View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18075_low_12 (Length: 239)

Name: NF18075_low_12
Description: NF18075
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18075_low_12
NF18075_low_12
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (1-227)||(29541756-29541982)
chr6 (1-227)||(18161374-18161600)
chr6 (1-227)||(16899255-16899481)
chr6 (1-227)||(31358870-31359096)
chr6 (1-225)||(34766667-34766891)
chr6 (1-225)||(18704849-18705073)
chr6 (1-225)||(18710784-18711008)
[»] scaffold0058 (1 HSPs)
scaffold0058 (1-227)||(53336-53562)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-225)||(17150684-17150908)
chr4 (1-226)||(16254548-16254768)
chr4 (1-227)||(6693527-6693753)
chr4 (1-225)||(520719-520943)
chr4 (1-225)||(7845264-7845488)
chr4 (64-134)||(54698640-54698710)
chr4 (64-134)||(26813334-26813404)
chr4 (190-225)||(13791747-13791782)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (1-228)||(14892558-14892785)
chr8 (1-227)||(21211776-21212002)
chr8 (1-154)||(22832121-22832274)
chr8 (63-135)||(18233759-18233831)
chr8 (63-135)||(18243210-18243282)
chr8 (76-135)||(12916388-12916447)
chr8 (76-135)||(25036229-25036288)
chr8 (76-135)||(25050266-25050325)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (1-227)||(9544046-9544272)
chr7 (1-227)||(16140990-16141216)
chr7 (1-227)||(5389977-5390203)
chr7 (1-227)||(26304865-26305091)
chr7 (1-227)||(26361727-26361953)
chr7 (1-227)||(32099689-32099915)
chr7 (1-227)||(46498423-46498649)
chr7 (1-227)||(8502358-8502584)
chr7 (1-227)||(44898608-44898834)
chr7 (1-227)||(6535793-6536019)
chr7 (1-197)||(13284235-13284432)
chr7 (60-225)||(42596698-42596863)
chr7 (64-134)||(7582477-7582547)
chr7 (64-134)||(15175386-15175456)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-227)||(18362586-18362812)
chr5 (1-227)||(26201131-26201357)
chr5 (1-227)||(27413457-27413683)
chr5 (1-227)||(33940629-33940855)
chr5 (1-225)||(20949166-20949390)
chr5 (41-218)||(23375743-23375920)
chr5 (38-135)||(5601579-5601676)
chr5 (64-134)||(24413672-24413742)
chr5 (64-134)||(30453465-30453535)
chr5 (64-134)||(30458543-30458613)
chr5 (152-225)||(19781874-19781947)
chr5 (63-135)||(24289951-24290023)
chr5 (63-135)||(24299458-24299530)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (1-227)||(8974155-8974381)
chr3 (1-227)||(6423616-6423842)
chr3 (1-227)||(9538444-9538670)
chr3 (1-227)||(12387297-12387522)
chr3 (38-135)||(48979673-48979770)
chr3 (64-134)||(28366940-28367010)
chr3 (76-134)||(28374773-28374831)
chr3 (76-134)||(28382595-28382653)
chr3 (64-135)||(4384458-4384529)
chr3 (169-218)||(11461143-11461192)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-227)||(16156192-16156418)
chr1 (1-225)||(1987995-1988219)
chr1 (20-167)||(22959697-22959844)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (1-227)||(148017-148243)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (1-227)||(45015662-45015888)
chr2 (1-227)||(18652527-18652753)
chr2 (3-227)||(9512572-9512796)
chr2 (1-225)||(27168792-27169016)
chr2 (1-225)||(22903455-22903674)
chr2 (38-135)||(1791955-1792052)
[»] scaffold0313 (2 HSPs)
scaffold0313 (1-225)||(7080-7304)
scaffold0313 (1-225)||(10862-11086)
[»] scaffold0254 (1 HSPs)
scaffold0254 (1-225)||(6374-6598)
[»] scaffold0141 (1 HSPs)
scaffold0141 (1-227)||(20084-20310)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (41-218)||(16545-16722)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (64-134)||(103154-103224)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (20-167)||(189351-189498)
[»] scaffold0529 (1 HSPs)
scaffold0529 (1-60)||(1-60)
[»] scaffold0010 (1 HSPs)
scaffold0010 (20-135)||(257898-258013)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 29541982 - 29541756
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29541982 tttgacatgagattgaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 29541883  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29541882 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 29541783  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  29541782 ttggaacaaagtctccatctatgatga 29541756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 18161600 - 18161374
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18161600 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatacttctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 18161501  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18161500 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttggttg 18161401  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    
T  18161400 ttggaacaaagtctccatctgtgatga 18161374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 16899481 - 16899255
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16899481 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatctcatacttctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 16899382  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16899381 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttggttg 16899282  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  16899281 ttggaacatagtctccatctgtgatga 16899255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 31359096 - 31358870
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31359096 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatacttctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 31358997  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31358996 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttggttg 31358897  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||| ||| | ||||||    
T  31358896 ttggaacaaagtcttcatttgtgatga 31358870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 34766891 - 34766667
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34766891 tttgacatgagatgtaccttcatgatgtactttcaaggtatcccatacctctttagcatttttgcattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 34766792  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||     ||||||||||||     
T  34766791 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagcaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttaactttgatgatcccttctttggtta 34766692  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgat 225  Q
     ||||||||||||||||||| ||||    
T  34766691 gtggaacaaagtctccatctgtgat 34766667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 18704849 - 18705073
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| | |||  || || ||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| |||    
T  18704849 tttgacatgagatgtaccttcatgatgtactctcagagtgtctcatacctctttggcatttttacactcatcaactcttgcactttcttccatggtcagt 18704948  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  18704949 gcacatgataaaaagagtctagctttagagtttagtaatacatgagctttttcatctgttgaccatgcactcttttcctttacagctccttatttggttg 18705048  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgat 225  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||    
T  18705049 ttgcaacaaagtctccatctgtgat 18705073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 18710784 - 18711008
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| | |||  || || ||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| |||    
T  18710784 tttgacatgagatgtaccttcatgatgtactctcagagtgtctcatacctctttggcatttttacactcatcaactcttgcactttcttccatggtcagt 18710883  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  18710884 gcacatgataaaaagagtctagctttagagtttagtaatacatgagctttttcatctgttgaccatgcactcttttcctttacagctccttatttggttg 18710983  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgat 225  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||    
T  18710984 ttgcaacaaagtctccatctgtgat 18711008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0058 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: scaffold0058
Description:

Target: scaffold0058; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 53336 - 53562
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  53336 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtatttttaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcatcaactctttcactttcttccatggttaat 53435  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53436 gcacatgatagaaagagtctagctttagaatttaacaatacctgagctttttcatctattgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 53535  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    
T  53536 ttggaacaaagtctccatctgtgatga 53562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 17150908 - 17150684
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17150908 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 17150809  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  17150808 gcaaatgatagaaagagtctagctttaaagtttaacaatacctgagcattttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagttccttcgttggttg 17150709  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgat 225  Q
    |||||||||||||||||||| ||||    
T  17150708 ttggaacaaagtctccatctgtgat 17150684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 16254768 - 16254548
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16254768 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcaaggtatccc-----tctttagcattcttacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 16254674  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  16254673 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacttgagctttttcatctgttgaccatgtactcttttctgtgacaactccttctttggttg 16254574  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatg 226  Q
    |||||||||||||||||||| |||||    
T  16254573 ttggaacaaagtctccatctgtgatg 16254548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 6693753 - 6693527
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6693753 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatactcctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 6693654  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||    
T  6693653 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttgtttg 6693554  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||    
T  6693553 ttggaacaaagtctccatttgtgatga 6693527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 520719 - 520943
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  520719 tttgacatgagatgtaccttcatgatgtactttcaaggtatcccatacctctttagcatttttgcattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 520818  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||     ||||||||||||     
T  520819 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagcaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttaactttgatgatcccttctttggtta 520918  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgat 225  Q
     ||||||||||||||||||| ||||    
T  520919 gtggaacaaagtctccatctgtgat 520943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 7845264 - 7845488
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  || |||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7845264 tttgacatgagatgtaccctcatgatatattttcagagtgtcccatacctctttggcatttttacactcatcaactctttcactttcttccatggttagt 7845363  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || | ||||||||||||| |||    
T  7845364 gcacatgatagaaaaagtctagctttagagtttagtaatacatgagccttttcatctgttgaccatgccttcttttcctttatagctccttctttgtttg 7845463  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgat 225  Q
    |||||||||||||||||||| ||||    
T  7845464 ttggaacaaagtctccatctgtgat 7845488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 64 - 134
Target Start/End: Original strand, 54698640 - 54698710
Alignment:
Q  64 acattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagttta 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  54698640 acattcatcaactctttcactttcttccatgcttagtgcgcatgatagaaagagtcgagctttagagttta 54698710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 64 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 26813404 - 26813334
Alignment:
Q  64 acattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagttta 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  26813404 acattcatcaactctttcactttcttccatgcttagtgcgcatgatagaaagagtcgagctttggagttta 26813334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 190 - 225
Target Start/End: Original strand, 13791747 - 13791782
Alignment:
Q  190 ttctttggttgttggaacaaagtctccatctatgat 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13791747 ttctttggttgttggaacaaagtctccatctttgat 13791782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Original strand, 14892558 - 14892785
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14892558 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtatttttaaggtatcccatacctctttatcattcttacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 14892657  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14892658 gcacatgatagaaagagtctagctttagaatttaacaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcacttttttctttgacagctccttctttggttg 14892757  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatgat 228  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||    
T  14892758 ttggaacaaagtctccatatgtgatgat 14892785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 21211776 - 21212002
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21211776 tttgacatgagaagtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatactcctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 21211875  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||    
T  21211876 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttgtttg 21211975  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||    
T  21211976 ttggaacaaagtctccatttgtgatga 21212002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 22832274 - 22832121
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    ||||| |||||||| ||| |||||||||| | |||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22832274 tttgatatgagatgtaccttcatgatgtactctcaaagtgtcccatacctctttggcatttttacactcatcaactctttcactttctttcatggttagt 22832175  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttca 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  22832174 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttca 22832121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 63 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 18233831 - 18233759
Alignment:
Q  63 tacattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaa 135  Q
    ||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||  |||||||||||||||    
T  18233831 tacattcataaattctttcactttcttccatggttagtgaacattgtaaaaagagttgagctttagagtttaa 18233759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 63 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 18243282 - 18243210
Alignment:
Q  63 tacattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaa 135  Q
    ||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||  |||||||||||||||    
T  18243282 tacattcataaattctttcactttcttccatggttagtgaacattgtaaaaagagttgagctttagagtttaa 18243210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 76 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 12916447 - 12916388
Alignment:
Q  76 tctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaa 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||  |||||||||||||||    
T  12916447 tctttcactttcttccatggttagtgaacattgtaaaaagagttgagctttagagtttaa 12916388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 76 - 135
Target Start/End: Original strand, 25036229 - 25036288
Alignment:
Q  76 tctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaa 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||  |||||||||||||||    
T  25036229 tctttcactttcttccatggttagtgaacattgtaaaaagagttgagctttagagtttaa 25036288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 76 - 135
Target Start/End: Original strand, 25050266 - 25050325
Alignment:
Q  76 tctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaa 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||  |||||||||||||||    
T  25050266 tctttcactttcttccatggttagtgaacattgtaaaaagagttgagctttagagtttaa 25050325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 179; Significance: 1e-96; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 9544046 - 9544272
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9544046 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagggtatcccatacttctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 9544145  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9544146 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttggttg 9544245  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    
T  9544246 ttggaacaaagtctccatctgtgatga 9544272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 16140990 - 16141216
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16140990 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatacttctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 16141089  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16141090 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttggttg 16141189  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    
T  16141190 ttggaacaaagtctccatctgtgatga 16141216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 5389977 - 5390203
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5389977 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatacttctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 5390076  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5390077 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttggttg 5390176  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||    
T  5390177 ttggaacaaagtctccatttgtgatga 5390203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 26305091 - 26304865
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26305091 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatacttctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 26304992  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26304991 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttggttg 26304892  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||    
T  26304891 ttggaacaaagtctccatttgtgatga 26304865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 26361727 - 26361953
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26361727 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatacttctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 26361826  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26361827 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttggttg 26361926  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||    
T  26361927 ttggaacaaagtctccatttgtgatga 26361953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 32099915 - 32099689
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32099915 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatacttctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 32099816  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32099815 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaataatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttggttg 32099716  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||| ||||||| | ||||||    
T  32099715 ttggaacaaaatctccatttgtgatga 32099689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 46498649 - 46498423
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46498649 tttgacatgaaatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatacttctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 46498550  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  46498549 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttggttg 46498450  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    
T  46498449 ttggaacaaagtctccatctgtgatga 46498423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 8502584 - 8502358
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8502584 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatactcctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 8502485  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||    
T  8502484 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttgtttg 8502385  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||    
T  8502384 ttggaacaaagtctccatttgtgatga 8502358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 44898834 - 44898608
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44898834 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatactcctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 44898735  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||    
T  44898734 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttgtttg 44898635  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||    
T  44898634 ttggaacaaagtctccatttgtgatga 44898608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 6536019 - 6535793
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6536019 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatactcctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 6535920  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||    
T  6535919 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgctgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttgtttg 6535820  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||    
T  6535819 ttggaacaaagtctccatttgtgatga 6535793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Original strand, 13284235 - 13284432
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13284235 tttgacatgagatgtaccttcatgatgtactttcaaagtatcccatacctctttagcattcttgcattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 13284334  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgac-catgcactcttttctttgacagctccttctttgg 197  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | |||||||||||    
T  13284335 gcacataatagaaagagtctagctttagaatttaacaatacttgagatttttcatctgttgacacatgcactcttttctttgatggttccttctttgg 13284432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 60 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 42596863 - 42596698
Alignment:
Q  60 tcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgt 159  Q
    |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42596863 tcttgcattcatcacctctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagctttttcatctgt 42596764  T
Q  160 tgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttgttggaacaaagtctccatctatgat 225  Q
    |||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||    
T  42596763 tgaccatgcactcttttctttgatggttccttttttggtctttggaacaaagtctccatctgtgat 42596698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 64 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 7582547 - 7582477
Alignment:
Q  64 acattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagttta 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  7582547 acattcatcaactctttcactttcttccatgcttagtgcgcatgatagaaagagtcgagctttagaattta 7582477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 64 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 15175456 - 15175386
Alignment:
Q  64 acattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagttta 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  15175456 acattcatcaactctttcactttcttccatgcttagtgcgcatgatagaaaaagtcaagctttagagttta 15175386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 175; Significance: 2e-94; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 18362812 - 18362586
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18362812 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatacttctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 18362713  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18362712 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttggttg 18362613  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    
T  18362612 ttggaacaaagtctccatctgtgatga 18362586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 26201131 - 26201357
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26201131 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatacttctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 26201230  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26201231 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttggttg 26201330  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||    
T  26201331 ttggaacaaagtctccatttgtgatga 26201357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 27413683 - 27413457
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27413683 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatacttctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 27413584  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27413583 gcacatgatagaaagagtctagctttaaaatttagtaatacctgacctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttggttg 27413484  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    
T  27413483 ttggaacaaagtctccatctgtgatga 27413457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 33940855 - 33940629
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33940855 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatactcctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 33940756  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||    
T  33940755 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttgtttg 33940656  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||    
T  33940655 ttggaacaaagtctccatttgtgatga 33940629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 20949390 - 20949166
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20949390 tttgacatgagatgtaccttcatgatgtactttcaaggtatcccatacctctttagcatttttgcattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 20949291  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||     ||||||||||||     
T  20949290 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagcaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttaactttgatgatcccttctttggtta 20949191  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgat 225  Q
     ||||||||||||||||||| ||||    
T  20949190 gtggaacaaagtctccatctgtgat 20949166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 41 - 218
Target Start/End: Original strand, 23375743 - 23375920
Alignment:
Q  41 tcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaata 140  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23375743 tcccatacctctttagcattcttgcatttatcaactctttcattttcttccatggttagtgcacatgataaaaagagtctaggtttagagtttaacaata 23375842  T
Q  141 cctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttgttggaacaaagtctccat 218  Q
    | ||||| || |||||| |||||||||||||||||| |||||  | ||||||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  23375843 catgagctttgtcatctattgaccatgcactcttttgtttgatggttccttctttagtctttggaacaaagtctccat 23375920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 38 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 5601676 - 5601579
Alignment:
Q  38 gtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaa 135  Q
    |||||||| |||| ||| ||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  5601676 gtatcccacaccttttttgcagtatcacattcatcaactctttcactttcttccatgcttagtgcacatgatagaaagagtcgagctttagaatttaa 5601579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 64 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 24413742 - 24413672
Alignment:
Q  64 acattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagttta 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24413742 acattcatcaactctttcactttcttccatgcttagtgcgcatgatagaaagagtcgagctttagagttta 24413672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 64 - 134
Target Start/End: Original strand, 30453465 - 30453535
Alignment:
Q  64 acattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagttta 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30453465 acattcatcaactctttcactttcttccatgcttagtgcgcatgatagaaagagtcgagctttagagttta 30453535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 64 - 134
Target Start/End: Original strand, 30458543 - 30458613
Alignment:
Q  64 acattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagttta 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30458543 acattcatcaactctttcactttcttccatgcttagtgcgcatgatagaaagagtcgagctttagagttta 30458613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 152 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 19781947 - 19781874
Alignment:
Q  152 tcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttgttggaacaaagtctccatctatgat 225  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19781947 tcatctgtggaccatgcactattttcctttacaactccttctttggttgttggaacaaagtctccatctgtgat 19781874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 63 - 135
Target Start/End: Original strand, 24289951 - 24290023
Alignment:
Q  63 tacattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaa 135  Q
    ||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||  |||||||||||||||    
T  24289951 tacattcataaattctttcactttcttccatggttagtgaacattgtaaaaagagttgagctttagagtttaa 24290023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 63 - 135
Target Start/End: Original strand, 24299458 - 24299530
Alignment:
Q  63 tacattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaa 135  Q
    ||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||  |||||||||||||||    
T  24299458 tacattcataaattctttcactttcttccatggttagtgaacattgtaaaaagagttgagctttagagtttaa 24299530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 175; Significance: 2e-94; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 8974381 - 8974155
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8974381 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatacttctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 8974282  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8974281 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttggttg 8974182  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    
T  8974181 ttggaacaaagtctccatctgtgatga 8974155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 6423842 - 6423616
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6423842 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatacttctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 6423743  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6423742 gcacacgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcattttttgctttgacagctccttctttggttg 6423643  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    
T  6423642 ttggaacaaagtctccatctgtgatga 6423616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 9538670 - 9538444
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| | |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9538670 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatacttgtttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 9538571  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9538570 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttggttg 9538471  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||    
T  9538470 ttggaacaaagtctccatttgtgatga 9538444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 12387522 - 12387297
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| | | |||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||||||||    
T  12387522 tttgacatgagatgtaacttcatgatgtactatcaaggtatcccatacctcttt-gcattcttaaattcataaactctttcagtttcttccatggttagt 12387424  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||     
T  12387423 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttattaatacttgagctttttcatttgttgaccatgcacttttttctttgacagttccttctttggttt 12387324  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    
T  12387323 ttggaacaaagtctccatctgtgatga 12387297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 38 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 48979770 - 48979673
Alignment:
Q  38 gtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaa 135  Q
    |||||||| |||| ||| ||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  48979770 gtatcccacaccttttttgcagtatcacattcatcaactctttcactttcttccatgcttagtgcacatgatagaaagagtcgagctttagaatttaa 48979673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 64 - 134
Target Start/End: Original strand, 28366940 - 28367010
Alignment:
Q  64 acattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagttta 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  28366940 acattcatcaactctttcactttcttccatgcttagtgcgcatgatagaaagagtcgagctttggagttta 28367010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 76 - 134
Target Start/End: Original strand, 28374773 - 28374831
Alignment:
Q  76 tctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagttta 134  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  28374773 tctttcactttcttccatgcttagtgcgcatgatagaaagagtcgagctttggagttta 28374831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 76 - 134
Target Start/End: Original strand, 28382595 - 28382653
Alignment:
Q  76 tctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagttta 134  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  28382595 tctttcactttcttccatgcttagtgcgcatgatagaaagagtcgagctttggagttta 28382653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 64 - 135
Target Start/End: Original strand, 4384458 - 4384529
Alignment:
Q  64 acattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaa 135  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |   ||||||||| ||| || ||||||||| |||||    
T  4384458 acattcatcaactctttcactttcttccatgcttaatctgcatgatagatagactcgagctttagaatttaa 4384529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 169 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 11461192 - 11461143
Alignment:
Q  169 actcttttctttgacagctccttctttggttgttggaacaaagtctccat 218  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||||    
T  11461192 actcttttatttgacaactccttctttggttatttgaacaaaatctccat 11461143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 175; Significance: 2e-94; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 16156418 - 16156192
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16156418 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatacttctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 16156319  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16156318 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttggttg 16156219  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    
T  16156218 ttggaacaaagtctccatctgtgatga 16156192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 1987995 - 1988219
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1987995 tttgacatgagatgtaccttcatgatgtactttcaaggtatcccatacctctttagcatttttgcattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 1988094  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    |||||||||||||     
T  1988095 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagcaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttaactttgatgattccttctttggtta 1988194  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgat 225  Q
     ||||||||||||||||||| ||||    
T  1988195 atggaacaaagtctccatctgtgat 1988219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 22959844 - 22959697
Alignment:
Q  20 tcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtc 119  Q
    |||||||||| ||| || || ||||| || ||||| |||||  |||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| |  |    
T  22959844 tcatgatgtacttttaaagtgtcccacacttctttggcatttgtacattcatcaaccctttcactttcttccaaggttaatgcacatgataaaaataagc 22959745  T
Q  120 tagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatg 167  Q
    || ||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||| |||||    
T  22959744 taactttagaatttaacaataccttatctttttcatcagttgtccatg 22959697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 171; Significance: 6e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 148243 - 148017
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  148243 tttgacatgagaagtaccctcatgatgtatttttaaggtatcacatacctctttagcattcttacattcatcaactctttcactttcttccatggtaagt 148144  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  148143 gcacatgatagaaagagtctagcttaagagtttagtaatacctgagctttttcatttgttgaccatgcactcttttcctttacagctccttctttggttg 148044  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    
T  148043 ttggaacaaagtctccatctgtgatga 148017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 167; Significance: 1e-89; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 45015888 - 45015662
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45015888 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 45015789  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  45015788 gcacatgataaaaagactctagctttagagtatagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttggttg 45015689  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||||    
T  45015688 ttggaacaaaatcttcatctataatga 45015662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 18652753 - 18652527
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18652753 tttgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatactcctttagcatttgtacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 18652654  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||    
T  18652653 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttgtttg 18652554  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||    
T  18652553 ttggaacaaagtctccatttgtgatga 18652527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 3 - 227
Target Start/End: Original strand, 9512572 - 9512796
Alignment:
Q  3 tgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgc 102  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9512572 tgacatgagatgtaccctcatgatgtattttcagagtatcccatactcctttagcatttgtacactcatcaactctttcactttcttccatggttagtgc 9512671  T
Q  103 acatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttgtt 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  9512672 acatgatagaaagagtctagctttagagtttagtaatacctgagctttttcatctgttgaccatgcactttttgctttgacagctccttctttgtttgtt 9512771  T
Q  203 ggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||| | ||||||    
T  9512772 ggaacaaagtctccatttgtgatga 9512796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 27168792 - 27169016
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27168792 tttgacatgagatgtaccttcatgatgtactttcaaggtatcccatacctctttagcatttttgcattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 27168891  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||     ||||||||||||     
T  27168892 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagcaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttaactttgatgatcccttctttggtta 27168991  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgat 225  Q
     ||||||||||||||||||| ||||    
T  27168992 gtggaacaaagtctccatctgtgat 27169016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 22903674 - 22903455
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| | ||||  |||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22903674 tttgacatgagatgtaccatcatgatgtaatatcaaaatatcccatacatctttagcattaatacattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 22903575  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||         
T  22903574 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagttttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgatggttccttcttt----- 22903480  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgat 225  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||    
T  22903479 ttggaacaaagtctctatctgtgat 22903455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 38 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 1792052 - 1791955
Alignment:
Q  38 gtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaa 135  Q
    |||||||| |||| ||| ||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  1792052 gtatcccacaccttttttgcagtatcacattcatcaactctttcactttcttccatgcttagtgcacatgatagaaagagtcgagctttagaatttaa 1791955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313 (Bit Score: 157; Significance: 1e-83; HSPs: 2)
Name: scaffold0313
Description:

Target: scaffold0313; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 7304 - 7080
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7304 tttgacatgagatgtaccttcatgatgtactttcaaggtatcccatacctctttagcatttttgcattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 7205  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||     ||||||||||||     
T  7204 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagcaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttaactttgatgatcccttctttggtta 7105  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgat 225  Q
     ||||||||||||||||||| ||||    
T  7104 gtggaacaaagtctccatctgtgat 7080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 11086 - 10862
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11086 tttgacatgagatgtaccttcatgatgtactttcaaggtatcccatacctctttagcatttttgcattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 10987  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||     ||||||||||||     
T  10986 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagcaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttaactttgatgatcccttctttggtta 10887  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgat 225  Q
     ||||||||||||||||||| ||||    
T  10886 gtggaacaaagtctccatctgtgat 10862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254 (Bit Score: 157; Significance: 1e-83; HSPs: 1)
Name: scaffold0254
Description:

Target: scaffold0254; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 6374 - 6598
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6374 tttgacatgagatgtaccttcatgatgtactttcaaggtatcccatacctctttagcatttttgcattcatcaactctttcactttcttccatggttagt 6473  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||     ||||||||||||     
T  6474 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttagcaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttaactttgatgatcccttctttggtta 6573  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgat 225  Q
     ||||||||||||||||||| ||||    
T  6574 gtggaacaaagtctccatctgtgat 6598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0141
Description:

Target: scaffold0141; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 20310 - 20084
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagt 100  Q
    |||||||||||||| ||| | |||||||| | |||  || |||||||| ||||| ||||| |||||  || |||||||||||||||||||| | || |||    
T  20310 tttgacatgagatgtacctttatgatgtactctcagagtgtcccatacatctttggcatttttacacacatcaactctttcactttcttccctagtcagt 20211  T
Q  101 gcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  20210 gcacatgatagaaagagtctagctttggagtttagtaatacctgagatttttcatctgttgaccatgcacttttttcttttacagctccttctttggttg 20111  T
Q  201 ttggaacaaagtctccatctatgatga 227  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    
T  20110 ttggaacaaagtctccatctgtgatga 20084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 110; Significance: 1e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 41 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 16722 - 16545
Alignment:
Q  41 tcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagtttaacaata 140  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16722 tcccatacctctttagcattcttgcatttatcaactctttcattttcttccatggttagtgcacatgataaaaagagtctaggtttagagtttaacaata 16623  T
Q  141 cctgagccttttcatctgttgaccatgcactcttttctttgacagctccttctttggttgttggaacaaagtctccat 218  Q
    | ||||| || |||||| |||||||||||||||||| |||||  | ||||||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  16622 catgagctttgtcatctattgaccatgcactcttttgtttgatggttccttctttagtctttggaacaaagtctccat 16545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 64 - 134
Target Start/End: Original strand, 103154 - 103224
Alignment:
Q  64 acattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtctagctttagagttta 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  103154 acattcatcaactctttcactttcttccatgcttagtgcgcatgatagaaagagtcgagctttagagttta 103224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 52; Significance: 6e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 167
Target Start/End: Original strand, 189351 - 189498
Alignment:
Q  20 tcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtc 119  Q
    |||||||||| ||| || || ||||| || ||||| |||||  |||||||| |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| |  |    
T  189351 tcatgatgtacttttaaagtgtcccacacttctttggcatttgtacattcatcaaccctttcaatttcttccaaggttagtgcacatgataaaaataagc 189450  T
Q  120 tagctttagagtttaacaatacctgagccttttcatctgttgaccatg 167  Q
    || ||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||| |||||    
T  189451 taactttagaatttaacaataccttatctttttcatcagttgtccatg 189498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0529 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0529
Description:

Target: scaffold0529; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 60 - 1
Alignment:
Q  1 tttgacatgagatggaccctcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcatt 60  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  60 tttgacatgagatgtaccttcatgatgtactttcaaagtatcccatacctctttagcatt 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 40; Significance: 0.00000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 20 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 258013 - 257898
Alignment:
Q  20 tcatgatgtattttcaaggtatcccatacctctttagcattcttacattcaccaactctttcactttcttccatggttagtgcacatgatagaaagagtc 119  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||  ||||| ||  |  ||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||     
T  258013 tcatgatgaatttttaacgtatcccatatttcttttgccgtagtacattcataaattctttcactttcttccatggttagtgaacattgtaaaaagagtt 257914  T
Q  120 tagctttagagtttaa 135  Q
     |||||||||||||||    
T  257913 gagctttagagtttaa 257898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University