View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18055_low_1 (Length: 767)

Name: NF18055_low_1
Description: NF18055
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18055_low_1
NF18055_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-752)||(2788171-2788902)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 597; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 597; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 2788902 - 2788171
Alignment:
Q  18 gatttcatacttgaatgcatagaagaacatatgtcaaaagagtcaatcccctaaatgaatcttaatgtaatcagagatacgtatagtggttatagaatat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2788902 gatttcatacttgaatgcatagaagaacatatgtcaaaagagtcaatcccgtaaatgaatcttaatgtagtcagagatacgtatagtggttatagaatat 2788803  T
Q  118 gaatttttagctttaaaaaatttcatcattcaaacagttacaaatctagaccattcattcaagattatataactcaatttataatatagataaacgatat 217  Q
    ||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2788802 gaattgtttggtttaaaaaatttcatcattcaaacagttacaaatctagaccattcattcaagattatatgactcaatttataatatagataaacaatat 2788703  T
Q  218 ttaaagatgtataaaaatctccaaaatctcatagtttgatcttaattagacaatcataattcgcttattcatgaatgtttgaattccctaaccacaagcg 317  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2788702 ttaaaggtgtataaaaatccccaaaatctcatagtttgatcttaattagacggtcatgattcgcttatttatgaatgtttgaattccctaaccacaagcg 2788603  T
Q  318 tctagatttgtggttatgagtgtgttatgcctattattatattatacatgctaaaatatagcattatctttttatagtataacaccacatccacatgttg 417  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  | | ||   ||||||||||    
T  2788602 tctaaatttgtggttatgagtgtgttatgtctattattatattatacaagctaaaatatagcatcatctttttatagtagtataaca---ccacatgttg 2788506  T
Q  418 cattcaagatattgcaacaatcaagaatcagtcaaattcacctcnnnnnnnnnnnntaatcagtcaaattgtacggataagacataatttgaaattttta 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2788505 cattcaagatattgcaacaatcaagaatcagtcaaattcacctcaaaaaagaaaaataatcagtcaaattgtacggataagacataatttgaaaatttta 2788406  T
Q  518 tttactatatttgcatttaaaagctaaatgaatggtgaccataatcttaaaagttaaaaccaaacaaaacaatttgttatccagaactatacctaatttc 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2788405 tttactatatttgcatttaaaagctaaatgaatggtgaccataatcttaaaagttaaaaccaaacaaaacaatttgttatccagaactatacctaatttc 2788306  T
Q  618 tctctccaaatcaaaaagacttatatgatcaagttgaaaacaattgttgaaggaaaaagtgttacacaaacatatccaaagaacaaggaaaaattcaatt 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2788305 tctctccaaatcaaaaagacttatatgatcaagttgaaaacaattgttgaaggaaaaagtgttacacaaacatatccaaagaacaaggaaaaattcaatt 2788206  T
Q  718 catcatgaacacattgcaaagatcttcatgttcat 752  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2788205 catcatgaacacattgcaaagatcttcatgttcat 2788171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University