactacctagcttattttatggtaacaactttatctacaaacaaac |
512 |
Q |
| |
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| T |
179809 |
tgtattgctgatacatgtatttaagtacaacgatatgccttagcattaagagataactacctagcttattttatggtaacaactttatctacaaacaaac |
179710 |
T |
|
| Q |
513 |
agctgtgcaattcaaatttgaaataataactagagatatgtattgagtgtatgacagatcactatccttaacattaagattattttgttggtctaacagt |
612 |
Q |
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| T |
179709 |
agctatgcaattcaaatttgaaataataacaagagatatgtattgagcgtatgacagatcactatccttaacgttaggattattttgttggtgtaacagt |
179610 |
T |
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| Q |
613 |
aaaaatggaataaactattttagagaagacatataattgagattctaaactatttttgttaggttataacatgattaatgaaacatataattgcattgag |
712 |
Q |
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| T |
179609 |
aaaaatggaataaactattttagagaagacatataactgagattctaaactatttttgttaggttataacatgattaatgaaacatataattgcattgag |
179510 |
T |
|
| Q |
713 |
ttgttgaagtaagcaatcaccctagaccttcttgatgattgcttttgacatatactaaatttaagactatattctaaaatatctttagtagtacggctta |
812 |
Q |
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|
| T |
179509 |
tttttgaagtaagcaatcaccctagaccttcttgatgattgcttttgacatatactaaatttaagactatattctaaaatatctttagtagcacgggtta |
179410 |
T |
|
| Q |
813 |
catgattttagtttctctatattttccaaagcatgcacactataagattttagttttgcaaaaaacttttttcatatgagatggcacacactatagaaaa |
912 |
Q |
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|
| T |
179409 |
catgattttagtttctccatattttccaaagcatgcacactataagattttagttttgccaaaaacttttttcatatgagatggcacacactatagaaaa |
179310 |
T |
|
| Q |
913 |
ttgatgatcgtgcaaattttcattcaagagaatgatgaacatagaaattgttcaacaagaaatcacaagcggaagaaaatttacatagagattattgaag |
1012 |
Q |
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|
|
| T |
179309 |
ttgatgatcgtgcaaattttcattcaagaggatgatgaacatagaaattgttcaacaagaaatcacaagcggaagaaaattgacatagagattattgaag |
179210 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 1700584 - 1700025
Alignment:
| Q |
15 |
cataggaagcaaaggagatgatgtcagcctctgtcatggaggagagaagaagattgatgattagctgatcaagagtgaaccactttgtgtattcaggatt |
114 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
1700584 |
cataggaagcaaaggagatgctgtcagcctctgtcatggaggagagaagaagattgatgattagctgatcaagagtgaaccactttgtgtaatcaggatt |
1700485 |
T |
|
| Q |
115 |
gggagcatagacaccattgttgataatagtttctgtttgaattggtgtggttccgtctatgtgacccat-acttcgataccagcaagcagggtagtgact |
213 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
1700484 |
gggagcagagacaccgttgttgataatagtttctgtttgaattggtgtggttccgtctatgtgacccataacttcgataccagcaagcagggtagtgact |
1700385 |
T |
|
| Q |
214 |
tgacgtttccaagcacgaaaatttttgcgagacaatttgaacttgattgaggcatttagaataagatatgatttggtgttggaagggttggtggccatgt |
313 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1700384 |
tgacgtttccaagcacggaaatttttgcgagacagtttgaacgtgattgaggcatttagaataagagatgatttggtgttggaagggttggtggcca--- |
1700288 |
T |
|
| Q |
314 |
tgttgaaaataggatcgtatggtgttgttaagcttcaagaaaatctgataccatataagagtttgaatataagagtttgaatggcaattgtattcaatta |
413 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
1700287 |
tgttgaaaataggatcgtgtagtgctgttaagcttcaagaaaatctgatacc--------------atataagagtttgaatggcaattgtttttaatta |
1700202 |
T |
|
| Q |
414 |
tgtattg-tgatacatgtatttaagtacaacgatatgcctcgacattaagagataactacctagcttattttatggtaacaactttatctacaaacaaac |
512 |
Q |
| |
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|
|
| T |
1700201 |
tgtattgctgatacatgtatttaagtacaacgatatgccttggcattaagagataactacctagcttattttatggtaacagctttatct----acaaac |
1700106 |
T |
|
| Q |
513 |
agctgtgcaattcaaatttgaaataataactagagatatgtattgagtgtatgacagatcactatccttaacattaagattattttgttg |
602 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
1700105 |
agctgtgcaattcaaatttgaaataataacaagagata---------tgtatgacagatcactatccttaacattaggattattttgttg |
1700025 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 381 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 1704652 - 1704443
Alignment:
| Q |
381 |
tataagagtttgaatggcaattgtattcaattatgtattg-tgatacatgtatttaagtacaacgatatgcctcgacattaagagataactacctagctt |
479 |
Q |
| |
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|
|
| T |
1704652 |
tataagagtttgaatggcaattgtttttaattatgtattgctgatacatgtatttaagtacaacgatatgccttggcattaagagataactacctagctt |
1704553 |
T |
|
| Q |
480 |
attttatggtaacaactttatctacaaacaaacagctgtgcaattcaaatttgaaataataactagagatatgtattgagtgtatgacagatcactatcc |
579 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1704552 |
attttatggtaacagctttatctaca----aacagctgtgcaattcaaatttgaaataataacaagagata---------tgtatgacagatcactatcc |
1704466 |
T |
|
| Q |
580 |
ttaacattaagattattttgttg |
602 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
1704465 |
ttaacattaggattattttgttg |
1704443 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 381 - 602
Target Start/End: Original strand, 20613285 - 20613493
Alignment:
| Q |
381 |
tataagagtttgaatggcaattgtattcaattatgtattg-tgatacatgtatttaagtacaacgatatgcctcgacattaagagataactacctagctt |
479 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20613285 |
tataagagtttgaatggcaattgttttta-ttatgtattgctgatacatgtatttaagtacaacgatatgccttggcattaagagataactacctagctt |
20613383 |
T |
|
| Q |
480 |
attttatggtaacaactttatctacaaacaaacagctgtgcaattcaaatttgaaataataactagagatatgtattgagtgtatgacagatcactatcc |
579 |
Q |
| |
|
||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20613384 |
attatatggtaacagctttatct----acaaacagctgtgcaattcaaatttgaaataataacaagagata---------tgtatgacagatcactatcc |
20613470 |
T |
|
| Q |
580 |
ttaacattaagattattttgttg |
602 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
20613471 |
ttaacattaggattattttgttg |
20613493 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 564 - 614
Target Start/End: Original strand, 20625212 - 20625262
Alignment:
| Q |
564 |
tgacagatcactatccttaacattaagattattttgttggtctaacagtaa |
614 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20625212 |
tgacagatcactatccttaacattaggattattttgttggtctaacagtaa |
20625262 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 135; Significance: 8e-70; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 381 - 610
Target Start/End: Original strand, 35919911 - 35920125
Alignment:
| Q |
381 |
tataagagtttgaatggcaattgtattcaattatgtattg-tgatacatgtatttaagtacaacgatatgcctcgacattaagagataactacctagctt |
479 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35919911 |
tataagagtttgaatggcaattgtttt-aattatgtattgctgatacatgtatttaagtacaacgatatgccttggcattaagagataactacctagctt |
35920009 |
T |
|
| Q |
480 |
attttatggtaacaactttatctacaaacaaacagctgtgcaattcaaatttgaaataataactagagatatgtattgagtgtatgacagatcactatcc |
579 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35920010 |
attctatggtaacaactttatct----acaaacagctgtgcaattcaaatttgaaataataac--gagata---------tgtatgacagatcactatcc |
35920094 |
T |
|
| Q |
580 |
ttaacattaagattattttgttggtctaaca |
610 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35920095 |
ttaacattaggattattttgttggtctaaca |
35920125 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 15 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 3540350 - 3540258
Alignment:
| Q |
15 |
cataggaagcaaaggagatgatgtcagcctctgtcatggaggagagaagaagattgatgattagctgatcaagagtgaaccactttgtgtatt |
107 |
Q |
| |
|
||||||| ||||| || || |||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||| || || |||| ||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
3540350 |
cataggaggcaaatgatatactgtctgcttctgtcataaaggagataagaagattgatgatgagttggtcaatagtgaaccaatttgtgtatt |
3540258 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 41; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 5399353 - 5399261
Alignment:
| Q |
15 |
cataggaagcaaaggagatgatgtcagcctctgtcatggaggagagaagaagattgatgattagctgatcaagagtgaaccactttgtgtatt |
107 |
Q |
| |
|
||||||| ||||| || || |||| || |||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
5399353 |
cataggaggcaaatgatatactgtctgcttctgtcatagaggagataagaagattgatgatgagttgatcaatagtgaaccaatttgtgtatt |
5399261 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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