View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1807-Insertion-11 (Length: 668)

Name: NF1807-Insertion-11
Description: NF1807
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1807-Insertion-11
NF1807-Insertion-11
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (26-428)||(12958771-12959173)
chr2 (26-428)||(37868111-37868513)
chr2 (26-361)||(10367804-10368139)
chr2 (561-652)||(10367661-10367752)
chr2 (562-652)||(12959303-12959393)
chr2 (562-652)||(37868645-37868735)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (26-428)||(29738997-29739399)
chr8 (562-652)||(29738694-29738784)
chr8 (562-612)||(29738814-29738864)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (44-424)||(5421522-5421894)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (562-645)||(39591923-39592006)
chr4 (565-645)||(52980382-52980462)
chr4 (571-612)||(35788224-35788265)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (565-615)||(33799078-33799128)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 428
Target Start/End: Original strand, 12958771 - 12959173
Alignment:
Q  26 ccaccacaacaacactgagttagaatcagaattgagcagcaaagtagaactctagagccttgctgatattatccttaggcgactggtgaatgaccattta 125  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12958771 ccaccacaacaacactgggttagaatcagaattgagcagcaaagtagaactctagagccttgctgctgttatccttaggcgactgatgaatgaccattta 12958870  T
Q  126 accattttattcagtacatcgtttaatttcaaggcaagcagaattattgatgaaaacctgaacttgttgtgtgtatattgatgactcttgttgctggaaa 225  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12958871 accattttattcaatacatcgtttaatttcaaggcaagcagaattattgatgaaaacctgaacttgttgtgtgtatattgatgactcttgttgctggaaa 12958970  T
Q  226 caactcgaatagctattcttcttcaatttagggcaatttaaatggataaattatgtgtgtttatattatgtttttgtataattgattctaaattagtcct 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  12958971 caactcgaatagctattcttcttcaatttagggcaatttaaatggataaattatgtgtgtttatattatgtttttgtataattgattctgaatcagtcct 12959070  T
Q  326 tctgttcttttcaaagcgttacctcataaatattattcttaatttcgttcaacccaatttacatattatagtaatattaaaggagacagtaaaaatgtcc 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12959071 tctgttcttttcaaagcgttacctcattaatattatccttaatttcgttcaacccaatttacatattatagtaatattaaaggagacagtaaaaatgtcc 12959170  T
Q  426 aac 428  Q
    |||    
T  12959171 aac 12959173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 428
Target Start/End: Original strand, 37868111 - 37868513
Alignment:
Q  26 ccaccacaacaacactgagttagaatcagaattgagcagcaaagtagaactctagagccttgctgatattatccttaggcgactggtgaatgaccattta 125  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  37868111 ccaccacaacaacactgggttagaatcataattgagcagcaaagtagaactctagagccttgttgttgttatccttaggcgactgatgaatgactattta 37868210  T
Q  126 accattttattcagtacatcgtttaatttcaaggcaagcagaattattgatgaaaacctgaacttgttgtgtgtatattgatgactcttgttgctggaaa 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37868211 accattttattcagtacatcgtttaatttcaaggcaagcagaattattgatgaaaacctgaacttgttgtgtgtatattgatgactcttgttgttggaaa 37868310  T
Q  226 caactcgaatagctattcttcttcaatttagggcaatttaaatggataaattatgtgtgtttatattatgtttttgtataattgattctaaattagtcct 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||    
T  37868311 caactcgaatagctattcttcttcaatttagggcaatttaaatggataaattatgtgtgtttatattatgtttttgtataattgattatgaatcattcct 37868410  T
Q  326 tctgttcttttcaaagcgttacctcataaatattattcttaatttcgttcaacccaatttacatattatagtaatattaaaggagacagtaaaaatgtcc 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37868411 tctgttcttttcaaagcgttacctcattaatattatccttaatttcgttcaacccaatttacatattatagtaatattaaaggagacagtaaaaatgtcc 37868510  T
Q  426 aac 428  Q
    |||    
T  37868511 aac 37868513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 26 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 10368139 - 10367804
Alignment:
Q  26 ccaccacaacaacactgagttagaatcagaattgagcagcaaagtagaactctagagccttgctgatattatccttaggcgactggtgaatgaccattta 125  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10368139 ccaccacaacaacactggattagaatcagaattgagcagcaaagtagaactctagagccttgctgttgttatccttaggcgactgatgaatgaccattta 10368040  T
Q  126 accattttattcagtacatcgtttaatttcaaggcaagcagaattattgatgaaaacctgaacttgttgtgtgtatattgatgactcttgttgctggaaa 225  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10368039 accattttatttagtacatcgtttaatttcaaggcaagcagaattattgatgaaaaccttaacttgttgtgtgtatattgatgactcttgttgctggaaa 10367940  T
Q  226 caactcgaatagctattcttcttcaatttagggcaatttaaatggataaattatgtgtgtttatattatgtttttgtataattgattctaaattagtcct 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||    
T  10367939 caactcgaatagctattcttcttcaatttagggcaatctaaatggataaattatgtgtgtttatattatgtttttgtataattgattttgaatcagtcct 10367840  T
Q  326 tctgttcttttcaaagcgttacctcataaatattat 361  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10367839 tctgttcttttcaaagcgttacctcattaatattat 10367804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 561 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 10367752 - 10367661
Alignment:
Q  561 ttaggttgttgttgttgaggaacaatgagtcttgatgattgaagaatgaatgcaatggagatgatgatgattatgtgtatggtagcactgtc 652  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  10367752 ttaggttgttgttgttgaggaacaatgagtcttgatgattgaagaatgaatgaaatggagatgatgatgattatgtgtctggtagcaatgtc 10367661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 562 - 652
Target Start/End: Original strand, 12959303 - 12959393
Alignment:
Q  562 taggttgttgttgttgaggaacaatgagtcttgatgattgaagaatgaatgcaatggagatgatgatgattatgtgtatggtagcactgtc 652  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  12959303 taggttgttgttgttgaggaacaatgagtcttaatgattgaagaatgaatgaaatggagatgatgatgattatgtgtctggtagcaatgtc 12959393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 562 - 652
Target Start/End: Original strand, 37868645 - 37868735
Alignment:
Q  562 taggttgttgttgttgaggaacaatgagtcttgatgattgaagaatgaatgcaatggagatgatgatgattatgtgtatggtagcactgtc 652  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||    
T  37868645 taggttgtttttgttgaggaacaatgagtcttgatgattgaagaatgaatgaaatggagatgatgatgattatctgtctggtagcaatgtc 37868735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 29739399 - 29738997
Alignment:
Q  26 ccaccacaacaacactgagttagaatcagaattgagcagcaaagtagaactctagagccttgctgatattatccttaggcgactggtgaatgaccattta 125  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  29739399 ccaccacaacaacactgggttagaatcagaattgagcagcaaagtagaactctagagccttgctgttgttatccttaggcgacttatgaatgaccattta 29739300  T
Q  126 accattttattcagtacatcgtttaatttcaaggcaagcagaattattgatgaaaacctgaacttgttgtgtgtatattgatgactcttgttgctggaaa 225  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29739299 aacattttattcagtacatcgtttaatttcaaggcaagcagaactattgatgaaaacctgaacttgttgtgtgtatattgatgactcttgttgttggaaa 29739200  T
Q  226 caactcgaatagctattcttcttcaatttagggcaatttaaatggataaattatgtgtgtttatattatgtttttgtataattgattctaaattagtcct 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||    
T  29739199 caactcgaatagctattcttcttcaatttacggcaatttaaatggataaattatgtgtgtttatattatgtttttgtataattgattttgaatcagtcct 29739100  T
Q  326 tctgttcttttcaaagcgttacctcataaatattattcttaatttcgttcaacccaatttacatattatagtaatattaaaggagacagtaaaaatgtcc 425  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29739099 tctgttcttttcaaagtgttacctcattaatattatccttaatttcgttcaacccaatttatatattatggtaatattaaaggagacggtaaaaatgtcc 29739000  T
Q  426 aac 428  Q
    |||    
T  29738999 aac 29738997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 562 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 29738784 - 29738694
Alignment:
Q  562 taggttgttgttgttgaggaacaatgagtcttgatgattgaagaatgaatgcaatggagatgatgatgattatgtgtatggtagcactgtc 652  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||    
T  29738784 taggttgttgttgttgagtaataatgagtcttgatgattgaagaatgaatgaaatggagatgatgatgattatgtgtctcgtagcaatgtc 29738694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 562 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 29738864 - 29738814
Alignment:
Q  562 taggttgttgttgttgaggaacaatgagtcttgatgattgaagaatgaatg 612  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29738864 taggttgttgttgttgagtaataatgagtcttgatgattgaagaatgaatg 29738814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 44 - 424
Target Start/End: Original strand, 5421522 - 5421894
Alignment:
Q  44 gttagaatcagaattgagcagcaaagtagaactctagagccttgctgatattatccttaggcgactggtgaatgaccatttaacca-ttttattcagtac 142  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  5421522 gttagaatcagaattgagcagcaaagtagaactctagagccttgctgcagttatccttaggcgactgatgaatgaccttttaaccaattttattcagtac 5421621  T
Q  143 atcgtttaatttcaaggcaagcagaattattgatgaaaacctgaacttgttg-tgtgtatattgatgactcttgttgctggaaacaactcgaatagctat 241  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5421622 attgtttaatttcaaggcaagcagaattattgatgaaaacctgaacttgttgctgtgtatattgatgactcttgttgctggaaacaactcgaatagctat 5421721  T
Q  242 tcttcttcaatttagggcaatttaaatggataaattatgtgtgtttatattatgtttttgtataattgattctaaattagtccttctgttcttttcaaag 341  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | || |||||||||||||||||    
T  5421722 tcttcttcaatttagggcaatttaaatggataaatta--tgtgtttatattatgtttttgtatagttgattctgaatcaatcattctgttcttttcaaag 5421819  T
Q  342 cgttacctcataaatattattcttaatttcgttcaacccaatttacatattatagtaatattaaaggagacagtaaaaatgtc 424  Q
     |||        |||||||| |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5421820 tgtt--------aatattatccttaatcttgttcgacccaatttacatattatagtaatattaaaggagacagtaaaaatgtc 5421894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 52; Significance: 2e-20; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 562 - 645
Target Start/End: Original strand, 39591923 - 39592006
Alignment:
Q  562 taggttgttgttgttgaggaacaatgagtcttgatgattgaagaatgaatgcaatggagatgatgatgattatgtgtatggtag 645  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||   |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  39591923 taggttgttgttgttgaggaacaatgagtcttgataattgaaggatgaatgaaacaaagatgatgatgattctgtgtctggtag 39592006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 565 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 52980462 - 52980382
Alignment:
Q  565 gttgttgttgttgaggaacaatgagtcttgatgattgaagaatgaatgcaatggagatgatgatgattatgtgtatggtag 645  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||   |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  52980462 gttgttgttgttgaggaacaatgggtcttgataattgaaggatgaatgaaacaaagatgatgatgattctgtgtctggtag 52980382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 571 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 35788265 - 35788224
Alignment:
Q  571 gttgttgaggaacaatgagtcttgatgattgaagaatgaatg 612  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35788265 gttgttgaggagcaatgagtcttgatgattgaagaatgaatg 35788224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 565 - 615
Target Start/End: Original strand, 33799078 - 33799128
Alignment:
Q  565 gttgttgttgttgaggaacaatgagtcttgatgattgaagaatgaatgcaa 615  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  33799078 gttgttgttgttgaggaacaatggatcttgatgattgaaggatgaatgcaa 33799128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University