View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18107_low_1 (Length: 1265)

Name: NF18107_low_1
Description: NF18107
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18107_low_1
NF18107_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (11-1249)||(33904483-33905727)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (430-899)||(9326228-9326697)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 1157; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 1157; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 1249
Target Start/End: Original strand, 33904483 - 33905727
Alignment:
Q  11 cagcacagacagatttgttaggtaaaatgttggtttagccgtcctagtcgcataatcgagcacatctatttgatgtagcaagcatagctaagaagttaaa 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33904483 cagcacagacagatttgttaggtaaaatgttggtttaaccgtcctagtcgcataattgagcacatctatttgatttagcaagcatagctaagaagttaaa 33904582  T
Q  111 cctgtgattttactaacatcactaaagaaaataaaatagttttgtctagtaaattaactaccttcaacctctatatgtagcattcaattctatattacta 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33904583 cctgtgattttactaacatcactaaagaaaataaaatagttttgtctagtaaattaactaccttcaacctctatatgtagcattcaattctatattacta 33904682  T
Q  211 tgtaaacaaaaaatactattaactggattattttctgaattgttgttactcttctgatcctcactttaagagaaattctgttctcccatgcttccttggg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33904683 tgtaaacaaaaaatactattaactggattattttctgaattgttgttactcttctgatcctcactttaagagaaattctgttctcccatgcttccttggg 33904782  T
Q  311 tacgttacatatacatacaagggctaaagtgttcttaattttacttgaaattttgcatgtaacatgttttttaacttaaaaaatcattaattgtgctcaa 410  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33904783 ttcgttacatatacatacaagggctaaagtgttcttaattttacttgaaattttgcatgtaacatgttttttaacttaaaaaatcattaattgtgctcaa 33904882  T
Q  411 agtgggtttttctcatgcacagggtggttatgctaggcaagaactattttatcttctgaaagaagaaaaagatgtacatttttcatttggaagtgtacag 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33904883 agtgggtttttctcatgcacagggtggttatgctaggcaagaactattttatcttctgaaagaagaaaaagatgtacatttttcatttggaagtgtacag 33904982  T
Q  511 aaaggtggagtgaggaatgcaacaaacggcatgcgatcttcgaaattctgtctcaacatagctggcgacacgccatcatcaaatcgcttattcgatgcaa 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33904983 aaaggtggagtgaggaatgcaacaaacggcatgcgatcttcgaaattctgtctcaacatagctggcgacacgccatcatcaaatcgcttattcgatgcaa 33905082  T
Q  611 ttgcaagtcactgtgttcctgtcataatcagtgatgaaattgagcttccatatgaggatgttctcgactactccaagttctgcgtatttgttcgcacaag 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33905083 ttgcaagtcactgtgttcctgtcataatcagtgatgaaattgagcttccatatgaggatgttctcgactactccaagttctgcgtatttgttcgcacaag 33905182  T
Q  711 ggatgctgttaaaaagaagtatctgataaacttcattaggagtattggcaaagatgaatggacaagaatgtggaacagattgaaagaagttgaaaaattc 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33905183 ggatgctgttaaaaagaagtatctgataaacttcattaggagtattggcaaagatgaatggacaagaatgtggaacagattgaaagaagttgaaaaattc 33905282  T
Q  811 tttgaatttcagttcccttctaaggaaggtgatgctgttcaaatgatttggcaagctgtttcacgtaaggttccttttatgaagttgaaaacaaacaggt 910  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33905283 tttgaatttcagttcccttctaaggaaggtgatgctgttgaaatgatttggcaagctgtttcacgtaaggttccttttatgaagttgaaaacaaacaggt 33905382  T
Q  911 ctaggagattttttagagccctttatggtaataataaatataaggggcatagatcaatacatgcaccacctaatttttggtgatattggtacatgaagtt 1010  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33905383 ctaggagattttttagagccctttatggtaataataaatataaggggcataaatcaatacatgcaccacctaatttttggtgatattggtacatgaagtt 33905482  T
Q  1011 ttgtctttagaaattcaagaatctttttatatacaatatagttatgattttgatagtgaaattgacattgtaa---tgatttaggaaag---aagatttt 1104  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||  | ||| |   | |||||     
T  33905483 ttgtctttagaaattcaagaatgtttttatatacaatatagttatgattttgatagtgaaattgacattgtaacgttaatgcatgaaggttcatgattta 33905582  T
Q  1105 ggaaatatgattctactattggttggaattgaagtattaatgtagaatgaaaatttattttggtcttcatttgaagaaaccttttgtagtttcatttctt 1204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33905583 ggaaatatgattctactattggttggaattgaagtattaatgtagaatgaaaatttcttttggtcttcatttgaagaaaccttttgtagtttcatttctt 33905682  T
Q  1205 tcttatcttttcccctttagaattgaaaaatatttaagatgtaac 1249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33905683 tcttatcttttcccctttagaattgaaaaatatttaagatgtaac 33905727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 154; Significance: 5e-81; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 430 - 899
Target Start/End: Complemental strand, 9326697 - 9326228
Alignment:
Q  430 cagggtggttatgctaggcaagaactattttatcttctgaaagaagaaaaagatgtacatttttcatttggaagtgtacagaaaggtggagtgaggaatg 529  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||||| ||||  | ||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||  | || |||| |||| | | ||| |    
T  9326697 cagggaggttatgtgaggcaagaactatattattctttgaaaaatgaaaaggatgtacatttttcatttggaagcattcaaaaagatggaatcaagaaag 9326598  T
Q  530 caacaaacggcatgcgatcttcgaaattctgtctcaacatagctggcgacacgccatcatcaaatcgcttattcgatgcaattgcaagtcactgtgttcc 629  Q
    ||||| | || ||||| |  |||||||| || || |||||||| |||||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||    
T  9326597 caacagaaggaatgcgtttgtcgaaattttgcctaaacatagcaggcgacacaccttcatcaaaccgcttgttcgacgcaattgctagtcattgtgtccc 9326498  T
Q  630 tgtcataatcagtgatgaaattgagcttccatatgaggatgttctcgactactccaagttctgcgtatttgttcgcacaagggatgctgttaaaaagaag 729  Q
    ||| || |||||||||||||||||||| || |  |||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||||| || || || ||| | ||  | ||     
T  9326497 tgtgatcatcagtgatgaaattgagctaccgttcgaggatatcctcgactactccgagttctgcatatttgttcgaactagcgacgctatcaaggaaaac 9326398  T
Q  730 tatctgataaacttcattaggagtattggcaaagatgaatggacaagaatgtggaacagattgaaagaagttgaaaaattctttgaatttcagttccctt 829  Q
    |||||| |||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||  |||||||| |||||| | |||||||||| | | || || |    
T  9326397 tatctgctaaatttcatcaggagtataggcaaagaagagtggacaaaaatgtggaacaagttgaaagaggttgaacatttctttgaatataattttccat 9326298  T
Q  830 ctaaggaaggtgatgctgttcaaatgatttggcaagctgtttcacgtaaggttccttttatgaagttgaa 899  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| |||||    
T  9326297 ctaaggaaggtgatgctgtacaaatgatttggcaagctgtttcacataaagttccttctatgaaattgaa 9326228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University