View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18070_low_4 (Length: 423)

Name: NF18070_low_4
Description: NF18070
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18070_low_4
NF18070_low_4
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (12-407)||(11004320-11004715)
chr3 (56-250)||(9105277-9105471)
chr3 (42-250)||(9697588-9697798)
chr3 (42-250)||(43547725-43547935)
chr3 (57-250)||(21847111-21847306)
chr3 (57-250)||(21850201-21850396)
chr3 (99-250)||(54171924-54172079)
chr3 (253-360)||(11023368-11023475)
chr3 (99-250)||(54167344-54167499)
chr3 (253-360)||(11014055-11014162)
chr3 (96-250)||(39399124-39399277)
chr3 (57-176)||(43554645-43554764)
chr3 (184-250)||(43554294-43554361)
chr3 (359-407)||(11014200-11014248)
chr3 (96-206)||(38175787-38175896)
chr3 (71-191)||(755891-756012)
chr3 (315-343)||(6992241-6992269)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (36-250)||(33071920-33072134)
chr8 (51-250)||(42234650-42234849)
chr8 (57-250)||(28644564-28644757)
chr8 (57-250)||(30410291-30410484)
chr8 (99-250)||(43807485-43807638)
chr8 (99-250)||(43812044-43812197)
chr8 (57-250)||(38757005-38757186)
chr8 (99-250)||(197684-197839)
chr8 (99-250)||(202202-202357)
chr8 (99-250)||(312521-312676)
chr8 (99-250)||(317039-317194)
chr8 (57-200)||(30405782-30405925)
chr8 (146-250)||(41949804-41949908)
chr8 (175-250)||(41945341-41945416)
chr8 (210-250)||(30405918-30405958)
chr8 (77-240)||(27435172-27435329)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (12-250)||(35705636-35705874)
chr7 (53-253)||(47419536-47419736)
chr7 (57-250)||(27761399-27761592)
chr7 (57-250)||(22901156-22901351)
chr7 (57-250)||(27756848-27757041)
chr7 (36-250)||(7466464-7466667)
chr7 (99-250)||(7940083-7940238)
chr7 (99-250)||(7944636-7944791)
chr7 (42-185)||(733614-733756)
chr7 (150-240)||(37355573-37355663)
[»] chr4 (30 HSPs)
chr4 (40-250)||(10317008-10317218)
chr4 (36-250)||(8892561-8892776)
chr4 (57-250)||(31670092-31670286)
chr4 (56-250)||(53722009-53722203)
chr4 (42-250)||(27186144-27186356)
chr4 (42-245)||(43683621-43683813)
chr4 (42-250)||(50627889-50628085)
chr4 (99-250)||(44147025-44147180)
chr4 (99-250)||(44151560-44151715)
chr4 (99-250)||(3770844-3770999)
chr4 (36-156)||(35842843-35842963)
chr4 (96-247)||(41884930-41885079)
chr4 (96-250)||(31359153-31359306)
chr4 (96-250)||(49274514-49274666)
chr4 (157-250)||(31354680-31354772)
chr4 (253-342)||(48842769-48842858)
chr4 (253-337)||(45346804-45346888)
chr4 (255-343)||(48872663-48872751)
chr4 (255-343)||(48877967-48878055)
chr4 (253-343)||(45364089-45364180)
chr4 (253-343)||(45375329-45375420)
chr4 (253-343)||(45382908-45382999)
chr4 (253-310)||(45342330-45342387)
chr4 (182-222)||(35842800-35842840)
chr4 (70-218)||(53785880-53786028)
chr4 (150-204)||(45976223-45976277)
chr4 (253-300)||(48865647-48865694)
chr4 (255-297)||(48856158-48856200)
chr4 (359-387)||(45342474-45342502)
chr4 (359-387)||(45346948-45346976)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (57-250)||(17096236-17096429)
chr6 (36-250)||(17895664-17895879)
chr6 (57-250)||(27552072-27552265)
chr6 (36-250)||(14531728-14531943)
chr6 (66-250)||(8315474-8315659)
chr6 (66-250)||(8320013-8320197)
chr6 (36-250)||(17886789-17886998)
chr6 (53-250)||(17779916-17780114)
chr6 (66-250)||(27574709-27574882)
chr6 (96-214)||(6440862-6440979)
chr6 (146-204)||(17163676-17163734)
chr6 (149-239)||(17159610-17159701)
chr6 (150-240)||(7888213-7888305)
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (36-250)||(32485926-32486141)
chr5 (53-250)||(30695295-30695492)
chr5 (36-250)||(19502309-19502525)
chr5 (36-255)||(36632311-36632518)
chr5 (43-250)||(26336753-26336962)
chr5 (12-201)||(20830246-20830434)
chr5 (110-255)||(40371750-40371895)
chr5 (78-232)||(43384972-43385126)
chr5 (99-250)||(7099374-7099529)
chr5 (99-250)||(7103943-7104098)
chr5 (99-250)||(12018733-12018888)
chr5 (99-250)||(12023291-12023446)
chr5 (99-250)||(16794110-16794265)
chr5 (99-250)||(16798671-16798826)
chr5 (56-250)||(40367572-40367755)
chr5 (150-250)||(10277206-10277306)
chr5 (96-250)||(10274548-10274701)
chr5 (99-250)||(37682038-37682182)
chr5 (99-250)||(37658734-37658878)
chr5 (130-201)||(20808675-20808746)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (36-250)||(43591762-43591976)
chr1 (57-250)||(16588440-16588633)
chr1 (66-250)||(39793833-39794017)
chr1 (57-250)||(26311524-26311705)
chr1 (57-250)||(26316015-26316196)
chr1 (96-250)||(10504438-10504591)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (66-250)||(8050841-8051025)
chr2 (57-250)||(12999426-12999620)
chr2 (66-250)||(8055394-8055578)
chr2 (57-250)||(6463400-6463581)
chr2 (99-250)||(36670505-36670660)
chr2 (99-250)||(36675053-36675208)
chr2 (90-250)||(13270980-13271129)
chr2 (96-250)||(35950440-35950593)
chr2 (96-247)||(41093829-41093979)
chr2 (146-239)||(29767953-29768047)
[»] scaffold0440 (2 HSPs)
scaffold0440 (99-250)||(7508-7662)
scaffold0440 (99-250)||(2982-3137)
[»] scaffold0044 (2 HSPs)
scaffold0044 (99-250)||(44865-45020)
scaffold0044 (99-250)||(49445-49600)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (143-252)||(60194-60304)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 407
Target Start/End: Original strand, 11004320 - 11004715
Alignment:
Q  12 agagataatggaattgaaaaatgaaaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11004320 agagataatggaattgaaaaatgaaaattgttattgatacttatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaggttgcttgaagca 11004419  T
Q  112 caagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattg 211  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11004420 caaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattattcactgattg 11004519  T
Q  212 tgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaataagatgaactttgttgtgaatcatcaattcaaaaagctttagctatttttggtggaaaat 311  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  11004520 tgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaagatgaactatgttgtgaatcatcaattcaaaaagctttagcttttttaggtggaaaat 11004619  T
Q  312 acatgaatagtttttatatcatatctttaacataaccccctgaaactactctacaccacttgatcaaagcctgtgataccattacatgaacaaact 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11004620 acatgaatagtttttatatcatatctttaacataaccccctgaaactactctacaccacttgatcaaagcctgtgataccatttcatgaacaaact 11004715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 56 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 9105471 - 9105277
Alignment:
Q  56 gaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaac 155  Q
    ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  9105471 gaaaatatacaaaggaggtagctcatatacaatgtctagttaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaac 9105372  T
Q  156 aaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9105371 aaacttgtaacatacttcataacaaactaaagcaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 9105277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 42 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 9697798 - 9697588
Alignment:
Q  42 ttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 141  Q
    |||||||| || | ||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9697798 ttattgattctcatgaaaatatacaaaggaggcagcttatatacaatgtctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgttacaaactctagatcttatt 9697699  T
Q  142 tgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagct-aaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaatta 239  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  9697698 tgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgattaatcactaattgtgattatcactaaaactaaacttgaatta 9697599  T
Q  240 aaacaaactaa 250  Q
    |||||||||||    
T  9697598 aaacaaactaa 9697588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 42 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 43547935 - 43547725
Alignment:
Q  42 ttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 141  Q
    |||||||| || | ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43547935 ttattgattctgatgaaaatatacaaaggagatagcttatatacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 43547836  T
Q  142 tgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagct-aaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaatta 239  Q
    || |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  43547835 tgttaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtaattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaatta 43547736  T
Q  240 aaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||    
T  43547735 aaacaagctaa 43547725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 57 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 21847306 - 21847111
Alignment:
Q  57 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 156  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  21847306 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 21847207  T
Q  157 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaatt-aaaacaaactaa 250  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21847206 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaactgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaaacaaactaa 21847111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 57 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 21850396 - 21850201
Alignment:
Q  57 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 156  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  21850396 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 21850297  T
Q  157 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaatt-aaaacaaactaa 250  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21850296 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaactgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaaacaaactaa 21850201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Original strand, 54171924 - 54172079
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  54171924 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 54172023  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  54172024 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 54172079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 253 - 360
Target Start/End: Original strand, 11023368 - 11023475
Alignment:
Q  253 agatgaactttgttgtgaatcatcaattcaaaaagctttagctatttttggtggaaaatacatgaatagtttttatatcatatctttaacataaccccct 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11023368 agatgaactttgttgtgaatcatcaattccaaaagctttagctattttaggtggaaagtacatgaatagtttttatatcatatctttaacataaccccct 11023467  T
Q  353 gaaactac 360  Q
    ||||||||    
T  11023468 gaaactac 11023475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Original strand, 54167344 - 54167499
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatc--ttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   |  ||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  54167344 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacacccttatttggtaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 54167443  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  54167444 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 54167499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 253 - 360
Target Start/End: Original strand, 11014055 - 11014162
Alignment:
Q  253 agatgaactttgttgtgaatcatcaattcaaaaagctttagctatttttggtggaaaatacatgaatagtttttatatcatatctttaacataaccccct 352  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  11014055 agatgaactttgttaggaatcatcaattcaaaaagcttaagctattttaggtggaaaatacatgaatagtttttatatcatatctttaacataacccctt 11014154  T
Q  353 gaaactac 360  Q
    ||||||||    
T  11014155 gaaactac 11014162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 96 - 250
Target Start/End: Original strand, 39399124 - 39399277
Alignment:
Q  96 taggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 195  Q
    ||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  |||||  |||||| ||||||||||||  |||||||||| || || | ||||||    
T  39399124 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgt 39399222  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39399223 gattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 39399277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 57 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 43554764 - 43554645
Alignment:
Q  57 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 156  Q
    |||||||| ||| |||||| || |||||||||||||  ||| |||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  43554764 aaaatatacaaaagaggtagctcatatacaatgtcttactaagttgcttgaaacagaagcaatgtaataaactctagatcttatttgttaacctctaaca 43554665  T
Q  157 aacttgtaacaatcttcata 176  Q
    |||||||||||| |||||||    
T  43554664 aacttgtaacaaacttcata 43554645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 184 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 43554361 - 43554294
Alignment:
Q  184 aaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  43554361 aaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 43554294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 359 - 407
Target Start/End: Original strand, 11014200 - 11014248
Alignment:
Q  359 actctacaccacttgatcaaagcctgtgataccattacatgaacaaact 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11014200 actctacaccacttgatcaaagcctgtgataccatttcatgaacaaact 11014248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 96 - 206
Target Start/End: Original strand, 38175787 - 38175896
Alignment:
Q  96 taggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 195  Q
    ||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||| |||||||  |||||  |||||| ||||||||||||  |||||||||| || |||| ||||||    
T  38175787 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-atcttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaaactaaatgt 38175885  T
Q  196 gattaatcact 206  Q
    |||||| ||||    
T  38175886 gattaaccact 38175896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 71 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 756012 - 755891
Alignment:
Q  71 aggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctaga-tcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaat 169  Q
    ||||| ||||||||||   ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||   | ||||| | ||   |||||||||||||||||||     
T  756012 aggtagcttatatacaccatctagttaggtagcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctaaccttttattagttacactctaacaaacttgtaacaaa 755913  T
Q  170 cttcataacaagctaaaacaaa 191  Q
    ||||| ||||| ||||||||||    
T  755912 cttcaaaacaaactaaaacaaa 755891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 315 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 6992269 - 6992241
Alignment:
Q  315 tgaatagtttttatatcatatctttaaca 343  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6992269 tgaatagtttttatatcatatctttaaca 6992241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 159; Significance: 2e-84; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 36 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 33072134 - 33071920
Alignment:
Q  36 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 135  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33072134 aaattgttattgatgctaatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 33072035  T
Q  136 cttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttga 235  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33072034 cttatttgctaacctccaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaagaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaactaaacttga 33071935  T
Q  236 attaaaacaaactaa 250  Q
    |||||||||||||||    
T  33071934 attaaaacaaactaa 33071920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 51 - 250
Target Start/End: Original strand, 42234650 - 42234849
Alignment:
Q  51 cttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaactt 150  Q
    |||| ||||||||| |||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42234650 cttatgaaaatatacaaagaaggtagtttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacct 42234749  T
Q  151 ctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42234750 ctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 42234849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 57 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 28644757 - 28644564
Alignment:
Q  57 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 156  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  28644757 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacactgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 28644658  T
Q  157 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28644657 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 28644564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 57 - 250
Target Start/End: Original strand, 30410291 - 30410484
Alignment:
Q  57 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 156  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||    
T  30410291 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaaatctagatcttatctactaacctctaaca 30410390  T
Q  157 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30410391 aacttgtaacaaacttcataacaaattaaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 30410484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Original strand, 43807485 - 43807638
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtg 196  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  43807485 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtg 43807584  T
Q  197 attaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  43807585 attaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaagctaa 43807638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Original strand, 43812044 - 43812197
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtg 196  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  43812044 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtg 43812143  T
Q  197 attaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  43812144 attaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaagctaa 43812197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 57 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 38757186 - 38757005
Alignment:
Q  57 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 156  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  38757186 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatatctggctaggttgcttgaatcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 38757087  T
Q  157 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    ||||||||            |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38757086 aacttgta------------acaaactaaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 38757005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Original strand, 197684 - 197839
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  197684 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 197783  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  197784 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 197839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Original strand, 202202 - 202357
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  202202 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 202301  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  202302 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 202357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Original strand, 312521 - 312676
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  312521 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 312620  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  312621 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 312676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Original strand, 317039 - 317194
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  317039 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 317138  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  317139 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 317194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 57 - 200
Target Start/End: Original strand, 30405782 - 30405925
Alignment:
Q  57 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 156  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||    
T  30405782 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaattctagatcttatctactaacctctaaca 30405881  T
Q  157 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgatta 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  30405882 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtgatta 30405925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 146 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 41949908 - 41949804
Alignment:
Q  146 aacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaa 245  Q
    ||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||    
T  41949908 aacttgtaaccaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacagagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaactaagcttgaattaaaagaa 41949809  T
Q  246 actaa 250  Q
    |||||    
T  41949808 actaa 41949804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 175 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 41945416 - 41945341
Alignment:
Q  175 taacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41945416 taacaaactaaaacaaagtgtgattaatcattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 41945341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 210 - 250
Target Start/End: Original strand, 30405918 - 30405958
Alignment:
Q  210 tgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30405918 tgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 30405958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 77 - 240
Target Start/End: Original strand, 27435172 - 27435329
Alignment:
Q  77 cttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaat-cttcat 175  Q
    |||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||  || ||| |||||      | |||||||||||||||   ||||    
T  27435172 cttatatacaatatctacttaggttgcttgaagcacaagctatgtaacaaaccctaactc-tatgtgcta------atcaaacttgtaacaataactcat 27435264  T
Q  176 aacaagctaaaacaa-aatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaa 240  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||| |||| | || |||||||||| || |||||| |||||||    
T  27435265 aacaaactaaaacaataatgtgattaaccactaagtgagattatcact-aagtaaactagaattaa 27435329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 153; Significance: 6e-81; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 12 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 35705874 - 35705636
Alignment:
Q  12 agagataatggaattgaaaaatgaaaattgttattgatacttacgaaaatatataaagga-ggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagc 110  Q
    |||||| |||||| |||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  35705874 agagatgatggaaatgaaaagtgaac-ttgttattgatacttatgaaaatatacaaagaaaggtagcttatatacaatgtctagct-ggttgcttgaagc 35705777  T
Q  111 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataa-caagctaaaacaaaatgtgattaatcactgat 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35705776 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaactccataaacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgat 35705677  T
Q  210 tgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35705676 tgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 35705636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 53 - 253
Target Start/End: Original strand, 47419536 - 47419736
Alignment:
Q  53 tacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttct 152  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||    
T  47419536 tacgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaaacacaaacaatgtaacaaactctagatattatctgctaacctct 47419635  T
Q  153 aacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaata 252  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  47419636 aagaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaaataata 47419735  T
Q  253 a 253  Q
    |    
T  47419736 a 47419736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 57 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 27761592 - 27761399
Alignment:
Q  57 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 156  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| |||||||    
T  27761592 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctacaaacctctaaca 27761493  T
Q  157 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27761492 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 27761399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 57 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 22901351 - 22901156
Alignment:
Q  57 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 156  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  22901351 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 22901252  T
Q  157 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  22901251 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaactttaattaaaacaaactaa 22901156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 57 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 27757041 - 27756848
Alignment:
Q  57 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 156  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| |||||||    
T  27757041 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctacaaacctctaaca 27756942  T
Q  157 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27756941 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgcgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 27756848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 36 - 250
Target Start/End: Original strand, 7466464 - 7466667
Alignment:
Q  36 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 135  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7466464 aaattgttattgatacttatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagat 7466563  T
Q  136 cttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttg 234  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||            |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||    
T  7466564 cttatttgctaacctctaacaaacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttg 7466651  T
Q  235 aattaaaacaaactaa 250  Q
    ||||||||||||||||    
T  7466652 aattaaaacaaactaa 7466667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Original strand, 7940083 - 7940238
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  7940083 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7940182  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7940183 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 7940238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Original strand, 7944636 - 7944791
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  7944636 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7944735  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7944736 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 7944791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 42 - 185
Target Start/End: Original strand, 733614 - 733756
Alignment:
Q  42 ttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 141  Q
    |||||||| |||| |||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  733614 ttattgat-cttatgaaagtatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 733712  T
Q  142 tgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaa 185  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||| ||||    
T  733713 tgctaacctctaacaaaattgtaacaaatttcataacaaactaa 733756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 150 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 37355663 - 37355573
Alignment:
Q  150 tctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaa-aatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaa 240  Q
    ||||| |||||||||||||  |||||||||| ||||| ||| ||| ||||||| |||| | ||||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  37355663 tctaagaaacttgtaacaactttcataacaaactaaagcaataatatgattaaccactaagtgtgattatcact-aggtaaacttgaattaa 37355573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 151; Significance: 9e-80; HSPs: 30)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 40 - 250
Target Start/End: Original strand, 10317008 - 10317218
Alignment:
Q  40 tgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatctta 139  Q
    ||||||| || |||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10317008 tgttattaattcttatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatctta 10317107  T
Q  140 tttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaatta 239  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  10317108 tttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactacaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattataactaaactaaacttgaatta 10317207  T
Q  240 aaacaaactaa 250  Q
    |||||||||||    
T  10317208 aaacaaactaa 10317218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 36 - 250
Target Start/End: Original strand, 8892561 - 8892776
Alignment:
Q  36 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 135  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  8892561 aaattgttattgatacttgtgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcgatgtaacaaactctatat 8892660  T
Q  136 cttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttg 234  Q
    ||||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  8892661 cttatttgctaatctctaacaaatttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttg 8892760  T
Q  235 aattaaaacaaactaa 250  Q
    ||||||||||||||||    
T  8892761 aattaaaacaaactaa 8892776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 57 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 31670286 - 31670092
Alignment:
Q  57 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 156  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  31670286 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcagaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 31670187  T
Q  157 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  31670186 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaactgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 31670092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 56 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 53722203 - 53722009
Alignment:
Q  56 gaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaac 155  Q
    |||||| || |||||||||| |||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||    
T  53722203 gaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatatagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctagcctctaac 53722104  T
Q  156 aaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  53722103 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 53722009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 42 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 27186356 - 27186144
Alignment:
Q  42 ttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 141  Q
    |||||||| || | ||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27186356 ttattgattctcatgaaaatatacaaaggaggcagcttatatacaatgtctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgttacaaactctagatcttatt 27186257  T
Q  142 tgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataac-aagct--aaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaat 237  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  27186256 tgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaaactaaaaaacaaaatgtgattaatcactaattgtgattatcactaaaactaaacttgaat 27186157  T
Q  238 taaaacaaactaa 250  Q
    |||||||||||||    
T  27186156 taaaacaaactaa 27186144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 42 - 245
Target Start/End: Original strand, 43683621 - 43683813
Alignment:
Q  42 ttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 141  Q
    ||||| || |||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  43683621 ttattaattcttatgaaaatatacaaaggatgtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctatatcttatt 43683720  T
Q  142 tgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaa 241  Q
    ||||||| |||||||||           ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  43683721 tgctaacctctaacaaa-----------cttcataacaaactaaaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaataaacttgaattaaa 43683809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 42 - 250
Target Start/End: Original strand, 50627889 - 50628085
Alignment:
Q  42 ttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 141  Q
    |||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50627889 ttattgattctgatgaaaatatataaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaactctagatcttatt 50627988  T
Q  142 tgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaa 240  Q
    ||||||| |||||||||||||            |||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||    
T  50627989 tgctaacctctaacaaacttg------------taacaaactaaaaaaaaaagtgattaatcactgattgtgatta-cactaaaactaatcttgaattaa 50628075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 44147180 - 44147025
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  44147180 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44147081  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44147080 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 44147025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 44151715 - 44151560
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  44151715 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44151616  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44151615 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 44151560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 3770999 - 3770844
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  3770999 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 3770900  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  3770899 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 3770844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 36 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 35842963 - 35842843
Alignment:
Q  36 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35842963 aaattgttattgatgcttatgaaaatatacaaaggaggtagtttatatacaatgtctaactaagttgcttgaagcacaagcattgtaacaaactctagat 35842864  T
Q  136 cttatttgctaacttctaaca 156  Q
    ||||||||||||| |||||||    
T  35842863 cttatttgctaacctctaaca 35842843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 96 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 41885079 - 41884930
Alignment:
Q  96 taggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 195  Q
    ||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||| |||||||  |||||  |||||| ||||||||||||  |||||||||| || || | ||||||    
T  41885079 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-atcttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaa-ttcataacaaactgaatctaaatgt 41884982  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaac 247  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41884981 gattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaac 41884930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 96 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 31359306 - 31359153
Alignment:
Q  96 taggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 195  Q
    ||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  |||||  |||||| ||||||||||||  |||||| ||| || || | ||||||    
T  31359306 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcatagcaaactgaatctaaatgt 31359208  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| |||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  31359207 gattaaccactaattgtgattatcattaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 31359153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 96 - 250
Target Start/End: Original strand, 49274514 - 49274666
Alignment:
Q  96 taggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 195  Q
    ||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  |||||  |||||| ||||||||||||  |||||||||| || || | ||||||    
T  49274514 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaa-ttcataacaaactgaatctaaatgt 49274611  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| |||| ||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  49274612 gattaaccactaattatgatcatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 49274666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 157 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 31354772 - 31354680
Alignment:
Q  157 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    ||||||||||||  |||||||||| || || | |||||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  31354772 aacttgtaacaaaattcataacaa-ctgaatctaaatgtgattaaccactaattgtaattatcactaaactaaacttaaattaaaacaaactaa 31354680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 253 - 342
Target Start/End: Original strand, 48842769 - 48842858
Alignment:
Q  253 agatgaactttgttgtgaatcatcaattcaaaaagctttagctatttttggtggaaaatacatgaatagtttttatatcatatctttaac 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  || ||||||||| |  |||||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  48842769 agatgaactttgttgtgaatcatcaatccaaaaaagttaagctattttagacggaaaacacatgaacagtttttatattatatctctaac 48842858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 253 - 337
Target Start/End: Original strand, 45346804 - 45346888
Alignment:
Q  253 agatgaactttgttgtgaatcatcaattcaaaaagctttagctatttttggtggaaaatacatgaatagtttttatatcatatct 337  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| || | ||| |||||||||| ||||||    
T  45346804 agatgagctttgtcgtgaatcatcaattcaaaaagcttgagctattgtaggtggaaaacacgtaaatggtttttatattatatct 45346888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 255 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 48872751 - 48872663
Alignment:
Q  255 atgaactttgttgtgaatcatcaattcaaaaagctttagctatttttggtggaaaatacatgaatagtttttatatcatatctttaaca 343  Q
    |||||||| || |||||||||| |||||||||| || || |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  48872751 atgaacttggtcgtgaatcatcgattcaaaaaggttgagttattttaggtggaaaacacatgaaaagtttttatattatatctctaaca 48872663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 255 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 48878055 - 48877967
Alignment:
Q  255 atgaactttgttgtgaatcatcaattcaaaaagctttagctatttttggtggaaaatacatgaatagtttttatatcatatctttaaca 343  Q
    |||||||| || |||||||||| |||||||||| || || |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  48878055 atgaacttggtcgtgaatcatcgattcaaaaaggttgagttattttaggtggaaaacacatgaaaagtttttatattatatctctaaca 48877967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 253 - 343
Target Start/End: Original strand, 45364089 - 45364180
Alignment:
Q  253 agatgaactttgttgtgaatcatcaattcaaaaagctttagcta-tttttggtggaaaatacatgaatagtttttatatcatatctttaaca 343  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||| ||||| | ||||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  45364089 agatgaactttgtcttgaatcatcaattcaaaaagcttgagctacttataggttgaaaacatatgaacagtttttatattatatctctaaca 45364180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 253 - 343
Target Start/End: Original strand, 45375329 - 45375420
Alignment:
Q  253 agatgaactttgttgtgaatcatcaattcaaaaagctttagcta-tttttggtggaaaatacatgaatagtttttatatcatatctttaaca 343  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||| ||||| | ||||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  45375329 agatgaactttgtcttgaatcatcaattcaaaaagcttgagctacttataggttgaaaacatatgaacagtttttatattatatctctaaca 45375420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 253 - 343
Target Start/End: Original strand, 45382908 - 45382999
Alignment:
Q  253 agatgaactttgttgtgaatcatcaattcaaaaagctttagcta-tttttggtggaaaatacatgaatagtttttatatcatatctttaaca 343  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||| ||||| | ||||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  45382908 agatgaactttgtcttgaatcatcaattcaaaaagcttgagctacttataggttgaaaacatatgaacagtttttatattatatctctaaca 45382999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 253 - 310
Target Start/End: Original strand, 45342330 - 45342387
Alignment:
Q  253 agatgaactttgttgtgaatcatcaattcaaaaagctttagctatttttggtggaaaa 310  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||    
T  45342330 agatgagctttgtcgtgaatcatcaattcaaaaagcttgagctattgtaggtggaaaa 45342387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 182 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 35842840 - 35842800
Alignment:
Q  182 ctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact 222  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35842840 ctaaaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcact 35842800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 70 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 53786028 - 53785880
Alignment:
Q  70 gaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaat 169  Q
    |||||| ||||||||| |   |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||  | | ||  ||||  ||||||||||||||||||||     
T  53786028 gaggtagcttatatactagaactagttaggttgcttgaagcacaagctatgtaacaaaccctaactat-ataagctagtttctaacaaacttgtaacaaa 53785930  T
Q  170 cttcataacaagctaaaaca--aaatgtgattaatcactgattgtgattat 218  Q
     ||| |||||| | ||||||  |||||||||||| |||||| |||||||||    
T  53785929 -ttcttaacaaacaaaaacactaaatgtgattaaccactgagtgtgattat 53785880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 150 - 204
Target Start/End: Original strand, 45976223 - 45976277
Alignment:
Q  150 tctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatca 204  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  45976223 tctaaaaaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacaagatgtgattaatca 45976277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 253 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 48865694 - 48865647
Alignment:
Q  253 agatgaactttgttgtgaatcatcaattcaaaaagctttagctatttt 300  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||||||    
T  48865694 agatgaactttgtcgtgaatgatccattcaaaaagcttgagctatttt 48865647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 255 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 48856200 - 48856158
Alignment:
Q  255 atgaactttgttgtgaatcatcaattcaaaaagctttagctat 297  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  48856200 atgaattttgtcgtgaatcatcaattcaaaaagcttaagctat 48856158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 359 - 387
Target Start/End: Original strand, 45342474 - 45342502
Alignment:
Q  359 actctacaccacttgatcaaagcctgtga 387  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45342474 actctacaccacttgatcaaagcctgtga 45342502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 359 - 387
Target Start/End: Original strand, 45346948 - 45346976
Alignment:
Q  359 actctacaccacttgatcaaagcctgtga 387  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45346948 actctacaccacttgatcaaagcctgtga 45346976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 150; Significance: 4e-79; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 57 - 250
Target Start/End: Original strand, 17096236 - 17096429
Alignment:
Q  57 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 156  Q
    ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||    
T  17096236 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactatagatcttatctgctaacctctaaca 17096335  T
Q  157 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17096336 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 17096429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 36 - 250
Target Start/End: Original strand, 17895664 - 17895879
Alignment:
Q  36 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 135  Q
    ||||||||||| || |||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17895664 aaattgttatttattcttatgaaaaaatacaaaggaggtagcttatatacaatgcctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaattctagat 17895763  T
Q  136 cttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttg 234  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  17895764 cttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcagaacaaactaaaataaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttg 17895863  T
Q  235 aattaaaacaaactaa 250  Q
    ||||||||||||||||    
T  17895864 aattaaaacaaactaa 17895879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 57 - 250
Target Start/End: Original strand, 27552072 - 27552265
Alignment:
Q  57 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 156  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||    
T  27552072 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacgtttaaca 27552171  T
Q  157 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27552172 aacctgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 27552265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 36 - 250
Target Start/End: Original strand, 14531728 - 14531943
Alignment:
Q  36 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 135  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||| ||||| ||||   ||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14531728 aaattgttattgattctaatgaaaatatacaaaggtggtagagtatatacaatgtctagctaagttgcttcaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 14531827  T
Q  136 cttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttg 234  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  14531828 cttatttgctaacctctaacaaacctgtaacaaacttcataacgaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattataactaaaactaaacttg 14531927  T
Q  235 aattaaaacaaactaa 250  Q
    ||||||||||||||||    
T  14531928 aattaaaacaaactaa 14531943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 66 - 250
Target Start/End: Original strand, 8315474 - 8315659
Alignment:
Q  66 aaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 165  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  8315474 aaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaa 8315573  T
Q  166 caatcttcataacaagctaaaacaaa-atgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8315574 caaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 8315659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 66 - 250
Target Start/End: Original strand, 8320013 - 8320197
Alignment:
Q  66 aaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 165  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  8320013 aaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaa 8320112  T
Q  166 caatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    ||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8320113 caaacttcataacaaactaaaacatattgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 8320197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 36 - 250
Target Start/End: Original strand, 17886789 - 17886998
Alignment:
Q  36 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 135  Q
    |||||| |||| || |||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17886789 aaattgctatttattcttatgaaaaaatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagctgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 17886888  T
Q  136 cttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttg 234  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||     ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  17886889 cttatttgctaacctctaacaaactt-ta-----ctttataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttg 17886982  T
Q  235 aattaaaacaaactaa 250  Q
    ||||||||||||||||    
T  17886983 aattaaaacaaactaa 17886998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 53 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 17780114 - 17779916
Alignment:
Q  53 tacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttct 152  Q
    ||||||||| || ||||||| || |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| | |||    
T  17780114 tacgaaaatgtacaaaggagatagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaaatcttatctactagcctct 17780015  T
Q  153 aacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaatt-aaaacaaactaa 250  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17780014 aacaaacttttaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatctctgattgtgattatcactaaactaaacttgaattcaaaacaaactaa 17779916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 66 - 250
Target Start/End: Original strand, 27574709 - 27574882
Alignment:
Q  66 aaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 165  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||        
T  27574709 aaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactttagatcttatctgctaacctctaacaaactt---- 27574804  T
Q  166 caatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
           |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27574805 -------cataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 27574882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 214
Target Start/End: Original strand, 6440862 - 6440979
Alignment:
Q  96 taggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 195  Q
    ||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  |||||  |||||| ||||||||||||  |||||||||| || || | ||||||    
T  6440862 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgt 6440960  T
Q  196 gattaatcactgattgtga 214  Q
    |||||| |||| |||||||    
T  6440961 gattaaccactaattgtga 6440979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 146 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 17163734 - 17163676
Alignment:
Q  146 aacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatca 204  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  17163734 aacttctaaccaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacaaagtgtgatcaatca 17163676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 149 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 17159701 - 17159610
Alignment:
Q  149 ttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatc-actgattgtgattatcactgaactaaacttgaatta 239  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||| ||||| |||||||||| | |||| |||| ||| ||  ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  17159701 ttctaaccaacttgtaacaaacgtcaaaacaaactaaaacaaagtatgatcaatcaactaatcatgattatcactaatctaaacttgaatta 17159610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 150 - 240
Target Start/End: Original strand, 7888213 - 7888305
Alignment:
Q  150 tctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaa-caaaatgtgattaatca-ctgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaa 240  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||| || |   ||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  7888213 tctaacaaagttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaatcaaagtgtgattaatcaactaaacatgattatcactaatgtaaacttgaattaa 7888305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 148; Significance: 6e-78; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 36 - 250
Target Start/End: Original strand, 32485926 - 32486141
Alignment:
Q  36 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 135  Q
    ||||||||||||||  | | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  | | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32485926 aaattgttattgattttaatgaaaatatataaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaaggaggttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 32486025  T
Q  136 cttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttg 234  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||    
T  32486026 cttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttg 32486125  T
Q  235 aattaaaacaaactaa 250  Q
    ||||||||||||||||    
T  32486126 aattaaaacaaactaa 32486141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 53 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 30695492 - 30695295
Alignment:
Q  53 tacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttct 152  Q
    ||||||||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||    
T  30695492 tacgaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatatactaacctct 30695393  T
Q  153 aacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30695392 aacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 30695295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 36 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 19502525 - 19502309
Alignment:
Q  36 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 135  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  19502525 aaattgttattgattcttatgaaaatatataaaggaggtagcttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctatat 19502426  T
Q  136 cttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtga-ttaatcactgattgtgattatcact-gaactaaactt 233  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  19502425 cttattttctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgatttaatcactgattgtgattatcactaaaactaaactt 19502326  T
Q  234 gaattaaaacaaactaa 250  Q
     ||||||||||||||||    
T  19502325 aaattaaaacaaactaa 19502309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 36 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 36632518 - 36632311
Alignment:
Q  36 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36632518 aaattgttattgatgcttatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 36632419  T
Q  136 cttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttga 235  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||            |||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36632418 cttatttgctaacctctaacaaacttgta------------acaaactaaaacaaagtgtgattattcactgattgtgattatcactaaactaaacttga 36632331  T
Q  236 attaaaacaaactaataaga 255  Q
    ||||||||||||||| ||||    
T  36632330 attaaaacaaactaacaaga 36632311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 43 - 250
Target Start/End: Original strand, 26336753 - 26336962
Alignment:
Q  43 tattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttattt 142  Q
    ||||||| || | ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26336753 tattgattctaatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttattt 26336852  T
Q  143 gctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagct-aaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaa 240  Q
    |||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  || ||||||||||||||    
T  26336853 gctaacctctaacaaacatgtaacaaacatcataacaaactaaaaacaaaatgtgattaatcaccgattgtgattatcactaaaattaaacttgaattaa 26336952  T
Q  241 aacaaactaa 250  Q
    ||||||||||    
T  26336953 aacaaactaa 26336962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 12 - 201
Target Start/End: Original strand, 20830246 - 20830434
Alignment:
Q  12 agagataatggaattgaaaaatgaaaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagca 111  Q
    |||||| || |||||||||| ||| |||||||||||||||| | |||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| || |||||| ||||||    
T  20830246 agagatgatagaattgaaaagtgagaattgttattgatactgatgaaaatatataa-gtaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagca 20830344  T
Q  112 caagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaa 201  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||||||    
T  20830345 caagcaatgtaacaaacacttgatcttatttgctaatctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaa 20830434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 110 - 255
Target Start/End: Original strand, 40371750 - 40371895
Alignment:
Q  110 cacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgat 209  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  40371750 cacaaacaatgtaataaactctagatcttatctactagcctctaacaaacttgtaacaatcttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatctctgat 40371849  T
Q  210 tgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaataaga 255  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40371850 tgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacaaga 40371895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 78 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 43385126 - 43384972
Alignment:
Q  78 ttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataa 177  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43385126 ttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaaacttcataa 43385027  T
Q  178 caagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaact 232  Q
    ||| ||||||  |||||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  43385026 caaactaaaagcaaatgtgattaaccactaattatgattatcactaaactaaact 43384972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Original strand, 7099374 - 7099529
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  7099374 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7099473  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7099474 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 7099529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Original strand, 7103943 - 7104098
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  7103943 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7104042  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7104043 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 7104098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 12018888 - 12018733
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  12018888 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 12018789  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  12018788 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 12018733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 12023446 - 12023291
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  12023446 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 12023347  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  12023346 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 12023291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 16794265 - 16794110
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  16794265 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 16794166  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16794165 gattaaccacttattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 16794110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 16798826 - 16798671
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  16798826 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 16798727  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16798726 gattaaccacttattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 16798671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 56 - 250
Target Start/End: Original strand, 40367572 - 40367755
Alignment:
Q  56 gaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggtt-gctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaa 154  Q
    |||||| || |||||||||| |||||||||||| |||| | | ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||    
T  40367572 gaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctaaccaagtttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactagcctctaa 40367671  T
Q  155 caaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||||||||||| ||            |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  40367672 caaacttgtaacaaact------------aaaacaaaatgtgattaatctctgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 40367755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 150 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 10277306 - 10277206
Alignment:
Q  150 tctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaacta 249  Q
    |||||| ||||||||||||  |||||||||| || || | |||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10277306 tctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaacta 10277207  T
Q  250 a 250  Q
    |    
T  10277206 a 10277206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 96 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 10274701 - 10274548
Alignment:
Q  96 taggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 195  Q
    ||||||||| |||| |||||| |  |||||||| ||| | |||||  |||||  |||||| ||||||||||||  |||||||||| || || | ||||||    
T  10274701 taggttgcttgaagtacaagctaaataacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgt 10274603  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10274602 gattaaccattaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 10274548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 37682182 - 37682038
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaat-gt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||           |||||||| |||||||||| | ||    
T  37682182 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaactt-----------cataacaaactaaaacaaacttgt 37682094  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactgaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  37682093 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 37682038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 37658878 - 37658734
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaat-gt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||           ||||||||||||||||||| | ||    
T  37658878 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaactt-----------cataacaagctaaaacaaacttgt 37658790  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactgaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| |||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  37658789 gattaaccactgattatgattatgactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 37658734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 130 - 201
Target Start/End: Original strand, 20808675 - 20808746
Alignment:
Q  130 ctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaa 201  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||| ||||||||||||    
T  20808675 ctagatcttatttgttaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaa 20808746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 36 - 250
Target Start/End: Original strand, 43591762 - 43591976
Alignment:
Q  36 aaattgttattgatacttacgaaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43591762 aaattgttattgatgcttatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagccaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagat 43591861  T
Q  136 cttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttga 235  Q
     |||||||||||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43591862 tttatttgctaacctctaacaatattgtaacaaacttcataacaaactaaaataaagtgcgattaatcactgattgtgattatcactaaactaaacttga 43591961  T
Q  236 attaaaacaaactaa 250  Q
    |||||||||||||||    
T  43591962 attaaaacaaactaa 43591976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 57 - 250
Target Start/End: Original strand, 16588440 - 16588633
Alignment:
Q  57 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 156  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||    
T  16588440 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttaaaacacaagcaatgtaacaaactctagatcttatatgataacctctaaca 16588539  T
Q  157 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16588540 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccacttattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 16588633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 66 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 39794017 - 39793833
Alignment:
Q  66 aaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 165  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  39794017 aaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaa 39793918  T
Q  166 caatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    ||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39793917 caaacttcataacaaactaaaacagaatgagattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 39793833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 57 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 26311705 - 26311524
Alignment:
Q  57 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 156  Q
    |||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  26311705 aaaatatacaaaggaagtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 26311606  T
Q  157 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    ||||||||            |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26311605 aacttgta------------acaaactaaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 26311524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 57 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 26316196 - 26316015
Alignment:
Q  57 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 156  Q
    |||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  26316196 aaaatatacaaaggaagtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 26316097  T
Q  157 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    ||||||||            |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26316096 aacttgta------------acaaactaaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 26316015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 96 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 10504591 - 10504438
Alignment:
Q  96 taggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 195  Q
    ||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  |||||  |||||| ||||||||||||  |||||||||| || || | ||||||    
T  10504591 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgt 10504493  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10504492 gattaatcactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 10504438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 133; Significance: 5e-69; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 66 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 8051025 - 8050841
Alignment:
Q  66 aaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 165  Q
    |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  8051025 aaaggaggcagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaa 8050926  T
Q  166 caatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    ||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8050925 caaacttcataacaaactaaaatagaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 8050841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 57 - 250
Target Start/End: Original strand, 12999426 - 12999620
Alignment:
Q  57 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 156  Q
    |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  12999426 aaaatatacaaaggagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagtaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 12999525  T
Q  157 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  12999526 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgttattatcactaaaactaaacttaaattaaaacaaactaa 12999620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 66 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 8055578 - 8055394
Alignment:
Q  66 aaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 165  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||    
T  8055578 aaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgcaa 8055479  T
Q  166 caatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    ||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8055478 caaacttcataacaaactaaaatagaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 8055394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 57 - 250
Target Start/End: Original strand, 6463400 - 6463581
Alignment:
Q  57 aaaatatataaaggaggtaacttatatacaatgtctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaaca 156  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  6463400 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaaataatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 6463499  T
Q  157 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    ||||||            |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  6463500 aacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaagacaaactaa 6463581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 36670660 - 36670505
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  36670660 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 36670561  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36670560 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 36670505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 36675208 - 36675053
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  36675208 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 36675109  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactg-aactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36675108 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 36675053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 90 - 250
Target Start/End: Original strand, 13270980 - 13271129
Alignment:
Q  90 tctagctaggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaaca 189  Q
    |||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||            ||||||| |||||| |    
T  13270980 tctagctaagttgcttgaagcaaaaacaatgtaacaaactttagatcttatttactaacctctaacaaactt------------ataacaaactaaaata 13271067  T
Q  190 aaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  13271068 aagtgtaattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 13271129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 96 - 250
Target Start/End: Original strand, 35950440 - 35950593
Alignment:
Q  96 taggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 195  Q
    ||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||| | ||||   |||||  |||||| ||||||||||||  |||||||||| || || | ||||||    
T  35950440 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttacgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaacctaaatgt 35950538  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35950539 gattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 35950593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 96 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 41093979 - 41093829
Alignment:
Q  96 taggttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgt 195  Q
    ||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||  |||||  |||||| || |||||||||  |||||||||| || || | |||| |    
T  41093979 taggttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaatttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatat 41093881  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaaacaaac 247  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  41093880 gattaatcactaattgtgattatcactaaactaaatttgaattaaaacaaac 41093829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 146 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 29768047 - 29767953
Alignment:
Q  146 aacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattaatcactgattg-tgattatcactgaactaaacttgaatta 239  Q
    ||||| |||| |||||||||||| ||| | ||||| |||||||||| |||||| ||||| | | |  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29768047 aacttataaccaacttgtaacaaactttaaaacaaactaaaacaaagtgtgatcaatcaattaatcatgattatcactaaactaaacttgaatta 29767953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 2)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 7662 - 7508
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtg 196  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||    
T  7662 gttgcttgaaacacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaattgtg 7563  T
Q  197 attaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  7562 attaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 7508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 3137 - 2982
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  3137 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 3038  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  3037 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 2982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 2)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Original strand, 44865 - 45020
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  44865 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44964  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  44965 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 45020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 99 - 250
Target Start/End: Original strand, 49445 - 49600
Alignment:
Q  99 gttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatttgctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaa-atgt 195  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||    
T  49445 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 49544  T
Q  196 gattaatcactgattgtgattatcact-gaactaaacttgaattaaaacaaactaa 250  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  49545 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 49600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 143 - 252
Target Start/End: Original strand, 60194 - 60304
Alignment:
Q  143 gctaacttctaacaaacttgtaacaatcttcataacaagctaaaaca-aaatgtgattaatcactgattgtgattatcactgaactaaacttgaattaaa 241  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||  || ||||||| ||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||  |  ||   |||||||||||||    
T  60194 gctaatttctaacaaactggtaacaaaatttataacaaactaaaaattaaatgtgattaatcactaattgtgattatatcacaaagtaacttgaattaaa 60293  T
Q  242 acaaactaata 252  Q
    |||||||||||    
T  60294 acaaactaata 60304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University