View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18061_low_1 (Length: 661)

Name: NF18061_low_1
Description: NF18061
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18061_low_1
NF18061_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (14-646)||(38709547-38710179)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 565; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 565; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 646
Target Start/End: Original strand, 38709547 - 38710179
Alignment:
Q  14 ggacatcatctctttttattataccatgaactaatacttctaaaagatatcgattgcacccatgaactaatacttcgaaaggtatttaattgatccatgt 113  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38709547 ggacatcatttctttttattataccatgaactaatacttctaaaagatatcgattgcacccatgaactaatacttcgaaaggtatttaattgatccatgt 38709646  T
Q  114 gtacttctaaagcatataaatgaccaataaacctaatgccttaagattttgattgaatgtagtatctgcaatggtaggtggtctgggaacctctattttc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38709647 gtacttctaaagcatataaatgaccaataaacctaatgccttaagattttgattgaatgtggtatctgcaatggtaggtggtctgggaacctctattttc 38709746  T
Q  214 ctggcaaaattctttatgagatcaactaaatccattttcttaaggactttaataaaccattctacaagagtcctctggtgaattactacacacttgtatg 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38709747 ctggcaaaattctttatgagatcaactaaatccattttcttaaggactttaataaaccattctacaagagtcctctggtgaattactacacacttctatg 38709846  T
Q  314 gtttcatggtgttgaacaactgttagtgggattaccacatcagatgttagatgttttagtgaagggttagtttgttcagaagtaggtg------agggac 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||      ||||||    
T  38709847 gtttcatggtgttgaacaactgttagtgggattaccacatcagatgttagatgttttagtgaagggttggtttgttcagaagtaggtgagggacagggac 38709946  T
Q  408 agggacagagtcagaaaccataccttgagctatctcaggtgctggcttctgagctgcctttgtttgtagcttatgagtgtccggccttgtcagcctctga 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38709947 agggacagagtcagaaaccataccttgagctatctcaggtgttagcttctgagctgcctttgtttgtagcttatgagtgtccggccttgtcagcctctga 38710046  T
Q  508 tgcgacattctttgatttgatataacaaactctaacacattgatgtgtgctggtggttcacgataaggagagaatgaaagagggacacatatatgtatac 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  38710047 tgcgacattctttgatttgatataacaaactctaacacattgatgtgtgctggtggttcacgataaggagagaatgaaagagggacacatatatgta--- 38710143  T
Q  608 atgtacaggctcaccataaaactggttcacgataaaact 646  Q
       ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38710144 ---tacaggctcgccataaaactggttcacgataaaact 38710179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University