View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18106_high_4 (Length: 571)

Name: NF18106_high_4
Description: NF18106
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18106_high_4
NF18106_high_4
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (13-501)||(24226730-24227217)
chr3 (103-194)||(24219143-24219234)
chr3 (497-541)||(11991705-11991749)
[»] scaffold0110 (1 HSPs)
scaffold0110 (13-548)||(43424-43958)
[»] chr6 (54 HSPs)
chr6 (14-548)||(30149438-30149971)
chr6 (35-538)||(30053359-30053862)
chr6 (15-541)||(24934579-24935104)
chr6 (49-546)||(30135071-30135568)
chr6 (28-546)||(29949454-29949971)
chr6 (35-546)||(29953251-29953761)
chr6 (15-546)||(24738752-24739282)
chr6 (16-539)||(21160189-21160711)
chr6 (16-546)||(24897990-24898519)
chr6 (36-344)||(24942133-24942440)
chr6 (21-404)||(30577467-30577849)
chr6 (102-288)||(29898076-29898257)
chr6 (102-288)||(29887296-29887481)
chr6 (102-254)||(30126903-30127055)
chr6 (102-285)||(29366239-29366421)
chr6 (102-300)||(29348401-29348598)
chr6 (102-194)||(24730854-24730946)
chr6 (102-254)||(29357827-29357979)
chr6 (102-334)||(15726958-15727189)
chr6 (104-299)||(29889731-29889925)
chr6 (102-200)||(30061897-30061995)
chr6 (102-287)||(28926363-28926547)
chr6 (102-251)||(30118592-30118741)
chr6 (102-206)||(29905638-29905742)
chr6 (102-194)||(30060070-30060162)
chr6 (104-299)||(29929274-29929468)
chr6 (102-194)||(24890154-24890246)
chr6 (102-194)||(29073762-29073854)
chr6 (102-194)||(29078526-29078618)
chr6 (102-194)||(29106335-29106427)
chr6 (102-192)||(29211303-29211393)
chr6 (104-209)||(29099344-29099449)
chr6 (102-194)||(24271855-24271947)
chr6 (102-194)||(30999846-30999938)
chr6 (35-110)||(30154432-30154507)
chr6 (102-288)||(29835214-29835399)
chr6 (102-288)||(29866648-29866833)
chr6 (102-288)||(29894552-29894737)
chr6 (104-209)||(29116262-29116367)
chr6 (392-432)||(24942462-24942502)
chr6 (106-194)||(29946440-29946528)
chr6 (353-541)||(30029597-30029785)
chr6 (104-299)||(29085019-29085213)
chr6 (453-532)||(29866998-29867077)
chr6 (47-194)||(30154555-30154702)
chr6 (104-194)||(16702063-16702153)
chr6 (437-483)||(30577415-30577461)
chr6 (496-541)||(24263314-24263359)
chr6 (105-194)||(24263660-24263749)
chr6 (451-532)||(24271536-24271616)
chr6 (455-532)||(29365992-29366069)
chr6 (102-155)||(29876824-29876877)
chr6 (97-194)||(30029342-30029439)
chr6 (496-532)||(29898465-29898501)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (35-541)||(44262155-44262660)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (150-541)||(9782586-9782983)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (53-480)||(8651216-8651644)
chr7 (30-127)||(13093509-13093605)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (102-535)||(17251312-17251744)
chr1 (362-541)||(19490508-19490687)
chr1 (42-205)||(10130076-10130239)
[»] scaffold0572 (1 HSPs)
scaffold0572 (37-333)||(3167-3462)
[»] scaffold0429 (1 HSPs)
scaffold0429 (102-333)||(6195-6425)
[»] scaffold0014 (4 HSPs)
scaffold0014 (104-541)||(121042-121478)
scaffold0014 (102-318)||(104523-104738)
scaffold0014 (511-546)||(140667-140702)
scaffold0014 (497-541)||(137767-137811)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (106-194)||(15062784-15062872)
[»] scaffold0573 (1 HSPs)
scaffold0573 (102-287)||(4136-4320)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (442-546)||(125680-125784)
[»] scaffold0054 (1 HSPs)
scaffold0054 (102-156)||(53542-53596)
[»] scaffold0308 (1 HSPs)
scaffold0308 (61-333)||(8953-9224)
[»] scaffold0051 (3 HSPs)
scaffold0051 (244-333)||(43088-43176)
scaffold0051 (141-186)||(43201-43246)
scaffold0051 (102-191)||(47814-47903)
[»] scaffold0086 (1 HSPs)
scaffold0086 (497-541)||(30880-30924)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 453; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 453; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 501
Target Start/End: Original strand, 24226730 - 24227217
Alignment:
Q  13 aatatggttcctgacactgtagcatacaattccctaattgatggactttgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24226730 aatatggttcctgacactgtagcatacaattccctaattgatggactttgcaaatcaaggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatg 24226829  T
Q  113 atagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgttaacgaagat 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24226830 atagaggtcaaccagctaacataatcacttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgttaacgaagat 24226929  T
Q  213 caagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagaggtttatca 312  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24226930 caagaatcaaggaattcggccaaatatctatacatacactatactt-gttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagaggtttatca 24227028  T
Q  313 ggatcttctgaataaaggctatcagttagatgctaggatatatactgcgatgattaatgggctttgtaaagaagggttttttgatgaagcattgtcctta 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24227029 ggatcttctgaataaaggctatcagttagatgctaggatatatactgtgatgattaatgggctttgtaaagaagggtttttggatgaagcattgtcctta 24227128  T
Q  413 ctctcaaaaatggaagacaacaagtgcactcctgatggtgtaacttatgaaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatga 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24227129 ctctcaaaaatggaagacaacaagtgcactcctgatggtgtaacttatgaaattaccattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatga 24227217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 103 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 24219234 - 24219143
Alignment:
Q  103 gagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaat 194  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24219234 gagatgcatgatagaggtcaaccacctaatataattacttacaattctttattggatgctttatgcaaaaaccatcatgttgacaaggcaat 24219143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 497 - 541
Target Start/End: Original strand, 11991705 - 11991749
Alignment:
Q  497 aatgataaggcgctgaaacttcttcgtgaaatgattgctagaggt 541  Q
    ||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11991705 aatgaaaaggcggagaaacttctgcgtgaaatgattgctagaggt 11991749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0110 (Bit Score: 396; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0110
Description:

Target: scaffold0110; HSP #1
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 43958 - 43424
Alignment:
Q  13 aatatggttcctgacactgtagcatacaattccctaattgatggactttgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatg 112  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||| |||| |||||||||||    
T  43958 aatatggttcctaacactgtaacatacaattccttaattgatggactttgcaaattagggagaatgtctgatgcttgggattttatagatgagatgcatg 43859  T
Q  113 atagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgttaacgaagat 212  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43858 atagaggtcaaccagcgaacattatcacttacagttctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcactttgttaacgaagat 43759  T
Q  213 caagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagaggtttatca 312  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43758 caagaaccaaggaattcagctagatatctatacatacactatactt-gttgatggactgtgcaaaaatggaaaacttagggatgcacaagaggtttatca 43660  T
Q  313 ggatcttctgaataaaggctatcagttagatgctaggatatatactgcgatgattaatgggctttgtaaagaagggttttttgatgaagcattgtcctta 412  Q
    || ||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43659 ggttcttctgaataacacctatcatttagatgctaggatatatactgtgatgattaatgggctttgtaaagaagggttttttgatgaagcattgtcctta 43560  T
Q  413 ctctcaaaaatggaagacaacaagtgcactcctgatggtgtaacttatgaaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatgataaggcgctga 512  Q
    |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||    
T  43559 ctctcaaaaatggaagacaacggttgcactcctgatggtgtaacttatgaaattattattcgtgctttgtttgaaaacaacagaaatgataaggcggtga 43460  T
Q  513 aacttcttcgtgaaatgattgctagaggtgtactct 548  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43459 aactgattcgtgaaatgattgctagaggtctactct 43424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 54)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 548
Target Start/End: Original strand, 30149438 - 30149971
Alignment:
Q  14 atatggttcctgacactgtagcatacaattccctaattgatggactttgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatga 113  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  30149438 atatgattcctaacactgtaacatacaattcccttattgatggactttgcaaattagggagagtatctgatgtttgggattttatagatgagatgcatga 30149537  T
Q  114 tagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgttaacgaagatc 213  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||||  ||||||    
T  30149538 tagaggtcaaccaaccgacataatcacttacaattctttatttgatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacagggcaattgcattattaaaaaagatc 30149637  T
Q  214 aagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagaggtttatcag 313  Q
    ||  |||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||| ||||||| |    
T  30149638 aaagaccagggaattcagccaagtatgtattcatacactatacttt-ttgttggactatgcaaaaacggaagacttgaggatgcacaagaagtttatcgg 30149736  T
Q  314 gatcttctgaataaaggctatcagttagatgctaggatatatactgcgatgattaatgggctttgtaaagaagggttttttgatgaagcattgtccttac 413  Q
    ||||||  || |||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30149737 gatcttacgattaaaggctatcatttagatgctaagatgtatactgtgatgattaatgggctttgtaaagaagggtttttcgatgaagcattgtccttac 30149836  T
Q  414 tctcaaaaatggaagacaacaagtgcactcctgatggtgtaacttatgaaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatgataaggcgctgaa 513  Q
    ||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30149837 tctcaaaaatgaaagacaacggttgcactcctgatggtgtaacttatgaaattattattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatgataaggcggtgaa 30149936  T
Q  514 acttcttcgtgaaatgattgctagaggtgtactct 548  Q
    | || ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30149937 atttattcgtgaaatgattgctagaggtctactct 30149971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 35 - 538
Target Start/End: Original strand, 30053359 - 30053862
Alignment:
Q  35 catacaattccctaattgatggactttgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacat 134  Q
    |||||| ||| || |||||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||||||| | |||| ||| ||  || || | |||||||||||||| ||    
T  30053359 catacagttcacttattgatggactttgcaaatcgggaagaatctctgatgtttgggatcttatagatgatatttataattgtggtcaaccagctaatat 30053458  T
Q  135 aatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagcca 234  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||| ||  || ||||||||||||||    
T  30053459 aatcacttacaattctttattatatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgttgttaacgaagatgaaagacgaaggaattcagcca 30053558  T
Q  235 aatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagaggtttatcaggatcttctgaataaaggctat 334  Q
     |||| | ||||||||| | || ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||||||   ||| |||||     
T  30053559 gatatgtttacatacacaacac-ttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaaaggatttatcaggatcttctatgtaagggctac 30053657  T
Q  335 cagttagatgctaggatatatactgcgatgatt-aatgggctttgtaaagaagggttttttgatgaagcattgtccttactctcaaaaatggaagacaac 433  Q
    |  ||| ||  ||| || |||| || ||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30053658 ccattaaatattagaatgtataatgtgatgattaaatgggctttgtaaagagggttttttcgatgaagcattgtccttactctcacaaatggaagacaac 30053757  T
Q  434 aagtgcactcctgatggtgtaacttatgaaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatgataaggcgctgaaacttcttcgtgaaatgattg 533  Q
       ||||  ||||||| |||||| || |||| | | ||| |||||||||| |||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30053758 ggttgcatgcctgatgctgtaacatacgaaactcttatttgtgctttgttcgaaaacgacaagaatgataaggcgctgacacttcttcgtgaaatgattg 30053857  T
Q  534 ctaga 538  Q
     ||||    
T  30053858 ttaga 30053862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 15 - 541
Target Start/End: Original strand, 24934579 - 24935104
Alignment:
Q  15 tatggttcctgacactgtagcatacaattccctaattgatggactttgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatgat 114  Q
    ||||| |||| | |||||| |||||||||| || || ||||| |||  |||||  |||||||| | ||||| ||||||| |  ||  |||||||||| ||    
T  24934579 tatggctcctaatactgtaacatacaattcacttatcgatggtcttctcaaatatgggagaatctctgatgcttgggatcttgtaaatgagatgcataat 24934678  T
Q  115 agaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgttaacgaagatca 214  Q
    ||||| ||||| ||  |  | |||| ||||| ||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  24934679 agaggccaacctgccgatgtgatcacttacagttccttattggatgctttgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattaataacgaagatca 24934778  T
Q  215 agaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagaggtttatcagg 314  Q
    |  |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  24934779 aagaccaaggaattcagccaaatatttatacttacactatactt-gttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaagcggtttatcagg 24934877  T
Q  315 atcttctgaataaaggctatcagttagatgctaggatatatactgcgatgattaatgggctttgtaaagaagggttttttgatgaagcattgtccttact 414  Q
    ||||||| | ||| |||||||| ||||||| ||  || |||| || |||| | ||||||||||||||||| || || |||||||||||| |||||||| |    
T  24934878 atcttcttattaagggctatcatttagatgttaaaatgtataatgtgatggtcaatgggctttgtaaagagggcttgtttgatgaagcactgtccttagt 24934977  T
Q  415 ctcaaaaatggaagacaacaagtgcactcctgatggtgtaacttatgaaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatgataaggcgctgaaa 514  Q
     ||||||||||||||||||   ||||  ||||||| |||||||||||||| | |  | ||||||||||| || | ||| |  |||||||||||| |||||    
T  24934978 gtcaaaaatggaagacaacggttgcatacctgatgctgtaacttatgaaactcttgtccgtgctttgttcgagaacgataagaatgataaggcggtgaaa 24935077  T
Q  515 cttcttcgtgaaatgattgctagaggt 541  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||    
T  24935078 cttctacgtgaaatgattgctagaggt 24935104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 49 - 546
Target Start/End: Original strand, 30135071 - 30135568
Alignment:
Q  49 attgatggactttgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaatt 148  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||  | ||||||||||||| | |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||  | |||| ||||||||    
T  30135071 attgatggactttgcatatcggggagaacctctgatgtttgggatcttatagatgagatgcatgaaagaggtcaacctgctaatgtgatcacttacaatt 30135170  T
Q  149 ctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggtt-gacaaggcaatcacattgttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacat 247  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| | |||||||    
T  30135171 ctttattggatgctttgtgcaaaaaccatcaggtttgacaaggcaatcacattattaacgaagatcaaagaccaaggtattcagccaaatttgtatacat 30135270  T
Q  248 acactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagaggtttatcaggatcttctgaataaaggctatcagttagatgcta 347  Q
    ||||  ||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||| || ||||| ||||||| ||    
T  30135271 acacattactt-gttgatggaatatgcaaaaatggaaaacttaaggatgcaaaagcggtttatcaagatcttctgattaagggatatcatttagatgtta 30135369  T
Q  348 ggatatatactgcgatgattaatgggctttgtaaagaagggttttttgatgaagcattgtccttactctcaaaaatggaagacaacaagtgcactcctga 447  Q
      || |||| || |||| ||||| |||| |||||||| || || |||||||||||||||||| || | |||||||||||| ||||||| ||||| |||||    
T  30135370 taatgtataatgtgatggttaattggctctgtaaagagggtttgtttgatgaagcattgtccatattgtcaaaaatggaacacaacaattgcacccctga 30135469  T
Q  448 tggtgtaacttatgaaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatgataaggcgctgaaacttcttcgtgaaatgattgctagaggtgtact 546  Q
    || ||||||||| |||||| | || |||||||| ||  |||  |  |  |||||||||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  30135470 tgttgtaacttacgaaattgttatccgtgctttattcaaaaatgttaagaatgataaggcagtgaaacttctttgtgaaatgattgatagaggtctact 30135568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 28 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 29949971 - 29949454
Alignment:
Q  28 actgtagcatacaattccctaattgatggactttgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatgatagaggtcaaccag 127  Q
    |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |  | |  ||||||||||||| ||| ||||| |    
T  29949971 actgtatcatacaattctcttattgatggactttgcaaatcagggagaatctctgatgtttgggatcttcttgtcgagatgcatgatataggccaacctg 29949872  T
Q  128 ctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgttaacgaagatcaagaaccaaggaat 227  Q
    ||||  | |||| ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||  ||||| ||  ||||||||||    
T  29949871 ctaatgtgatcacttacaattctttattagatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcgattgcattattaaaaaagataaaagaccaaggaat 29949772  T
Q  228 tcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagaggtttatcaggatcttctgaataa 327  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||    
T  29949771 tcagccaaatatgtatacatacactatac-ttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttgaggatgcacaagagatttatcatgatcttctgactaa 29949673  T
Q  328 aggctatcagttagatgctaggatatatactgcgatgattaatgggctttgtaaagaagggttttttgatgaagcattgtccttactctcaaaaatggaa 427  Q
     || ||||  ||| ||| |  ||| |||| || |||| |||||| | ||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||    
T  29949672 gggttatcctttaaatgtttcgatgtataatgtgatggttaatgagttttgtaaagaaggtttatttgacgaggcattgtccttactgtcaaaaatggaa 29949573  T
Q  428 gacaacaagtgcactcctgatggtgtaacttatgaaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatgataaggcgctgaaacttcttcgtgaaa 527  Q
    |||||    ||||| ||  |||   |||||||  ||| | | ||| |||||||||| |||| | |||  |||||||||||  | ||||||||||||||||    
T  29949572 gacaatggttgcaccccaaatgcgataacttaccaaactcttatttgtgctttgttcgaaaacaacaagaatgataaggctgttaaacttcttcgtgaaa 29949473  T
Q  528 tgattgctagaggtgtact 546  Q
    |||||| ||||||| ||||    
T  29949472 tgattgttagaggtctact 29949454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 35 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 29953761 - 29953251
Alignment:
Q  35 catacaattccctaattgatggactttgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacat 134  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||| | |||| |||||||||| ||||| ||||||| | |||  |    
T  29953761 catacaattctcttattgatggactttgcaaatcagggagcatctctgatgtttgggatcttatagatgagatgcataatagatgtcaaccggttaatgt 29953662  T
Q  135 aatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagcca 234  Q
     |||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||| |||||| ||  ||||||| |||||||||    
T  29953661 gatcacttacaattctttattggatgctttgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcgattgcattattaaagaagatgaaagaccaagggattcagcca 29953562  T
Q  235 aatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagaggtttatcaggatcttctgaataaaggctat 334  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||  |||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||| || |||    
T  29953561 aatatgtatacatacactatac-ttgttgatgggctatgcaaaaatggaagacttgcggatgcacgagagatttatcatgatcttctgactaagggttat 29953463  T
Q  335 cagttagatgctaggatatatactgcgatgattaatgggctttgtaaagaagggttttttgatgaagcattgtccttactctcaaaaatggaagacaaca 434  Q
    |  ||| ||| |  ||| |||| || |||| |||||| | ||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||      
T  29953462 cctttaaatgtttcgatgtataatgtgatggttaatgagttttgtaaagaaggtttatttgacgaggcattgtccttactgtcaaaaatggaagacaatg 29953363  T
Q  435 agtgcactcctgatggtgtaacttatgaaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatgataaggcgctgaaacttcttcgtgaaatgattgc 534  Q
      ||||| || ||||   |||||||  ||| | | ||| |||||||||| |||| | |||  |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||     
T  29953362 gttgcaccccagatgcgataacttaccaaactcttatttgtgctttgttcgaaaacaacaagaatgataaggctgttaaacttcttcgtgaaatgattgt 29953263  T
Q  535 tagaggtgtact 546  Q
    ||||||| ||||    
T  29953262 tagaggtctact 29953251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 15 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 24739282 - 24738752
Alignment:
Q  15 tatggttcctgacactgtagcatacaattccctaattgatggactttgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatgat 114  Q
    ||||| |||| | |||||| |||||| ||| || || ||||| |||  |||||| |||||||| | ||||| ||||||| |  ||  |||||||||| ||    
T  24739282 tatggctcctaatactgtaacatacagttcacttatcgatggtcttcacaaatctgggagaatctttgatgcttgggatcttgtaaatgagatgcataat 24739183  T
Q  115 agaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgttaacgaagatca 214  Q
    ||||| ||||| ||| |  | |||| ||||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||    
T  24739182 agaggccaacctgctgatgtgatcacttacaattccttattggatgctttgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattacttacgaagatca 24739083  T
Q  215 agaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagaggtttatcagg 314  Q
    |  ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||| ||||||||||  | ||||||||||||||||| | ||| || |||||||||||||||     
T  24739082 aagaccaaggaattcagccggatatatatacatacacaatac-ttgttgatggtttatgcaaaaatggaagactcaaggacgcgcaagaggtttatcaga 24738984  T
Q  315 atcttctgaataaaggctatcagttagatgctaggatatatactgcgatgattaatgggctttgtaaagaagggttttttgatgaagcattgtccttact 414  Q
     |||| ||| |||||||||||| ||||| |  ||||| |||||||   |||||||||| |||||| ||||  | || || ||| ||||||||||||||||    
T  24738983 ttcttttgattaaaggctatcatttagacgtgaggatgtatactgttctgattaatggcctttgttaagagagcttgttcgataaagcattgtccttact 24738884  T
Q  415 ctcaaaaatggaagacaacaagtgcactcctgatggtgtaacttatgaaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatgataaggcgctgaaa 514  Q
     |||||||||||||||||    ||||| ||| ||  ||||||||  |||||| | || |||||||||||||||| |||||  |||||||||||  || ||    
T  24738883 gtcaaaaatggaagacaatggttgcacccctaatcctgtaactttcgaaattcttatccgtgctttgtttgaaaacgacatgaatgataaggcagtggaa 24738784  T
Q  515 cttcttcgtgaaatgattgctagaggtgtact 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24738783 cttcttcgtgaaatgattgctagaggtctact 24738752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 16 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 21160711 - 21160189
Alignment:
Q  16 atggttcctgacactgtagcatacaattccctaattgatggactttgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatgata 115  Q
    |||| |||||| | |||| |||||||||| || || ||||| |||  |||||  |||||||| | ||||| ||||||| |  ||  |||||||||| |||    
T  21160711 atggctcctgatattgtaacatacaattcacttatcgatggtcttctcaaatatgggagaatctctgatgcttgggatcttgtaaatgagatgcataata 21160612  T
Q  116 gaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgttaacgaagatcaa 215  Q
    |||| ||||| ||| |  | |||| ||||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| ||    
T  21160611 gaggccaacctgctgatgtgatcacttacaattccttattggatgctttgtgcaaaaaccatcaggttgacatggcaatcacattatttacgaagataaa 21160512  T
Q  216 gaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagaggtttatcagga 315  Q
      ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||||      
T  21160511 agaccaaggaattcagccgtatatatatacatacacaatac-ttgttgatggtttatgcaaaaatggaagacttaaggacgcgcaagaggtctatcagat 21160413  T
Q  316 tcttctgaataaaggctatcagttagatgctaggatatatactgcgatgattaatgggctttgtaaagaagggttttttgatgaagcattgtccttactc 415  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||| |  ||||| |||||||  ||||||||||| |||||||||||  | || || ||| ||||||| ||||||||     
T  21160412 tcttttgattaaaggctatcatttagacgtgaggatgtatactgttatgattaatggcctttgtaaagagagcttgttcgataaagcattatccttactg 21160313  T
Q  416 tcaaaaatggaagacaacaagtgcactcctgatggtgtaacttatgaaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatgataaggcgctgaaac 515  Q
    ||||||||| |||||||    ||||| ||| ||  ||||||||  |||||| | || |||||||||||||||| |||||  |||||||||||  || |||    
T  21160312 tcaaaaatgaaagacaatggttgcacccctaatcctgtaactttcgaaattcttatccgtgctttgtttgaaaacgacatgaatgataaggcagtggaac 21160213  T
Q  516 ttcttcgtgaaatgattgctagag 539  Q
    |||||||| ||||||||| |||||    
T  21160212 ttcttcgtaaaatgattgttagag 21160189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 16 - 546
Target Start/End: Original strand, 24897990 - 24898519
Alignment:
Q  16 atggttcctgacactgtagcatacaattccctaattgatggactttgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatgata 115  Q
    |||| |||||| | ||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| | |||| ||| ||||||||||    
T  24897990 atggctcctgatattgtagcatacagttcacttattgatggactttgcaaatcggggaaaatatctgatgtttgggatcttatagatgatatgcatgata 24898089  T
Q  116 gaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgttaacgaagatcaa 215  Q
    ||||||||| |||| ||||||||| |||||  || ||||| |||| |||||  ||||||||||| ||||||||||||||  | || || | |||||||||    
T  24898090 gaggtcaacaagctgacataatcatttacacctcgttattggatgcattgtttaaaaaccatcaagttgacaaggcaattgcgttattgaagaagatcaa 24898189  T
Q  216 gaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagaggtttatcagga 315  Q
      |||  |||||| | ||| |||| |  |||||||| || | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  24898190 agaccggggaattgaaccagatatgttcacatacacaatgc-ttgttgatggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaagaggtttatcggga 24898288  T
Q  316 tcttctgaataaaggctatcagttagatgctaggatatatactgcgatgattaatgggctttgtaaagaagggttttttgatgaagcattgtccttactc 415  Q
    |||| ||  ||| |||||||| ||  ||||| | ||  ||| ||  ||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||   ||||     
T  24898289 tcttatggttaagggctatcattttaatgcttgcatgcataatgtcatgattaatgggctttgtaaagagggcttgtttgacgaagcattgtttgtactg 24898388  T
Q  416 tcaaaaatggaagacaacaagtgcactcctgatggtgtaacttatgaaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatgataaggcgctgaaac 515  Q
    ||  |||||||||||||    ||||| ||||||| |||||||||  ||| | | || |||||||||||  ||| |||||  |||||||||||  ||||||    
T  24898389 tccgaaatggaagacaatggttgcacacctgatgttgtaacttacaaaactcttatccgtgctttgttcaaaaacgacatgaatgataaggccgtgaaac 24898488  T
Q  516 ttcttcgtgaaatgattgctagaggtgtact 546  Q
    | || ||||||||| || |||||||| ||||    
T  24898489 tcctccgtgaaatgctttctagaggtctact 24898519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 36 - 344
Target Start/End: Original strand, 24942133 - 24942440
Alignment:
Q  36 atacaattccctaattgatggactttgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacata 135  Q
    ||||| ||| || |||||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||||||| | |||| |||||||||| ||||||| ||||| ||| |  |     
T  24942133 atacagttcgcttattgatggactttgcaaatcgggaagaatctctgatgtttgggatcttatagatgagatgcataatagaggccaacctgctgatgtg 24942232  T
Q  136 atcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaa 235  Q
    ||||  |||||||| ||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  24942233 atcacgtacaattccttattggatgctttgttcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattacattattaatgaagatcaaagaccaaggaattcagccaa 24942332  T
Q  236 atatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagaggtttatcaggatcttctgaataaaggctatc 335  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||| |||||||||| |||||||   ||| |||||||    
T  24942333 atatgtatacttacactatac-ttgttgatggactatgcaaaaatggaagatttaagcatgcacaagcggtttatcagtatcttctttttaagggctatc 24942431  T
Q  336 agttagatg 344  Q
    | |||||||    
T  24942432 atttagatg 24942440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 21 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 30577849 - 30577467
Alignment:
Q  21 tcctgacactgtagcatacaattccctaattgatggactttgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatgatagaggt 120  Q
    |||||| ||| || |||||| | |||| ||||| |||||| ||||||  || ||||| | | ||||||||||| | |||| |||||||| || || ||||    
T  30577849 tcctgatactataacatacagtacccttattgacggacttggcaaattgggaagaatctcttatgtttgggatcttatagatgagatgcgtgctacaggt 30577750  T
Q  121 caaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgttaacgaagatcaagaacc 220  Q
    |   |||||||  | ||||  |||| |||||||||| |||  ||||||||||    |||  |||||| |||||| | | | || || ||||||||  ||     
T  30577749 cggtcagctaatgtgatcacatacagttctttattaaatgttttgtgcaaaagtggtcattttgacacggcaattagaatatttacaaagatcaaagaca 30577650  T
Q  221 aaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagaggtttatcaggatcttc 320  Q
    ||||| || ||||||||||   |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||    
T  30577649 aaggatttgagccaaatatggttacatacaatatactt-gttgatggactgtgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaagagatttttcatgatcttc 30577551  T
Q  321 tgaataaaggctatcagttagatgctaggatatatactgcgatgattaatgggctttgtaaagaagggttttttgatgaagcat 404  Q
    ||| ||| |||||||  ||||||| |||  | || |||| |||||||||||||||||||| ||| |   |||||||||||||||    
T  30577550 tgattaagggctatcgtttagatgttagactgtacactgtgatgattaatgggctttgtagagaggctctttttgatgaagcat 30577467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 102 - 288
Target Start/End: Original strand, 29898076 - 29898257
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |  |||| |||| ||||  |||  || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  29898076 tgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatataattacgtacagttctatattgaatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacgttg 29898175  T
Q  202 ttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagact 288  Q
    ||||| ||||| ||  ||    ||||||||||| |||| | ||||||||| | || ||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  29898176 ttaacaaagattaaagac----gaattcagccagatatttgtacatacacaacac-ttgttgatggactatggaaaaatggaagact 29898257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 102 - 288
Target Start/End: Original strand, 29887296 - 29887481
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || | ||||| | ||||| ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||  | ||     
T  29887296 tgagatgcatgatagaggtcaaccacctgatataattacttacagttctttattagatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgtta 29887395  T
Q  202 ttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagact 288  Q
    ||||| ||  | ||  |||| || ||||  |||||||| || ||||||||||| | || ||||||||||||| |||  |||||||||    
T  29887396 ttaacaaatttgaaagaccagggtattcgaccaaatatgtacacatacactattc-ttattgatggactgtgtaaaggtggaagact 29887481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 102 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 30127055 - 30126903
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || | ||||| | |||||||||| |||| ||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||    
T  30127055 tgagatgcatgatagaggtcaaccacctgatataattatttacaattctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaagcaattgcattg 30126956  T
Q  202 ttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactat 254  Q
    ||||||||  | || ||||| || ||||| |||| | | || |||||||||||    
T  30126955 ttaacgaaatttaaaaaccagggtattcaaccaagtgtgtacacatacactat 30126903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 102 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 29366421 - 29366239
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattg 201  Q
    |||||||||||||||||||  ||||  | | | ||| | |||||||||| |||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||  | |||    
T  29366421 tgagatgcatgatagaggtgtaccacatgataaaattacttacaattctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgttg 29366322  T
Q  202 ttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaag 285  Q
    ||||||||||| ||  |  |||||||||| ||| |||| | ||||||||| | | || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  29366321 ttaacgaagatgaaagatgaaggaattcaaccagatatttgtacatacacaaca-ttagttgatggactatgcaaaaatggaag 29366239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 102 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 29348598 - 29348401
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattg 201  Q
    |||||||||||||||||||  ||||  | | | ||| | |||||||||| |||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||  | |||    
T  29348598 tgagatgcatgatagaggtgtaccacatgataaaattacttacaattctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgttg 29348499  T
Q  202 ttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcaca 300  Q
    ||||||||||| ||  |  |||||||||| ||| |||| || ||||||||||| | || |||||||| |||| |||  ||||||||| | |||||||||    
T  29348498 ttaacgaagatgaaagatgaaggaattcaaccagatatgtacacatacactattc-ttattgatggattgtgtaaaggtggaagactaaaggatgcaca 29348401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 102 - 194
Target Start/End: Original strand, 24730854 - 24730946
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaat 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||| |||| ||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24730854 tgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatataataacttacaattctatattggatgctttatgcaaaaaccatcatgttgacaaggcaat 24730946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 102 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 29357979 - 29357827
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | | ||||| |||| |||| ||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||  | ||     
T  29357979 tgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatatagttacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaatgcaattgcgtta 29357880  T
Q  202 ttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactat 254  Q
    |||||  |||| || ||||| || ||||| |||||||| || |||||||||||    
T  29357879 ttaacacagatgaaaaaccagggtattcaaccaaatatgtacacatacactat 29357827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 102 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 15727189 - 15726958
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattg 201  Q
    ||||||||||| ||  |||  |||||| |||||| ||| ||||||||| ||| ||||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||   |||     
T  15727189 tgagatgcatgctaatggtataccagccaacatattcacttacaattcgttaatagatgctttatgcaaaaaccatcacgttgacaaggcaattgtatta 15727090  T
Q  202 ttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaa 301  Q
     | | ||| |||||  |||| || |||||  || |||| |||||||| | ||||| || | |||||||| |||||| | |||||||||| ||||||||||    
T  15727089 gtcaagaaaatcaaagaccagggcattcaatcagatatgtatacatatagtatac-ttatcgatggactatgcaaacaaggaagacttaaggatgcacaa 15726991  T
Q  302 gaggtttatcaggatcttctgaataaaggctat 334  Q
    | | ||| ||| |||||| ||| ||||||||||    
T  15726990 gtgatttttcaagatcttttgattaaaggctat 15726958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 104 - 299
Target Start/End: Original strand, 29889731 - 29889925
Alignment:
Q  104 agatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgtt 203  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||| ||| ||| |||||||||| |||||||||  || ||||||| |||||||||||||||  ||||  ||||||     
T  29889731 agatgcatgatagaggtgtaccacctaatatagtcacttacaattctatattagatgctttatgcaaaacccatcaggttgacaaaacaattgcattgtc 29889830  T
Q  204 aacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcac 299  Q
    ||||||  | ||  ||||  | ||||| |||||| | || ||||||||||| | || |||||||| ||||||||  ||||||||| | ||||||||    
T  29889831 aacgaaatttaaagaccagagtattcaaccaaatgtgtaaacatacactattc-ttattgatggattgtgcaaaggtggaagactaaaggatgcac 29889925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 102 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 30061995 - 30061897
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||| |||| ||||  || ||||||  ||||||  |||||||||||||||||||    
T  30061995 tgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatataattacttacaattctatattggatgctttatgcaaacgccatcatcttgacaaggcaatcacatt 30061897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 102 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 28926547 - 28926363
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || | ||||| | ||||| |||| |||| ||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||     
T  28926547 tgagatgcatgatagaggtcaaccacctgatataattacttacagttctctattggatgctttatgcaaaaaccatcatgttgacaaggcaattgcatta 28926448  T
Q  202 ttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagac 287  Q
    ||||| ||  | ||  |||| ||  |||| |||||||| || ||||||||||| | || || |||||||||| |||  ||||||||    
T  28926447 ttaacaaaattgaaagaccagggtcttcaaccaaatatgtacacatacactattc-ttattaatggactgtgtaaaggtggaagac 28926363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 102 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 30118741 - 30118592
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattg 201  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || | ||||| | ||| | |||| |||| ||||  || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  30118741 tgagatgcatgatagaggtcagccacctgatataattacttagagttctatattggatgctttatgcaaaaactatcaggttgacaaggcaatcacatta 30118642  T
Q  202 ttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacac 251  Q
    ||||| ||  | ||  |||  |||||||| |||||||| || ||||||||    
T  30118641 ttaacaaaattgaaagacctgggaattcaaccaaatatgtacacatacac 30118592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 102 - 206
Target Start/End: Original strand, 29905638 - 29905742
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattg 201  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || | ||||| | ||| | |||| |||| ||||  || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  29905638 tgagatgcatgatagaggtcagccacctgatataattacttagagttctatattggatgctttatgcaaaaactatcaggttgacaaggcaatcacatta 29905737  T
Q  202 ttaac 206  Q
    |||||    
T  29905738 ttaac 29905742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 102 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 30060162 - 30060070
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaat 194  Q
    ||||||| ||||||||||||||| | || | ||||| | |||||||||| ||||| |||  || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060162 tgagatgaatgatagaggtcaactacctgatataattacttacaattctatattaaatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaat 30060070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 104 - 299
Target Start/End: Original strand, 29929274 - 29929468
Alignment:
Q  104 agatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgtt 203  Q
    |||||||||||||||||  | || |||| ||| | | |||||||||| |||||||||  || ||||||| ||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  29929274 agatgcatgatagaggtgtagcacctaatatagttacttacaattctatattagatgctttatgcaaaacccatcaggttgacaaagcaattgcattgtt 29929373  T
Q  204 aacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcac 299  Q
    ||||||  ||||  |||| || ||||| |||| | | || ||||||||||| | || |||| ||| |||| |||  ||||||||| | ||||||||    
T  29929374 aacgaaattcaaagaccagggtattcaaccaagtgtgtacacatacactattc-ttattgacggattgtgtaaaggtggaagactaaaggatgcac 29929468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 102 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 24890246 - 24890154
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaat 194  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| | | ||||| |||| |||| ||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24890246 tgagatgcatgatagaggtcagccacctaatatagttacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcatgttgacaaggcaat 24890154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 102 - 194
Target Start/End: Original strand, 29073762 - 29073854
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaat 194  Q
    |||||||||||||||||||  |||| || | ||||| | ||||| |||| |||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29073762 tgagatgcatgatagaggtgtaccacctgatataattacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaat 29073854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 102 - 194
Target Start/End: Original strand, 29078526 - 29078618
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaat 194  Q
    |||||||||||||||||||  |||| || | ||||| | ||||| |||| |||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29078526 tgagatgcatgatagaggtgtaccacctgatataattacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaat 29078618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 102 - 194
Target Start/End: Original strand, 29106335 - 29106427
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaat 194  Q
    |||||||||||||||||||  |||| || | ||||| | ||||| |||| |||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29106335 tgagatgcatgatagaggtgtaccacctgatataattacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaat 29106427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 102 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 29211393 - 29211303
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggca 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | | ||||| |||| |||| ||||  || ||||||| ||||| |||||||||||||    
T  29211393 tgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatatagttacttacagttctatattggatgctttatgcaaaacccatcgggttgacaaggca 29211303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 104 - 209
Target Start/End: Original strand, 29099344 - 29099449
Alignment:
Q  104 agatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgtt 203  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||| |||   | |||||||||| |||||||||  || ||||||| |||||| |||||||| |||||  |||||||    
T  29099344 agatgcatgatagaggtgtaccacctaatatatgtacttacaattctatattagatgctttatgcaaaacccatcaagttgacaaagcaattgcattgtt 29099443  T
Q  204 aacgaa 209  Q
    ||||||    
T  29099444 aacgaa 29099449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 102 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 24271947 - 24271855
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaat 194  Q
    ||||||||||||| |||| |||| | || | |||||||  |||| |||| |||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24271947 tgagatgcatgatcgagggcaacaacctgatataatcacgtacagttctatattggatgatttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaat 24271855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 102 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 30999938 - 30999846
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaat 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | | ||||| |||| |||| ||||  || |||||||||||||  |||||| |||||||    
T  30999938 tgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatatagttatttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcgtgttgaccaggcaat 30999846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 35 - 110
Target Start/End: Original strand, 30154432 - 30154507
Alignment:
Q  35 catacaattccctaattgatggactttgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgca 110  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| | |||||||||| || | |||| |||||||||    
T  30154432 catacaattcccttattgacgggctttgcaaatcggggagaatctctgatgtttggtatcttatagatgagatgca 30154507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 102 - 288
Target Start/End: Original strand, 29835214 - 29835399
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattg 201  Q
    ||||||||||||| | |||  |||| || | ||||| | ||||| |||| |||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||  | ||     
T  29835214 tgagatgcatgatcggggtgtaccacctgatataattacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgtta 29835313  T
Q  202 ttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagact 288  Q
    ||||| ||  | ||  |||| || ||||  |||||||| || ||||||||||| | || ||||||||||||| |||  |||||||||    
T  29835314 ttaacaaaattgaaagaccagggtattcgaccaaatatgtacacatacactattc-ttattgatggactgtgtaaaggtggaagact 29835399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 102 - 288
Target Start/End: Original strand, 29866648 - 29866833
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattg 201  Q
    ||||||||||||| | |||  |||| || | ||||| | ||||| |||| |||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||  | ||     
T  29866648 tgagatgcatgatcggggtgtaccacctgatataattacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgtta 29866747  T
Q  202 ttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagact 288  Q
    ||||| ||  | ||  |||| || ||||  |||||||| || ||||||||||| | || ||||||||||||| |||  |||||||||    
T  29866748 ttaacaaatttgaaagaccagggtattcgaccaaatatgtacacatacactattc-ttattgatggactgtgtaaaggtggaagact 29866833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 102 - 288
Target Start/End: Original strand, 29894552 - 29894737
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattg 201  Q
    ||||||||||||| | |||  |||| || | ||||| | ||||| |||| |||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||  | ||     
T  29894552 tgagatgcatgatcggggtgtaccacctgatataattacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgtta 29894651  T
Q  202 ttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagact 288  Q
    ||||| ||  | ||  |||| || ||||  |||||||| || ||||||||||| | || ||||||||||||| |||  |||||||||    
T  29894652 ttaacaaaattgaaagaccagggtattcgaccaaatatgtacacatacactattc-ttattgatggactgtgtaaaggtggaagact 29894737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 104 - 209
Target Start/End: Original strand, 29116262 - 29116367
Alignment:
Q  104 agatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgtt 203  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||  |||   | |||||||||| |||||||||  || ||||||| |||||| |||||||| |||||  |||||||    
T  29116262 agatgcatgatagaggtgtaccacctactatacgtacttacaattctatattagatgctttatgcaaaatccatcaagttgacaaagcaattgcattgtt 29116361  T
Q  204 aacgaa 209  Q
    ||||||    
T  29116362 aacgaa 29116367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 392 - 432
Target Start/End: Original strand, 24942462 - 24942502
Alignment:
Q  392 tttgatgaagcattgtccttactctcaaaaatggaagacaa 432  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  24942462 tttgatgaagcattgtccttagtgtcaaaaatggaagacaa 24942502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 106 - 194
Target Start/End: Original strand, 29946440 - 29946528
Alignment:
Q  106 atgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaat 194  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||| ||| |||| ||||  || ||||| ||| || | ||||||||||||||    
T  29946440 atgcatgatagaggtcaaccacctaatataattacttacaactctatattggatgttttatgcaagaactatgatgttgacaaggcaat 29946528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 353 - 541
Target Start/End: Original strand, 30029597 - 30029785
Alignment:
Q  353 tatactgcgatgattaatgggctttgtaaagaagggttttttgatgaagcattgtccttactctcaaaaatggaagacaacaagtgcactcctgatggtg 452  Q
    |||||||  ||||| | ||| ||||||||||| || || |||||||||| |||| |||| || |||||||||||||| ||    ||| ||||||||| |     
T  30029597 tatactgttatgatcagtggcctttgtaaagagggcttgtttgatgaagtattgaccttgctttcaaaaatggaagagaatggttgcgctcctgatgcta 30029696  T
Q  453 taacttatgaaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatgataaggcgctgaaacttcttcgtgaaatgattgctagaggt 541  Q
    ||||||| ||||| || ||| ||||| | |||| ||  | ||  |  |||| |||   |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30029697 taacttacgaaataattatttgtgctctatttggaaaaggcaagatagatatggcagagaaacttctttgtgaaatgattgctagaggt 30029785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 299
Target Start/End: Original strand, 29085019 - 29085213
Alignment:
Q  104 agatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgtt 203  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||| ||| | | |||||||||| || ||||||  || | ||||| |||||| |||||||| |||||  ||||| |    
T  29085019 agatgcatgatagaggtgtaccacctaatatacttacttacaattctataatagatgctttattcaaaacccatcaagttgacaaagcaattgcattgat 29085118  T
Q  204 aacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcac 299  Q
    ||||||  | ||  |||| || ||||| ||||  || || ||||||||||| | || |||||||| |||| |||  ||||||||| | ||||||||    
T  29085119 aacgaaatttaaagaccagggtattcaaccaagcatgtacacatacactattc-ttattgatggattgtgtaaaggtggaagactaaaggatgcac 29085213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 453 - 532
Target Start/End: Original strand, 29866998 - 29867077
Alignment:
Q  453 taacttatgaaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatgataaggcgctgaaacttcttcgtgaaatgatt 532  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| || ||||||| |  ||   |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  29866998 taacttatgaaataatcatccgttctctgtttgataaagatgaaaatgataaggcggagaaacttcttcgtgaaatgatt 29867077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 47 - 194
Target Start/End: Original strand, 30154555 - 30154702
Alignment:
Q  47 taattgatggactttgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaa 146  Q
    |||||||  |||| |||||||| || |||||   ||||| |||| || | |||| ||||||||| |||||||| |||||||||||  |  |||  ||||     
T  30154555 taattgacagactgtgcaaatctggaagaatcgctgatgcttggtatcttatagatgagatgcacgatagaggccaaccagctaatgtggtcacatacac 30154654  T
Q  147 ttctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaat 194  Q
    ||| ||| |||| || ||||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  30154655 ttccttaatagacggtttgtgcaaaaaccataatcttgacaaggcaat 30154702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 104 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 16702153 - 16702063
Alignment:
Q  104 agatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaat 194  Q
    |||||| ||||||||| |||||  | ||  |||||| ||||||||| |||||| |||  || || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  16702153 agatgcgtgatagaggccaacctcccaatgtaatcacttacaattccttattacatgctttatgtaaaaaccatcatgttgacaaggcaat 16702063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 437 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 30577461 - 30577415
Alignment:
Q  437 tgcactcctgatggtgtaacttatgaaattatcattcgtgctttgtt 483  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30577461 tgcactcctaatgcagtaacttatgaaattatcattcgcgctttgtt 30577415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #48
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 496 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 24263359 - 24263314
Alignment:
Q  496 aaatgataaggcgctgaaacttcttcgtgaaatgattgctagaggt 541  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  24263359 aaatgataaggcggagaaacttcttcgtgaaatgattacaagaggt 24263314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #49
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 105 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 24263749 - 24263660
Alignment:
Q  105 gatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaat 194  Q
    |||||||||| |||| |||| | || | |||||||  |||| |||| |||| ||||  || ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24263749 gatgcatgatcgagggcaacaacctgatataatcacgtacagttctatattggatgccttatgcaaaaaccatctggttgacaaggcaat 24263660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #50
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 451 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 24271616 - 24271536
Alignment:
Q  451 tgtaacttatgaaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatgataaggcgctgaaacttcttcgtgaaatgatt 532  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||| | |||   |||||||||||||  | ||||||||||||||||||||    
T  24271616 tgtaacttatgaaataatcatccgttctctgtttgataacgatgaaaatgataaggcggag-aacttcttcgtgaaatgatt 24271536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #51
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 455 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 29366069 - 29365992
Alignment:
Q  455 acttatgaaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatgataaggcgctgaaacttcttcgtgaaatgatt 532  Q
    ||||||||||| |||||  || |||||||||| |  ||   |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  29366069 acttatgaaataatcatctgttctttgtttgataaagatgaaaatgataaggcggagaaacttcttcgtgaaatgatt 29365992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #52
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 102 - 155
Target Start/End: Original strand, 29876824 - 29876877
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttatt 155  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| | |||||||||| ||||    
T  29876824 tgagatgcatgatagaggccaaccacctaatataattacttacaattctatatt 29876877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #53
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 97 - 194
Target Start/End: Original strand, 30029342 - 30029439
Alignment:
Q  97 ataggtgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaat 194  Q
    |||| ||||||||| |||||||| |||||||||||  |  |||  |||| ||| ||| |||| || ||||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  30029342 atagatgagatgcacgatagaggccaaccagctaatgtggtcacatacacttccttaatagacggtttgtgcaaaaaccataatcttgacaaggcaat 30029439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #54
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 496 - 532
Target Start/End: Original strand, 29898465 - 29898501
Alignment:
Q  496 aaatgataaggcgctgaaacttcttcgtgaaatgatt 532  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  29898465 aaatgataaggcggagaaacttcttcgtgaaatgatt 29898501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 35 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 44262660 - 44262155
Alignment:
Q  35 catacaattccctaattgatggactttgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacat 134  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||| |||||||||| ||| ||| ||||| ||| |  |    
T  44262660 catacaattcacttattgatggactttgcaaatcaggaagaatatctgatgtttgggatcttatagatgagatgcataatataggccaacctgctgatgt 44262561  T
Q  135 aatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagcca 234  Q
     |||| ||||||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  44262560 tatcacttacaattccttattggatgctttgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattattaacgaagatcaaagaccaaggaattcagcca 44262461  T
Q  235 aatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagaggtttatcaggatcttctgaataaaggctat 334  Q
    ||||| ||||| |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| | ||| ||||||    
T  44262460 aatatgtatacttacactatac-ttgttgacggactatgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaagtggtttatcagaatcttcttattaagggctat 44262362  T
Q  335 cagttagatgctaggatatatactgcgatgattaatgggctttgtaaagaagggttttttgatgaagcattgtccttactctcaaaaatggaagacaaca 434  Q
    || ||||||| ||  || || | || |||| | ||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  44262361 catttagatgttaaaatgtacagtgtgatggtcaatgggctttgtaaagagggcttgtttgatgacgcattgtccttagtgtcaaaaatggaagacaaca 44262262  T
Q  435 agtgcactcctgatggtgtaacttatgaaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatgataaggcgctgaaacttcttcgtgaaatgattgc 534  Q
      ||||| ||| ||| ||||||||| |||| | | |||||||||||||||||||  | ||  ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||     
T  44262261 gttgcacccctaatgctgtaacttacgaaactcttattcgtgctttgtttgaaaatggcaagaatgataagacggtgaaacttcttcgtgaaatgattgt 44262162  T
Q  535 tagaggt 541  Q
    |||||||    
T  44262161 tagaggt 44262155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 150 - 541
Target Start/End: Original strand, 9782586 - 9782983
Alignment:
Q  150 tttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatac 249  Q
    |||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||| ||  || |||||||||||||| |||| | |||||||    
T  9782586 tttattggatgctttgtgcaaaatccatcaggttgacaaggcaattgcgttgttaacaaagatgaaagacgaaggaattcagccagatatgtgtacatac 9782685  T
Q  250 actatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagaggtttatcaggatcttctgaataaaggctatcagttagatgctagg 349  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||  || |||||| ||||| ||||||||||||    
T  9782686 actatactt-gttgatggactgtgcaaaaatggaagacttaaggatgcacaaagggtttatcgggatcttacgattaaaggttatcatttagatgctagg 9782784  T
Q  350 atatatactgcgatgattaatgggctttgtaaagaagggttttttgatgaagcattgtccttactctcaaaaatggaagacaacaagtg-------cact 442  Q
    || ||||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||       ||||    
T  9782785 atgtatactgtgatgattaatgggctctgtaaagagggttttttcgatgaagcattgtccttactctcaaaaatggaagacatcggttgcactcctcact 9782884  T
Q  443 cctgatggtgtaacttatgaaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatgataaggcgctgaaacttcttcgtgaaatgattgctagaggt 541  Q
    |||||||  ||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9782885 cctgatgcagtaacttatgaaactcgtattcgtgctttgtttgaaagcgaccaaaatgataaggcggtgaaacttctttgtgaaatgattgctagaggt 9782983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 113; Significance: 6e-57; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 53 - 480
Target Start/End: Original strand, 8651216 - 8651644
Alignment:
Q  53 atggactttgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattcttt 152  Q
    |||||||||||||||| | || |||||||| ||||| |||| | |||| ||| |||||||||||| |||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  8651216 atggactttgcaaatcggagaaaatatatgttgttttggatcttatagatga-atgcatgatagatgtcaacaagctgacataatcacttacacttcttt 8651314  T
Q  153 attagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacact 252  Q
    ||| |||| ||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  |||| || | |||||||||  ||||  ||||| | ||| |||| |  | ||||||     
T  8651315 atttgatgcattgttcaaaaaccataaggtttacatggcaattgcattattgaagaagatcaaagaccatagaattgaaccatatatgttcatatacaca 8651414  T
Q  253 atactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagaggtttatcaggatcttctgaataaaggctatcagttagatgctaggata 352  Q
     ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||   ||  | ||||| ||||||| | |||||  || |||||||||||  || || | ||||||     
T  8651415 ctactt-gttgatggactatgcaaaaatggaagacttcaagacacgcaagaagtttatccgaatcttacgattaaaggctatcgttttgaagttaggatg 8651513  T
Q  353 ta---tactgcgatgattaatgggctttgtaaagaagggttttttgatgaagcattgtccttactctcaaaaatggaagacaacaagtgcactcctgatg 449  Q
    ||   ||||  |||||||| |||||||||||||||  | || ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||    
T  8651514 tacagtactatgatgattactgggctttgtaaagagagcttgttatatgaagcgttgtccttactctcaaaaatggaagacaacgggtgcaatcctgatg 8651613  T
Q  450 gtgtaacttatgaaattatcattcgtgcttt 480  Q
    ||||||||| |||||||||  ||||||||||    
T  8651614 gtgtaacttgtgaaattattgttcgtgcttt 8651644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 30 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 13093605 - 13093509
Alignment:
Q  30 tgtagcatacaattccctaattgatggactttgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatgatagaggtcaaccag 127  Q
    |||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| ||| | || | ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  13093605 tgtaacatacaattcacttattgatggactttgcaaatcagagagattctatgatgtttgtgatct-atggatgagatgcacgatagagatcaaccag 13093509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 90; Significance: 3e-43; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 102 - 535
Target Start/End: Original strand, 17251312 - 17251744
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| | ||||| ||||||  ||||||  |||||||||| |||||| ||||| ||||||||  ||||     
T  17251312 tgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatgtaataacttacacttctttgatagatgctttgtgcaaaagccatcaagttgataaggcaattgcatta 17251411  T
Q  202 ttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaa 301  Q
     ||| ||| || ||  | ||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||||  ||||| ||     
T  17251412 ctaaagaaaattaaagatcaaggtattcaggcaaatatgtatacatacaatatac-ttgttgatggactttgcaaagatggtagacttacagatgctcag 17251510  T
Q  302 gaggtttatcaggatcttctgaataaaggctatcagttagatgctaggatatatactgcgatgattaatgggctttgtaaagaagggttttttgatgaag 401  Q
     |||||| |||||||||| |||  |||||| || |  |||||| |   | ||||| |   ||||| |||||||||||||||||  | || ||||||||||    
T  17251511 aaggtttttcaggatcttttgatgaaaggccataatgtagatgttgtaacatatagtattatgatcaatgggctttgtaaagagagcttgtttgatgaag 17251610  T
Q  402 cattgtccttactctcaaaaatggaagacaacaagtgcactcctgatggtgtaacttatgaaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatga 501  Q
    ||||| |||| || |||||||||||||||||    ||   |||||||| | || |||||||||  || |||  |||||| |||||||  ||||  |||||    
T  17251611 cattgaccttgctgtcaaaaatggaagacaaaggctgtgttcctgatgctatagcttatgaaacaattattaatgctttctttgaaaaagacatgaatga 17251710  T
Q  502 taaggcgctgaaacttcttcgtgaaatgattgct 535  Q
     |||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  17251711 caaggctgagaaacttcttcgtgaaatgattgct 17251744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 362 - 541
Target Start/End: Original strand, 19490508 - 19490687
Alignment:
Q  362 atgattaatgggctttgtaaagaagggttttttgatgaagcattgtccttactctcaaaaatggaagacaacaagtgcactcctgatggtgtaacttatg 461  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | || || |||||||||||| |||| || ||||||||||||| |||    |||| |||||||| | |||||||||    
T  19490508 atgatcaatgggctttgtaaagaaagtttgttggatgaagcattgaccttgctgtcaaaaatggaagccaaaggctgcattcctgatgctataacttatg 19490607  T
Q  462 aaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatgataaggcgctgaaacttcttcgtgaaatgattgctagaggt 541  Q
    |||| || ||||||||| | |||| ||  |     |||||||||||    ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19490608 aaataattattcgtgctctctttggaaaaggtgtgaatgataaggctgaaaaacttcttcgtgaaatgattgccagaggt 19490687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 42 - 205
Target Start/End: Original strand, 10130076 - 10130239
Alignment:
Q  42 ttccctaattgatggactttgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagt 141  Q
    |||||| ||||||||  | ||||||||||||||||| |  |||| ||||||  |  || ||||||||  |||||||||||||| | |||| ||||| | |    
T  10130076 ttcccttattgatggcttgtgcaaatcagggagaatctcagatgcttgggaacttgtaagtgagatgtctgatagaggtcaacaacctaatataattact 10130175  T
Q  142 tacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgttaa 205  Q
    ||||||||||||||  |||  || ||| |||| || || |||||||| |||||| |||||||||    
T  10130176 tacaattctttattgaatgctttatgccaaaatcaccatgttgacaaagcaatcgcattgttaa 10130239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0572 (Bit Score: 61; Significance: 6e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0572
Description:

Target: scaffold0572; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 37 - 333
Target Start/End: Original strand, 3167 - 3462
Alignment:
Q  37 tacaattccctaattgatggactttgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataa 136  Q
    |||||||| |||||||||||  | |||||||| |||||||| |   ||| ||||||  |  | | |||||||| |||||| |||||||||||| | ||||    
T  3167 tacaattctctaattgatggtttgtgcaaatctgggagaatctcctatgcttgggagcttgttgatgagatgcgtgatagtggtcaaccagctgatataa 3266  T
Q  137 tcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaa 236  Q
    ||| ||||||||| ||| ||||||  || |||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||  | | ||| || ||  ||||||| ||||| | | |    
T  3267 tcacttacaattcattaatagatgctttatgcaaaaaccatcatgttgacaaggctattgcattagtcaagaaaattaaagaccaaggcattcaactaga 3366  T
Q  237 tatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagaggtttatcaggatcttctgaataaaggcta 333  Q
    ||| || ||||||| ||||| || | |||||||| |||||| | ||||| |||| ||||||||||| | ||| |||||||||| ||| |||||||||    
T  3367 tatgtacacatacaatatac-ttatcgatggactatgcaaacaaggaaggcttaaggatgcacaagtgatttttcaggatcttttgattaaaggcta 3462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0429 (Bit Score: 56; Significance: 6e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0429
Description:

Target: scaffold0429; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 102 - 333
Target Start/End: Original strand, 6195 - 6425
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattg 201  Q
    |||||||| |||||  ||||||||| || |||||  || ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||   |||     
T  6195 tgagatgcgtgataatggtcaaccacctgacatatgcacttacaattctttaatagatgcattatgcaaaaaccatcatgttgacaaggctattgtatta 6294  T
Q  202 ttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaa 301  Q
     | | ||| || ||  ||||||| ||||| | |||||| || ||||||| ||||| || | |||||||| |||||| | ||||| |||| ||||||||||    
T  6295 gtcaagaaaattaaagaccaaggcattcaactaaatatgtacacatacaatatac-ttatcgatggactatgcaaacaaggaaggcttaaggatgcacaa 6393  T
Q  302 gaggtttatcaggatcttctgaataaaggcta 333  Q
    | | ||| |||||||||| ||| |||||||||    
T  6394 gtgatttttcaggatcttttgattaaaggcta 6425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 4)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 104 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 121478 - 121042
Alignment:
Q  104 agatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgtt 203  Q
    |||||||||||||||||||||| || || || ||||  |||||||| |||||  |||  || |||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||| |    
T  121478 agatgcatgatagaggtcaacctgccaatattatcacatacaattccttattgcatgctttatgcaaaaatcatcaagttgacaaggcaattgcattggt 121379  T
Q  204 aacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaaga 303  Q
     | ||| || ||  | || || ||||| || |||||  | ||||||| ||||| || | |||||||| |||||| | |||||||||  | |||||||||     
T  121378 caagaaaattaaagatcagggcattcaacccaatattaacacatacaatatac-ttatcgatggactatgcaaagaaggaagacttgagaatgcacaagt 121280  T
Q  304 ggtttatcaggatcttctgaataaaggctatcagttagatgctaggatatatactgcgatgattaatgggctttgtaaagaagggttttttgatgaagca 403  Q
    | ||| |||||||||| ||| |||||||||| || || | | | ||| ||||| | | ||||||||||| ||||||   || ||  | |||||||||||     
T  121279 gatttttcaggatcttttgattaaaggctataaggtaaaagtttggacatataatactatgattaatggtctttgtttggagggactgtttgatgaagct 121180  T
Q  404 ttgtccttactctcaaaaatggaagacaacaagtgcactcctgatggtgtaacttatgaaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatgata 503  Q
     || || ||||   |||||||||||||||    ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||   ||| | ||| |||  ||    |||||||    
T  121179 atgaccctactggaaaaaatggaagacaatggttgcactcctgatgttgtaacttatgaaactattatttacgctctttttaaaaatgatgagaatgata 121080  T
Q  504 aggcgctgaaacttcttcgtgaaatgattgctagaggt 541  Q
    ||||   ||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  121079 aggcagagaaacttctacgtgaaatgattactagaggt 121042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 102 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 104738 - 104523
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattg 201  Q
    ||||||||||| ||  ||||||||| |||||||| | | ||||| ||||||| ||||||  || ||||||||| ||||  ||||||| || || |||||     
T  104738 tgagatgcatgttaatggtcaaccacctaacatatttacttacagttctttaatagatgctttatgcaaaaacaatcatcttgacaaagctatgacatta 104639  T
Q  202 ttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaa 301  Q
     | | ||| || ||  ||||||| ||||| ||| |||| || ||||||| ||||| || |||||||  | ||||||   ||| |||||| | ||||||||    
T  104638 gtcaagaaaattaaagaccaaggcattcaaccagatatgtacacatacaatatac-ttattgatgggttatgcaaaggaggacgacttaagaatgcacaa 104540  T
Q  302 gaggtttatcaggatct 318  Q
    || |||| |||||||||    
T  104539 gatgtttttcaggatct 104523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 511 - 546
Target Start/End: Original strand, 140667 - 140702
Alignment:
Q  511 gaaacttcttcgtgaaatgattgctagaggtgtact 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  140667 gaaacttcttcgtgaaatgattgctagaggtctact 140702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 497 - 541
Target Start/End: Original strand, 137767 - 137811
Alignment:
Q  497 aatgataaggcgctgaaacttcttcgtgaaatgattgctagaggt 541  Q
    ||||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  137767 aatgaaaaggcggagaaacttcttcgtgaaatggttgctagaggt 137811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000006; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 106 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 15062872 - 15062784
Alignment:
Q  106 atgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaat 194  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||| |||||||||   | ||||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  15062872 atgcatgatagaggtcaaccatctaatataattacttacaattctatattagatgctatatgcaaaaacaatcatgttgataaggcaat 15062784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0573 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0573
Description:

Target: scaffold0573; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 102 - 287
Target Start/End: Original strand, 4136 - 4320
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || | ||||| | ||||| |||| |||| ||||  || |||||||||||||  | ||||||||||||  ||||     
T  4136 tgagatgcatgatagaggtcaaccacctgatataattacttacagttctctattggatgctttatgcaaaaaccatccaggtgacaaggcaattgcatta 4235  T
Q  202 ttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagac 287  Q
    ||||| ||  | ||  |||| ||  |||| |||||||| || ||||||||||| | || || |||||||||| |||  ||||||||    
T  4236 ttaacaaaattgaaagaccagggtcttcaaccaaatatgtacacatacactattc-ttattaatggactgtgtaaaggtggaagac 4320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 442 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 125784 - 125680
Alignment:
Q  442 tcctgatggtgtaacttatgaaattatcattcgtgctttgtttgaaagcgacagaaatgataaggcgctgaaacttcttcgtgaaatgattgctagaggt 541  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||| || ||||| ||| | |  ||    ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  125784 tcctgatgctgtaacttatgaaactatcatccgggctttctttcataaagatgagaatgaaaaggcggagaaacttcttcgtgaaatgattgctagaggt 125685  T
Q  542 gtact 546  Q
     ||||    
T  125684 ctact 125680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0054
Description:

Target: scaffold0054; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 102 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 53596 - 53542
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttatta 156  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||| |||||    
T  53596 tgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatataattacttacaattctatatta 53542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0308 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0308
Description:

Target: scaffold0308; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 61 - 333
Target Start/End: Original strand, 8953 - 9224
Alignment:
Q  61 tgcaaatcagggagaatatatgatgtttgggatttcataggtgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatg 160  Q
    ||||||||||||||||| | | ||| |||||| ||  | | |||||||||||||||||||||||| || ||  |||||| || || ||| |||||| | |    
T  8953 tgcaaatcagggagaatttctcatgcttgggagttgcttgatgagatgcatgatagaggtcaacctgccaatgtaatcactttcagttcattattacacg 9052  T
Q  161 gattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaatcacattgttaacgaagatcaagaaccaaggaattcagccaaatatctatacatacactatactttg 260  Q
       | || ||||||| ||| ||||||||||||||   |||| | | |||  | ||  ||| ||  ||||| |||||||| || ||||||| ||||| ||     
T  9053 ctctatgtaaaaaccgtcatgttgacaaggcaattgaattggtcaagaaacttaaagaccgagacattcaaccaaatatgtacacatacaatatac-tta 9151  T
Q  261 ttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagaggtttatcaggatcttctgaataaaggcta 333  Q
    | |||||||| |||||| | |||||||||| ||| ||||||| | ||| ||| |||||| | | |||||||||    
T  9152 tcgatggactatgcaaacaaggaagacttaaggacgcacaagtgatttttcaagatcttttcattaaaggcta 9224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0051 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 3)
Name: scaffold0051
Description:

Target: scaffold0051; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 244 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 43176 - 43088
Alignment:
Q  244 acatacactatactttgttgatggactgtgcaaaaatggaagacttagggatgcacaagaggtttatcaggatcttctgaataaaggcta 333  Q
    ||||||| |||||||  |||||||||| |||||  | ||||| |||| ||||||||||| | ||| |||||||||| ||| |||||||||    
T  43176 acatacaatatactta-ttgatggactatgcaagcaaggaaggcttaaggatgcacaagtgatttttcaggatcttttgattaaaggcta 43088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0051; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 43246 - 43201
Alignment:
Q  141 ttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgac 186  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||| ||||||    
T  43246 ttacaattctttaatagatgcattatgcaaaaaccatcatgttgac 43201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0051; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 102 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 47903 - 47814
Alignment:
Q  102 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcagttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatcaggttgacaaggc 191  Q
    ||||||||||||||  || |||||| | || ||| ||| ||||||||||||| || ||   || ||||||||| ||||||||||||||||    
T  47903 tgagatgcatgataatggccaaccacccaatatattcacttacaattctttaataaattctttatgcaaaaactatcaggttgacaaggc 47814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0086 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0086
Description:

Target: scaffold0086; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 497 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 30924 - 30880
Alignment:
Q  497 aatgataaggcgctgaaacttcttcgtgaaatgattgctagaggt 541  Q
    ||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30924 aatgaaaaggcggagaaacttcttcgtgaaatgattgttagaggt 30880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University