View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18071_low_7 (Length: 576)

Name: NF18071_low_7
Description: NF18071
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18071_low_7
NF18071_low_7
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (20-560)||(27776554-27777094)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (20-560)||(19742915-19743455)
chr4 (20-560)||(19796633-19797173)
chr4 (20-560)||(19671795-19672335)
chr4 (20-560)||(19539872-19540411)
chr4 (404-457)||(26453320-26453373)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (411-560)||(15239445-15239594)
chr1 (411-560)||(34053144-34053293)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 525; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 27777094 - 27776554
Alignment:
Q  20 gagcacagaaaacatcaacagtggatggtacttaggaaacaacagatcaatgcttgtttcaaattgtctctttcgcgtaggtggtgcagcaattttactc 119  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27777094 gagcacagaaaacatcaatagtggatggtacttaggaaacagcagatcaatgcttgtttcaaattgtctctttcgtgtaggtggtgcagcaattttactc 27776995  T
Q  120 tcaaacatttcttcagattctaaccgttcaaaatatctccttaaacacactgttcgtacacacaaaggttcacaagataattgttacaattcaatccttc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27776994 tcaaacatttcttcagattctaaccgttcaaaatatctccttaaacacactgttcgtacacacaaaggttcacaagataattgttacaattcaatccttc 27776895  T
Q  220 aacaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggaatttcactctcaaaacaactaatgagttcagctggttttgcacttaaagcaaacatcacaacacttgg 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27776894 aacaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggaatttcactctcaaaacaactaatgagttcagctggttttgcacttaaagcaaacatcacaacacttgg 27776795  T
Q  320 aaaatcagttttacctttactagaacaattaaaatatgctacaacttttgtagctaaaaagtattttaattccaaaattagggtttatacacctgatttt 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27776794 aaaatcagttttacctttactagaacaattaaaatatgctgcaacttttgtagctaaaaagtattttaattccaaaattagggtttatacacctgatttt 27776695  T
Q  420 aagctatgttttgagcatttttgtattcatactggtggaaaaggtgttcaagatgagatacaaaaagtgcttggattaagtgattggcaaattgagcctt 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27776694 aagctatgttttgagcatttttgtattcatactggtggaaaaggtgttcaagatgagatacaaaaagtgcttggattaagtgattggcaaattgagcctt 27776595  T
Q  520 caagaatgacactttatagatatggaaatacttcaagtagt 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27776594 caagaatgacactttatagatatggaaatacttcaagtagt 27776554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 20 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 19743455 - 19742915
Alignment:
Q  20 gagcacagaaaacatcaacagtggatggtacttaggaaacaacagatcaatgcttgtttcaaattgtctctttcgcgtaggtggtgcagcaattttactc 119  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  19743455 gagcacagaaaacaccaacagtggatattacttaggaaacaacagatcaatgcttgtttcaaattgtctctttcgtgtaggtggtgcagcaatcttactc 19743356  T
Q  120 tcaaacatttcttcagattctaaccgttcaaaatatctccttaaacacactgttcgtacacacaaaggttcacaagataattgttacaattcaatccttc 219  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||    
T  19743355 tcaaacatttcttcagattctcaacgttcaaagtatcatcttaagcacactgttcgtacacacaaaggttcacaagatacttgttacaattcagtctttc 19743256  T
Q  220 aacaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggaatttcactctcaaaacaactaatgagttcagctggttttgcacttaaagcaaacatcacaacacttgg 319  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19743255 aaaaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggagtatcactttcaaaagaactaatgagttcggctggttttgcacttaaagccaacatcacaacacttgg 19743156  T
Q  320 aaaatcagttttacctttactagaacaattaaaatatgctacaacttttgtagctaaaaagtattttaattccaaaattagggtttatacacctgatttt 419  Q
    |||||  ||| ||||||||||||||||||| || | || | |||||||||| | |||||| || ||||||  |||| | | | |||||||||||||||||    
T  19743155 aaaatatgttctacctttactagaacaattcaagtttgtttcaacttttgttgttaaaaaatactttaataacaaagtcaagatttatacacctgatttt 19743056  T
Q  420 aagctatgttttgagcatttttgtattcatactggtggaaaaggtgttcaagatgagatacaaaaagtgcttggattaagtgattggcaaattgagcctt 519  Q
    ||| | |||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||  ||||  |||||||| ||||||||||| || ||||||||||  ||| | |||||||    
T  19743055 aagttgtgttttgaccacttttgtgttcatacgggtggaaaagcggttcttgatgagattcaaaaagtgctggggttaagtgattttcaattagagcctt 19742956  T
Q  520 caagaatgacactttatagatatggaaatacttcaagtagt 560  Q
    |||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  19742955 caaagatgacactttatagatatggtaacacttcaagtagt 19742915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 20 - 560
Target Start/End: Original strand, 19796633 - 19797173
Alignment:
Q  20 gagcacagaaaacatcaacagtggatggtacttaggaaacaacagatcaatgcttgtttcaaattgtctctttcgcgtaggtggtgcagcaattttactc 119  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  19796633 gagcacagaaaacaccaacagtggatattacttaggaaacaacagatcaatgcttgtttcaaattgtctctttcgtgtaggtggtgcagcaatcttactc 19796732  T
Q  120 tcaaacatttcttcagattctaaccgttcaaaatatctccttaaacacactgttcgtacacacaaaggttcacaagataattgttacaattcaatccttc 219  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||    
T  19796733 tcaaacatttcttcagattctcaacgttcaaagtatcatcttaagcacactgttcgtacacacaaaggttcacaagatacttgttacaattcagtctttc 19796832  T
Q  220 aacaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggaatttcactctcaaaacaactaatgagttcagctggttttgcacttaaagcaaacatcacaacacttgg 319  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19796833 aaaaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggagtatcactttcaaaagaactaatgagttcggctggttttgcacttaaagccaacatcacaacacttgg 19796932  T
Q  320 aaaatcagttttacctttactagaacaattaaaatatgctacaacttttgtagctaaaaagtattttaattccaaaattagggtttatacacctgatttt 419  Q
    |||||  ||| ||||||||||||||||||| || | || | |||||||||| | |||||| || ||||||  |||| | | | |||||||||||||||||    
T  19796933 aaaatatgttctacctttactagaacaattcaagtttgtttcaacttttgttgttaaaaaatactttaataacaaagtcaagatttatacacctgatttt 19797032  T
Q  420 aagctatgttttgagcatttttgtattcatactggtggaaaaggtgttcaagatgagatacaaaaagtgcttggattaagtgattggcaaattgagcctt 519  Q
    ||| | |||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||  ||||  |||||||| ||||||||||| || ||||||||||  ||| | |||||||    
T  19797033 aagttgtgttttgaccacttttgtgttcatacgggtggaaaagcggttcttgatgagattcaaaaagtgctggggttaagtgattttcaattagagcctt 19797132  T
Q  520 caagaatgacactttatagatatggaaatacttcaagtagt 560  Q
    |||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  19797133 caaagatgacactttatagatatggtaacacttcaagtagt 19797173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 20 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 19672335 - 19671795
Alignment:
Q  20 gagcacagaaaacatcaacagtggatggtacttaggaaacaacagatcaatgcttgtttcaaattgtctctttcgcgtaggtggtgcagcaattttactc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  19672335 gagcacagaaaacatcaacagtggatattacttaggaaacaacagatcaatgcttgtttcaaattgtctctttcgtgtaggtggtgcagccatcttactc 19672236  T
Q  120 tcaaacatttcttcagattctaaccgttcaaaatatctccttaaacacactgttcgtacacacaaaggttcacaagataattgttacaattcaatccttc 219  Q
    |||||||||||  | |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| || |||    
T  19672235 tcaaacatttccaccgattctcaccgttcaaaatatcaccttaaacacactgttcgtacacacaaaggttcgcaagatacttgttacaattcagtctttc 19672136  T
Q  220 aacaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggaatttcactctcaaaacaactaatgagttcagctggttttgcacttaaagcaaacatcacaacacttgg 319  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||    
T  19672135 aaaaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggagtatcactttcaaaagacctaatgagttcagctggttttgcccttaaagccaacatcccaacacttgg 19672036  T
Q  320 aaaatcagttttacctttactagaacaattaaaatatgctacaacttttgtagctaaaaagtattttaattccaaaattagggtttatacacctgatttt 419  Q
    |||||  |||||||| |||| ||||||||| ||||||| | |||||||| | |  | ||||||  ||||   |||| | | | |||||||||||||||||    
T  19672035 aaaatttgttttaccattaccagaacaattcaaatatgtttcaacttttattgtcagaaagtacattaacaacaaagtgatgatttatacacctgatttt 19671936  T
Q  420 aagctatgttttgagcatttttgtattcatactggtggaaaaggtgttcaagatgagatacaaaaagtgcttggattaagtgattggcaaattgagcctt 519  Q
    ||| | |||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||  ||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||| | |||||||    
T  19671935 aagttgtgttttgaccacttttgtgttcatacgggtggaaaagcggttcttgatgagatacaaaaagtgctagggttaagtgattttcaattagagcctt 19671836  T
Q  520 caagaatgacactttatagatatggaaatacttcaagtagt 560  Q
    |||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  19671835 caaagatgacactttatagatatggtaacacttcaagtagt 19671795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 20 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 19540411 - 19539872
Alignment:
Q  20 gagcacagaaaacatcaacagtggatggtacttaggaaacaacagatcaatgcttgtttcaaattgtctctttcgcgtaggtggtgcagcaattttactc 119  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  19540411 gagcatagaaaacatcaacagtggatattacttaggaaacaacagatcaatgcttgtttcaaattgtctctttcgtgtaggtggtgcagccatcttactc 19540312  T
Q  120 tcaaacatttcttcagattctaaccgttcaaaatatctccttaaacacactgttcgtacacacaaaggttcacaagataattgttacaattcaatccttc 219  Q
    |||||||||||  | |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||    
T  19540311 tcaaacatttccactgattctcaccgttcaaaatatcaccttaaacacactgttcctacacacaaaggttcacaagatacttgttacaattcagtctttc 19540212  T
Q  220 aacaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggaatttcactctcaaaacaactaatgagttcagctggttttgcacttaaagcaaacatcacaacacttgg 319  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||   ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19540211 aaaaagaagatgaaacaaacaaaatcacaggagtatcactttcaaaa-gcctaatgagttcggctggtattgcacttaaagccaacatcacaacacttgg 19540113  T
Q  320 aaaatcagttttacctttactagaacaattaaaatatgctacaacttttgtagctaaaaagtattttaattccaaaattagggtttatacacctgatttt 419  Q
    |||||  ||| | ||||||||||||||||| || | || | |||||||||| | |||||| || |||||   |||| | | | |||||||||||||||||    
T  19540112 aaaatatgttctgcctttactagaacaattcaagtttgtttcaacttttgttgttaaaaaatactttaacaacaaagtgaagatttatacacctgatttt 19540013  T
Q  420 aagctatgttttgagcatttttgtattcatactggtggaaaaggtgttcaagatgagatacaaaaagtgcttggattaagtgattggcaaattgagcctt 519  Q
    ||| | |||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||  ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| | |||||||    
T  19540012 aagttgtgttttgaccacttttgtgttcatacgggtggaaaagcggttcttgatgagatacaaaaagtgctaggattaagtgattttcaattagagcctt 19539913  T
Q  520 caagaatgacactttatagatatggaaatacttcaagtagt 560  Q
    |||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  19539912 caaagatgacactttatagatatggtaacacttcaagtagt 19539872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 404 - 457
Target Start/End: Original strand, 26453320 - 26453373
Alignment:
Q  404 ttatacacctgattttaagctatgttttgagcatttttgtattcatactggtgg 457  Q
    ||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26453320 ttatatacctgattttaagcttgcttttgagcatttttgtattcatgctggtgg 26453373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 411 - 560
Target Start/End: Original strand, 15239445 - 15239594
Alignment:
Q  411 cctgattttaagctatgttttgagcatttttgtattcatactggtggaaaaggtgttcaagatgagatacaaaaagtgcttggattaagtgattggcaaa 510  Q
    |||||||||||  ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||   |||||| |  | |||   ||||  |||||||||||||| |    
T  15239445 cctgattttaaattagcttttgagcatttttgtattcatgctggtggaagagctgttttggatgagttggagaaaaatcttgatttaagtgattggcata 15239544  T
Q  511 ttgagccttcaagaatgacactttatagatatggaaatacttcaagtagt 560  Q
    | || || ||||| ||||||||  |||||| ||| || ||||| ||||||    
T  15239545 tggaaccatcaaggatgacactgaatagatttggtaacacttctagtagt 15239594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 411 - 560
Target Start/End: Original strand, 34053144 - 34053293
Alignment:
Q  411 cctgattttaagctatgttttgagcatttttgtattcatactggtggaaaaggtgttcaagatgagatacaaaaagtgcttggattaagtgattggcaaa 510  Q
    |||||||||||  ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||   |||||  || | |||   ||||   | ||||||||||| |    
T  34053144 cctgattttaaattagcttttgagcatttttgtattcatgctggtggaagagctgttttggatgaattagagaaaaatcttgaccttagtgattggcata 34053243  T
Q  511 ttgagccttcaagaatgacactttatagatatggaaatacttcaagtagt 560  Q
    | || || ||||||||||||||  |||||| ||| |||||||| ||||||    
T  34053244 tggaaccatcaagaatgacactaaatagatttggtaatacttctagtagt 34053293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University