View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18065_low_1 (Length: 895)

Name: NF18065_low_1
Description: NF18065
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18065_low_1
NF18065_low_1
[»] chr4 (27 HSPs)
chr4 (14-878)||(3956142-3957007)
chr4 (235-878)||(4008814-4009466)
chr4 (208-873)||(3933627-3934294)
chr4 (208-878)||(3920398-3921073)
chr4 (316-878)||(3800482-3801056)
chr4 (202-878)||(3985768-3986465)
chr4 (200-875)||(3808799-3809480)
chr4 (443-878)||(4024254-4024702)
chr4 (624-878)||(3816815-3817066)
chr4 (241-576)||(4001113-4001448)
chr4 (624-878)||(4217856-4218110)
chr4 (624-878)||(4001522-4001774)
chr4 (215-576)||(4217412-4217782)
chr4 (200-421)||(3816375-3816596)
chr4 (33-191)||(3985574-3985732)
chr4 (256-421)||(4024022-4024187)
chr4 (695-878)||(4018004-4018187)
chr4 (630-878)||(3963921-3964166)
chr4 (14-187)||(4023754-4023927)
chr4 (38-191)||(3816187-3816340)
chr4 (87-191)||(3800291-3800395)
chr4 (23-191)||(4217199-4217367)
chr4 (38-191)||(3808613-3808766)
chr4 (14-191)||(3921300-3921477)
chr4 (14-187)||(4000838-4001011)
chr4 (86-188)||(4008647-4008749)
chr4 (91-140)||(3934570-3934619)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (204-878)||(13396744-13397417)
chr5 (14-190)||(13396524-13396704)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 762; Significance: 0; HSPs: 27)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 762; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 878
Target Start/End: Complemental strand, 3957007 - 3956142
Alignment:
Q  14 taggtccaatttcacaagtttgtcaagagagaaaatagatggatggatgcttgtcaacccataacaaccttggatattcaatacattaagatttgtggct 113  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3957007 taggtccaatttcaaaagtttgtcaagagagaaaatagacggatggatgcttgtcaacccataacaaccttggatattcaatacattaagatttgtggct 3956908  T
Q  114 tttgaaaagtctggtatcaccttcaggaatcctgaatgtgagagtgtaacttcttttaaattaaccagatcctgctacnnnnnnnn-ttacgtaattaat 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||| ||||||||    
T  3956907 tttgaaaagtctggtatcaccttcaggaatcctgaatgtgagagtgtaacttcttttaaattaaccagatcctgctacaaaaaaaaattacataattaat 3956808  T
Q  213 ttataattctttgatttaaggtaaatttaatctagaagacacgtattcaattacctgcactccacaccaaagtttttccagtaggctacctgacaagtcc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3956807 ttataattctttgatttaaggtaaatttaatctagaagacacgtattcaattatctgcactccacaccaaagtttttccagtaggctacctgacaggtcc 3956708  T
Q  313 aatataacaagtttctctgcagaaaacttctcagagagtgattttagagggtaacatatccaatgaagatattttagatcagttggaaaatattgaatcc 412  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3956707 aatataacaagattctctgcagaaaacttctctgagagtgattttagagggtaacatatccaatgaagatattttagatcagttggaaaagattgaatcc 3956608  T
Q  413 cttcaggaatacgatccaaaccatctatgtcacgaaaatccaaaaactgcaggttggtcatcttatcaaatacattggggcttaacttcaggttcctact 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3956607 cttcaggaatacgatccaaaccatctatgtcacgaaaatccaaaaactgcaggttggtcatcttatcaaatacattggggcttaacttcagtttcctact 3956508  T
Q  513 tgctgacaagtctagacttatgcttctaatagcatcagtaccctgtcattaatgtaaaagaaaatcaaaatatttttcaccagaaagacaaatgttatct 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3956507 tgctgacaagtctagacttatgcttctaatagcatcagtaccctgtcattaatgtaaaagaaaatcaaaatatttttcaccagaaagacaaatgttatct 3956408  T
Q  613 aaaattgccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaagatctgataatcgactgcattttctagggtcttcactggattc 712  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3956407 aaaattgccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggattggataatcgactgcattttctagggtcttcactggattc 3956308  T
Q  713 ttgacgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttct 812  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3956307 ttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagatttatctttcaacctttct 3956208  T
Q  813 aacccaacaaccactgaattatcactttcaaaacctttcaataaaagtttcatgtaatccactttc 878  Q
    || |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3956207 aaaccaacagccactgcattatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttc 3956142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 235 - 878
Target Start/End: Original strand, 4008814 - 4009466
Alignment:
Q  235 aaatttaatctagaagacacgtattcaattacctgcactccacaccaaagtttttccagtaggctacctgacaagtccaatataacaagtttctctgcag 334  Q
    ||||||||||  ||||| || || |||||||||| ||||||| ||||||| ||||| | | |||||  ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  4008814 aaatttaatcaggaagatacatagtcaattaccttcactccataccaaagcttttctacttggctaaatgacaagtcaaatataacaagattctccgcag 4008913  T
Q  335 aaaacttctcagagagtgattttagagggtaacatatccaatgaagatattttagatcagttggaaaatattgaatcccttcaggaatacgatccaaacc 434  Q
    |||||||||  |  | |||||||||||||||||  ||||||  || |||| ||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| | |||||||||     
T  4008914 aaaacttctttggcaatgattttagagggtaactcatccaagaaatatatcttagatcagttggaaaagattgaatccctcgaggaaaaagatccaaaca 4009013  T
Q  435 atct--at-gt------cacgaaaatccaaaaactgcaggttggtcatcttatcaaatacattggggcttaacttcaggttcctacttgctgacaagtct 525  Q
     |||  || ||      || |||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| |||||  | ||||||||||||    
T  4009014 ttcttgatagtttccaccatgaaaatccaaaaatagcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctgatcgctgacaagtct 4009113  T
Q  526 agacttatgcttctaatagcatcagtaccctgtcattaatgtaaaagaaaatcaaaatatttttcaccagaaagacaaatgttatctaaaattgccaaat 625  Q
    | || ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  4009114 acacgtatgcttctaataacatcagtgccctgccattaatgtaaaagaaaatcaaaatactttttaccaaaatgacaaatgttatctaaaattgccaaat 4009213  T
Q  626 attttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaagatctgataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaacc 725  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| | ||||||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||    
T  4009214 atattttaccttgtcgtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccatagttgactgcattttataggatcttcactagattcttaacgaacaacc 4009313  T
Q  726 tcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaacca 825  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||    
T  4009314 tcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatattacattatcttcagaaattgttataagagctttatcttttaacctttctaacccaatagcca 4009413  T
Q  826 ctgaattatcactttcaaaacctttcaataaaagtttcatgtaatccactttc 878  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4009414 ctgcattatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgcaatccactttc 4009466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 208 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 3934294 - 3933627
Alignment:
Q  208 ttaatttataattctttgatttaaggtaaatttaatctagaagacacgtattcaattacctgcactccacaccaaagtttttccagtaggctacctgaca 307  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||     |||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| | | |||    |||    
T  3934294 ttaatttataattcattgaattaagataaatttaat-----agacacatattcaattacctgtactccacaccatagcttttccattcgactaagataca 3934200  T
Q  308 agtccaatataacaagtttctctgcagaaaacttctcagagagtgattttagagggtaacatatccaatgaagatattttagatcagttggaaaatattg 407  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||     
T  3934199 agtccaatataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaacatacccaatgaagatatctaagaccagttggaaaagattc 3934100  T
Q  408 aatcccttcaggaatacgatccaaac---catctatgtca---cgaaaatccaaaaactgcaggttggtcatcttatcaaatacattggggcttaacttc 501  Q
    || ||||| ||||| | ||||||||    |||| |  |||   | ||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||     
T  3934099 aagcccttgaggaaaaagatccaaatagtcatcaaaatcaacccaaaaattcaaaaattggaggttggtcatcttatcaaatacatgagggcttaacttt 3934000  T
Q  502 aggttcctacttgctgacaagtctagacttatgcttctaatagcatcagtaccctgtcattaatgtaaaagaaaatcaaaatat----ttttcaccagaa 597  Q
    || |||||| || || | ||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    |||| |||| ||    
T  3933999 agcttcctattttctaagaagtctacacgtatgcttctgatagcatcagaaccctgccattaatgtaaaagaaaatcaaaatatatactttttaccaaaa 3933900  T
Q  598 agacaaatgttatctaaaattgccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaagatctgataatcgactgcattttctagg 697  Q
     ||| | |||||||| ||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| | ||   ||||| |||  |||||||||||||||||| | |    
T  3933899 tgactattgttatctgaaaatgccatataatgtttaccttgtcatttttcaatacatcaaaaatgtcatcaacatcccataatcgactgcattttccaag 3933800  T
Q  698 gtcttcactggattcttgacgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagcttta 797  Q
    |||   ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3933799 gtc---actagattcttgccgaacaacctcccaacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagcttta 3933703  T
Q  798 tctttcaacctttctaacccaacaaccactgaattatcactttcaaaacctttcaataaaagtttcatgtaatcca 873  Q
    ||||||||| ||||||||||| || ||||  |||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||||||    
T  3933702 tctttcaacgtttctaacccaccagccacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatcca 3933627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 208 - 878
Target Start/End: Complemental strand, 3921073 - 3920398
Alignment:
Q  208 ttaatttataattctttgatttaaggtaaatttaatctagaagacacgtattcaattacctgcactccacaccaaagtttttccagtaggctacctgaca 307  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||     |||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| | | | |    |||    
T  3921073 ttaatttataattcattgaattaagataaatttaat-----agacacatattcaattacctgtactccacaccatagcttttccattcgaccaagataca 3920979  T
Q  308 agtccaatataacaagtttctctgcagaaaacttctcagagagtgattttagagggtaacatatccaatgaagatattttagatcagttggaaaatattg 407  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| | ||||||||||| |||     
T  3920978 agtccaatataacaagattctcagcaaaaaacttctctgagaatgattttagagggtaatctatccaatgaagatatcttaaaccagttggaaaagattc 3920879  T
Q  408 aatcccttcaggaatacgatccaaac---catctatgtcacg---aaaatccaaaaactgcaggttggtcatcttatcaaatacattggggcttaacttc 501  Q
    || ||||| ||||| | ||||||||    |||| |  | ||    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||     
T  3920878 aagcccttgaggaaaaagatccaaatagtcatcaaaataaccccaaaaatccaaaaattggaggttggtcatcttatcaaatacatgagggcttaacttt 3920779  T
Q  502 aggttcctacttgctgacaagtctagacttatgcttctaatagcatcagtaccctgtcattaatgtaaaagaaaatcaaaatat----ttttcaccagaa 597  Q
    || |||||| || || | |||| || || ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    |||| |||| ||    
T  3920778 agcttcctattttctaagaagtttacacgtatgcttctgatagcatcagaaccctgccattaatgtaaaagaaaatcaaaatatatactttttaccaaaa 3920679  T
Q  598 agacaaatgttatctaaaattgccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaagatctgataatcgactgcattttctagg 697  Q
     ||| | |||||||| ||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| | ||   ||||| |||  |||||||||||| ||||  |||    
T  3920678 tgactattgttatctgaaaatgccatataatgtttaccttgtcatttttcaatacatcacaaatgtcatcaacatcccataatcgactgcgtttttcagg 3920579  T
Q  698 gtcttcactggattcttgacgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagcttta 797  Q
    || ||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3920578 gtgttctctagattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagcttta 3920479  T
Q  798 tctttcaacctttctaacccaacaaccactgaattatcactttcaaaacctttcaataaaagtttcatgtaatccactttc 878  Q
    |||||||| |||||||||||| || ||||  |||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3920478 tctttcaagctttctaacccaccagccacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttc 3920398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 316 - 878
Target Start/End: Original strand, 3800482 - 3801056
Alignment:
Q  316 ataacaagtttctctgcagaaaacttctcagagagtgattttagagggtaacatatccaatgaagatattttagatcagttggaaaatattgaatccctt 415  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  3800482 ataacaagattctttgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaagattgaagccctt 3800581  T
Q  416 caggaatacgatccaaaccatctatgtcacgaaaatccaaaaactgcaggttggtcatcttatcaaatacattggggcttaacttcaggttcctacttgc 515  Q
     ||||| | | |||||| | | | |  || ||||||||||| |  ||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| ||||||  ||     
T  3800582 gaggaagaagttccaaatcgtatttaccatgaaaatccaaatatcgcaagttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctaaatga 3800681  T
Q  516 tgacaagtctagacttatgcttctaatagcatcagtaccctgtcattaatgtaaaagaaaa-----------tcaaa---atatttttcaccagaaagac 601  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||           | |||   |||||||| |||| ||  ||    
T  3800682 tgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaacgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttttaaccaaaataac 3800781  T
Q  602 aaatgttatctaaaattgccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaagatctgataatcgactgcattttctagggtct 701  Q
    | ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||  ||||||||||||||||||||    
T  3800782 atatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtct 3800881  T
Q  702 tcactggattcttgacgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctt 801  Q
    |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||    
T  3800882 tcactatattcttggcgaacaacctcccgacccatttctcatagaatgtcatgcatagatataacattatc--gagaaatagttataagagctttatctt 3800979  T
Q  802 tcaacctttctaacccaacaaccactgaattatcactttcaaaacctttcaataaaagtttcatgtaatccactttc 878  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  3800980 ttaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcacaatctttcagtaaaattttcatgtaatccactttc 3801056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 202 - 878
Target Start/End: Original strand, 3985768 - 3986465
Alignment:
Q  202 acgtaattaatttataattctttgatttaaggtaaatttaatctagaagacacgtattcaattacctgcactccacaccaaagtttttccagtaggctac 301  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||  | ||||||||||||   |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||     
T  3985768 acgtaattaatttataattccttgaattttgataaatttaatctgatagacacatattcaattacctgtactccacaccaaagcttttctactaggctat 3985867  T
Q  302 ctgacaagtccaatataacaagtttctctgcagaaaacttctcagagagtgattttagagggtaacatatccaatgaagatattttagatcagttggaaa 401  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | ||| | ||||||||||  || ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3985868 acgacaagtccaatataacaagtttctctgcagaaaacttctttggcaatgactctagagggtaatgtacccaatgaagatatcttagatcagttggaaa 3985967  T
Q  402 atattgaatcccttcaggaatacgatccaaaccatcta---tgt------cacgaaaatccaaaaactgcaggttggtcatcttatcaaatacattgggg 492  Q
    |  ||||| ||||| ||||| | ||||||||| |||     |||      ||  |||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||||  |||    
T  3985968 aggttgaagcccttgaggaagaagatccaaacaatcatgattgtacccaccataaaaatccaaaaatttcaggttcgtcatcttagcaaatacatcaggg 3986067  T
Q  493 cttaacttcaggttcctacttgctgacaagtctagacttatgcttctaatagcatcagtaccctgtcattaatgtaaaagaaaat-caaaat-------- 583  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| | ||||            
T  3986068 cttaacttcagcttcctaattgctgacaagtttagacatatgcttctaatagcatcagtaccctgtcatgaatggaaaagaaaattctaaatcattgaaa 3986167  T
Q  584 -----atttttcaccagaaagacaaatgttatctaaaattgccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaagatctgata 678  Q
         |||||  |||| ||  ||||||||||| ||||  ||| |  |||||| ||||||||||||||| || |||||  | ||   |||| ||||  |||    
T  3986168 gacacattttaaaccaaaataacaaatgttatgtaaagatgcta--tattttataccttgtcattttttaagacatcgcaaatttcatcatgatcccata 3986265  T
Q  679 atcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcaga 778  Q
    ||||||||| |||  | |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3986266 atcgactgcgtttgtttgggtattcactagattcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcaga 3986365  T
Q  779 aattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaaccactgaattatcactttcaaaacctttcaataaaagtttcatgtaatccactttc 878  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3986366 aatagttatgagagctttatctttcaacctttctatcccaacagccactgaattatcaccttcacaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttc 3986465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 200 - 875
Target Start/End: Original strand, 3808799 - 3809480
Alignment:
Q  200 ttacgtaattaatttataattctttgatttaaggtaaatttaatctagaagacacgtattcaattacctgcactccacaccaaagtttttccagtaggct 299  Q
    |||| |||||| ||||||||||  ||| ||||| |||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||| |   ||    
T  3808799 ttacataattattttataattccctgaattaagataaatttaatttggaagacacgtatccaattacctgcactccacgccaaagcttttccattttact 3808898  T
Q  300 acctgacaagtccaatataacaagtttctctgcagaaaacttctcagagagtgattttagagggtaacatatccaatgaagatattttagatcagttgga 399  Q
    | |  |||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || ||||||||||||  || | ||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  3808899 atcatacaagttcaatataacaagattctctgcagaaaagttctctgggaatgattttagaggacaatacatccaatgaagatatcttagattagttgga 3808998  T
Q  400 aaatattgaatcccttcaggaatacgatccaaaccatctatgtcacgaaaatccaaaaactgcaggttggtcatcttatcaaatacattggggcttaact 499  Q
    ||| |||||| || || ||||| || ||  |||| |||||| |||| ||||| ||||||  | || |||||||||||||||||||||   ||||||||||    
T  3808999 aaagattgaaacctttgaggaagacaattgaaactatctatatcaccaaaatacaaaaatcgaagtttggtcatcttatcaaatacacgagggcttaact 3809098  T
Q  500 tcaggttcctacttgctgacaagtctagacttatgcttctaatagcatcagtaccctgtcattaatgtaaaagaaaa--tcaaaatattt---------- 587  Q
      || |||||  ||| |  ||      ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| || |||||| ||||  | ||||| |||              
T  3809099 cgagcttcctcattgttcgca------gacttatgcttcttatagaatcagtaccctgtcatgaaagtaaaataaaacattaaaatctttgaaaggcacc 3809192  T
Q  588 --ttcaccagaaagacaaatgttatctaaaattgccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaagatctgataatcgact 685  Q
      || | ||  | |||||||||||||||||| || ||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||| |||   ||||||||||    
T  3809193 tttttaacaacatgacaaatgttatctaaaaatgaca--tactttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatcaggattccataatcgact 3809290  T
Q  686 gcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgtt 785  Q
    || ||||  ||||| ||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||    
T  3809291 gcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagtt 3809390  T
Q  786 ataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaaccactgaattatcactttcaaaacctttcaataaaagtttcatgtaatccact 875  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||| | | || |||||||||||||| | |||||| |||||    
T  3809391 ataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccact 3809480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 443 - 878
Target Start/End: Original strand, 4024254 - 4024702
Alignment:
Q  443 cacgaaaatccaaaaactgcaggttggtcatcttatcaaatacattggggcttaacttcaggttcctacttgctgacaagtctagacttatgcttctaat 542  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||  | ||||||| |||| || || ||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  4024254 cacgaaaatccaaaaattgcaggttggtcatcttagcaaatgcatgagagcttaacatcagctttcttcttcctgacaagtctacacttatgcttctaat 4024353  T
Q  543 agcatcagtaccctgtcattaatgtaaaagaaaa--tcaaaa-------------tatttttcaccagaaagacaaatgttatctaaaattgccaaatat 627  Q
    | ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||  | ||||             |||||||  ||| || |||||| ||  ||||||| | |  | |||    
T  4024354 aacatcagtaccctg-catgaatgtaagagaaaaatttaaaattagttaaagccgtatttttagccaaaatgacaaacgtcgtctaaaaatacgtattat 4024452  T
Q  628 tttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaagatctgataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaacctc 727  Q
     | ||||||||||||||| |||||||||| | ||   |||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||    
T  4024453 gt-ttaccttgtcattttccaatacatcacaaatgtcatcatgatcccataatcgactgcgttttctagggtctgcactagattcttggcgaacaacctc 4024551  T
Q  728 ccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaaccact 827  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||    
T  4024552 ccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataatattatcttcagaaatagttataagagctttatctctcaacctttctaaaccaacagccact 4024651  T
Q  828 gaattatcactttcaaaacctttcaataaaagtttcatgtaatccactttc 878  Q
    |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4024652 gaattatcgctttcacaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttc 4024702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 624 - 878
Target Start/End: Original strand, 3816815 - 3817066
Alignment:
Q  624 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaagatctgataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaa 723  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||| |||   |||||||||||| ||||| | ||||   ||| |||||||| |||||||    
T  3816815 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatcaggattccataatcgactgcgttttccaaggtc---actagattcttgccgaacaa 3816911  T
Q  724 cctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaac 823  Q
     ||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |    
T  3816912 tctcccaacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaacgtttctaacccaccagc 3817011  T
Q  824 cactgaattatcactttcaaaacctttcaataaaagtttcatgtaatccactttc 878  Q
    |||  |||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3817012 cacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttc 3817066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 241 - 576
Target Start/End: Original strand, 4001113 - 4001448
Alignment:
Q  241 aatctagaagacacgtattcaattacctgcactccacaccaaagtttttccagtaggctacctgacaagtccaatataacaagtttctctgcagaaaact 340  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | |||  ||| ||||||||||||||||| |||| | |||||||||    
T  4001113 aatctggatgacacatattcaattacctgcactccacaccaaagattttccactcgactatgtgaaaagtccaatataacaagattctttccagaaaact 4001212  T
Q  341 tctcagagagtgattttagagggtaacatatccaatgaagatattttagatcagttggaaaatattgaatcccttcaggaatacgatccaaaccatctat 440  Q
    |||  | || ||||||||||||||||  |||||||  || |||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||||| | | |||||| | | | |    
T  4001213 tctttgggaatgattttagagggtaatgtatccaacaaatatatcttagatcagttgggaaagattgaagcccttgaggaagaagttccaaatcgtattt 4001312  T
Q  441 gtcacgaaaatccaaaaactgcaggttggtcatcttatcaaatacattggggcttaacttcaggttcctacttgctgacaagtctagacttatgcttcta 540  Q
      ||   ||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| ||||||  || ||||||||||| || ||||||||||    
T  4001313 accaatgaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctaaatgatgacaagtctacacgtatgcttcta 4001412  T
Q  541 atagcatcagtaccctgtcattaatgtaaaagaaaa 576  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  4001413 atagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaa 4001448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 624 - 878
Target Start/End: Original strand, 4217856 - 4218110
Alignment:
Q  624 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaagatctgataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaa 723  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||   | ||   |||| ||||  |||| |||||   ||| |||||||||| | | |||||| | |||||||    
T  4217856 atattttttaccttgtcattttccaatacatagcaaatgtcatcaggatcccataaccgactttgtttactagggtctttaatagattctaggcgaacaa 4217955  T
Q  724 cctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaac 823  Q
    ||||||||||||| | |||| ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  4217956 cctcccgacccatcttttgttgaaagtcatgcatagatattacattatcttcagaaatagtaataagagctttatctttcaacctttctaacccaacggc 4218055  T
Q  824 cactgaattatcactttcaaaacctttcaataaaagtttcatgtaatccactttc 878  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4218056 cactgaattatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttc 4218110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 624 - 878
Target Start/End: Original strand, 4001522 - 4001774
Alignment:
Q  624 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaagatctgataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaa 723  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||   |||| ||||  |||| ||||| | ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  4001522 atattttttaccttgtcatttttcaatacatagcaaatgtcatcaggatcccataaccgacttcgtttactagggtcttcactagattcttggcgaacaa 4001621  T
Q  724 cctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaac 823  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4001622 cctcccgacccatttcttgtaaaatgtcatgcatagatacaacattatatttcgaaatagttataagagctttatctttcaacctttctaaaccaacaac 4001721  T
Q  824 cactgaattatcactttcaaaacctttcaataaaagtttcatgtaatccactttc 878  Q
    ||||||||| ||||||||  |  || | |||| | ||||||||||||||||||||    
T  4001722 cactgaattgtcactttc--agtctcttaatagatgtttcatgtaatccactttc 4001774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 215 - 576
Target Start/End: Original strand, 4217412 - 4217782
Alignment:
Q  215 ataattctttgatttaaggtaaatttaatctagaagacacgtattcaattacctgcactccacaccaaagtttttccagtaggctacctgacaagtccaa 314  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |   |||     ||||| |||    
T  4217412 ataattccttgaattaagataaatttcatctgaaagacacatattcaattacctgtactccacaccaaagcttttccactttactataacgcaagttcaa 4217511  T
Q  315 tataacaagtttctctgcagaaaacttctcagagagtgattttagagggtaacatatccaatgaagatattttagatcagttggaaaatattgaatccct 414  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||    
T  4217512 tataacaagattctctgcagaaaagttctctgggaatgattttagagggtaacatacccaacgaagatatcttagatcatttggaaaagattgaagccct 4217611  T
Q  415 tcaggaatacgatccaaaccatc--tat-gt------cacgaaaatccaaaaactgcaggttggtcatcttatcaaatacattggggcttaacttcaggt 505  Q
      ||||| | |||||||||  ||  ||| ||      ||  ||||| |||||| | |||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||      
T  4217612 cgaggaagaagatccaaacagtcattatcgtacccaccaaaaaaattcaaaaatttcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagca 4217711  T
Q  506 tcctacttgctgacaagtctagacttatgcttctaatagcatcagtaccctgtcattaatgtaaaagaaaa 576  Q
    ||| |  || |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  4217712 tccaaactgatgacaagtttacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaa 4217782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 98; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 200 - 421
Target Start/End: Original strand, 3816375 - 3816596
Alignment:
Q  200 ttacgtaattaatttataattctttgatttaaggtaaatttaatctagaagacacgtattcaattacctgcactccacaccaaagtttttccagtaggct 299  Q
    |||| |||||| |||||||||| |||| ||||| |||||||||| | ||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||    
T  3816375 ttacataattattttataattccttgaattaagataaatttaatttggaagataaatatccaattacctgcactccacaccaaagcttttccactagact 3816474  T
Q  300 acctgacaagtccaatataacaagtttctctgcagaaaacttctcagagagtgattttagagggtaacatatccaatgaagatattttagatcagttgga 399  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||| |  || |||||||||||||||||| | ||  ||||    
T  3816475 atctgacaagtccaatataacaagattctttgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggcagtatgtccaatgaagatattttataccaagtgga 3816574  T
Q  400 aaatattgaatcccttcaggaa 421  Q
    ||| |||||| ||||| |||||    
T  3816575 aaagattgaagcccttgaggaa 3816596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 33 - 191
Target Start/End: Original strand, 3985574 - 3985732
Alignment:
Q  33 ttgtcaagagagaaaatagatggatggatgcttgtcaacccataacaaccttggatattcaatacattaagatttgtggcttttgaaaagtctggtatca 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |     
T  3985574 ttgtcaagagagaaaatagatggatggacgcttgtcaacatataacaacgttggatattcaataccttaagatttatggcttttgaaaagtctggtaact 3985673  T
Q  133 ccttcaggaatcctgaatgtgagagtgtaacttcttttaaattaaccagatcctgctac 191  Q
    ||||||||  | |||||   |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  3985674 ccttcaggtcttctgaaaaagagagtgtaacttcttttaaattaattagatcctgctac 3985732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 256 - 421
Target Start/End: Original strand, 4024022 - 4024187
Alignment:
Q  256 tattcaattacctgcactccacaccaaagtttttccagtaggctacctgacaagtccaatataacaagtttctctgcagaaaacttctcagagagtgatt 355  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| | || |||||    
T  4024022 tattcacttacctgcactccacaccaaagcttttccactagactatctgacaagtccaatataacaagattctttgcagaaaacttctctgggaatgatt 4024121  T
Q  356 ttagagggtaacatatccaatgaagatattttagatcagttggaaaatattgaatcccttcaggaa 421  Q
    |||||||||||   ||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  4024122 ttagagggtaattcatccaagaaagatatcttagatcagttggaaaagattgaagcccttgaggaa 4024187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 695 - 878
Target Start/End: Original strand, 4018004 - 4018187
Alignment:
Q  695 agggtcttcactggattcttgacgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagct 794  Q
    ||||||| || | |||||||| |||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | ||||||| ||    
T  4018004 agggtctccatttgattcttggcgaacaatttccctacccatttcttgtataatgtcatgcatggatataacattatctttagaaaaagatataagacct 4018103  T
Q  795 ttatctttcaacctttctaacccaacaaccactgaattatcactttcaaaacctttcaataaaagtttcatgtaatccactttc 878  Q
    ||||||||||||||||||||||||    | |||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||| ||||| |||||||||    
T  4018104 ttatctttcaacctttctaacccactggctactgaattatcactttcagaatctttcaacaaaaattttatgtagtccactttc 4018187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 630 - 878
Target Start/End: Complemental strand, 3964166 - 3963921
Alignment:
Q  630 tttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaagatctgataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttgacgaacaacctccc 729  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||   ||| |||  |||  |||||||||| |   ||| ||||||| |||| |||||||| ||||||| |||||    
T  3964166 tttaccttgtcattttttaatacttcata---aatgtcatcatcccataatcgactacggcttccagggtctccacttgattcttggcgaacaatctccc 3964070  T
Q  730 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttcaacctttctaacccaacaaccactga 829  Q
     |||||| ||||||| |||  ||||||| ||||||||||||| || |||||  |  | |||| ||||||||||||||||||||||||||    | |||||    
T  3964069 tacccatgtcttgtataattccatgcatagatataacattatgtttagaaacagaaacaagatctttatctttcaacctttctaacccactggctactga 3963970  T
Q  830 attatcactttcaaaacctttcaataaaagtttcatgtaatccactttc 878  Q
    ||||||||||||| || ||||| | || ||||| | ||| |||||||||    
T  3963969 attatcactttcagaatctttccacaatagttttaggtagtccactttc 3963921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 14 - 187
Target Start/End: Original strand, 4023754 - 4023927
Alignment:
Q  14 taggtccaatttcacaagtttgtcaagagagaaaatagatggatggatgcttgtcaacccataacaaccttggatattcaatacattaagatttgtggct 113  Q
    ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||   || ||||  |   ||||||||||| |||||||| || |||    
T  4023754 taggtccaaatgcacaagcttgtcaagagagaaaatagatggatggacgcttttcaaattatgacaatgtgccatattcaatactttaagattagtagct 4023853  T
Q  114 tttgaaaagtctggtatcaccttcaggaatcctgaatgtgagagtgtaacttcttttaaattaaccagatcctg 187  Q
    ||||||||||| |||| | |||||||||||   ||||  |||||| |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  4023854 tttgaaaagtcaggtaactccttcaggaatttcgaataggagagtctaacctcttttaaattaactagatcctg 4023927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 38 - 191
Target Start/End: Original strand, 3816187 - 3816340
Alignment:
Q  38 aagagagaaaatagatggatggatgcttgtcaacccataacaaccttggatattcaatacattaagatttgtggcttttgaaaagtctggtatcaccttc 137  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||| ||| |  |||||||| |  |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||     
T  3816187 aagagataaaatagatggatggacgcttttcagctgataacaacttgagatatttaataccttaagatttatggcttttgaaaagtctggtaactccttt 3816286  T
Q  138 aggaatcctgaatgtgagagtgtaacttcttttaaattaaccagatcctgctac 191  Q
    |  ||   |||||  |||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  3816287 aataacattgaataagagagtctaacttcttttaaattaattagatcctgctac 3816340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 87 - 191
Target Start/End: Original strand, 3800291 - 3800395
Alignment:
Q  87 atattcaatacattaagatttgtggcttttgaaaagtctggtatcaccttcaggaatcctgaatgtgagagtgtaacttcttttaaattaaccagatcct 186  Q
    |||| ||||||||| ||||||   |||||||||||||  |||| | |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  3800291 atatgcaatacattcagattttcagcttttgaaaagttaggtaactccttcaagaatcctgaatgtgatagtgtaacttcttttaaattaactagatccg 3800390  T
Q  187 gctac 191  Q
    |||||    
T  3800391 gctac 3800395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 23 - 191
Target Start/End: Original strand, 4217199 - 4217367
Alignment:
Q  23 tttcacaagtttgtcaagagagaaaatagatggatggatgcttgtcaacccataacaaccttggatattcaatacattaagatttgtggcttttgaaaag 122  Q
    ||||||||| ||| || || ||||||||||||||||||  |||  ||||  |  |||| |||  |||| ||||||||| ||||||   ||||||||||||    
T  4217199 tttcacaagcttgccaggacagaaaatagatggatggacactttccaactgaggacaatcttcaatatgcaatacattcagattttcagcttttgaaaag 4217298  T
Q  123 tctggtatcaccttcaggaatcctgaatgtgagagtgtaacttcttttaaattaaccagatcctgctac 191  Q
    |  |||| | |||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  4217299 ttaggtaactccttcaagaatcctgaatgtgatagtttaacttcttttaaattaactagatccggctac 4217367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 38 - 191
Target Start/End: Original strand, 3808613 - 3808766
Alignment:
Q  38 aagagagaaaatagatggatggatgcttgtcaacccataacaaccttggatattcaatacattaagatttgtggcttttgaaaagtctggtatcaccttc 137  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | | |||   || |||||  ||| | || |||||||||||||||||||||||||||| | ||||     
T  3808613 aagagagaaaatagatggatggacgcttatcaactctttacagattttgatatgaaatgccttcagatttgtggcttttgaaaagtctggtaactccttt 3808712  T
Q  138 aggaatcctgaatgtgagagtgtaacttcttttaaattaaccagatcctgctac 191  Q
    | ||||  |||||  | || | ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  3808713 aagaattttgaattagtgaatctaacttcttttaaattaattagatcctgctac 3808766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 14 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 3921477 - 3921300
Alignment:
Q  14 taggtccaatttcacaagtttgtcaagagagaaaatagatggatggatgcttgtcaacccataacaaccttggatattcaatacattaagatttgtggct 113  Q
    ||||||||| | |||||| || |||||||  |||||||||||||||| ||||  |||   || |||| |   || | ||||||| |||||||||||||||    
T  3921477 taggtccaaatgcacaagcttctcaagagtaaaaatagatggatggacgctttccaaattatcacaagcagtgacactcaatactttaagatttgtggct 3921378  T
Q  114 tttgaaaagtctggtatcaccttcaggaatcctgaatgtgagagtgtaacttcttttaaattaaccagatcctgctac 191  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||| | || |     || ||||||||| ||||||||||| |||| |||||||    
T  3921377 tttgaaaagtctggtaactccttcaggaagcttgcacaaatgattgtaacttcctttaaattaactagattctgctac 3921300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 187
Target Start/End: Original strand, 4000838 - 4001011
Alignment:
Q  14 taggtccaatttcacaagtttgtcaagagagaaaatagatggatggatgcttgtcaacccataa-caaccttggatattcaatacattaagatttgtggc 112  Q
    ||||||||||| |||||| || || ||||||||||||||||| |||| ||||  |||   |||  ||| ||  |||||||||||| ||||||||||| ||    
T  4000838 taggtccaattgcacaagcttttctagagagaaaatagatgggtggacgctttccaatg-ataggcaatctgtgatattcaataccttaagatttgtagc 4000936  T
Q  113 ttttgaaaagtctggtatcaccttcaggaatcctgaatgtgagagtgtaacttcttttaaattaaccagatcctg 187  Q
    |||||||||||||||||   | || ||||| | ||||   | |||| |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  4000937 ttttgaaaagtctggtaattctttaaggaaccttgaactggtgagtctaacctcttttaaattaactagatcctg 4001011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 86 - 188
Target Start/End: Original strand, 4008647 - 4008749
Alignment:
Q  86 gatattcaatacattaagatttgtggcttttgaaaagtctggtatcaccttcaggaatcctgaatgtgagagtgtaacttcttttaaattaaccagatcc 185  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| | | |||||| | ||| |||||   ||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||    
T  4008647 gatattcaatactttaagatttgtagcttttgaaaggtctggcaactccttcaaggatcgtgaatcaaagagtctaaattcttgtaaattaactagatcc 4008746  T
Q  186 tgc 188  Q
    |||    
T  4008747 tgc 4008749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 91 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 3934619 - 3934570
Alignment:
Q  91 tcaatacattaagatttgtggcttttgaaaagtctggtatcaccttcagg 140  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  3934619 tcaatactttaagatttgtggcttttgaaaagtctggcaactccttcagg 3934570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 403; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 204 - 878
Target Start/End: Original strand, 13396744 - 13397417
Alignment:
Q  204 gtaattaatttataattctttgatttaaggtaaatttaatctagaagacacgtattcaattacctgcactccacaccaaagtttttccagtaggctacct 303  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |  ||||||  |    
T  13396744 gtaattaatttataattccttgaattaagataaatttaatctgaaagacacgtattcaattacctgtactccacaccaaagcttttctacaaggctatat 13396843  T
Q  304 gacaagtccaatataacaagtttctctgcagaaaacttctcagagagtgattttagagggtaacatatccaatgaagatattttagatcagttggaaaat 403  Q
    | |||| ||| ||||||||| || ||  ||||||||||||| | || ||||||||||||||||   ||||||| ||||||| |||||||||||||||||     
T  13396844 ggcaagcccagtataacaagattatcaacagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaataaagatatcttagatcagttggaaaaa 13396943  T
Q  404 attgaatcccttcaggaatacgatccaaaccatctatgtcacgaaaatccaaaaactgcaggttggtcatcttatcaaatacattggggcttaacttcag 503  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||    
T  13396944 attgaagcccttgaggaagacgatccaaaccgtctatatcatgaaaatacaaaaatttcaggttggtcatcttatcaaatacaggcgggcttaacttcag 13397043  T
Q  504 gttcctacttgctgacaagtctagacttatgcttctaatagcatcagtaccctgtcattaatgtaaaagaaaatcaaaatatttttcaccagaaagacaa 603  Q
     |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||| || |||||    
T  13397044 cttcctaattgctgacaagtctacacttatgcttctaatagcatcagtaccctgtcattattataaaagaaaatcaaaatattttttaccaaaatgacaa 13397143  T
Q  604 atgttatctaaaattgccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaagatctgataatcgactgcattttctagggtcttc 703  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13397144 atgttatctaaaattgccaaat-ttttttaccttgtcatttttcaatacatcgtagataatatcaggatcccataatcgactgcattttctagggtcttc 13397242  T
Q  704 actggattcttgacgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagctttatctttc 803  Q
    ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  13397243 actagattcttggcgaacaacctcgcgacccatttcctgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttatctttc 13397342  T
Q  804 aacctttctaacccaacaaccactgaattatcactttcaaaacctttcaataaaagtttcatgtaatccactttc 878  Q
    |||||||||||||||| | | || ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13397343 aacctttctaacccaatagctacagaattatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtactccactttc 13397417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 14 - 190
Target Start/End: Original strand, 13396524 - 13396704
Alignment:
Q  14 taggtccaatttcacaagtttgtcaagagagaaaatagatggatggatgcttgtc----aacccataacaaccttggatattcaatacattaagatttgt 109  Q
    ||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    |||| || ||| | |   ||||||||||| |||||||||||    
T  13396524 taggtccaaatgcacaagcttgtcaagagagaaaattgatggatggacgcttgtcgatcaacctattacaccatctcatattcaataccttaagatttgt 13396623  T
Q  110 ggcttttgaaaagtctggtatcaccttcaggaatcctgaatgtgagagtgtaacttcttttaaattaaccagatcctgcta 190  Q
    ||| |||||||||||||||| | |||||||| ||  ||||||  |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  13396624 ggcgtttgaaaagtctggtaactccttcaggtattttgaatggcagagtgtaacttgttttaaattaactagatcctgcta 13396704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University