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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1809-Insertion-4 (Length: 839)
Name: NF1809-Insertion-4
Description: NF1809
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1809-Insertion-4 |
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| [»] chr7 (22 HSPs) |
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| [»] chr1 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 558; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 558; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 22840342 - 22839514
Alignment:
| Q |
8 |
cttctttctcaactacttttgtattttccataaaatcttcagatccaacttttggtggccatggaattgttttcgttatttctcctacaaaagggctacc |
107 |
Q |
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| T |
22840342 |
cttctttctcaactacttttgtattttccataaaatcttcatatccaactcttagtggccatggaattgttttcgttatttctcctacaaaagggctacc |
22840243 |
T |
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| Q |
108 |
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207 |
Q |
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22840242 |
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22840143 |
T |
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| Q |
208 |
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307 |
Q |
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| T |
22840142 |
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22840043 |
T |
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| Q |
308 |
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407 |
Q |
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| T |
22840042 |
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22839943 |
T |
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| Q |
408 |
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507 |
Q |
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22839942 |
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22839846 |
T |
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| Q |
508 |
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607 |
Q |
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22839845 |
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22839746 |
T |
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| Q |
608 |
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707 |
Q |
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| T |
22839745 |
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22839646 |
T |
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| Q |
708 |
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807 |
Q |
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| T |
22839645 |
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22839546 |
T |
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| Q |
808 |
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839 |
Q |
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| T |
22839545 |
ttcagggaaaaggggctactgggagttggtgg |
22839514 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 22876206 - 22875390
Alignment:
| Q |
8 |
cttctttctcaactacttttgtattttccataaaatcttcagatccaacttttggtggccatggaattgttttcgttatttctcctacaaaagggctacc |
107 |
Q |
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| T |
22876206 |
cttctttctcaactacttttgtatttgccataagacctcaatatccaactattagtggtgatggaattgtttttgttgtttctcctacaaaagggctacc |
22876107 |
T |
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| Q |
108 |
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207 |
Q |
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| T |
22876106 |
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22876007 |
T |
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| Q |
208 |
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307 |
Q |
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| T |
22876006 |
aatgagtttaatgatatcgatgataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctatttcaacttctacaggatattacgatgaatataatc |
22875907 |
T |
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| Q |
308 |
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407 |
Q |
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| T |
22875906 |
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22875810 |
T |
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| Q |
408 |
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507 |
Q |
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| T |
22875809 |
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22875716 |
T |
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| Q |
508 |
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607 |
Q |
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| T |
22875715 |
tcaacaggtttaattttagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaacccttgaaatctctgaacttcctaaactac |
22875616 |
T |
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| Q |
608 |
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707 |
Q |
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| T |
22875615 |
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22875522 |
T |
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| Q |
708 |
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807 |
Q |
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| T |
22875521 |
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22875422 |
T |
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| Q |
808 |
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839 |
Q |
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| T |
22875421 |
ttcagggaaaaggggctattgggagttggtgg |
22875390 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 22831319 - 22830493
Alignment:
| Q |
10 |
tctttctcaactacttttgtattttccataaaatcttcagatccaacttttggtggccatggaattgttttcgttatttctcctacaaaagggctaccaa |
109 |
Q |
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| T |
22831319 |
tctttctcaactacttttgtatttaccataaaatccatgtatccatctattagtggccatggaattgtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaa |
22831220 |
T |
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| Q |
110 |
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209 |
Q |
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| T |
22831219 |
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22831120 |
T |
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| Q |
210 |
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309 |
Q |
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| T |
22831119 |
tgagtttgatgatatcaatgataatcatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatgatactggtcga |
22831020 |
T |
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| Q |
310 |
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409 |
Q |
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| T |
22831019 |
ttcaggaatttatcccttaccagtggacatcctatgcaggtatggattgaatatgatggagtgaagaaaaagattgatgttaccttagctccagttagtg |
22830920 |
T |
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| Q |
410 |
ttggttttaatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatctcc |
509 |
Q |
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| T |
22830919 |
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22830823 |
T |
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| Q |
510 |
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609 |
Q |
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| T |
22830822 |
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22830723 |
T |
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| Q |
610 |
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709 |
Q |
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| T |
22830722 |
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22830623 |
T |
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| Q |
710 |
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809 |
Q |
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| T |
22830622 |
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22830523 |
T |
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| Q |
810 |
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839 |
Q |
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| T |
22830522 |
cagggaaaaggggatactgggagttggtgg |
22830493 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 22889582 - 22888760
Alignment:
| Q |
8 |
cttctttctcaactacttttgtattttccataaaatcttcagatccaacttttggtggccatggaattgttttcgttatttctcctacaaaagggctacc |
107 |
Q |
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| T |
22889582 |
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22889483 |
T |
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| Q |
108 |
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207 |
Q |
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| T |
22889482 |
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22889383 |
T |
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| Q |
208 |
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307 |
Q |
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| T |
22889382 |
tttgagtttgatgatatcaacgataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctgattcaactcctgcaggatattatgatggttatggtc |
22889283 |
T |
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| Q |
308 |
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407 |
Q |
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| T |
22889282 |
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22889183 |
T |
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| Q |
408 |
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507 |
Q |
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| T |
22889182 |
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22889086 |
T |
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| Q |
508 |
ccaacagggtcaattatatcttctcattatgttcttagttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaacctagtaatctctgaacttcctgagctaa |
607 |
Q |
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| T |
22889085 |
tcaacagggttaatggtagcttctcagtatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaaccttgaaatctctgaacttcctaaactac |
22888986 |
T |
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| Q |
608 |
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707 |
Q |
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| T |
22888985 |
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22888892 |
T |
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| Q |
708 |
tatcaaattgaagaagtttggagaggttcttgaagattgggaacatgaatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacgaagggt |
807 |
Q |
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| T |
22888891 |
tgtcaaattgaagaagtttgatgaggttcttgaagattgggaacatgaatatggcccacgtagatttaagttcaaagatctatactcagccacaaagggt |
22888792 |
T |
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| Q |
808 |
ttcagggaaaaggggctactgggagttggtgg |
839 |
Q |
| |
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| T |
22888791 |
ttcagggaaaaggggctattgggagttggtgg |
22888760 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 22815317 - 22814489
Alignment:
| Q |
8 |
cttctttctcaactacttttgtattttccataaaatcttcagatccaacttttggtggccatggaattgttttcgttatttctcctacaaaagggctacc |
107 |
Q |
| |
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| T |
22815317 |
cttctttctcaactacttttgtgtttgcaataagacctcaatatccaccttttagtggccaaggaattgtttttgttctttctcctacaaaagggctacc |
22815218 |
T |
|
| Q |
108 |
aaattcactaccacgtcaataccttggtctctttaaccagtccaacaatggaaacagtagtaaccacgtttttggtgttgaacttgatactattattagt |
207 |
Q |
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| T |
22815217 |
aaattcactaccaagtcaataccttggtctctttaacgattccaacaatggaaacagtaacaaccatgtttttggtgttgagcttgacactcgtca-aga |
22815119 |
T |
|
| Q |
208 |
agtg-agtttaatgatatcaatgataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattacgatgaatataat |
306 |
Q |
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| T |
22815118 |
tttgcagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtatcgatatcaattatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattataatgatcatggt |
22815019 |
T |
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| Q |
307 |
caattcagggatttatccctctccagtggatatcctatgcaagtatggattgaatatgatagagtgaagaaaaagattgaagttactttagctccaatta |
406 |
Q |
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| T |
22815018 |
caattcagggagttatccctttccaatggatttcctatacaggtatggattgactatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccaatga |
22814919 |
T |
|
| Q |
407 |
gtgttggttttaatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttcaaaatagtatgtatgttggattctcatc |
506 |
Q |
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22814918 |
gtgttggtgctagtaat---aaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttcttcaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatc |
22814822 |
T |
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507 |
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aaattcactaccacgtcaataccttggtctctttaaccagtccaacaatggaaacagtagtaaccacgtttttggtgttgaacttgatactattattagt |
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T |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 337 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 22826210 - 22825720
Alignment:
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436 |
Q |
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536 |
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636 |
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836 |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 8 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 22913958 - 22913375
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207 |
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504 |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 150; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 630 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 22805007 - 22804798
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Q |
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22804807 |
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Back To:
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Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 8 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 22885882 - 22885556
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107 |
Q |
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| T |
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207 |
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| T |
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307 |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 630 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 22809291 - 22809082
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829 |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #17
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Target Start/End: Complemental strand, 22885535 - 22885308
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Q |
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587 |
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| T |
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22885338 |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #18
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Query Start/End: Original strand, 638 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 22885265 - 22885065
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T |
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837 |
Q |
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Q |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 630 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 22858109 - 22857900
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Q |
| |
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T |
|
| Q |
730 |
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829 |
Q |
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T |
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830 |
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839 |
Q |
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22857909 |
gagttggtgg |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 8 - 186
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aaaagggcaaccaaattcactaccaggtcaataccttggtctctttaacaattccaacaatggaaatagtagcaaccatgtttttggtgtt |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 9 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 22880853 - 22880674
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Q |
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T |
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109 |
aattcactaccacgtcaataccttggtctctttaaccagtccaacaatggaaacagtagtaaccacgtttttggtgttga |
188 |
Q |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #22
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Target Start/End: Complemental strand, 22858709 - 22858672
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 405; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 839
Target Start/End: Original strand, 21150425 - 21151252
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Q |
| |
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T |
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109 |
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