View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18107_low_3 (Length: 808)

Name: NF18107_low_3
Description: NF18107
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18107_low_3
NF18107_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-794)||(45354890-45355666)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 630; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 630; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 794
Target Start/End: Original strand, 45354890 - 45355666
Alignment:
Q  18 ctattcactgctgacacttttagaaactacaagcgtcccagataactttcaagtgcttatcaaattcagctaattgtaacttacattacttttttaatat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45354890 ctattcactgctgacacttttagaaactacaagcgtcccagataactttcaagtgcttatcaaattcagctaattgtaacttacattacttttttaatat 45354989  T
Q  118 taaccaaaattttctaatgaaaaaataagcagatttttaatggtgtgcaatgtgctgcttcagctgtcctctgcaagaannnnnnnnnnnnnnnnngaaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||||    
T  45354990 taaccaaaattttctaatgaaaaaataagcagatttttaatggtgtgcaatgtgctgcttcagctgtcctctgcaagaatttttatttttatttttgaaa 45355089  T
Q  218 aattataaagaaatgaaaagtgaaaccatactgaacttgctacattttacgaagctggccaaatcagttgatggaaatacnnnnnnnnnncaaagaagga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||    
T  45355090 aattataaagaaatgaaaagtgaaaccatactgaacttgctacattttacgaagctggccaaatcagttgatggaaatacaaaaaaaaa-caaagaagga 45355188  T
Q  318 cttatagttgtcaaattaccactaaataagatgttaataccaatatgcaaatttatttagacaaacacatgataactataatgagcatggaggataacga 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45355189 cttatagttgtcaaattaccactaaataagatgttaataccaatatgcaaatttatttagacaaacacatgataactataatgagcatggaggataacga 45355288  T
Q  418 atcccctaaatgcaaaggaaagcactttccccaaagaaaaaggaaaaacaaattattacttatgggaaaggtgataatgtatgcatacctttcatccttc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45355289 atcccctaaatgcaaaggaaagcactttccccaaagaaaaaggaaaaacaaattattacttatgggaaaggtgataatgtatgcatacctttcatccttc 45355388  T
Q  518 tccttcatcatttgctcagtggcccttgcaatcagtgttgatatccatttattcactgcatcaattaaaattcagtaataaataaacaaaaattcaataa 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45355389 tccttcatcatttgctcagtggcccttgcaatcagtgttgatatccatttattcactgcatcaattaaaattcagtaataaataaacaaaaattcaataa 45355488  T
Q  618 atgaagatttgactatatttttgtatatttaaaatgatannnnnnnnnnnnnnnnnnaatctatgtttagttttggacttttggatctcttattgttt-a 716  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  45355489 atgaagatttgactatatttttgtatatttaaaatgatattttttttagttttttttaatctatgtttagttttggacttttggatctcttattgtttaa 45355588  T
Q  717 aattattcaactttgatacctgttattgatgagaatgggaactgcagtgtagaggatggttatcagcttagttctgtg 794  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45355589 aattattcaactttgatacctgttattgatgagaatgggaactgcagtgtagaggatggttatcagcttagttctgtg 45355666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University