View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18068_low_61 (Length: 350)

Name: NF18068_low_61
Description: NF18068
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18068_low_61
NF18068_low_61
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (16-331)||(41711696-41712011)
chr5 (16-331)||(42125378-42125693)
chr5 (16-331)||(42130603-42130918)
chr5 (17-331)||(34238767-34239081)
chr5 (17-331)||(34230712-34231038)
chr5 (27-326)||(42118787-42119090)
chr5 (84-331)||(41569926-41570173)
chr5 (163-233)||(41433422-41433492)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (17-331)||(25520932-25521246)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (16-331)||(12250199-12250514)
chr2 (125-173)||(32680908-32680956)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-331)||(8524833-8525148)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-333)||(11120152-11120469)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 16 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 41712011 - 41711696
Alignment:
Q  16 gagatgaagtgattgtaatttggagaggtgtgagatttgaattggaatttcaccttcaaagtaactataagacatgtcaagatgtgcaagactcaaaaac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41712011 gagatgaagtgattgtaatttggagaggtgtgagatttgaattggaatttcaccttcaaagtaactataagacatgtcaagatgtgcaagactcaaaaac 41711912  T
Q  116 cgaccaaacttagaatgaaaatgggactaagagaaatcactgtaagaaaggttgagtgtttggagatgaataagatggaaaagagtattattaggatgga 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41711911 cgaccaaacttagaatgaaaatgggagtaagagaaatcattgtaagaaaggttgagtgtttggagatgaacaagatggaaaagagtattattaggatgga 41711812  T
Q  216 atataccttgaaggccatcacagccaaggttgaggccaaccacgcgaccatagacggtgtcacatgtgacaccgggccatgagcaacaatcagtctcatt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41711811 atataccttgaaggccatcacagccaaggttgaggccaaccacgcgaccatagacggtgtcacatgtgacaccgggccatgagcaacaatcagtctcatt 41711712  T
Q  316 tttccatgttgttgtt 331  Q
    ||||||||||||||||    
T  41711711 tttccatgttgttgtt 41711696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 16 - 331
Target Start/End: Original strand, 42125378 - 42125693
Alignment:
Q  16 gagatgaagtgattgtaatttggagaggtgtgagatttgaattggaatttcaccttcaaagtaactataagacatgtcaagatgtgcaagactcaaaaac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  42125378 gagatgaagtgattgtaatttggaaaggtgtgagatttgaattggaatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgcaagactcataaac 42125477  T
Q  116 cgaccaaacttagaatgaaaatgggactaagagaaatcactgtaagaaaggttgagtgtttggagatgaataagatggaaaagagtattattaggatgga 215  Q
    | ||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||| | |||||||| |    
T  42125478 ccaccaaacttagaatgaaaatgagagtaagagaaatcattgttagaaaggttgagtgtttgaagatgaacaagattgaaaagggtactgttaggatgta 42125577  T
Q  216 atataccttgaaggccatcacagccaaggttgaggccaaccacgcgaccatagacggtgtcacatgtgacaccgggccatgagcaacaatcagtctcatt 315  Q
     | ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| ||| |  || ||| ||||| ||||||||   ||||||||| ||||||||| ||||    
T  42125578 gtttaccttgaaggccttcacagccaagattgaggccaatcacgtgacgagtgatggtatcacacgtgacaccattccatgagcagcaatcagtcccatt 42125677  T
Q  316 tttccatgttgttgtt 331  Q
    ||||||||||| ||||    
T  42125678 tttccatgttgctgtt 42125693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 16 - 331
Target Start/End: Original strand, 42130603 - 42130918
Alignment:
Q  16 gagatgaagtgattgtaatttggagaggtgtgagatttgaattggaatttcaccttcaaagtaactataagacatgtcaagatgtgcaagactcaaaaac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||  |||     
T  42130603 gagatgaagtgattgtaatttggataggtgagagatttgagttggaatttcaccttctaagttactatcagacaagtcaagatgtgtaagactctgaaat 42130702  T
Q  116 cgaccaaacttagaatgaaaatgggactaagagaaatcactgtaagaaaggttgagtgtttggagatgaataagatggaaaagagtattattaggatgga 215  Q
    | || ||||||| |||||||||| || | | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||| ||    
T  42130703 ccacaaaacttataatgaaaatgagagtcaaagaaatcattgtaagaaaggttgagtgtttggagatgaacaagatgaaaaagggtactattaggattga 42130802  T
Q  216 atataccttgaaggccatcacagccaaggttgaggccaaccacgcgaccatagacggtgtcacatgtgacaccgggccatgagcaacaatcagtctcatt 315  Q
    || |||||  |||||| |||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||| |||||||| ||||| ||   ||||||||| ||||||||| ||||    
T  42130803 atgtacctgtaaggccttcacagccaaggttgaggtcaatcacgtgaccagagactgtgtcacacgtgacgccattccatgagcagcaatcagtcccatt 42130902  T
Q  316 tttccatgttgttgtt 331  Q
    ||||||||||| ||||    
T  42130903 tttccatgttgctgtt 42130918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 34239081 - 34238767
Alignment:
Q  17 agatgaagtgattgtaatttggagaggtgtgagatttgaattggaatttcaccttcaaagtaactataagacatgtcaagatgtgcaagactcaaaaacc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||   |||||||||||  |||  | | ||| ||||| ||||||||||| |||||||  |||||    
T  34239081 agatgaagtgattgtaatttggaaaggtatgagatttgagaaggaatttcaccgccaacatgagtattagacaagtcaagatgtgtaagactcgtaaacc 34238982  T
Q  117 gaccaaacttagaatgaaaatgggactaagagaaatcactgtaagaaaggttgagtgtttggagatgaataagatggaaaagagtattattaggatggaa 216  Q
      ||||||||||||| ||||| |||   | ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||||| ||| ||||||||||||     
T  34238981 tgccaaacttagaatcaaaataggaaccatagaaaccattgttagaaaggttgagtgtttggagatgaacaatattgaaaagggtactattaggatggag 34238882  T
Q  217 tataccttgaaggccatcacagccaaggttgaggccaaccacgcgaccatagacggtgtcacatgtgacaccgggccatgagcaacaatcagtctcattt 316  Q
    ||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||  ||| ||||| | ||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||| |||||    
T  34238881 tataccttgaaagccttcacaaccaaggttaaggccaatgacgtgaccagatacggtgtcacacgtgacaccatgccatgagcagcaatcagtcccattt 34238782  T
Q  317 ttccatgttgttgtt 331  Q
    |||||||||| ||||    
T  34238781 ttccatgttgctgtt 34238767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 34231038 - 34230712
Alignment:
Q  17 agatgaagtgattgtaatttggagaggtgtgagatttgaattggaatttcaccttcaaagtaactataagacatgtcaagatgtgcaagactcaaaaacc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||   ||||||||| ||| |||| ||| | |||||| ||| ||||||| |||||||| |||||    
T  34231038 agatgaagtgattgtaatttggaaaggtccgagatttgagaaggaatttcatcttgaaagaaacaagaagacaagtcgagatgtgtaagactcataaacc 34230939  T
Q  117 gaccaaacttagaatgaaaatgggactaagagaaatc------------actgtaagaaaggttgagtgtttggagatgaataagatggaaaagagtatt 204  Q
      |||||||||||||||||||||||   |||||||||            | |||  |||||||||||  |||| || |||  |||||||||||| ||| |    
T  34230938 cgccaaacttagaatgaaaatgggagccagagaaatcgttagagaaataattgttcgaaaggttgagcatttgaaggtgagcaagatggaaaagggtact 34230839  T
Q  205 attaggatggaatataccttgaaggccatcacagccaaggttgaggccaaccacgcgaccatagacggtgtcacatgtgacaccgggccatgagcaacaa 304  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||  ||| ||||| | ||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||    
T  34230838 attaggatggagtataccttgaaagccttcacagccaaggttaaggccaatgacgtgaccagatacggtgtcacacgtgacaccatgccatgagcagcaa 34230739  T
Q  305 tcagtctcatttttccatgttgttgtt 331  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||    
T  34230738 tcagtcccatttttccatgttgctgtt 34230712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 27 - 326
Target Start/End: Original strand, 42118787 - 42119090
Alignment:
Q  27 attgtaatttggagaggtgtgagatttgaattggaatttcaccttcaaagtaa-ctataagacatgtcaagatgtgcaagactcaaaaaccgaccaaact 125  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||    
T  42118787 attgtaatttggataagtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaaactatgagacaagtcaagatgtgtaagactcaaaaaaccaccaaact 42118886  T
Q  126 tagaatgaaaatgggactaagagaaatcactgtaagaaaggttgagtgtttggagatgaataagatggaaaagagtattattaggatggaatataccttg 225  Q
    ||||||||||| | ||    ||||||| | || | | |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||       
T  42118887 tagaatgaaaacgagaagcggagaaattattggatgcaaggtttagtgtttggagatgaacaagatggaaaagggtattgttaggatgtaatttaccagt 42118986  T
Q  226 aaggccatcacagccaaggttgaggccaaccacgcgaccatagacggtgtcacatgtgacaccgggcc---atgagcaacaatcagtctcatttttccat 322  Q
    |||||  | | ||||||||||||| |||| |||| ||||| ||||  || |||| | ||||||  |||   ||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  42118987 aaggcgttaaaagccaaggttgagaccaatcacgtgaccagagactctgacacacgcgacaccatgccatgatgagcagcaatcagtcccatttttccat 42119086  T
Q  323 gttg 326  Q
    ||||    
T  42119087 gttg 42119090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 84 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 41570173 - 41569926
Alignment:
Q  84 aagacatgtcaagatgtgcaagactcaaaaaccgaccaaacttagaatgaaaatgggactaagagaaatcactgtaagaaaggttgagtgtttggagatg 183  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||  ||| | |||||||| |||||| |||| ||| |   |||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||    
T  41570173 aagacaagtcaagatgtgtaagactcttaaatccaccaaactgagaatgcaaattggagttgaagaaatcattgtgagaaaggttgagtgattggagatg 41570074  T
Q  184 aataagatggaaaagagtattattaggatggaatataccttgaaggccatcacagccaaggttgaggccaaccacgcgaccatagacggtgtcacatgtg 283  Q
    |  |||||| |||||||| || |||||||  | | ||||||||||||  ||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||| | ||| || |||    
T  41570073 agcaagatgaaaaagagtgttgttaggataaattttaccttgaaggcattcacagccaaggtcgagaccaatcacgcgaccagagacagcgtcgcacgtg 41569974  T
Q  284 acaccgggccatgagcaacaatcagtctcatttttccatgttgttgtt 331  Q
    |||||  ||||||| |||||||  |||||| |||||||||||| ||||    
T  41569973 acaccatgccatgaacaacaatttgtctcaattttccatgttgatgtt 41569926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 163 - 233
Target Start/End: Original strand, 41433422 - 41433492
Alignment:
Q  163 aaggttgagtgtttggagatgaataagatggaaaagagtattattaggatggaatataccttgaaggccat 233  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||| | || ||||| |  ||||||||||||||||    
T  41433422 aaggttgagtgtttggagatgagaaagatgaaaaagtgtactgttgggatgaatcataccttgaaggccat 41433492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 159; Significance: 1e-84; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 17 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 25521246 - 25520932
Alignment:
Q  17 agatgaagtgattgtaatttggagaggtgtgagatttgaattggaatttcaccttcaaagtaactataagacatgtcaagatgtgcaagactcaaaaacc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| |||||  ||||| || |||||||| |||||||  |||||    
T  25521246 agatgaagtgattgtaatttggaaaggtgtgagatttgagttggaattttacctttaaagaaactaccagacaagtaaagatgtgtaagactctgaaacc 25521147  T
Q  117 gaccaaacttagaatgaaaatgggactaagagaaatcactgtaagaaaggttgagtgtttggagatgaataagatggaaaagagtattattaggatggaa 216  Q
     ||||||||||| ||||||||||||   || ||||||| ||||||||||||||||| |||| | ||||  |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  25521146 caccaaacttagcatgaaaatgggagccagtgaaatcattgtaagaaaggttgagtttttgaatatgagcaagatggaaaagagtactattaggatggaa 25521047  T
Q  217 tataccttgaaggccatcacagccaaggttgaggccaaccacgcgaccatagacggtgtcacatgtgacaccgggccatgagcaacaatcagtctcattt 316  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |   |||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||| |    
T  25521046 tataccttggaggccttcacagccaaggttgaggccaatcacgcgaccaaaagtggtgtcgcatgtgacaccatgccatgagcagcaatcagtcccatat 25520947  T
Q  317 ttccatgttgttgtt 331  Q
    |||||||||| ||||    
T  25520946 ttccatgttgctgtt 25520932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 16 - 331
Target Start/End: Original strand, 12250199 - 12250514
Alignment:
Q  16 gagatgaagtgattgtaatttggagaggtgtgagatttgaattggaatttcaccttcaaagtaactataagacatgtcaagatgtgcaagactcaaaaac 115  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||| |||| | || ||     
T  12250199 gagatgaagtgattctaatttggaaaggtgtgagatttgagttggaacttcacctttaaagaaactattagacaagtcaagatgtgtaagattaaagaat 12250298  T
Q  116 cgaccaaacttagaatgaaaatgggactaagagaaatcactgtaagaaaggttgagtgtttggagatgaataagatggaaaagagtattattaggatgga 215  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||| ||| ||||||| || |    
T  12250299 ccaccaaacttagaatgaaaatgggagtttgagaaatcattggaagaaaggttgagtgtttggagatgagcaagatcgaaaagggtactattaggttgta 12250398  T
Q  216 atataccttgaaggccatcacagccaaggttgaggccaaccacgcgaccatagacggtgtcacatgtgacaccgggccatgagcaacaatcagtctcatt 315  Q
    ||||||| | |||||| |||  |||||||| |||||||| |||  |||||||||  |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||    
T  12250399 atataccatcaaggccttcatcgccaaggtcgaggccaatcacatgaccatagattgtgtcacatgtgacaccatgccatgagcagcaatcagtcccatt 12250498  T
Q  316 tttccatgttgttgtt 331  Q
    || |||||||| ||||    
T  12250499 ttgccatgttgctgtt 12250514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 125 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 32680956 - 32680908
Alignment:
Q  125 ttagaatgaaaatgggactaagagaaatcactgtaagaaaggttgagtg 173  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||||||| |||||    
T  32680956 ttagaatgaaaatgggagtaagagaaatgattgttagaaaggtcgagtg 32680908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 136; Significance: 7e-71; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 16 - 331
Target Start/End: Original strand, 8524833 - 8525148
Alignment:
Q  16 gagatgaagtgattgtaatttggagaggtgtgagatttgaattggaatttcaccttcaaagtaactataagacatgtcaagatgtgcaagactcaaaaac 115  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||    
T  8524833 gagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaggtaactatgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaac 8524932  T
Q  116 cgaccaaacttagaatgaaaatgggactaagagaaatcactgtaagaaaggttgagtgtttggagatgaataagatggaaaagagtattattaggatgga 215  Q
    | ||||||||| ||||||||||  ||   |||||||||| ||| || |||||||||| |||| | || |  |||||||||||| ||| | ||||||| ||    
T  8524933 ccaccaaactttgaatgaaaataagagccagagaaatcattgttagcaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaagggtactgttaggattga 8525032  T
Q  216 atataccttgaaggccatcacagccaaggttgaggccaaccacgcgaccatagacggtgtcacatgtgacaccgggccatgagcaacaatcagtctcatt 315  Q
     ||| |||||||| || |||||||||||||||||||||| |||| |||||  || ||||||||| ||||||||   ||||||||| |||||| |||||||    
T  8525033 gtatgccttgaagaccttcacagccaaggttgaggccaatcacgtgaccactgatggtgtcacacgtgacaccatcccatgagcagcaatcaatctcatt 8525132  T
Q  316 tttccatgttgttgtt 331  Q
    ||||||||||| ||||    
T  8525133 tttccatgttgctgtt 8525148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 16 - 333
Target Start/End: Original strand, 11120152 - 11120469
Alignment:
Q  16 gagatgaagtgattgtaatttggagaggtgtgagatttgaattggaatttcaccttcaaagtaactataagacatgtcaagatgtgcaagactcaaaaac 115  Q
    ||||| ||| |||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||||||| | || || ||||||||||| || |||||||| |||||||  ||||    
T  11120152 gagataaagggattgtaatttggaaagatatgagatttgagttggaatttcaccataaatgttactataagacaagtaaagatgtgtaagactctgaaac 11120251  T
Q  116 cgaccaaacttagaatgaaaatgggactaagagaaatcactgtaagaaaggttgagtgtttggagatgaataagatggaaaagagtattattaggatgga 215  Q
    | ||||||||||||||||||| | ||    ||||||| | ||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| ||||| |    
T  11120252 ccaccaaacttagaatgaaaacgagagccggagaaattattgtatacaaggttgagtgtttggagatgaacaagatggaaaagggtactattcggatgta 11120351  T
Q  216 atataccttgaaggccatcacagccaaggttgaggccaaccacgcgaccatagacggtgtcacatgtgacaccgggccatgagcaacaatcagtctcatt 315  Q
    |||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||| |||||| || ||||||||   ||||||||| ||||||||| ||||    
T  11120352 atatgccttgaagaccttcacagccaagattgaggccaatcacgcgaccagagatggtgtcgcacgtgacaccattccatgagcagcaatcagtcccatt 11120451  T
Q  316 tttccatgttgttgttga 333  Q
    ||||||||||||||||||    
T  11120452 tttccatgttgttgttga 11120469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University