View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1807-Insertion-1 (Length: 957)

Name: NF1807-Insertion-1
Description: NF1807
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1807-Insertion-1
NF1807-Insertion-1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-957)||(11194071-11195010)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 888; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 888; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 957
Target Start/End: Complemental strand, 11195010 - 11194071
Alignment:
Q  18 caacacagaattgcaatatgttactttctctaaccatggctacaagacaagggcaatcacacactttgcacaatgcacataaagaaaagaagataaaagc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11195010 caacacagaattgcaatatgttactttctctaaccatggctacaagacaagggcaatcacacacatt-cacaatgcacatatagaaaagaagataaaagc 11194912  T
Q  118 tgaaaagttccattgaaaagactagaccatgtttggataaacaataaaatcaatcacttatagcataattgcaatattgtttccataaacagtctcacaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11194911 tgaaaagttccattgaaaagactagaccatgtttggataaacaataaaatcaatcacttatagcataattgcaatattgtttccataaacagtctcacaa 11194812  T
Q  218 aatgcttatacaagtacatagtagctcagataaaccaatccaaataagacctaagtagcaaggtcaactttcaaattaccacaaaaattacactcaagaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11194811 aatgcttatacaagtacatagtagctcagataaaccaatccaaataagacctaagtagcaaggtcaactttcaaattaccacaaaaattacactcaagaa 11194712  T
Q  318 cgttagatttttcaccatcttttggaggcagaggagccatagtacctgcacaattctccttatcacaaacaaacttagataagaaaatcacatgtggcag 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11194711 cgttagatttttcaccatcttttggaggcagaggagccatagtacctgcacaattctccttatcacaaacaaacttagataagaaaatcacatgtggcag 11194612  T
Q  418 atcactgtacttgttctctccatcattccaatttgcttcaatcttgcacctatcacattcacaagtaaaaccataatcctccattaaaatctttttcctt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11194611 atcactgtacttgttctctccatcattccaacttgcttcaatcttgcacctatcacattcacaagtaaaaccataatcctccattaaaatctttttcctt 11194512  T
Q  518 gttgaataatccttattaatcctgaaatagcttatacaaatctcacttccaacaccaacatccttaatcaacctaataacaatatcagtattatgttcat 617  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11194511 gttgaataatccttattaatcctaaaatagcttatacaaatctcacttccaacaccaacatccttaatcaacctaataacaatatcagtattatgttcat 11194412  T
Q  618 caccaggttcaccactttccacataatcaaacctgcatgcattagggatacaaccatggttnnnnnnngtagctttttggtaaattccataagccttaat 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11194411 caccaggttcaccactttccacataatcaaacctgcatgcattagggatacaaccatggttaaaaaaagtagctttttggtaaattccataagccttaat 11194312  T
Q  718 ggatctttgaggacccttttgggaataaggctccatcaagcaaaaagagttcaatctttctttggcaatgattttagcagctagttcagctgaaaaattc 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11194311 ggatctttgaggacccttttgggaataaggctccatcaagcaaaaagagttcaatctttctttggcaatgattttagcagctagttcagctgaaaaattc 11194212  T
Q  818 atgtggggtgaacaaaaaggtgagataagagaatgaagaaacttagcattatcaactatggaatcttgatcattaggattaccatgaagtgaaagtaaag 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11194211 atgtggggtgaacaaaaaggtgagataagagaatgaagaaacttagcattatcaactatggaatcttgatcattaggattaccatgaagtgaaagtaaag 11194112  T
Q  918 tttgaagttttgaa-gggtgtgaatagcaagattgtaagca 957  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11194111 tttgaagttttgaaggggtgtgaatagcaagattgtaagca 11194071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University