View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1809_low_11 (Length: 443)

Name: NF1809_low_11
Description: NF1809
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1809_low_11
NF1809_low_11
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (19-426)||(36107515-36107922)
chr4 (29-426)||(34971723-34972120)
chr4 (41-416)||(21482272-21482644)
chr4 (58-426)||(36100295-36100663)
chr4 (41-416)||(36090423-36090799)
chr4 (199-376)||(36079831-36080008)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (19-426)||(6838276-6838683)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-426)||(8338139-8338547)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 426
Target Start/End: Original strand, 36107515 - 36107922
Alignment:
Q  19 attcccttgtctctgaagttacttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107515 attcccttgtctctgaagttacttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaac 36107614  T
Q  119 accgaaacctttggcaattataactgcaaaagatgattcacatatccaagaaacaattaaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaagt 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  36107615 accaaaacctttggcaattataactgcaaaagatgattcgcatatccaagaaacaattaaatgtgccaaaagcaacaacattcagattagaattcgaagt 36107714  T
Q  219 ggcggtcacgactatgaaggtttttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaat 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107715 ggcggtcacgactatgaaggtttttcatatgtatcagatgtgccttttattatacttgacatgtttcatctcaattcagttgatatcaatttacaagaat 36107814  T
Q  319 caacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgttttac 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107815 caacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgttttac 36107914  T
Q  419 tctaggtg 426  Q
    ||||||||    
T  36107915 tctaggtg 36107922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 29 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 34972120 - 34971723
Alignment:
Q  29 ctctgaagttacttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaacaccgaaacct 128  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||| | || || ||  | | ||||| ||| |||| ||||||| || ||||||| || || |||    
T  34972120 ctctgaagtcatttacacaccaaacaatacctcattctcagccatactaaatgtaagaatactaaacaagatatttaaagcaacaacaaccccaaagcct 34972021  T
Q  129 ttggcaattataactgcaaaagatgattcacatatccaagaaacaattaaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaagtggcggtcacg 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||| || || |    
T  34972020 ttggcaattataactgcaaaagatgtttctcatgtccaagcaacaattaaatgtgccaaaagtaacaacattcagataagaattcgaagtggagggcatg 34971921  T
Q  229 actatgaaggtttttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaatcaacagcatg 328  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  34971920 actatgaaggtttatcatatttatcagatgtgccttttattgtacttgacatgtttcacctcaattcagttgatgtcaatttacaagaatcaacaacatg 34971821  T
Q  329 ggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgttttactctaggtg 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| |||     ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  34971820 ggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattatacaattggaaataaaaacaattcttttgcttttccatccggggtctgttttactgtaggtg 34971723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 41 - 416
Target Start/End: Original strand, 21482272 - 21482644
Alignment:
Q  41 ttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaacaccgaaacctttggcaattata 140  Q
    |||||| |||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||    
T  21482272 ttacactccaaacaatatctcattctcaaccatcctcaacatgaaaatacaaaacaagagatttaaaaca---acaacaccaaaacctttggcaattata 21482368  T
Q  141 actgcaaaagatgattcacatatccaagaaacaattaaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaagtggcggtcacgactatgaaggtt 240  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||   |||||| |||||  |||| || ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  21482369 actgcaaaagatgattctcatgtccaagcaacaattcaatgcctcaaaagtaacaaaattcagatcagaatccgaagtggcggccacgactttgaaggtt 21482468  T
Q  241 tttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaatcaacagcatgggttgaatcagg 340  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  21482469 tctcatatgtatcagacgtgccttttgttataattgacttgcttcatctcaattcagttgatgtcaatttacaagaagaaacagcatgggttgaatcagg 21482568  T
Q  341 tgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgtttt 416  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||| ||||  |||   |||||||||||||| || || ||||||    
T  21482569 tgcaacacttggaaagctttattataccattggaaagaaaaataactctcttgctttcccatccggcgtttgtttt 21482644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 58 - 426
Target Start/End: Original strand, 36100295 - 36100663
Alignment:
Q  58 cctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaacaccgaaacctttggcaattataactgcaaaagatgattc 157  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  36100295 cctcattctcaaccatcctaaatatgaaaatacataacaagagatttaaaacagcaacatcaccaaaagctttagcaattataactccaaaagatgattc 36100394  T
Q  158 acatatccaagaaacaattaaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaagtggcggtcacgactatgaaggtttttcatatgtatcagat 257  Q
     ||| |||||  |||||||||||||||||||| ||||||| | ||| | ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||  |||||||     
T  36100395 tcatgtccaaacaacaattaaatgtgccaaaatcaacaacttccaattaagaatccgaagtggcggccacgattatgaaggcttctcatacttatcagac 36100494  T
Q  258 gtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaatcaacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaaga 357  Q
    ||||||| ||||||| ||||| || ||||  |||||||||||||  |||||||||||||   |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  36100495 gtgccttatgttataattgacttgcttcacctcaattcagttgaagtcaatttacaagatgaaacaacatgggttgaagctggtgcaacacttggtaaga 36100594  T
Q  358 tttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgttttactctaggtg 426  Q
    ||||||||| |||| |||| ||||  ||    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36100595 tttattataccatttcaaagaaaaataattctcttgctttcccatctggggtctgtttttctctaggtg 36100663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 41 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 36090799 - 36090423
Alignment:
Q  41 ttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaa-caccgaaacctttggcaattat 139  Q
    |||||| | ||||||  ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||||||    
T  36090799 ttacactcaaaacaacacctcattcttaaccatcttcaacatgaaaatacattacaagagattcaaaacagcaacaaacactaaaacctttggcaattat 36090700  T
Q  140 aactgcaaaagatgattcacatatccaagaaacaattaaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaagtggcggtcacgactatgaaggt 239  Q
    ||| | ||| |||  ||| ||| |||||| |||| |||||||||| ||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||| || || || ||||||    
T  36090699 aacagtaaaggatagttcccatgtccaagtaacagttaaatgtgctaaaagtaacaacattcagatcagaattcgaagtggcggacatgattacgaaggt 36090600  T
Q  240 ttttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaatcaacagcatgggttgaatcag 339  Q
    || ||| ||||||||||  |||||| ||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||    
T  36090599 ttatcaaatgtatcagacatgccttatgttataattgacttgcttcatctcaattcaattgatgtcaatttagaagaagaaactgcatgggttgaatcag 36090500  T
Q  340 gtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgtttt 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  ||||  |||   |||||||||||||||||||| ||||||    
T  36090499 gtgcaatacttggtaagatttattatacgattgcaatgaaaaataactcccttgctttcccatctggggtatgtttt 36090423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 199 - 376
Target Start/End: Original strand, 36079831 - 36080008
Alignment:
Q  199 ttcaaattagaattcgaagtggcggtcacgactatgaaggtttttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagt 298  Q
    ||||||||||||| ||||| || || || || | ||||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    |||||||    
T  36079831 ttcaaattagaatccgaagcggtggccatgattgtgaaggcctttcatatgtatcagatgttccttttattatacttgacatgtttcatcatgattcagt 36079930  T
Q  299 tgatatcaatttacaagaatcaacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaa 376  Q
    ||||||  |  |  || |   |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  36079931 tgatattgacgttgaaaacggaacagcatgggttgaagcaggtgcaacacttggtaaggtttattattacattgcaaa 36080008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 426
Target Start/End: Original strand, 6838276 - 6838683
Alignment:
Q  19 attcccttgtctctgaagttacttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6838276 attcccttgtctctgaagttacttacacaccaaacaacacctcattctcaactatcctcaacataaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaac 6838375  T
Q  119 accgaaacctttggcaattataactgcaaaagatgattcacatatccaagaaacaattaaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaagt 218  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  6838376 accgaagcctttggcaattataactgtaaaagatgattctcatgtccaagaaacagttaaatgtgccaaaagcaacaacattcagattagaattcgaagt 6838475  T
Q  219 ggcggtcacgactatgaaggtttttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaat 318  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  6838476 ggtggtcacgactatgaaggttgttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatctcaattctgttgatgtcaatttacaagaat 6838575  T
Q  319 caacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgttttac 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  6838576 caacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataccattgcaaagaaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtgtgctttac 6838675  T
Q  419 tctaggtg 426  Q
    | ||||||    
T  6838676 tgtaggtg 6838683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 18 - 426
Target Start/End: Original strand, 8338139 - 8338547
Alignment:
Q  18 aattcccttgtctctgaagttacttacacaccaaacaatgcctcattctcaactatcctcaacatgaaaatacaaaataagagatttaaaacagcaacaa 117  Q
    ||||||| | |||||||||| | |||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||| |||||  |||||    
T  8338139 aattcccctatctctgaagtcatttacacaccaaacaacacctcattctcaaccatcctaaacatgaaaatacataacaagagatttgaaacaaaaacaa 8338238  T
Q  118 caccgaaacctttggcaattataactgcaaaagatgattcacatatccaagaaacaattaaatgtgccaaaagcaacaacgttcaaattagaattcgaag 217  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||    
T  8338239 caccaaaatctttggcaattataactgcaaaagatgcttctcatgtccaagcaacaattaaatgtgccaaaagcaacaatattcagataagaattcgaag 8338338  T
Q  218 tggcggtcacgactatgaaggtttttcatatgtatcagatgtgccttttgttatacttgacatgtttcatttcaattcagttgatatcaatttacaagaa 317  Q
    |||||| |||||||| ||||| || || || ||||||||  |  ||||||||||| ||||| || ||||  |||||||||||||| |||||||||||||     
T  8338339 tggcggccacgactacgaaggcttctcttacgtatcagacatatcttttgttataattgacctgcttcacctcaattcagttgatctcaatttacaagat 8338438  T
Q  318 tcaacagcatgggttgaatcaggtgcaacacttggtaagatttattataacattgcaaataaaagcaacaagcttgctttcccatctggggtctgtttta 417  Q
      ||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||    ||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  8338439 gaaactgcatgggttgaatctggtgcaacaatcggtaagatttattataccattgcaaagaaaaacaattctcttgctttcccgtctggggtctgttcta 8338538  T
Q  418 ctctaggtg 426  Q
    | |||||||    
T  8338539 cactaggtg 8338547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University