View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18105_low_1 (Length: 997)

Name: NF18105_low_1
Description: NF18105
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18105_low_1
NF18105_low_1
[»] scaffold0449 (2 HSPs)
scaffold0449 (16-846)||(3241-4071)
scaffold0449 (907-982)||(3105-3180)


Alignment Details
Target: scaffold0449 (Bit Score: 760; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0449
Description:

Target: scaffold0449; HSP #1
Raw Score: 760; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 4071 - 3241
Alignment:
Q  16 cagagatagtgaaagagtttacgatatttgctgcgtcgtcatttgtatgttacattctctcaatcatcctcaagaaaaccctaatgctctgcccaacctg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4071 cagagatagtgaaagagtttacgatatttgctgcgtcgtcatttgtatgttacattctctcaatcatcctcaagaaaaccctaatgctctgcccaacctg 3972  T
Q  116 gaccagccgccgcgccataactttgatatgtgattttctatttttctttggatggtgcttttacgcgctgctcatgctccaatatgtcattcctctcaaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3971 gaccagccgccgcgccataactttgatatgtgattttctatttttctttggatggtgcttttacgcgctgctcatgctccaatatgtcattcctctcaaa 3872  T
Q  216 gatcttggcctctccactttcactacaactatactctatctactctctactgttgttgctgcccccttttgatgtatgtggctagcatgcaacttgttta 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3871 gatcttggcctctccactttcactacaactatactctatctactctctactgttgttgctgcccccttttgatgtatgtggctagcatgcaacttgttta 3772  T
Q  316 tttacccagtatcattgttattttcatttatatatgcagattgttcctttgatatttgtactactatgttctatttcctcttctaagagttactaatatt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3771 tttacccagtatcattgttattttcatttatatatgcagattgttccttagatatttgtactactatgttctatttcctcttctaagagttactaatatt 3672  T
Q  416 tagtagtaatgtttaattaatcatgatgggatttgcattgttttagtttaaaattattatagtgttattatttgatttcattgaaacgcttgtctgcaaa 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3671 tagtagtaatgtttaattaatcatgatggtatttgcattgttttagtttaaaattattatagtgttattatttgatttcattgaaacgcttgtctgcaaa 3572  T
Q  516 caattaagtagttacaattgcttttaaattttcttgatgatataaattagttctaaaatgttgctttagcttgaggtagacatttatgaggttatggatg 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3571 caattaagtagttacaattgcttttaaattttcttgatgatataaattagttctaaaatgttgctttagcttgaggtagacatttatgaggttatggatg 3472  T
Q  616 attgaaccaactatggttactagtttactagaaagagtaatgtggttcaaactacaatatatagtcaacttactttgatgcagtagtagtatgtactgat 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3471 attgaaccaactatggttactagtttactagaaagagtaatgtggttcaaactacaatatatagtcaacttactttgatgcagtagtagtatgtactgat 3372  T
Q  716 ataaagtttttcataaagtaaacgtattattgaataatctattatcactcaacctcctccttnnnnnnnnnnnnntatatcactcatcaacttcctcttt 815  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||    
T  3371 ataaagtttttcataaagtaaacgtattattgaataatctattatcactcaacctcctccttaaaaaaaaaaaaatatatcactcatcaacttcctcttt 3272  T
Q  816 gtctannnnnnnnaatgacataaaatttttt 846  Q
    |||||        ||||||||||||||||||    
T  3271 gtctattttttttaatgacataaaatttttt 3241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0449; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 907 - 982
Target Start/End: Complemental strand, 3180 - 3105
Alignment:
Q  907 atagatcaagttatgatgtttgaggagtcaactatgaaatgggagacttttcagaatttgtgtttgagatttaact 982  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3180 atagatcaagttatgatgtttgaggagtcaactatgaaatgggagacttttcagaatttgtgtttgagatttaact 3105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University