View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18058_low_1 (Length: 889)

Name: NF18058_low_1
Description: NF18058
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18058_low_1
NF18058_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-873)||(42258124-42258974)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 648; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 648; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 873
Target Start/End: Original strand, 42258124 - 42258974
Alignment:
Q  13 cagcacagaagatgttaagagttgaggagtgattcttcaacaacgaattttttgttaacaaacttgttcctttttagttttctctttccttctctttagc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42258124 cagcacagaagatgttaagagttgaggagtgattcttcaacaacgaattttttgttaacaaacttgttcctttttagttttctctttccttctctttagc 42258223  T
Q  113 aaaatgcttgtccctgctttacatatggctgtggggttgaaacaaaatttattaaaactaatttgtttgctaaaggcctaaagtcacataccttaaagtc 212  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42258224 aaa-tgcttgtccctactttacatatggctgtggggttgaaacaaaatttattaaaactaatttgtttgctaaaggcctaaagtcacataccttaaagtc 42258322  T
Q  213 tttaaactgcttcaaataactgtttattgattctgatggtgcttataacagtttattgtaaagttaaagggaaattagcactgatttttatagtatagt- 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  42258323 tttaaactgcttcaaataactgtttattgattctgatggtgcttataacagtttattgtaaagttaaagggaaattagcactgatttttatagtatagtg 42258422  T
Q  312 ---atatatattattttgttaaagattatagtagcattaatttaaaggacaacatggtttgaaatgacaaaataacatcatagcagtaacagtttggtca 408  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42258423 tatatatatattattttgttaaagattatagtagcattaatttaaaggacaacatggtttgaaatgacaaaataacatcatagcagtgacagtttggtca 42258522  T
Q  409 atgaaattgttagcttagcatctacgtcttagattaggagttgaatctagcataatcaagtgaattcgtagattggtttgaatcctatacaaaaattaca 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42258523 atgaaattgttagcttagcatctacgtcttagattaggagttgaatctagcataatcaagtgaattcgtagattggtttgaatcctatacaaaaattaca 42258622  T
Q  509 gtgtaaagcacaaataaagttttgatttgaacaagaaacttaacctcaatttcctatatagtaaaatnnnnnnnaagttttaaactaaggtaaactttga 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    | ||   |  |         |||||||||||||||||||||||||    
T  42258623 gtgtaaagcacaaataaagttttgatttgaacaagaaacttaacctcaattagtcaaattccaccacccccg---agttttaaactaaggtaaactttga 42258719  T
Q  609 tacataaaacatgtcatttaaaatgagctcaaaatatgcaatgactaaaaatttaacaaatctgactagatatctnnnnnnnn-------cttggtatca 701  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||||||||||               ||||||||||    
T  42258720 tacataaaacatgacatttaaaatgagctcaaaa-----------------tttaacaaatctgactagatatctaaaaaaaaaaaaaaacttggtatca 42258802  T
Q  702 tcaagtttaaatccgagtttagtgagttgagatttaagcatatgcttacaaatattcttattagcagagtaatttttatagactaactatatacatattc 801  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42258803 tcaagtttaaatccgagtttagtgagttgagatttaagcatatgcttacaaatattcttattagcagagtaatttttatagactaactatatacatattc 42258902  T
Q  802 tcctcacactactattatatgcttaagcaccaagtcaacccatattgggttattgatcacatcagtactact 873  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42258903 tcctcacactattattatatgcttaagcaccaagtcaacccatattgggtaattgatcacatcagtactact 42258974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University