View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18077_low_9 (Length: 519)

Name: NF18077_low_9
Description: NF18077
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18077_low_9
NF18077_low_9
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (13-498)||(9305515-9306000)
chr5 (20-500)||(9352042-9352518)
chr5 (63-498)||(9301897-9302326)
chr5 (63-498)||(9367149-9367576)
chr5 (20-500)||(9332314-9332805)
chr5 (63-495)||(9288549-9288961)
chr5 (58-258)||(9293287-9293487)
chr5 (63-256)||(9297896-9298089)
chr5 (63-256)||(9373067-9373260)
chr5 (325-498)||(9293075-9293247)
chr5 (315-498)||(9297682-9297867)
chr5 (98-495)||(9309552-9309949)
chr5 (390-498)||(9373374-9373482)
chr5 (98-494)||(9355958-9356356)
chr5 (98-380)||(9348588-9348870)
chr5 (430-495)||(9348910-9348975)
chr5 (20-56)||(9367095-9367131)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 9306000 - 9305515
Alignment:
Q  13 agcatagggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctaactgaaaacatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatatcataa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9306000 agcatagggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctaactgaaaacatgccagctatattcatcatgaacctcaaactcatttcaatatcataa 9305901  T
Q  113 gcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggcc 212  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9305900 gcatcttgcaaaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggcc 9305801  T
Q  213 ccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaatcattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaataca 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9305800 ccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaatcattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaataca 9305701  T
Q  313 tcttatataaatagagtcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaattaaagagaa 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | ||||||||||||||||||||||    
T  9305700 tcttatataaatagagtcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagaaaaaaagtacaaacaacaaattaaagagaa 9305601  T
Q  413 atatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatccaaactccacaagaatagaacaagagcta 498  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9305600 atatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatctcatcctaactccacaagaatagaacaagagcta 9305515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 20 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 9352518 - 9352042
Alignment:
Q  20 ggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctaactgaaaacatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatatcataagcatctt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9352518 ggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctaactgaaaacatgccagctatattcatcatgaacctcaaactcatttcaatatcataagcatctt 9352419  T
Q  120 gcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||  || ||||| |||| |||||||    
T  9352418 gcagaatatcacatgcagtatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatgtaacaagcttaccatatttaaagg--aaatcatgcaggcaccacatg 9352321  T
Q  220 ctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaatcattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaatacatcttata 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  9352320 ctctacaccatcactaacaagtgctgtttattttatt-aatttcattatcatatgaatttaataattatcaaccaatcaatatgacgaatacctcttata 9352222  T
Q  320 taaatagag--tcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaattaaagagaaatatg 417  Q
    |||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||   |||||||||         |||| ||||||||||||||| |||||||    
T  9352221 taaatagagattcaagaacttggtaacatcacacaaacattgagctttaca---atcttagaaaagaaaaataacacacaacaaattaaagacaaatatg 9352125  T
Q  418 gcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatccaaactccacaagaatagaacaagagctatg 500  Q
    |||| || ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9352124 gcaaacaccaagtatcatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatcccaactccacaagaatagaacaagagctatg 9352042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 63 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 9302326 - 9301897
Alignment:
Q  63 acatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttg 162  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | |||||||||||||    
T  9302326 acatgccagctatattcatcatgcacctcaaactcatttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcaatatcattcacatattcacaatgttg 9302227  T
Q  163 gactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaat 262  Q
         ||||  ||||||||||||||||| |||||||||| | || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |    
T  9302226 -----acatcaaacaagcttaccatatttaaagggaaatcc-tgcaggcaccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgcatattttattaatt-t 9302134  T
Q  263 cattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaatacatcttatataaata--gagtcaagaccttggtaacataacacaaacattta 360  Q
    |||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||    
T  9302133 cattattatatcaatttaacaattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaatagggagtcaagaacttggtaacatcacacaaacttcta 9302034  T
Q  361 gctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaatt-aaagag----aaatatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttcc 455  Q
    ||||| ||| |||||||||||        || ||| |||||||| ||||||     || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9302033 gcttttcaactatcttagaagaa------aaaaaagaacaaattaaaagagcagttaagatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttcc 9301940  T
Q  456 ttctcaatcacatccaaactccacaagaatagaacaagagcta 498  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  9301939 ttctcaatctcatccaaactccactagaattgaaaaagagcta 9301897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 63 - 498
Target Start/End: Original strand, 9367149 - 9367576
Alignment:
Q  63 acatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttg 162  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||| ||||||||        |||||| || |||||||  ||||||| | | |||||||||||||    
T  9367149 acatgccagctatattcatcgtgcacctcaaactcattttaatatcat--------tgcagattaacacatgctatatcattcaaatattcacaatgttg 9367240  T
Q  163 gactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaat 262  Q
    |   ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||   |    
T  9367241 ggaaaacatctaacaagcttaccatattcaaaggggaat-catgcaggcaccacatgctctacaccatcaccgacaagtgcttcatattttattaatt-t 9367338  T
Q  263 cattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaatacatcttatataaatagag--tcaagaccttggtaacataacacaaacattta 360  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| |||||||| |  |    
T  9367339 cattatcatatgaatttaataattctcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaatagagagtcaagaacttggtaacatcacacaaacttaga 9367438  T
Q  361 gctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaattaaagagaaatatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctc 460  Q
    |||||| ||||||||||||||       |||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9367439 gctttataattatcttagaagaaaaaaagaacaaactataatttaaagagaaatatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctc 9367538  T
Q  461 aatcacatccaaactccacaagaatagaacaagagcta 498  Q
    |||| ||||| ||  || ||||| ||||||||||||||    
T  9367539 aatctcatcctaatacctcaagattagaacaagagcta 9367576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 20 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 9332805 - 9332314
Alignment:
Q  20 ggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctaactg-----------aaaacatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatatc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||           || ||||||||||||||||||||||| | |||| | |||||| ||||||    
T  9332805 ggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctgattgccaacactaggaagacatgccagctatattcatcatgcatctcaaattcattttaatatc 9332706  T
Q  109 ataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgta 208  Q
    ||| |||||||||| |||| |||||||  || |||| | | |||||||||| |||   ||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||| |||  |    
T  9332705 ata-gcatcttgcataataccacatgcgataccattcacatattcacaatgctgggaaaacatctaacaaggttactatattcaaaaggaaat-cataca 9332608  T
Q  209 ggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaa-atcattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatga 307  Q
    ||| |||||||||||| |||||||  ||||||| ||| ||||||||| ||   || || || ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||    
T  9332607 ggcaccacatgctctaaaccatcatcaacaagtactgcatattttatcaacttattat-attatatgaattaaataattatcaaccaatcaatatgacga 9332509  T
Q  308 atacatcttatataaatagag--tcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaatta 405  Q
    |||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||         |||| ||| |||||||    
T  9332508 atacctcttatataaatagagcatcaagaacttggtaacatcacacaaacattgagctttacaattatcttagaaaagaaaaataacacacagcaaatta 9332409  T
Q  406 aagagaaatatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatccaaactccacaagaatagaacaagagctatg 500  Q
    |||| ||||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9332408 aagaaaaatatggcaaacaccaagtatcatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatcccaactccacaagaatagaacaagagctatg 9332314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 63 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 9288961 - 9288549
Alignment:
Q  63 acatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatat-cataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgtt 161  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9288961 acatgccagctatattcatcatgcatctcaaactcatttcaatattcata-gcatcttgcagaataacacatgcagtatcattaataaattctcaatgtt 9288863  T
Q  162 ggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaa 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||||| ||      
T  9288862 ggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaatggcaatttatgtaggcaccacatgctctacaccatccttaacaactgctgtctattttatt-aatt 9288764  T
Q  262 tcattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaatacatcttatataa--atagagtcaagaccttggtaacataacacaaacattt 359  Q
    |  |||| |||||||  ||||||||||    ||| |||||| |||| ||  ||||||||||  | |||||||||  |||||||| || |  |||||||      
T  9288763 ttgttattatatgaacataataattat----caaccaatatcatgattagctcttatataaagagagagtcaagcacttggtaatatcaagcaaacatcg 9288668  T
Q  360 agctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaattaaagagaaatatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttct 459  Q
    ||||||||||         ||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9288667 agctttacaa---------aa--------gaacaaacaacaaattaaagagaaatatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttct 9288585  T
Q  460 caatcacatccaaactccacaagaatagaacaagag 495  Q
    ||||| ||||| ||| || |||||||||| ||||||    
T  9288584 caatctcatcctaacacctcaagaatagatcaagag 9288549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 58 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 9293487 - 9293287
Alignment:
Q  58 tgaaaacatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatat-cataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcaca 156  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  9293487 tgaagacatgccagctatattcatcatgcacctcaaactcatttcaatattcata-gcatctagcagaataacacatgcagtctcattaataaattcaca 9293389  T
Q  157 atgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttatt 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||    
T  9293388 atgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaatggcaattcatgtaggcaccacatgctctacaccatcattaacaactgctgtctattttatt 9293289  T
Q  257 aa 258  Q
    ||    
T  9293288 aa 9293287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 63 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 9298089 - 9297896
Alignment:
Q  63 acatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttg 162  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9298089 acatggcagctatattcatcatgcatctcaaactcattttaatatcataagcatcttgcagaataacacatgcagtatcattaatatattcacaatgttg 9297990  T
Q  163 gactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttatt 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | | |||||||||| ||||||||  |||||| ||||| ||||||||||    
T  9297989 gactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaatccatattgacaccacatgctcaacaccatccttaacaactgctgcatattttatt 9297896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 63 - 256
Target Start/End: Original strand, 9373067 - 9373260
Alignment:
Q  63 acatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatat-cataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgtt 161  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||| |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9373067 acatgccagctatattcatcatgcatctcaaactcattttaatattcatg-gcatcttgcagaataacacatgcagtatcattaataaattcacaatgtt 9373165  T
Q  162 ggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttatt 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||| |||  | |||||||||    
T  9373166 ggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaaggaaaattcatgtaggcaccacatgctctactccatcattaacaactgccctctattttatt 9373260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 325 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 9293247 - 9293075
Alignment:
Q  325 agagtcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaattaaagagaaatatggcaagca 424  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9293247 agagtcaagaacttggtaacatcacacaaacattaagctttacaattatcttagaagaaaaaat-aacaaacaacaaattaaagagaaatatggcaagca 9293149  T
Q  425 acaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatccaaactccacaagaatagaacaagagcta 498  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9293148 acaattaccacgttcgctcaaacagttttccttctcaatctcatcctaactccacaagaatagaacaagagcta 9293075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 315 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 9297867 - 9297682
Alignment:
Q  315 ttatataaatagagtcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagnnnnnnnga--acaaacaacaaattaaagagaa 412  Q
    ||||||||| |||||||||  |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||        |  |||||| |||| ||||||||||    
T  9297867 ttatataaagagagtcaagcacttgttaacatcacacaaacattgagctttacaattatcttagaagaaaaaaaaataacaaactacaatttaaagagaa 9297768  T
Q  413 atatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatccaaactccacaagaatagaacaagagcta 498  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9297767 atatggcaagcaacaagtaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatctcatcctaactccacaagaatagaacaagagcta 9297682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 98 - 495
Target Start/End: Original strand, 9309552 - 9309949
Alignment:
Q  98 atttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaaggg 197  Q
    |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||    |  | | |||||||||||||||||||||||    
T  9309552 atttcaatatcaga-gcatcttgcagagtatcacatgcaatatcattaacatattcacaatgttgggtagaggtatgacaagcttaccatattcaaaggg 9309650  T
Q  198 aaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaatcattatcatatgaatttaataattatccaccaatc 297  Q
    |||| |||| |||| |||||||||||| ||||| | ||||||||| |   |||||||||||    | |||| ||||||| |||||||| | | ||||||     
T  9309651 aaatccatgcaggcaccacatgctctaaaccatgattaacaagtgataactattttattaatttac-ttattatatgaaattaataatcagcaaccaata 9309749  T
Q  298 aatatgatgaatacatcttatataaatagagtcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagnnnnnnngaa-caaac 396  Q
       || ||||||   ||||||||||| ||||||| || ||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||        ||| |||||    
T  9309750 tcgatcatgaatggctcttatataaagagagtcaggaacttgggaacaccacacaaacattgagctttacaattttcttagaactaaaaaagaaacaaac 9309849  T
Q  397 aacaaattaaagagaaat----atggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatccaaactccacaagaatagaacaa 492  Q
    |||||||||| |||||||    ||| |||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  9309850 aacaaattaaggagaaattaagatgtcaagcaaa---taccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatctcatccaagctccactagaattgaacaa 9309946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 390 - 498
Target Start/End: Original strand, 9373374 - 9373482
Alignment:
Q  390 aacaaacaacaaattaaagagaaatatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatccaaactccacaagaatagaa 489  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  9373374 aacaaacaacagattaaagagaaatatggcaagcaacaagtaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatctcatcctaactccacaagaatagaa 9373473  T
Q  490 caagagcta 498  Q
    |||||||||    
T  9373474 caagagcta 9373482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 98 - 494
Target Start/End: Original strand, 9355958 - 9356356
Alignment:
Q  98 atttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaaggg 197  Q
    |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||    | || | |||| ||||||||||||||| ||    
T  9355958 atttcaatatcaga-gcatcttgcagagtatcacatgcaatatcattaacatattcacaatgttgggtagagatatgacaaccttaccatattcaaatgg 9356056  T
Q  198 aaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaatcattatcatatgaatttaataattatccaccaatc 297  Q
    ||||||||| || |  ||||||||||| ||||| | ||||||||| |   |||||||| ||   || |||| ||||||| |||||||| | | ||||||     
T  9356057 aaattcatgcagccagcacatgctctaaaccatgattaacaagtgatacctattttatcaatt-tccttattatatgaaattaataatcagcaaccaata 9356155  T
Q  298 aatatgatgaatacatcttatataaatagag--tcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagnnnnnnngaa-caa 394  Q
       || ||||||   ||||||||||| ||||  ||| |  ||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||        ||| |||    
T  9356156 tcaatcatgaatggctcttatataaagagagagtcaggcacttggtaacaccacacaaacattgagctttaccattttcttagaactaaaaaagaaacaa 9356255  T
Q  395 acaacaaattaaagagaaat----atggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatccaaactccacaagaatagaac 490  Q
    |||||||||||||||| |||    |||||||||||    ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||    
T  9356256 acaacaaattaaagagcaattaagatggcaagcaaa---taccatgttcgctcaaatagctttccttctcaatcccatccaagctccacaagaattgaac 9356352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 98 - 380
Target Start/End: Original strand, 9348588 - 9348870
Alignment:
Q  98 atttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaaggg 197  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||    | || | |||| ||||||||||||||| ||    
T  9348588 atttcaatatcata-gcatcttgcagagtatcacatgcaatatcattaacatattcacaatgttgggtagagatatgacaaccttaccatattcaaatgg 9348686  T
Q  198 aaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaatcattatcatatgaatttaataattatccaccaatc 297  Q
    ||||||||| || |  ||||||||||| ||||| | ||||||||| |   ||||||| | ||  || |||| ||||||  |||||||| | | ||||||     
T  9348687 aaattcatgcagccagcacatgctctaaaccatgattaacaagtgatacctatttta-tcaatttccttattatatgagattaataatcagctaccaata 9348785  T
Q  298 aatatgatgaatacatcttatataa--atagagtcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaa 380  Q
       || ||||||  |||||||||||  | ||||| | || |||||||||| |||||||||||| |||||||| | | ||||||||    
T  9348786 tcaatcatgaatggatcttatataaagagagagtaaggaacttggtaacacaacacaaacattgagctttaccaatttcttagaa 9348870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 430 - 495
Target Start/End: Original strand, 9348910 - 9348975
Alignment:
Q  430 taccatgttcgctcaaacagttttccttctcaatcacatccaaactccacaagaatagaacaagag 495  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||| |||||||||    
T  9348910 taccatgttcgctcaaatagttttccttctcaatctcatccaagctcctctagaattgaacaagag 9348975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 56
Target Start/End: Original strand, 9367095 - 9367131
Alignment:
Q  20 ggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctaa 56  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9367095 ggaggcaagctaattggtgactaatgaggttttctaa 9367131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University