View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1809-Insertion-9 (Length: 700)

Name: NF1809-Insertion-9
Description: NF1809
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1809-Insertion-9
NF1809-Insertion-9
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-700)||(7433800-7434491)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 508; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 508; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 7434491 - 7433800
Alignment:
Q  8 gttttgagtatttatataaaaaag-ttgtgttgcttgttcactctttcttcttctaactccataacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctttctagggtt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||                     |||||||||||||    
T  7434491 gttttgagtatttatataaaaaaaattgtgttgcttgttcactctctcttcttctacatccataacattattttattattattttttgctttctagggtt 7434392  T
Q  107 ttgagaaggtggtgtgtttcttaaccggtaagctttctgttttttatgctcactgctagagacta-tttaagtactgtgctaagactgagagatcagtac 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7434391 ttgagaaggtggtgtgtttcttaaccggtaagctttctgttttttatgctcactgctagagactattttaagtactgtgctaagacagagagatcagtac 7434292  T
Q  206 tagctgctgaccagtctatgtttgttagtaattggcaataaatattttgaagtttaattatcatgtgattttaatgtaaagtttgtttaatgaatgatac 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7434291 tagctgctgaccagtctatgtttgttagtaattggcaataaatattttgaagtttaattatcatgtgattttaatgtaaagtttgtttaatgaatgatac 7434192  T
Q  306 agtaccttatggtctacattggtctcttttgattaagaatttataaagtttgagtgtcatggatgaattagttgagtcatcttttttgttaaggtagatt 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  7434191 agtaccttatggtctacattggtctcttttgattaagaatttataaagtttgagtgtcatggatgaattagttgagccatc-tttttgttaaggtagatt 7434093  T
Q  406 taaaaggatggaatggtacttgagttcaaggcatatggaagtacttgtatcttaaagagcacttaaaaatgtattcatatttatcttcctctaaagatat 505  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7434092 taaaaggatggaatggtacttcacttcaaggaatatggaagaacttgtatcttaaagag-actt-aaaatgtattcatatttatcttcctctaaggatat 7433995  T
Q  506 tagtgaagctcgaacataaaaccttcaagtttaaaacccacttttttaccactatatcaaacatttaaagtttgaattaatcgagtctcgtgtatataaa 605  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7433994 tagtggagctcgaacatgaaaccttcaagttcaaaacccacttttttaccactatatcaaacatttaaaatttgaattaatcaagtctcgtgtatataaa 7433895  T
Q  606 accagcctcttcacttgtgacggccgtagagtatatctatcattcttaaaactcggccgtagagtacacatatgctataaaaatcatcaataatc 700  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7433894 accagcctcttcacttgtgacggacatagagtatatctatcattcttggaactcggccatagagtacacatatgctataaaaatcatcaataatc 7433800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University