View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18068_low_5 (Length: 869)

Name: NF18068_low_5
Description: NF18068
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18068_low_5
NF18068_low_5
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (17-863)||(16286596-16287442)
chr1 (17-863)||(17262321-17263183)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 792; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 792; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 863
Target Start/End: Original strand, 16286596 - 16287442
Alignment:
Q  17 acttgcaagtatatggctgacaaataatatatgaagtgcaaagatattctagtctcaacataatagtttccattgaaaattggcttaagtaatcatattc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16286596 acttgcaagtatatggctgacaaataatagatgaagtgcaaagatattctagtctcaacataatagtttccattgaaaattggcttaagtaatcatattc 16286695  T
Q  117 ttaagaagcgtgcacatctcaaatgagacacataacatgagacacaaggaatttcaacattaagaaatacaagaatttctgaacttttcttttatgcaga 216  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16286696 tttagaagcgtgcacatctcaaatgagacacataacatgagacacaaggaatttcaacattaagaaatacaagaatttctgaacttttcttttatgcaga 16286795  T
Q  217 ctggtttttctgttagtcgaagtctcttgggatatttcgagggggtaattacgttgttttacaatccacgtggaatcctagctgttgaagccatttcaaa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16286796 ctggtttttctgttagtcgaagtctcttgggatatttcgagggggtaattacgttgttttacaatccacgtggaatcctagctgttgaaaccatttcaaa 16286895  T
Q  317 cttgggaattatgtactatgttttcctaagtggattagagatgaattcagacaccatcttaagatcaagaaagaaaggcactagcatggcaattgctggc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16286896 cttgggaattatgtactatgttttcctaagtggattagagatgaattcagacaccatcttaagatcaagaaagaaaggcactagcatggcaattgctggc 16286995  T
Q  417 attgtgacatcaatgttatttggtgttggatttcttactctgcaacaaaaacttctagatnnnnnnnnnnnnnctcatattaaagcttatctattttggt 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||    
T  16286996 attgtgacatcaatgttatttggtgttggatttcttactctgcaacaaaaacttctagataaaaaagaaaaaactcatattaaagcttatctattttggt 16287095  T
Q  517 gtttaacactttctgtcacaggcttccccgtccttgctagaattcttgctaagcttaagcttttgtatacaaagcttggaaaggatacattaacagcagc 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16287096 gtttaacactttctgtcacaggcttccccgtccttgctagaattcttgctaagcttaagcttttgtatacaaagcttggaaaggatacattaacagcagc 16287195  T
Q  617 tatgttaactgatgcatatggttgggttttgtttacattgttgattcctgctgctaataattggggagaaggttattatctctcagtaatcactaccttt 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16287196 tatgttaactgatgcatatggttgggttttgtttacattgttgattcctgctgctaataattggggagaaggttattatctctcagtaatcactaccttt 16287295  T
Q  717 ttgttcatagctttttgttttactgtggtgagacctatccttactccaatcattgaaaaccgaacaaataagaacatgtggcgcaagtcacatatgttgg 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16287296 ttgttcatagctttttgttttactgtggtgagacctatccttactccaatcattgaaaaccgaacaaataagaacatgtggcgcaagtcacatatgttgg 16287395  T
Q  817 acgtatttataggattgtttatttgttcgtatattacggatattctt 863  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16287396 acgtatttataggattgtttatttgttcgtatattacggattttctt 16287442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 733; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 863
Target Start/End: Complemental strand, 17263183 - 17262321
Alignment:
Q  17 acttgcaagtatatggctgacaaataatatatgaagtgcaaagatattctagtctcaacataatagtttccattgaaaattggcttaagtaatcatattc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17263183 acttgcaagtatatggctgacaaataatacatgaagtgcaaagatattctagtctcaacataatagtttccattgaaaattggcttaagtaatcatattc 17263084  T
Q  117 ttaagaagcgtgcacatctcaaatgagacacataacatgagacacaagga-----------------atttcaacattaagaaatacaagaatttctgaa 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17263083 ttaagaagcgtgcccatctcaaatgagacacataacatgagacacaaggagtaattagtcacaaggaatttcaacattaagaaatacaagaatttctgaa 17262984  T
Q  200 cttttcttttatgcagactggtttttctgttagtcgaagtctcttgggatatttcgagggggtaattacgttgttttacaatccacgtggaatcctagct 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17262983 cttttcttttatgcagactggtttttctgttagtcgaagtctcttgggatatttcgagggggtaattaccttgttttacaatccacgtggaatcctagct 17262884  T
Q  300 gttgaagccatttcaaacttgggaattatgtactatgttttcctaagtggattagagatgaattcagacaccatcttaagatcaagaaagaaaggcacta 399  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17262883 gttgaaaccatttcaaacttgggaattatgtactatgttttcctaagtggtttagagatgaattcagacaccatcttaagatcaagaaagaaaggcacta 17262784  T
Q  400 gcatggcaattgctggcattgtgacatcaatgttatttggtgttggatttcttactctgcaacaaaaacttctagatnnnnnnnnnnnnnctcatattaa 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||             ||||||||||    
T  17262783 gcatggcaattgctggcattgtgacatcaatgttatttggtgttggatttcttactctg-aacaaaaacttctagataaaaaagaaaaaactcatattaa 17262685  T
Q  500 agcttatctattttggtgtttaacactttctgtcacaggcttccccgtccttgctagaattcttgctaagcttaagcttttgtatacaaagcttggaaag 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17262684 agcttatctattttggtgtttaacactttctgtcacaggcttccccgtccttgctagaattcttgctaagcttaagcttttgtatacaaagcttggaaag 17262585  T
Q  600 gatacattaacagcagctatgttaactgatgcatatggttgggttttgtttacattgttgattcctgctgctaataattggggagaaggttattatctct 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17262584 gatacattaacagcagctatgttaactgatgcatatggttgggttttgtttacattgttgattcctgctgctaataattggggagaaggttattatctct 17262485  T
Q  700 cagtaatcactacctttttgttcatagctttttgttttactgtggtgagacctatccttactccaatcattgaaaaccgaacaaataagaacatgtggcg 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17262484 cagtaatcactacctttttgttcatagctttttgttttactgtggtgagacctatccttactccaatcattgaaaaccgaacaaataagaacatgtggcg 17262385  T
Q  800 caagtcacatatgttggacgtatttataggattgtttatttgttcgtatattacggatattctt 863  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  17262384 caagtcacatatgttggacgtatttataggattgtttattttttcgtatattacggattttctt 17262321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University