View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1809R-Insertion-15 (Length: 429)

Name: NF1809R-Insertion-15
Description: NF1809R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1809R-Insertion-15
NF1809R-Insertion-15
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (9-429)||(36107515-36107935)
chr4 (19-429)||(34971710-34972120)
chr4 (31-429)||(21482272-21482667)
chr4 (48-429)||(36100295-36100676)
chr4 (31-423)||(36090406-36090799)
chr4 (189-366)||(36079831-36080008)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (9-429)||(6838276-6838696)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-429)||(8338139-8338560)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 397; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 429
Target Start/End: Original strand, 36107515 - 36107935
Alignment:
Q  9 attcccttgtctctgaagttacttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaac 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107515 attcccttgtctctgaagttacttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaac 36107614  T
Q  109 accgaaacctttggcaattataactgcaaaagatgattcacatatccaagaaacaattaaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaagt 208  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  36107615 accaaaacctttggcaattataactgcaaaagatgattcgcatatccaagaaacaattaaatgtgccaaaagcaacaacattcagattagaattcgaagt 36107714  T
Q  209 ggcggtcacgactatgaaggtttttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaat 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107715 ggcggtcacgactatgaaggtttttcatatgtatcagatgtgccttttattatacttgacatgtttcatctcaattcagttgatatcaatttacaagaat 36107814  T
Q  309 caacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgttttac 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107815 caacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgttttac 36107914  T
Q  409 tctaggtgctggtggtcattt 429  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  36107915 tctaggtgctggtggtcattt 36107935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 19 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 34972120 - 34971710
Alignment:
Q  19 ctctgaagttacttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaacaccgaaacct 118  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||| | || || ||  | | ||||| ||| |||| ||||||| || ||||||| || || |||    
T  34972120 ctctgaagtcatttacacaccaaacaatacctcattctcagccatactaaatgtaagaatactaaacaagatatttaaagcaacaacaaccccaaagcct 34972021  T
Q  119 ttggcaattataactgcaaaagatgattcacatatccaagaaacaattaaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaagtggcggtcacg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||| || || |    
T  34972020 ttggcaattataactgcaaaagatgtttctcatgtccaagcaacaattaaatgtgccaaaagtaacaacattcagataagaattcgaagtggagggcatg 34971921  T
Q  219 actatgaaggtttttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaatcaacagcatg 318  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  34971920 actatgaaggtttatcatatttatcagatgtgccttttattgtacttgacatgtttcacctcaattcagttgatgtcaatttacaagaatcaacaacatg 34971821  T
Q  319 ggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgttttactctaggtgct 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| |||     ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  34971820 ggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattatacaattggaaataaaaacaattcttttgcttttccatccggggtctgttttactgtaggtgct 34971721  T
Q  419 ggtggtcattt 429  Q
    |||||||||||    
T  34971720 ggtggtcattt 34971710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 31 - 429
Target Start/End: Original strand, 21482272 - 21482667
Alignment:
Q  31 ttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaacaccgaaacctttggcaattata 130  Q
    |||||| |||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||    
T  21482272 ttacactccaaacaatatctcattctcaaccatcctcaacatgaaaatacaaaacaagagatttaaaaca---acaacaccaaaacctttggcaattata 21482368  T
Q  131 actgcaaaagatgattcacatatccaagaaacaattaaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaagtggcggtcacgactatgaaggtt 230  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||   |||||| |||||  |||| || ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  21482369 actgcaaaagatgattctcatgtccaagcaacaattcaatgcctcaaaagtaacaaaattcagatcagaatccgaagtggcggccacgactttgaaggtt 21482468  T
Q  231 tttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaatcaacagcatgggttgaatcagg 330  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  21482469 tctcatatgtatcagacgtgccttttgttataattgacttgcttcatctcaattcagttgatgtcaatttacaagaagaaacagcatgggttgaatcagg 21482568  T
Q  331 tgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgttttactctaggtgctggtggtcattt 429  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||| ||||  |||   |||||||||||||| || || |||||| || | || ||||||||||||||    
T  21482569 tgcaacacttggaaagctttattataccattggaaagaaaaataactctcttgctttcccatccggcgtttgtttttctgtcggagctggtggtcattt 21482667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 178; E-Value: 7e-96
Query Start/End: Original strand, 48 - 429
Target Start/End: Original strand, 36100295 - 36100676
Alignment:
Q  48 cctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaacaccgaaacctttggcaattataactgcaaaagatgattc 147  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  36100295 cctcattctcaaccatcctaaatatgaaaatacataacaagagatttaaaacagcaacatcaccaaaagctttagcaattataactccaaaagatgattc 36100394  T
Q  148 acatatccaagaaacaattaaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaagtggcggtcacgactatgaaggtttttcatatgtatcagat 247  Q
     ||| |||||  |||||||||||||||||||| ||||||| | ||| | ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||  |||||||     
T  36100395 tcatgtccaaacaacaattaaatgtgccaaaatcaacaacttccaattaagaatccgaagtggcggccacgattatgaaggcttctcatacttatcagac 36100494  T
Q  248 gtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaatcaacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaaga 347  Q
    ||||||| ||||||| ||||| || ||||  |||||||||||||  |||||||||||||   |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  36100495 gtgccttatgttataattgacttgcttcacctcaattcagttgaagtcaatttacaagatgaaacaacatgggttgaagctggtgcaacacttggtaaga 36100594  T
Q  348 tttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgttttactctaggtgctggtggtcattt 429  Q
    ||||||||| |||| |||| ||||  ||    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36100595 tttattataccatttcaaagaaaaataattctcttgctttcccatctggggtctgtttttctctaggtgctggtggtcattt 36100676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 31 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 36090799 - 36090406
Alignment:
Q  31 ttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaa-caccgaaacctttggcaattat 129  Q
    |||||| | ||||||  ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||||||    
T  36090799 ttacactcaaaacaacacctcattcttaaccatcttcaacatgaaaatacattacaagagattcaaaacagcaacaaacactaaaacctttggcaattat 36090700  T
Q  130 aactgcaaaagatgattcacatatccaagaaacaattaaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaagtggcggtcacgactatgaaggt 229  Q
    ||| | ||| |||  ||| ||| |||||| |||| |||||||||| ||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||| || || || ||||||    
T  36090699 aacagtaaaggatagttcccatgtccaagtaacagttaaatgtgctaaaagtaacaacattcagatcagaattcgaagtggcggacatgattacgaaggt 36090600  T
Q  230 ttttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaatcaacagcatgggttgaatcag 329  Q
    || ||| ||||||||||  |||||| ||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||    
T  36090599 ttatcaaatgtatcagacatgccttatgttataattgacttgcttcatctcaattcaattgatgtcaatttagaagaagaaactgcatgggttgaatcag 36090500  T
Q  330 gtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgttttactctaggtgctggtgg 423  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  ||||  |||   |||||||||||||||||||| |||||| |  |||| ||||||||    
T  36090499 gtgcaatacttggtaagatttattatacgattgcaatgaaaaataactcccttgctttcccatctggggtatgtttttcggtaggggctggtgg 36090406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 189 - 366
Target Start/End: Original strand, 36079831 - 36080008
Alignment:
Q  189 ttcaaattagaattcgaagtggcggtcacgactatgaaggtttttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagt 288  Q
    ||||||||||||| ||||| || || || || | ||||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    |||||||    
T  36079831 ttcaaattagaatccgaagcggtggccatgattgtgaaggcctttcatatgtatcagatgttccttttattatacttgacatgtttcatcatgattcagt 36079930  T
Q  289 tgatatcaatttacaagaatcaacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaa 366  Q
    ||||||  |  |  || |   |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  36079931 tgatattgacgttgaaaacggaacagcatgggttgaagcaggtgcaacacttggtaaggtttattattacattgcaaa 36080008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 429
Target Start/End: Original strand, 6838276 - 6838696
Alignment:
Q  9 attcccttgtctctgaagttacttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaac 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6838276 attcccttgtctctgaagttacttacacaccaaacaacacctcattctcaactatcctcaacataaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaac 6838375  T
Q  109 accgaaacctttggcaattataactgcaaaagatgattcacatatccaagaaacaattaaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaagt 208  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  6838376 accgaagcctttggcaattataactgtaaaagatgattctcatgtccaagaaacagttaaatgtgccaaaagcaacaacattcagattagaattcgaagt 6838475  T
Q  209 ggcggtcacgactatgaaggtttttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaat 308  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  6838476 ggtggtcacgactatgaaggttgttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatctcaattctgttgatgtcaatttacaagaat 6838575  T
Q  309 caacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgttttac 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  6838576 caacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataccattgcaaagaaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtgtgctttac 6838675  T
Q  409 tctaggtgctggtggtcattt 429  Q
    | |||||||||||||||||||    
T  6838676 tgtaggtgctggtggtcattt 6838696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 8 - 429
Target Start/End: Original strand, 8338139 - 8338560
Alignment:
Q  8 aattcccttgtctctgaagttacttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaa 107  Q
    ||||||| | |||||||||| | |||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||| |||||  |||||    
T  8338139 aattcccctatctctgaagtcatttacacaccaaacaacacctcattctcaaccatcctaaacatgaaaatacataacaagagatttgaaacaaaaacaa 8338238  T
Q  108 caccgaaacctttggcaattataactgcaaaagatgattcacatatccaagaaacaattaaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaag 207  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||    
T  8338239 caccaaaatctttggcaattataactgcaaaagatgcttctcatgtccaagcaacaattaaatgtgccaaaagcaacaatattcagataagaattcgaag 8338338  T
Q  208 tggcggtcacgactatgaaggtttttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaa 307  Q
    |||||| |||||||| ||||| || || || ||||||||  |  ||||||||||| ||||| || ||||  |||||||||||||| |||||||||||||     
T  8338339 tggcggccacgactacgaaggcttctcttacgtatcagacatatcttttgttataattgacctgcttcacctcaattcagttgatctcaatttacaagat 8338438  T
Q  308 tcaacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgtttta 407  Q
      ||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||    ||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  8338439 gaaactgcatgggttgaatctggtgcaacaatcggtaagatttattataccattgcaaagaaaaacaattctcttgctttcccgtctggggtctgttcta 8338538  T
Q  408 ctctaggtgctggtggtcattt 429  Q
    | ||||||||||||||||||||    
T  8338539 cactaggtgctggtggtcattt 8338560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University