View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1809R-Insertion-7 (Length: 700)
Name: NF1809R-Insertion-7
Description: NF1809R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1809R-Insertion-7 |
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| [»] scaffold0373 (1 HSPs) |
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| [»] chr4 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0373 (Bit Score: 638; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0373
Description:
Target: scaffold0373; HSP #1
Raw Score: 638; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 700
Target Start/End: Original strand, 4543 - 5228
Alignment:
| Q |
8 |
acgatggaagttgcacatacactttttagttgattcttaagtgagtacataaatatggagattttttaaagcagtctgaaaaacattttactatgtttct |
107 |
Q |
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| T |
4543 |
acgatggaagttgcacatacactttttagttgattcttaagtgagtacataaatatggagattttttaaagcagtctgaaaaacattttactatgtttct |
4642 |
T |
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| Q |
108 |
tggatcattcaccatattttatgtaaggtgcattaatctcaccactttaggttgtatattttgtgttattgatggtgtcctatggttgaattttgagagt |
207 |
Q |
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| T |
4643 |
tggatcattcaccatattttatgtaaggtgcattaatctcaccactttaggttgtatattttgtgttattgatggtgtcctatggttgaattttgagagt |
4742 |
T |
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| Q |
208 |
gacatcttatagaaagcaatgttggcaatgtcatttcctcctttcattttgcacaatcatcttgccaaatttgtgttcattagagcaagctgatttacgt |
307 |
Q |
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| T |
4743 |
gacatcttatagaaagcaatgttggcaatatca-ttcctcctttcattttgcacaatcatcttgccaaatttgtgttcattagagcaagctgatttacat |
4841 |
T |
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| Q |
308 |
gatatgtagaattctaacaattaaatgaacaagttatataaaacaacaaaaacataagcataaacatattactgccttaaaaccttaccataaaattttt |
407 |
Q |
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| T |
4842 |
gatatgtagaattctaacaattaaatgaacaagttatataaaacaacaaaaa------cataaacatattactgccttaaaaccttaccataaaaatttt |
4935 |
T |
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| Q |
408 |
atttatttacttctgtaaccaagatacttgataaaagactaatgttttgatcattggatctatctttgggaataactcagtctcattggagagtcaaagt |
507 |
Q |
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| T |
4936 |
agttatttacttctgtaaccaagatacttgataaaagactaatgttttgatcattggatctatcttttggaataactcagtctcattggagagtcaaagt |
5035 |
T |
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| Q |
508 |
cccaattattgtgagttacttgcttataatagtgaccggagaaagtagacgataacagcgaggtggttgttcatcttccatgcatcatattcatatggat |
607 |
Q |
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| T |
5036 |
cccaattattgtgagttacttgcttataatagtgaccggagaaagtagacgataacagcgaggtggttgttcatcttccatgcatcatatgcatatggat |
5135 |
T |
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| Q |
608 |
ctttcactttactgctgatccatgtgcagaactagttactatatttggttcattcctatatagggtaggcacctataaaatatcacttattcc |
700 |
Q |
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| T |
5136 |
ctttcactttactgctgatccatgtgcagaactagttactatatttggttcattcctatatagggtaggcacctataaaatatcacttattcc |
5228 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 638; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 638; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 6852531 - 6851846
Alignment:
| Q |
8 |
acgatggaagttgcacatacactttttagttgattcttaagtgagtacataaatatggagattttttaaagcagtctgaaaaacattttactatgtttct |
107 |
Q |
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| T |
6852531 |
acgatggaagttgcacatacactttttagttgattcttaagtgagtacataaatatggagattttttaaagcagtctgaaaaacattttactatgtttct |
6852432 |
T |
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| Q |
108 |
tggatcattcaccatattttatgtaaggtgcattaatctcaccactttaggttgtatattttgtgttattgatggtgtcctatggttgaattttgagagt |
207 |
Q |
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| T |
6852431 |
tggatcattcaccatattttatgtaaggtgcattaatctcaccactttaggttgtatattttgtgttattgatggtgtcctatggttgaattttgagagt |
6852332 |
T |
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| Q |
208 |
gacatcttatagaaagcaatgttggcaatgtcatttcctcctttcattttgcacaatcatcttgccaaatttgtgttcattagagcaagctgatttacgt |
307 |
Q |
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| T |
6852331 |
gacatcttatagaaagcaatgttggcaatatca-ttcctcctttcattttgcacaatcatcttgccaaatttgtgttcattagagcaagctgatttacat |
6852233 |
T |
|
| Q |
308 |
gatatgtagaattctaacaattaaatgaacaagttatataaaacaacaaaaacataagcataaacatattactgccttaaaaccttaccataaaattttt |
407 |
Q |
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| T |
6852232 |
gatatgtagaattctaacaattaaatgaacaagttatataaaacaacaaaaa------cataaacatattactgccttaaaaccttaccataaaaatttt |
6852139 |
T |
|
| Q |
408 |
atttatttacttctgtaaccaagatacttgataaaagactaatgttttgatcattggatctatctttgggaataactcagtctcattggagagtcaaagt |
507 |
Q |
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| T |
6852138 |
agttatttacttctgtaaccaagatacttgataaaagactaatgttttgatcattggatctatcttttggaataactcagtctcattggagagtcaaagt |
6852039 |
T |
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| Q |
508 |
cccaattattgtgagttacttgcttataatagtgaccggagaaagtagacgataacagcgaggtggttgttcatcttccatgcatcatattcatatggat |
607 |
Q |
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| T |
6852038 |
cccaattattgtgagttacttgcttataatagtgaccggagaaagtagacgataacagcgaggtggttgttcatcttccatgcatcatatgcatatggat |
6851939 |
T |
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| Q |
608 |
ctttcactttactgctgatccatgtgcagaactagttactatatttggttcattcctatatagggtaggcacctataaaatatcacttattcc |
700 |
Q |
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| T |
6851938 |
ctttcactttactgctgatccatgtgcagaactagttactatatttggttcattcctatatagggtaggcacctataaaatatcacttattcc |
6851846 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 29; Significance: 0.000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 527 - 555
Target Start/End: Original strand, 34768396 - 34768424
Alignment:
| Q |
527 |
ttgcttataatagtgaccggagaaagtag |
555 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
34768396 |
ttgcttataatagtgaccggagaaagtag |
34768424 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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