View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1807R-Insertion-8 (Length: 812)

Name: NF1807R-Insertion-8
Description: NF1807R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1807R-Insertion-8
NF1807R-Insertion-8
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-812)||(2528897-2529700)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 768; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 768; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 812
Target Start/End: Complemental strand, 2529700 - 2528897
Alignment:
Q  9 ctttccacaggtttacaatctccacagccttattggtctatgcaaaatgatatccgaaaaatagctaatgaaaacggcgacgaggtaaattttgcaactc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2529700 ctttccacaggtttacaatctccacagccttattggtctatgcaaaatgatatccgaaaaatacctaatgaaaacggcgacgaggtaaattttgcaactc 2529601  T
Q  109 ttgatgcaaattcatggaagttctatgacaaaaggaaatctttgttgtggcaatttattttttctgatgctgcaaatgcaacttggatagcagttttagg 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2529600 ttgatgcaaattcatggaagttctatgacaaaaggaaatcattgttgtggcaatttattttttctgatgctgcaaatgcaacttggatagcagttttagg 2529501  T
Q  209 aagtgatggcttcataactttcaccaatcttaaaaataaaggctcaagtggttcatcgacaacaagaatacctcaagattcttgtagtacaccacaacct 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2529500 aagtgatggcttcataactttcaccaatcttaaaaataaaggctcaagtggttcatcgacaacaagaatacctcaagattcttgtagtacaccacaacct 2529401  T
Q  309 tgtggaccttataacatatgcattggtgacaaaaaatgcagttgcccttctgttcttagctccagtcctagttgtgaaccgggttttgtttctccttgta 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  2529400 tgtggaccttataacatatgcattggtgacaaaaaatgcagttgcccttctgttcttagctccagtcctagctgtgaaccgggttttgtttcgccttgta 2529301  T
Q  409 actcgaaaagttccgttgagcttgttaaaggtgatgatggactcaattactttgcacttggattccttccaccttcttcgaaaaccgatttgattggttg 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2529300 actcgaaaagttccgttgagcttgttaaaggtgatgatggactcaattactttgcacttggatttcttccaccttctttgaaaaccgatttgattggttg 2529201  T
Q  509 caaaaattcttgcaatgaaaactgctcatgtcttgctatgttctttcaaagcagttcaggaaactgttaccttttagataggattggaagctttgtgaaa 608  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2529200 caaaaattcttgcagtgaaaactgctcatgtcttgctatgttctttcaaagcagttcaggaaactgttaccttttagataggattggaagctttgtgaaa 2529101  T
Q  609 actgataatgattctggttttgtctcttacattaaagtctcaagagacggaagtagtgacacagaaacagacacagcagaaagtagaaacaggaatgtgc 708  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2529100 actgataatgattctggctttgcctcttacattaaagtctcaagagacggaagtagtgacacagaaacagacacagcagaaagtagaaacaggaatgtgc 2529001  T
Q  709 agacaatagttgttgtgatcattgtaatagtaacattgtttgtcatttctggcatgatttatgtgggactaaaatgctcaaagaaaaaggaaaatttgcc 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2529000 agacaatagttgttgtgatcattgtaatagtaacattgtttgtcatttctggcatgatttatgtgggactaaaatgctcaaagaaaaaggaaaatttgcc 2528901  T
Q  809 tgaa 812  Q
    ||||    
T  2528900 tgaa 2528897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University