View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18071_high_87 (Length: 236)

Name: NF18071_high_87
Description: NF18071
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18071_high_87
NF18071_high_87
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (1-221)||(28079523-28079743)
chr3 (1-221)||(27998697-27998917)
chr3 (1-227)||(11408913-11409139)
chr3 (1-221)||(27909917-27910137)
chr3 (1-221)||(28143997-28144217)
chr3 (1-227)||(28047536-28047762)
chr3 (1-227)||(28472081-28472307)
chr3 (1-227)||(28492122-28492348)
chr3 (1-221)||(28130069-28130289)
chr3 (2-221)||(28178147-28178366)
chr3 (1-227)||(28513103-28513329)
chr3 (1-227)||(17749095-17749321)
chr3 (1-227)||(19050415-19050641)
chr3 (2-221)||(27464135-27464354)
chr3 (4-147)||(27962990-27963133)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (1-227)||(9330027-9330253)
chr4 (1-227)||(9383810-9384036)
chr4 (46-221)||(9329739-9329914)
chr4 (46-221)||(9383522-9383697)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-181)||(8694502-8694678)
[»] scaffold0067 (1 HSPs)
scaffold0067 (2-103)||(24076-24177)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-33)||(26027166-26027198)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 157; Significance: 1e-83; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 28079523 - 28079743
Alignment:
Q  1 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||    
T  28079523 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaagttgtccatcagtgattgtaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaaactaaacctattcaatctaa 28079622  T
Q  101 agagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactg 200  Q
    ||||  ||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  28079623 agagtgtgtcattgaaaggatgcccgatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatacaggactg 28079722  T
Q  201 tgagggtcttgaaaacataat 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  28079723 tgagggtcttgaaaacataat 28079743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 27998697 - 27998917
Alignment:
Q  1 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||    
T  27998697 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaagctgtacatcatcaattgtaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaaactaaacctattcaatctaa 27998796  T
Q  101 agagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactg 200  Q
    ||||| |||   ||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||    
T  27998797 agagcgtgttgctggaaggatgcccgatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggtaataaaggactg 27998896  T
Q  201 tgagggtcttgaaaacataat 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  27998897 tgagggtcttgaaaacataat 27998917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 11408913 - 11409139
Alignment:
Q  1 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  11408913 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaagctgtccatcaaggattgtacaaatttgaaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaa 11409012  T
Q  101 agagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactg 200  Q
    ||||| |||  |||| | ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11409013 agagcgtgttgttgaaaagatgcccgatgttgatctccctgtttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaataaatgactg 11409112  T
Q  201 tgagggtcttgaaaacataattgatga 227  Q
    ||   |||||||| ||||||| |||||    
T  11409113 tggatgtcttgaatacataatagatga 11409139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 27909917 - 27910137
Alignment:
Q  1 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||   |||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||    
T  27909917 ctttcctttgactctctgaacagtttagaggatctgtccatcagtaattgcaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaaactaaacctattcaatctaa 27910016  T
Q  101 agagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactg 200  Q
    ||||  |||| |||  | ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27910017 agagtgtgtcgttggaaagatgcccgatgttgatcgccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactg 27910116  T
Q  201 tgagggtcttgaaaacataat 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  27910117 tgagggtcttgaaaacataat 27910137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 28143997 - 28144217
Alignment:
Q  1 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| ||||   |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||    
T  28143997 ctttcctttgactctctgaactttttagagaagttgtccatccaagattgtaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaaactaaacctattcaatctaa 28144096  T
Q  101 agagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactg 200  Q
    |||| |||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || ||    
T  28144097 agagattgtcattgaaaggatgcccgatgttgatctccctatttcaactgtcaactgttgttagcctagtgttgttggagagattgaaaataaaggattg 28144196  T
Q  201 tgagggtcttgaaaacataat 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  28144197 tgagggtcttgaaaacataat 28144217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 28047536 - 28047762
Alignment:
Q  1 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  28047536 ctttcctttgactctctgaacagtttagaggagctgtccatcaaggattgtaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaa 28047635  T
Q  101 agagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactg 200  Q
    ||||  | || |||  | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  28047636 agagtgtatcgttggaaggatgcccgatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgtcgttggagagattggaaatagatgactg 28047735  T
Q  201 tgagggtcttgaaaacataattgatga 227  Q
    ||   |||||||| ||||||| |||||    
T  28047736 tggatgtcttgaatacataatagatga 28047762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 28472307 - 28472081
Alignment:
Q  1 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||   ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  28472307 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaatctgtccattgaggattgtaaacatttgaaaatcttatttgagtgcaacataaacctctgcaatctaa 28472208  T
Q  101 agagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactg 200  Q
    ||||  | |||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28472207 agagtctttcattggtacgatgcccgatgttgatctccatatttcaaatgtcaactgcttgtagcctgatgttgttggagagattggaaatatatgactg 28472108  T
Q  201 tgagggtcttgaaaacataattgatga 227  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||    
T  28472107 tgagggtcttgaatacataatagatga 28472081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 28492348 - 28492122
Alignment:
Q  1 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||   ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  28492348 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaatctgtccattgaggattgtaaacatttgaaaatcttatttgagtgcaacataaacctctgcaatctaa 28492249  T
Q  101 agagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactg 200  Q
    ||||  | |||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28492248 agagtctttcattggtacgatgcccgatgttgatctccatatttcaattgtcaactgcttgtagcctgatgttgttggagagattggaaatatatgactg 28492149  T
Q  201 tgagggtcttgaaaacataattgatga 227  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||    
T  28492148 tgagggtcttgaatacataatagatga 28492122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 28130069 - 28130289
Alignment:
Q  1 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| || || ||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  28130069 ctttcctttgactctctgaaaagtttaaaggagttgtccatcagtgattgtaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaa 28130168  T
Q  101 agagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactg 200  Q
    ||||  ||| ||||| | ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||  ||||||    
T  28130169 agagtgtgttattgaaaggatgcccgatgttgatctccctattacaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagacgctggaaataattgactg 28130268  T
Q  201 tgagggtcttgaaaacataat 221  Q
    ||||  |||||||||||||||    
T  28130269 tgagcttcttgaaaacataat 28130289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 2 - 221
Target Start/End: Original strand, 28178147 - 28178366
Alignment:
Q  2 tttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaa 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  || ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28178147 tttcctttgactctctgaacagtttagagaagctgtccatcaatgaatgtaaacatttaaaaagcttatttaagtgcaacctaaacctctgcaatctaaa 28178246  T
Q  102 gagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgt 201  Q
    |||  | ||||||  |  |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||  ||| |||    
T  28178247 gagtctttcattggaagaatgcccgatgttgatatccctatttcaactgtcaactgttgttagcctagtgttgttggagaaactggaaataattgattgt 28178346  T
Q  202 gagggtcttgaaaacataat 221  Q
    ||| | ||||||||||||||    
T  28178347 gagcgccttgaaaacataat 28178366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 28513329 - 28513103
Alignment:
Q  1 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||   | ||||||||| ||||| || ||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  28513329 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaatctgtccattgagaattgtaaacgtttgaaaatcttattcgagtgcaacataaacctctgcaatctaa 28513230  T
Q  101 agagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactg 200  Q
    ||||  | ||||||  ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28513229 agagtctttcattggaacgatgcccgatgttgatctccatatttcaactgtcaactgcttgtagcctgatgttgttggagagattggaaatatatgactg 28513130  T
Q  201 tgagggtcttgaaaacataattgatga 227  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||    
T  28513129 tgagggtcttgaatacataatagatga 28513103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 17749321 - 17749095
Alignment:
Q  1 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaa 100  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  17749321 ctttcttttgactctctaaacagtttagagaagttgtccatcaaggattgcaaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaa 17749222  T
Q  101 agagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactg 200  Q
    ||||  ||||  ||  |  |||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  17749221 agagtgtgtcgctggaaaaatgcccgatgttgatgtccttatttcatctgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatagaggactg 17749122  T
Q  201 tgagggtcttgaaaacataattgatga 227  Q
    ||   |||||||| ||||||| |||||    
T  17749121 tggatgtcttgaatacataatagatga 17749095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 19050641 - 19050415
Alignment:
Q  1 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaa 100  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  19050641 ctttcttttgactctctaaacagtttagagaagttgtccatcaaggattgcaaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaa 19050542  T
Q  101 agagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactg 200  Q
    ||||  ||||  ||  |  |||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  19050541 agagtgtgtcgctggaaaaatgcccgatgttgatgtccttatttcatctgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatagaggactg 19050442  T
Q  201 tgagggtcttgaaaacataattgatga 227  Q
    ||   |||||||| ||||||| |||||    
T  19050441 tggatgtcttgaatacataatagatga 19050415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 2 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27464354 - 27464135
Alignment:
Q  2 tttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaa 101  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||| ||||| | | ||| ||||||||   ||||||||||||||||| |||| |||||||||| | ||    
T  27464354 tttcctttgactctctaaacaatttagagaagttgtccatcaagaactgtgaacatttgcagagcttatttaagtgcaagctaaacctctgcaatttgaa 27464255  T
Q  102 gagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgt 201  Q
    |||  || |||||    |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||  | || ||||||||||||||   ||||| ||||  || |||    
T  27464254 gagtgtgacattggagggatgcccattgttgacctccctatttcaaccgtcaactgctcgttgcttagtgttgttggaggttttggagatattggaatgt 27464155  T
Q  202 gagggtcttgaaaacataat 221  Q
    ||| |||||| |||||||||    
T  27464154 gagtgtcttgtaaacataat 27464135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 4 - 147
Target Start/End: Original strand, 27962990 - 27963133
Alignment:
Q  4 tcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaaga 103  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||  | | |||    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  27962990 tcctttgactctttgaacagtttagagaatctttccattgaagattgtaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaaga 27963089  T
Q  104 gcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaa 147  Q
    |  ||||||||  | ||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  27963090 gtgtgtcattggaaggatgcccgatgttgatctccccatttcaa 27963133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 103; Significance: 2e-51; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 9330253 - 9330027
Alignment:
Q  1 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaa 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  9330253 ctttcctttgactctttgaacagtttagagaagctgtccatcaaggattgcaaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaa 9330154  T
Q  101 agagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactg 200  Q
    ||||| |||| ||   | ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| || |||||||||||| | || ||    
T  9330153 agagcgtgtcgttagaaggatgcccgatgttgatctccttatttcaactgtcaacagctgttagcttagtgtcgttagacagattggaaataaaggaatg 9330054  T
Q  201 tgagggtcttgaaaacataattgatga 227  Q
    ||   |||||||| ||||||| |||||    
T  9330053 tggaagtcttgaatacataatagatga 9330027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 9384036 - 9383810
Alignment:
Q  1 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaa 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  9384036 ctttcctttgactctttgaacagtttagagaagctgtccatcaaggattgcaaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaa 9383937  T
Q  101 agagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactg 200  Q
    ||||| |||| ||   | ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| || |||||||||||| | || ||    
T  9383936 agagcgtgtcgttagaaggatgcccgatgttgatctccttatttcaactgtcaacagctgttagcttagtgtcgttagacagattggaaataaaggaatg 9383837  T
Q  201 tgagggtcttgaaaacataattgatga 227  Q
    ||   |||||||| ||||||| |||||    
T  9383836 tggaagtcttgaatacataatagatga 9383810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 46 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 9329914 - 9329739
Alignment:
Q  46 gattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttc 145  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||| ||| | ||||||||||||  |||| |||  | ||||||| ||||||||| || ||||||    
T  9329914 gattgtaaacatttgaaaagtttattcaagtgcaacataaacctattcaatctaaagagtgtgtcgttggaaagatgcccgatgttgatcgccttatttc 9329815  T
Q  146 aactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataat 221  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||| ||||||  |||||||||||||||    
T  9329814 aactgtcaactgctgttagcctattgctgttggagagattggaaataattgattgtgagcttcttgaaaacataat 9329739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 46 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 9383697 - 9383522
Alignment:
Q  46 gattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttc 145  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||| ||| | ||||||||||||  |||| |||  | ||||||| ||||||||| || ||||||    
T  9383697 gattgtaaacatttgaaaagtttattcaagtgcaacataaacctattcaatctaaagagtgtgtcgttggaaagatgcccgatgttgatcgccttatttc 9383598  T
Q  146 aactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataat 221  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||| ||||||  |||||||||||||||    
T  9383597 aactgtcaactgctgttagcctattgctgttggagagattggaaataattgattgtgagcttcttgaaaacataat 9383522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 92; Significance: 8e-45; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 8694678 - 8694502
Alignment:
Q  1 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaa 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  8694678 ctttcctttgactctctgaaaagtttagagaagctgtacatcaaggattgtaaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaa 8694579  T
Q  101 agagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggaga 181  Q
    ||||| |||| |||| | |||| || |||||||||||||||||||    ||||||||||   |||||| ||||||||||||    
T  8694578 agagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttc----gtcaactgctcgaagcctattgttgttggaga 8694502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0067 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0067
Description:

Target: scaffold0067; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 2 - 103
Target Start/End: Original strand, 24076 - 24177
Alignment:
Q  2 tttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaa 101  Q
    |||||||||||| |||||| | |||| ||||| | |  |||| ||||||||||||||||  |||||| ||||| | | | | || |||||||||||||||    
T  24076 tttcctttgactttctgaagaatttacagaagatatcaatcaaggattgtaaacatttgcaaagcttgtttaaattcgagcaaaacctctgcaatctaaa 24175  T
Q  102 ga 103  Q
    ||    
T  24176 ga 24177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 33
Target Start/End: Complemental strand, 26027198 - 26027166
Alignment:
Q  1 ctttcctttgactctctgaacagtttagagaag 33  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26027198 ctttcctttgactctctcaacagtttagagaag 26027166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University