View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18068_high_17 (Length: 563)

Name: NF18068_high_17
Description: NF18068
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18068_high_17
NF18068_high_17
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (11-544)||(43338612-43339145)
chr1 (11-544)||(43334177-43334710)
[»] scaffold1395 (1 HSPs)
scaffold1395 (31-544)||(1-514)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 502; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 544
Target Start/End: Original strand, 43338612 - 43339145
Alignment:
Q  11 atcatcacatttgaattgttcaactttgccaatgcatctagctctttcccaaatttatcaagactactcactggaaataccttgtcacaccagttcagct 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43338612 atcatcacatttgaattgttcaactttgccaatgcatctagctctttcccaaatttatcaagactactcactggaaataccttgtcacaccagttcagct 43338711  T
Q  111 tcttggcaaagtagattgaaccagatggcataacagccttatagtaagttgaaaacttggttttcagagtgacgtttgacgtttcggcaacagcttccat 210  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43338712 tcttggcgaagtagattgaaccagatggcatgacagccttatagtaagttgaaaacttggttttcagagtaacgtttgacgtttcggcaacagcttccat 43338811  T
Q  211 ggccttcgacaaatcaatgtttgatctgtggattccatttggtgttaacaaattactctgaatgacctgaggaaggtcaagattttcaccttcacttgac 310  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43338812 ggccttagacaaatcaatgtttgatctgtggattccatttggtgttaacaaattactctgaaggacctgaggaaggtcaagattttcaccttcacttgac 43338911  T
Q  311 tgcactcgttcatcgttaaccttgcaatagtgtcgtgagatcaatacaaccagcagggtgcccatgccaaccagaaaaatagcagcagcaattgcaataa 410  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43338912 tgtactcgttcatcgttaaccttgcaatagtgtcgtgagatcaatacaaccagcagggtgaccatgccaaccagaaaaatagcagcagcaattgcaataa 43339011  T
Q  411 gaacagcggcaacaacagatttccctttctcttttgttcttggaaaattgtcgggtgagacattactactgtttctgacattgtttcctcctatatcaac 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43339012 gaacagcggcaacaacagatttccctttctcttttgttcttggacaattgtcgggtgagacattactactgtttctgacattgtttcctcctatatcaac 43339111  T
Q  511 tttaacgtatgaaccaaatgctggaagaacacct 544  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43339112 tttaacgtatgaaccaaatgctggaagaacacct 43339145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 544
Target Start/End: Original strand, 43334177 - 43334710
Alignment:
Q  11 atcatcacatttgaattgttcaactttgccaatgcatctagctctttcccaaatttatcaagactactcactggaaataccttgtcacaccagttcagct 110  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43334177 atcatcacatttgaattgtccaactttgccaatgcatctagctctttcccaaatttatcaagactactcactggaaataccttgtcacaccagttcagct 43334276  T
Q  111 tcttggcaaagtagattgaaccagatggcataacagccttatagtaagttgaaaacttggttttcagagtgacgtttgacgtttcggcaacagcttccat 210  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43334277 tcttggcgaagtagattgaaccagatggcatgacagccttatagtaagttgaaaacttggttttcagagtaacgtttgacgtttcggcaacagcttccat 43334376  T
Q  211 ggccttcgacaaatcaatgtttgatctgtggattccatttggtgttaacaaattactctgaatgacctgaggaaggtcaagattttcaccttcacttgac 310  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43334377 ggccttagacaaatcaatgtttgatctgtggattccatttggtgttaacaaattactctgaaggacctgaggaaggtcaagattttcaccttcacttgac 43334476  T
Q  311 tgcactcgttcatcgttaaccttgcaatagtgtcgtgagatcaatacaaccagcagggtgcccatgccaaccagaaaaatagcagcagcaattgcaataa 410  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43334477 tgtactcgttcatcgttaaccttgcaatagtgtcgtgagatcaatacaaccagcagggtgaccatgccaaccagaaaaatagcagcagcaattgcaataa 43334576  T
Q  411 gaacagcggcaacaacagatttccctttctcttttgttcttggaaaattgtcgggtgagacattactactgtttctgacattgtttcctcctatatcaac 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43334577 gaacagcggcaacaacagatttccctttctcttttgttcttggacaattgtcgggtgagacattactactgtttctgacattgtttcctcctatatcaac 43334676  T
Q  511 tttaacgtatgaaccaaatgctggaagaacacct 544  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43334677 tttaacgtatgaaccaaatgctggaagaacacct 43334710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1395 (Bit Score: 446; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold1395
Description:

Target: scaffold1395; HSP #1
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 544
Target Start/End: Original strand, 1 - 514
Alignment:
Q  31 caactttgccaatgcatctagctctttcccaaatttatcaagactactcactggaaataccttgtcacaccagttcagcttcttggcaaagtagattgaa 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1 caactttgccaatgcatctagctctttcccaaatttatcaagactactcactggaaataccttgtcacaccagttcagcttcttggcgaagtagattgaa 100  T
Q  131 ccagatggcataacagccttatagtaagttgaaaacttggttttcagagtgacgtttgacgtttcggcaacagcttccatggccttcgacaaatcaatgt 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| || ||||||||||    
T  101 ccagatggcataacagccttatagtaagttgaaaacttgattttaagagtaacgtttgacgtttaggcaacaacttccatgaccttagaaaaatcaatgt 200  T
Q  231 ttgatctgtggattccatttggtgttaacaaattactctgaatgacctgaggaaggtcaagattttcaccttcacttgactgcactcgttcatcgttaac 330  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  201 ttgatctgtggattccatttggtgttaacaaattactctgaaggacctgaggaaggtcaagattttcaccttcacttgactgtactcgttcatcgttaac 300  T
Q  331 cttgcaatagtgtcgtgagatcaatacaaccagcagggtgcccatgccaaccagaaaaatagcagcagcaattgcaataagaacagcggcaacaacagat 430  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  301 cttgcaatagtgtcgtgagatcaatacaaccagcagggtgaccatgccaaccagaaaaatagcagcagcaattgcaataagaacagcggcaacaacagat 400  T
Q  431 ttccctttctcttttgttcttggaaaattgtcgggtgagacattactactgtttctgacattgtttcctcctatatcaactttaacgtatgaaccaaatg 530  Q
    ||||| |||| |  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  401 ttcccattctataatgatcttggaaaattgtcgggtgagacattactactgtttctgacattgtttcctcctatatcaactttaacgtatgaaccaaatg 500  T
Q  531 ctggaagaacacct 544  Q
    ||||||||||||||    
T  501 ctggaagaacacct 514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University