View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1807-Insertion-9 (Length: 658)

Name: NF1807-Insertion-9
Description: NF1807
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1807-Insertion-9
NF1807-Insertion-9
[»] chr1 (19 HSPs)
chr1 (8-658)||(13086088-13086738)
chr1 (10-524)||(13271569-13272083)
chr1 (10-533)||(13244210-13244730)
chr1 (11-475)||(19278912-19279376)
chr1 (11-475)||(13080609-13081073)
chr1 (10-441)||(13204442-13204870)
chr1 (14-429)||(13065006-13065418)
chr1 (11-441)||(13069957-13070384)
chr1 (14-425)||(30367905-30368313)
chr1 (10-441)||(13007183-13007611)
chr1 (10-273)||(12963821-12964084)
chr1 (19-441)||(13100992-13101411)
chr1 (20-438)||(13094392-13094807)
chr1 (334-454)||(12963676-12963796)
chr1 (20-425)||(13129821-13130223)
chr1 (28-425)||(13161522-13161916)
chr1 (343-441)||(13214132-13214230)
chr1 (190-441)||(19727316-19727564)
chr1 (576-652)||(19278744-19278817)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (336-441)||(31396456-31396562)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (233-270)||(12176004-12176041)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 603; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 603; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 658
Target Start/End: Original strand, 13086088 - 13086738
Alignment:
Q  8 cgaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatcct 107  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13086088 cgaggacctgcattaaatgctatgaacttgcaagatggtacatgcaaaatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatcct 13086187  T
Q  108 taccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgat 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13086188 taccccatatttgtttcatccttcccattgcatacaaagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgat 13086287  T
Q  208 tgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13086288 tgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaa 13086387  T
Q  308 ttagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaacc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  13086388 ttagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgaaatgagttgaaacaagccaagagaacc 13086487  T
Q  408 aacttagacctgaactaactgttccacttcctgcagctaagagattggatgcagtgtctctaatatacttatcaatttcaaccattgcctcatttcccaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13086488 aacttagacctgaactaactgttccacttcctgcagctaagagattgaatgcagtgtctctaatatacttatcaatttcaaccatttcctcatttcccaa 13086587  T
Q  508 gccttccttcattagtgcctttagcaagtaaaaatggctttcatcaaaatcttcaccgtttcgcaatcttcttctctcttcatcacctttggaataataa 607  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13086588 gccttccttcatcagtgcctttagcaagtaaaaatggctttcatcaaaatcttcaccgtttcgcaatcttcttctctcttcatcacctttggaataataa 13086687  T
Q  608 gttatacatttggacaagaattggtgaagattttcttgagctaccttgtac 658  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13086688 gttatacatttggacaagaattggtgaagattttcttgagctaccttgtac 13086738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 10 - 524
Target Start/End: Original strand, 13271569 - 13272083
Alignment:
Q  10 aggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatcctta 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||   |    
T  13271569 aggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagatggtacatgtataatttgtcctttatctgatatccatctctcaggcttaaactccaagcaatcacca 13271668  T
Q  110 ccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattg 209  Q
    |||||||  |||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||   |||||  | ||||||||||||||||||||  || | ||    
T  13271669 ccccatacatgttccattcttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcagaattaactg 13271768  T
Q  210 cacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaatt 309  Q
    |||||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||| |  || |||| ||  ||||||||  |||||||    
T  13271769 cacacttgtgatcaaatggtataggaggataaagtctcaaggtttcacatatagctgcatgaaggtaaatcagcttatcaatgttttcaacatttaaatt 13271868  T
Q  310 agtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaa 409  Q
    | ||| |||||| ||||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||| | ||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13271869 attgatcaaattctcctcttgtgttagacaatgatctttgatctcttgaataagttttgcttccacattaggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaa 13271968  T
Q  410 cttagacctgaactaactgttccacttcctgcagctaagagattggatgcagtgtctctaatatacttatcaatttcaaccattgcctcatttcccaagc 509  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||| ||| |||||  | || | || ||||||||||    
T  13271969 cttagacctgaactaactgttccatttcctgcagccaagagagtgaatgcagtgtctctaatatacttttcattttcattcgtttcttcctttcccaagc 13272068  T
Q  510 cttccttcattagtg 524  Q
    |||||||||||||||    
T  13272069 cttccttcattagtg 13272083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 10 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 13244730 - 13244210
Alignment:
Q  10 aggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatcctta 109  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||   |||| || ||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||| |      
T  13244730 aggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacggtacatttataatccctcctctagctgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcatct 13244631  T
Q  110 ccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattg 209  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||| ||||||||   |||||  |||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  13244630 ccccatatttgttgcatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatgttctccactaggtagtatatcagatttgatag 13244531  T
Q  210 cacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaatt 309  Q
    | ||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||| || || |||| || |||||| ||  |||||||    
T  13244530 cgcacttgtgctgaaatgccagaggaggatatagcctcaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaatcttttccacgtttaaatt 13244431  T
Q  310 agtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaa 409  Q
    | |||  ||||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13244430 attgattaaattctcctcttgtgttagacaattatctttgatctcttgaataattttcgcttccccaataggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaa 13244331  T
Q  410 cttagacctgaactaactgttccacttcctgcagctaagagattggatgcagtgtctctaatatacttatcaatttcaaccattgcctcatttcccaagc 509  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||| | ||||||||    ||||||||||| |||||||| |||   || | |||| || | |||||||| |    
T  13244330 cttagacctgaactaattgttccatttcctgcaccgaagagatttaccgcagtgtctctgatatacttctca---tcgatcatttccccctttcccaatc 13244234  T
Q  510 cttccttcattagtgcctttagca 533  Q
     ||||||||||||| | |||||||    
T  13244233 tttccttcattagttcttttagca 13244210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 11 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 19279376 - 19278912
Alignment:
Q  11 ggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttac 110  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||| |||  |||||| | || ||| | ||    
T  19279376 ggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctatccgatatccatctctcaggccgaaattctaggcaatcatcac 19279277  T
Q  111 cccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgc 210  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| |  ||||||  |||||||||||||||||||| |  || | |||    
T  19279276 cccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttagactaacatggtctccactaggtagtatatcggaattaactgc 19279177  T
Q  211 acacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaatta 310  Q
    ||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||| ||  || || |||||     
T  19279176 acacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcacatatagctccatgaagataaactagcttatcaagctctttcacactaaaattt 19279077  T
Q  311 gtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaac 410  Q
    |||| |||||||||||| | || || ||| ||| | || ||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||| || |||||||||||||||     
T  19279076 gtgatcaaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaat 19278977  T
Q  411 ttagacctgaactaactgttccacttcctgcagctaagagattggatgcagtgtctctaatatac 475  Q
    | ||||| ||||||| ||||||| | |||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||    
T  19278976 tgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatac 19278912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 11 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 13081073 - 13080609
Alignment:
Q  11 ggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttac 110  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||||| || || || ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||||  |    
T  13081073 ggacctgcattaaacgctatgaacttataagacggcacttgtataatttgtcctctatctgatatccatctctcaggcttaaactccaagcaatcctctc 13080974  T
Q  111 cccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgc 210  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||  ||||||  ||||||||||| ||| |||| | |||||| ||    
T  13080973 cccatatttgctccatccttcccattgcatacaaagaatatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggaagtttatccgatttgatagc 13080874  T
Q  211 acacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaatta 310  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||| || | |||||||    
T  13080873 acacttgtgctgaaatgctacagaaggatatagccttaaggcttcacatatggctccatgaaggtaaactagcttatcaagctcttccacacctaaatta 13080774  T
Q  311 gtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaac 410  Q
    | ||  ||||| || || |||  || |||||||||||| ||||||||||| |||||| | || ||  | ||||| |||||||| |||||||| ||||||     
T  13080773 gcgataaaattctcatcgtgttttaaacaattatctttgatctcttgaataattttaccatctaccctaggatgcgttgaaaccagccaaaaaaaccaag 13080674  T
Q  411 ttagacctgaactaactgttccacttcctgcagctaagagattggatgcagtgtctctaatatac 475  Q
    | ||||||| ||||| ||||||| |||||||| | |||||||||  || ||| ||||||||||||    
T  13080673 tgagacctgtactaattgttccatttcctgcaaccaagagattgattgtagtatctctaatatac 13080609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 10 - 441
Target Start/End: Original strand, 13204442 - 13204870
Alignment:
Q  10 aggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatcctta 109  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||  || |      
T  13204442 aggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttct 13204541  T
Q  110 ccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattg 209  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || || | |||||| | |||| | ||||||||  |||||   |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  13204542 ccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattg 13204641  T
Q  210 cacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaatt 309  Q
    ||||  | |||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |  ||| ||||  |       
T  13204642 cacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggcttcacatatagctccatgaaggtacactagcttatcaagatactcatctctcga--- 13204738  T
Q  310 agtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaa 409  Q
    ||  | |  ||| ||||| ||||   |||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  13204739 aggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttggcttccacaataggatgagtggaaacaagccaaaaaaaccaa 13204838  T
Q  410 cttagacctgaactaactgttccacttcctgc 441  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  13204839 cttagacctgaactagctggaccacttcctgc 13204870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 14 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 13065418 - 13065006
Alignment:
Q  14 cctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttacccc 113  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||  | | ||||||||||||||| ||||||||||| | ||  || |  ||||    
T  13065418 cctgcattgaaagctatgaacttgtaagacggtacatgtataatttgtccgctttttgatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctcccc 13065319  T
Q  114 atatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcaca 213  Q
    ||||||  | |||||||||||||| ||| | | |||||| || | | ||||||||  | ||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  13065318 atattttctccatccttcccattgaatacaaatagtataatatccttgtatttggacttacatggactccactaggaagtatatcagctttgattgcaaa 13065219  T
Q  214 cttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtg 313  Q
    ||| ||||  |  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| | |||||||| ||||||||| ||  || |   |||     
T  13065218 cttttgctcgataggtacaggaggataaagccttaaggcttcacatatagctccgtggaggtaaattagtttatcaagcttttccacaattga---agta 13065122  T
Q  314 accaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaactta 413  Q
    | ||| || || ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| |  ||||||  |||||||||||||||||||||||| |    
T  13065121 atcaagttttcatcatcagatagacaattatctttcatctcttgaataatcttggcttccacaacaggatgacatgaaacaagccaaaagaaccaactga 13065022  T
Q  414 gacctgaactaactgt 429  Q
    ||||||||||||||||    
T  13065021 gacctgaactaactgt 13065006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 11 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 13070384 - 13069957
Alignment:
Q  11 ggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttac 110  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||  || |  |    
T  13070384 ggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggaacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctc 13070285  T
Q  111 cccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgc 210  Q
    |||||||||||| |||||||||||| || || | |||||| | |||| | ||||||||  |||||   |||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  13070284 cccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgc 13070185  T
Q  211 acacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaatta 310  Q
    |||  | |||| ||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |   || ||||  ||  |    
T  13070184 acatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggtttcacatatagctccatgaaggtacactagattatcaagatccacatctctccaagga 13070085  T
Q  311 gtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaac 410  Q
    ||   |  ||| ||||| ||||   | || ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||    
T  13070084 gt---ctgattctcctcttgtgtgggccagttatcttttatttcttgaataattttggcttccacaataggatgagttgaaacaagccagaaaaaccaac 13069988  T
Q  411 ttagacctgaactaactgttccacttcctgc 441  Q
    | ||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  13069987 tgagacctgaagtaactgtgccatttcctgc 13069957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 14 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 30368313 - 30367905
Alignment:
Q  14 cctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttacccc 113  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||| | || ||| |  ||||    
T  30368313 cctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctcccc 30368214  T
Q  114 atatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcaca 213  Q
    |||||| || |||||||||||| ||||| | |||||| |||||||| ||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  30368213 atattttttccatccttcccatagcatacaaagagtaaattaacttggtatttggactaacattctctccactaggtagtatatcagatttgattgcact 30368114  T
Q  214 cttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtg 313  Q
      |  ||| ||| ||||||| |||||| | |||||  | |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||  |||| ||  || |   |||     
T  30368113 gataagctcaaaaggtacagtaggatacaacctcatggattcacatatagctccatggaggtagactagcttatcaaggctttccaccattga---agtt 30368017  T
Q  314 accaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaactta 413  Q
    | | |||| || |  | ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||| |    
T  30368016 atccaattctcatgttttgatacacaattatctttgatctcttgaataattttggcttccacaataggatgagttgaaacaagccagaaaaaccaactga 30367917  T
Q  414 gacctgaactaa 425  Q
    ||| ||||||||    
T  30367916 gacttgaactaa 30367905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 10 - 441
Target Start/End: Original strand, 13007183 - 13007611
Alignment:
Q  10 aggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatcctta 109  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| | ||||| | ||||||||| ||||||||||| | ||  || |      
T  13007183 aggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttct 13007282  T
Q  110 ccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattg 209  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || || | |||||| | |||| | ||||||||  |||||   |||||||||||||||||||| |  |||||||    
T  13007283 ccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcggaattgattg 13007382  T
Q  210 cacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaatt 309  Q
    ||||  | |||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| ||| |   || |||| |||      
T  13007383 cacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcatggcttcacatagagctccatggaggtacactagcttatcaagatccacatctctcaaagg 13007482  T
Q  310 agtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaa 409  Q
    |||   |  ||| ||||| ||||   | || |||||||| || |||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  13007483 agt---ctgattctcctcttgtgtgggccagttatctttgatttcttgaataattttggcttccacaataggatgagttgaaacaagccagaaaaaccaa 13007579  T
Q  410 cttagacctgaactaactgttccacttcctgc 441  Q
    || ||||||||||||| ||| ||| |||||||    
T  13007580 ctgagacctgaactaattgtgccatttcctgc 13007611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 10 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 12964084 - 12963821
Alignment:
Q  10 aggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatcctta 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || || ||||| | |||| ||| |||||||||||| || ||||||||||| |||| ||| |      
T  12964084 aggacctgcattgaatgctatgaacttataagatggcacttgtataatttctcctctatttgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttct 12963985  T
Q  110 ccccatatttgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattg 209  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||| ||||||||  ||||||  ||||||||||||| |||||| | ||| ||||    
T  12963984 ccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtaatatatctgatttaattg 12963885  T
Q  210 cacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaag 273  Q
    |||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  12963884 cacacttgtgttcaaatggtataggaggataaagccttaaagcttcacaaatagctccatgaag 12963821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 19 - 441
Target Start/End: Original strand, 13100992 - 13101411
Alignment:
Q  19 attgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatt 118  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| | ||||| | ||||||||| ||||||||||| | ||  || |  |||||||||    
T  13100992 attgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatt 13101091  T
Q  119 tgtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgt 218  Q
    |||| |||||||||||| || || | |||||| | |||| | ||||||||  ||| |   ||||||||||| |||||||| | |||||||| |||  | |    
T  13101092 tgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaaaacgctctccactaggaagtatatcggatttgattgaacatatat 13101191  T
Q  219 gctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtgaccaa 318  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| |  ||| ||||  |   ||  | |      
T  13101192 gctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctccatggaggtacactagcttatcaagatactcatctctcga---aggaatctg 13101288  T
Q  319 attatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacct 418  Q
    ||| ||||| ||||   |||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||| ||    
T  13101289 attctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttggcttccacaataggatgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagct 13101388  T
Q  419 gaactaactgttccacttcctgc 441  Q
    ||||||||||  ||| |||||||    
T  13101389 gaactaactgggccatttcctgc 13101411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 20 - 438
Target Start/End: Original strand, 13094392 - 13094807
Alignment:
Q  20 ttgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatattt 119  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||  | || |||||||||||||| ||||||||||| | ||  || |  ||||||||||    
T  13094392 ttgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatattt 13094491  T
Q  120 gtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtg 219  Q
    ||| |||||||||||| | ||| | |||||| |||||  | ||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||||  | ||    
T  13094492 gttccatccttcccatagaatacaaagagtaaattaaagttgtatttggagtaacatggtatccactaggtagtatatcagatttgattgcacagatatg 13094591  T
Q  220 ctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtgaccaaa 319  Q
    || ||| |||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| |   || | || ||   ||| | |  |    
T  13094592 ctcaaaaggtacaggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatccacatccctcaa---agtaatccga 13094688  T
Q  320 ttatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctg 419  Q
    | ||||||  ||| ||  ||||||||| | ||||||||||| |||||  ||||||| || |||| |||||||| |||||| || |||||||| ||| |||    
T  13094689 taatcctctcgtgttaaccaattatctctgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccagaaaaaccaactgagagctg 13094788  T
Q  420 aactaactgttccacttcc 438  Q
    |||||| ||| ||| ||||    
T  13094789 aactaattgtaccatttcc 13094807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 334 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 12963796 - 12963676
Alignment:
Q  334 tagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttcca 433  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12963796 tagaaaattatctttaatctcttgaataattttagtttccacaataggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttcca 12963697  T
Q  434 cttcctgcagctaagagattg 454  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  12963696 cttcctgcagctaagagattg 12963676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 425
Target Start/End: Original strand, 13129821 - 13130223
Alignment:
Q  20 ttgaatgctatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatattt 119  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |||  | || |||||||||||||| ||||||||||| | ||  || |  ||||||||||    
T  13129821 ttgaaagctacgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatattt 13129920  T
Q  120 gtttcatccttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtg 219  Q
    ||| |||||||||||| | ||| | |||||| || ||  | ||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||| |||  | ||    
T  13129921 gttccatccttcccatagaatacaaagagtaaatcaaagttgtatttggactaacatggtatccactaggtagtatatcagatttgattgaacagatatg 13130020  T
Q  220 ctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtgaccaaa 319  Q
    || ||| |||| ||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| |   ||   || ||   ||| | |  |    
T  13130021 ctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatccacatgcctcaa---agtaatccga 13130117  T
Q  320 ttatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctg 419  Q
    ||| |||| |||| ||  ||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||| || |||| |||||||| |||||| || |||||||| ||| |||    
T  13130118 ttaccctcttgtgttaaccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccagaaaaaccaactgagagctg 13130217  T
Q  420 aactaa 425  Q
    ||||||    
T  13130218 aactaa 13130223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 28 - 425
Target Start/End: Original strand, 13161522 - 13161916
Alignment:
Q  28 tatgaacttgtaagagggtacatgcataatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccatatttgtttcatc 127  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||  | || |||||||||||||| ||||||||||| | ||  || |  ||||||| ||||| ||||    
T  13161522 tatgaacttgtaagaaggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttccccccatagttgttccatc 13161621  T
Q  128 cttcccattgcataaatagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatg 227  Q
    || ||||| | ||| |||||||| |||||  | ||||||||  ||| |   |||||||||||||||||||| | ||||||||||||  | |||| ||| |    
T  13161622 ctgcccatagaatacatagagtacattaaacttgtatttggactaatacgttctccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaag 13161721  T
Q  228 gtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtgaccaaattatcctc 327  Q
    ||| ||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||     || | || ||| ||   | |  |||||||||    
T  13161722 gtataggtggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagaaccacatccctcaaaata---atccgattatcctc 13161818  T
Q  328 atgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaa 425  Q
     |||| ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||| || |||| ||||||||  ||||| || |||||||| ||| |||||||||    
T  13161819 ttgtgttagccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaaggagccagaaaaaccaactgagagctgaactaa 13161916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 343 - 441
Target Start/End: Original strand, 13214132 - 13214230
Alignment:
Q  343 atcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcctgc 441  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| || |||||| | |||||||||| |||||  ||| |||||||    
T  13214132 atcttttatttcttgaataattttagcttccacaataagatgagttgaaacaagccagaaaaaccaaatgagacctgaacgaactgggccatttcctgc 13214230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 190 - 441
Target Start/End: Original strand, 19727316 - 19727564
Alignment:
Q  190 tagtatatcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttatta 289  Q
    |||||||| || ||||||||||||  | |||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| | |||| || ||||||||||| |||| |    
T  19727316 tagtatatgagatttgattgcacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggcttaacatagatctccgtggaggtacactagcttatca 19727415  T
Q  290 agcttttcaactcttaaattagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttg 389  Q
    || |   || |||| |||  |||   |   || ||||| ||||   | || |||||||| || |||||||| ||||| ||||| || || |||||||| |    
T  19727416 agatccacatctctcaaaggagt---ctggttctcctcttgtgtgggccagttatctttgatttcttgaataattttggcttcgacaataggatgagtcg 19727512  T
Q  390 aaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcctgc 441  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||  ||| |||||||    
T  19727513 aaacaagccaaaaaaaccaactgagacctgtactaactgggccatttcctgc 19727564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 576 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 19278817 - 19278744
Alignment:
Q  576 ttcttctctcttcatcacctttggaataataagttatacatttggacaagaattggtgaagattttcttgagctacc 652  Q
    ||||| |||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  19278817 ttcttttctcttcatcacctttg---taataagatatacatttgttcaagaattcgtgaagattttctttagctacc 19278744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 336 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 31396562 - 31396456
Alignment:
Q  336 gacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgggatgagttg-aaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccac 434  Q
    |||| |||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||  | |||||||||| |||||||||| || |||||||  |||| |||||||| ||| |||     
T  31396562 gacagttatcttgaatctcttgaataattttggcttccacattaggatgagttgaaaacaagccagaaaaaccaaccgagacttgaactaattgtgccat 31396463  T
Q  435 ttcctgc 441  Q
    |||||||    
T  31396462 ttcctgc 31396456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 233 - 270
Target Start/End: Original strand, 12176004 - 12176041
Alignment:
Q  233 ggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatg 270  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  12176004 ggaggataaagcctcaaggcttcacataaagctccatg 12176041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University