View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18107_low_9 (Length: 593)

Name: NF18107_low_9
Description: NF18107
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18107_low_9
NF18107_low_9
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (16-568)||(9457319-9457871)
chr6 (196-566)||(2355180-2355555)
chr6 (201-565)||(32858624-32858992)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (193-565)||(6218203-6218579)
chr5 (196-566)||(9476809-9477183)
chr5 (196-562)||(22965209-22965579)
chr5 (196-565)||(11493422-11493795)
chr5 (196-573)||(32099966-32100347)
chr5 (196-566)||(1588468-1588842)
chr5 (201-563)||(18253616-18253982)
chr5 (298-563)||(17077763-17078030)
chr5 (302-445)||(9785055-9785195)
chr5 (329-430)||(36864589-36864688)
chr5 (201-290)||(36864327-36864416)
chr5 (499-561)||(36864769-36864832)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (196-566)||(41851346-41851720)
chr7 (196-565)||(42883014-42883387)
chr7 (255-564)||(37549707-37550020)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (196-566)||(25989867-25990241)
chr1 (194-565)||(6469577-6469952)
chr1 (196-566)||(15731457-15731830)
chr1 (193-473)||(42927355-42927639)
chr1 (196-561)||(23435251-23435620)
chr1 (194-563)||(50650160-50650533)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (201-565)||(36371012-36371380)
chr2 (251-565)||(10254666-10254984)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (191-562)||(26936364-26936739)
chr8 (196-566)||(30155372-30155746)
chr8 (201-471)||(32793559-32793832)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (194-565)||(39150963-39151338)
chr3 (196-564)||(2552559-2552931)
chr3 (196-562)||(4087555-4087925)
chr3 (193-473)||(8240059-8240343)
chr3 (194-565)||(39258708-39259083)
chr3 (214-566)||(46106975-46107331)
chr3 (251-369)||(9737205-9737326)
chr3 (397-445)||(9737156-9737204)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (196-566)||(732120-732494)
chr4 (196-563)||(8436230-8436601)
[»] scaffold0029 (2 HSPs)
scaffold0029 (236-391)||(39653-39809)
scaffold0029 (236-391)||(46849-47005)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 431; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 9457871 - 9457319
Alignment:
Q  16 cactttagttcaaataagaagaaaataacatcgacacttttnnnnnnntcataccatattgatacttctatacataggaaattgttatataagaccccat 115  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9457871 cactttagtccaaataagaagaaaataacatcgacacttttaaaaaaatcataccatattgatacttctatacataggaaattgttatataagacccctt 9457772  T
Q  116 cagttgttcacatgtcccnnnnnnnnnnnnnnnntgtctctctttaaaacgatcagaagttacaacccgattgaatcataagggtgcgtttatttggtgg 215  Q
    ||||||||||||||||||                ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  9457771 cagttgttcacatgtcccacaaaatcgcaaaaaatgtctctctttaaaatgatcagaagttacaacccgattgaatcataagggggcgtttatttggcgg 9457672  T
Q  216 ttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacattacgttggtaaataattgtgag 315  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9457671 ttgaaaatttcattcatgggaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacattacgttggtaaataattgtgag 9457572  T
Q  316 attcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttctatccatccactttctttgggaa 415  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9457571 attcatgaaaattatttgtgatagtggatatatgggtagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttctatccatccactttctttgggaa 9457472  T
Q  416 taaaatcatggataaatgaaagttattattgtcctaaattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgtaataaacttaggaatctataattgta 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9457471 taaaatcatggataaatgaaagttattattgtcctaaattttttattctcaggagttaatttttttaactgtgtaataaacttaggaatctataattgta 9457372  T
Q  516 acctccacattccttaaaataatttttaaaccaggaaacaaacacccccttgg 568  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9457371 acctccacattccttaaaataatttttaaaccaggaaacaaacacccccttgg 9457319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 196 - 566
Target Start/End: Original strand, 2355180 - 2355555
Alignment:
Q  196 agggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacatta 295  Q
    |||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || |||     
T  2355180 agggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaacctttcctgggaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaattg 2355279  T
Q  296 cgtt-ggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttcta 394  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| ||    
T  2355280 tgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt-ta 2355378  T
Q  395 t--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgta 490  Q
    |  ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| || || ||||| || |||||  |||| ||||||| | |||||||        |||| ||||    
T  2355379 ttcccggccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaaattatttttttcctaggaattctttattcccgggagttattttttttaactttgta 2355478  T
Q  491 ataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccccctt 566  Q
    | |||| |||||||||||||||  |||||||| ||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2355479 acaaacataggaatctataattccaacctccatattcctgggaataactttttaaaccaggaaacaaacaccccctt 2355555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 201 - 565
Target Start/End: Original strand, 32858624 - 32858992
Alignment:
Q  201 gcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacattacgtt- 299  Q
    |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || |||  |||     
T  32858624 gcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaacctttcctgggaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaattgtgttt 32858723  T
Q  300 ggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttctat--cc 397  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| |||  ||    
T  32858724 ggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt-tattccc 32858822  T
Q  398 atccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgtaataaa 495  Q
      ||||||||||||||| ||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| |||||| || |||||| |       |||| ||||| |||    
T  32858823 gcccactttctttgggagtaaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattttcgggagtt-atttttttaactttgtaacaaa 32858921  T
Q  496 cttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccccct 565  Q
    | |||||||||||||||  |||||||| ||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32858922 cataggaatctataattccaacctccatattcctgggaataattttttaaaccaggaaacaaacaccccct 32858992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 120; Significance: 4e-61; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 193 - 565
Target Start/End: Original strand, 6218203 - 6218579
Alignment:
Q  193 ataagggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaaca 292  Q
    ||||||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || |||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| |    
T  6218203 ataagggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaacctttcctggaaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttaaaaaa 6218302  T
Q  293 ttacgtt-ggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaaccttt 391  Q
    ||  ||| ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| ||||    
T  6218303 ttgtgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt 6218402  T
Q  392 ctat--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgt 487  Q
     |||  ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | |||||| |       |||| |    
T  6218403 -tattcccgcccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccgggagtt-atttttttaacttt 6218500  T
Q  488 gtaataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccccct 565  Q
    |||| |||| |||||||||||||||  |||||||| ||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6218501 gtaacaaacataggaatctataattccaacctccatattcctgggaataactttttaaaccaggaaacaaacaccccct 6218579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 196 - 566
Target Start/End: Original strand, 9476809 - 9477183
Alignment:
Q  196 agggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacatta 295  Q
    |||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || ||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || ||      
T  9476809 agggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaatctttcctgggaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaatgg 9476908  T
Q  296 cg-ttggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttcta 394  Q
     | ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| ||    
T  9476909 tgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt-ta 9477007  T
Q  395 t--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgta 490  Q
    |  || |||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | |||||| |       |||| ||||    
T  9477008 ttcccgtccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccgggagtt-atttttttaactttgta 9477106  T
Q  491 ataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccccctt 566  Q
    | |||| |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9477107 acaaacataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataattttttaaaccaggaaacaaacaccccctt 9477183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 196 - 562
Target Start/End: Original strand, 22965209 - 22965579
Alignment:
Q  196 agggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacatta 295  Q
    |||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || |||     
T  22965209 agggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaacctttcctgggaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaattg 22965308  T
Q  296 cgtt-ggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttcta 394  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| ||    
T  22965309 tgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt-ta 22965407  T
Q  395 t--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgta 490  Q
    |  ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | |||||| |       |||| ||||    
T  22965408 ttcccgcccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccgggagtt-atttttttaactttgta 22965506  T
Q  491 ataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccc 562  Q
    | |||| |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22965507 acaaacataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataactttttaaaccaggaaacaaacaccc 22965579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 196 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 11493795 - 11493422
Alignment:
Q  196 agggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacatta 295  Q
    |||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || |||     
T  11493795 agggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaacctttcctgggaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaattg 11493696  T
Q  296 cgtt-ggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttcta 394  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| ||    
T  11493695 tgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt-ta 11493597  T
Q  395 t--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgta 490  Q
    |  ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | |||||| |       |||| ||||    
T  11493596 ttcccgcccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccgggagtt-atttttttaactttgta 11493498  T
Q  491 ataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccccct 565  Q
    | | || |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11493497 acagacataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataattttttaaaccaggaaacaaacaccccct 11493422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 196 - 573
Target Start/End: Original strand, 32099966 - 32100347
Alignment:
Q  196 agggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacatta 295  Q
    |||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || |||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || |||     
T  32099966 agggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaacctttcctggaaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaattg 32100065  T
Q  296 cgtt-ggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttcta 394  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| ||    
T  32100066 tgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt-ta 32100164  T
Q  395 t--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgta 490  Q
    |  ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||||||||||  | |||||| |       |||| ||||    
T  32100165 ttcccgcccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattttttatttccgggagtt-atttttttaactttgta 32100263  T
Q  491 ataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacacccccttgggaata 573  Q
    | |||| |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  32100264 acaaacataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataactttttaaaccatgaaacaaacacccccttaggaata 32100347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 196 - 566
Target Start/End: Original strand, 1588468 - 1588842
Alignment:
Q  196 agggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacatta 295  Q
    |||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || ||      
T  1588468 agggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaacctttcctgggaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaatgg 1588567  T
Q  296 cg-ttggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttcta 394  Q
     | ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| ||    
T  1588568 tgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt-ta 1588666  T
Q  395 t--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgta 490  Q
    |  ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | |||||| |       |||| ||||    
T  1588667 ttcccgcccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccgggagtt-atttttttaactttgta 1588765  T
Q  491 ataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccccctt 566  Q
    | |||| |||||||||||||||  |||||| |  |||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1588766 acaaacataggaatctataattccaacctcgatgttcctgggaataattttttaaaccaggaaacaaacaccccctt 1588842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 201 - 563
Target Start/End: Original strand, 18253616 - 18253982
Alignment:
Q  201 gcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacattacgtt- 299  Q
    |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || ||| |||| ||  ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| | || |||  |||     
T  18253616 gcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaatcttttctgggaaataataatgggcatcttattcctgagtattttcagaaaattgtgttt 18253715  T
Q  300 ggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttctat--cc 397  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||| ||| |||| |||  ||    
T  18253716 ggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgagaatcttt-tattccc 18253814  T
Q  398 atccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgtaataaa 495  Q
      ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||  | |||||| |       |||| ||||| |||    
T  18253815 gcccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctatgaattctttatttccgggagtt-atttttttaactttgtaacaaa 18253913  T
Q  496 cttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacacccc 563  Q
    | |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18253914 cataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataattttttaaaccaggaaacaaacacccc 18253982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 298 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 17078030 - 17077763
Alignment:
Q  298 ttggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttc-aattttattactatttatatgggaacctttctat- 395  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| |||     
T  17078030 ttggtaaataattgtcagattcatggcaattatttttgatagtgggtatatgggtagttatttcaaattttattacaatttacatgggaaccttt-tatt 17077932  T
Q  396 -ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgtaat 492  Q
     |||||||||| |||  ||||||||||||||| ||| || ||||||||||| | |||  ||||||||||| || |||||| |       |||| |||||     
T  17077931 cccatccacttcctt--ggaataaaatcatgggtaagtggaagttattatttttctaggaattttttattttcgggagttga-ttttgtaactttgtaac 17077835  T
Q  493 aaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacacccc 563  Q
    |||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17077834 aaacataggaatctagaattacaacctccacattcctgggaataactttttaaaccaggaaacaaacacccc 17077763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 302 - 445
Target Start/End: Original strand, 9785055 - 9785195
Alignment:
Q  302 taaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttctat--ccat 399  Q
    ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||     |||||||||| ||| |||| |||  ||||    
T  9785055 taaataattgatagatttatggaaattatttgtgatagcgggtatatggatagttattttaatttt----gtatttatatgagaa-ctttttattcccat 9785149  T
Q  400 ccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattatt 445  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  9785150 ccactttctttgagaataaaatcatgggtaaatggaagttattatt 9785195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 329 - 430
Target Start/End: Original strand, 36864589 - 36864688
Alignment:
Q  329 atttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttctatccatccactttctttgggaataaaatcatggat 428  Q
    |||||| ||||| | ||||||| |||||||||||||||| ||||||| || || |||||  || | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36864589 atttgttatagtaggtatatgg-tagttatttcaattttgttactatgtaaataggaactatttt-tccatccactttctttgggaacaaaatcatggat 36864686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 201 - 290
Target Start/End: Original strand, 36864327 - 36864416
Alignment:
Q  201 gcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaa 290  Q
    |||||| ||||  ||||||||||||||||  || |||||| ||||| |   ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  36864327 gcgtttgtttgacggttgaaaatttcatttttgggaataatctttcttgaaaaataataatatgaatcttattcctaggtatttttaaaa 36864416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 499 - 561
Target Start/End: Original strand, 36864769 - 36864832
Alignment:
Q  499 aggaatctataattgtaacctccacattccttaaaat-aatttttaaaccaggaaacaaacacc 561  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||| || || ||| |||| |||||||||||||||||    
T  36864769 aggaatctataattgcaacgtccacattcctaaagataaatatttacaccaggaaacaaacacc 36864832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 196 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 41851720 - 41851346
Alignment:
Q  196 agggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacatta 295  Q
    |||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || |||     
T  41851720 agggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaacctttcctgggaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaattg 41851621  T
Q  296 cgttgg-taaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttcta 394  Q
     ||| | ||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| ||    
T  41851620 tgtttgataaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt-ta 41851522  T
Q  395 t--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgta 490  Q
    |  || |||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | |||||| |       |||| ||||    
T  41851521 ttcccgtccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccgggagtt-atttttttaactttgta 41851423  T
Q  491 ataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccccctt 566  Q
    | |||| |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41851422 acaaacataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataattttttaaaccaggaaacaaacaccccctt 41851346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 196 - 565
Target Start/End: Original strand, 42883014 - 42883387
Alignment:
Q  196 agggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacatta 295  Q
    |||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || |||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||  ||||||||| || |||     
T  42883014 agggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaacctttcctgggaaataataatgggtatcttattcctgagtatttttagaaaattg 42883113  T
Q  296 cgtt-ggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttcta 394  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| ||    
T  42883114 tgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt-ta 42883212  T
Q  395 t--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgta 490  Q
    |  ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| |||||||| |       |||| ||||    
T  42883213 ttcccgcccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccaggagtt-atttttttaactttgta 42883311  T
Q  491 ataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccccct 565  Q
    | |||| |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42883312 acaaacataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataattttttaaaccaggaaacaaacaccccct 42883387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 255 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 37550020 - 37549707
Alignment:
Q  255 taataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacattacgtt-ggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggata 353  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || |||  ||| ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| ||    
T  37550020 taataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaattgtgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggta 37549921  T
Q  354 gttatttcaattttattactatttatatgggaacctttctat--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta 451  Q
    |||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| |||  ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||    
T  37549920 gttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt-tattcccgcccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttccta 37549822  T
Q  452 --aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgtaataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaacca 548  Q
      |||| ||||||| | |||||| |       |||| ||||| |||| |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| |||||||||||    
T  37549821 ggaattctttattcccgggagtt-atttttttaactttgtaacaaacataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataactttttaaacca 37549723  T
Q  549 ggaaacaaacaccccc 564  Q
    ||||||||||||||||    
T  37549722 ggaaacaaacaccccc 37549707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 196 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 25990241 - 25989867
Alignment:
Q  196 agggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacatta 295  Q
    |||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || ||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || |||     
T  25990241 agggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaacctttcttgggaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaattg 25990142  T
Q  296 cgtt-ggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttcta 394  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| ||    
T  25990141 tgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt-ta 25990043  T
Q  395 t--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgta 490  Q
    |  ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | |||||| |       |||| ||||    
T  25990042 ttcccgcccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccgggagtt-atttttttaactttgta 25989944  T
Q  491 ataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccccctt 566  Q
    | |||| |||||||||||||||  |||||||| ||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25989943 acaaacataggaatctataattccaacctccatattcctgggaataactttttaaaccaggaaacaaacaccccctt 25989867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 194 - 565
Target Start/End: Original strand, 6469577 - 6469952
Alignment:
Q  194 taagggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacat 293  Q
    |||||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || |||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||  ||||||||| || ||    
T  6469577 taagggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaacctttcctgggaaataataatgggtatcttattcctgagtatttttagaaaat 6469676  T
Q  294 tacgtt-ggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttc 392  Q
    |  ||| ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| ||||     
T  6469677 tgtgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttctattttagtaccatttacatgggaatcttt- 6469775  T
Q  393 tat--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtcct--aaattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtg 488  Q
    |||  ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || ||||  ||||| ||||||| | |||||| |       |||| ||    
T  6469776 tattcccgcccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctagaaattctttattcccgggagtt-atttttttaactttg 6469874  T
Q  489 taataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccccct 565  Q
    ||| |||| |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6469875 taacaaacataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataattttttaaaccaggaaacaaacaccccct 6469952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 196 - 566
Target Start/End: Original strand, 15731457 - 15731830
Alignment:
Q  196 agggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacatta 295  Q
    |||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || ||| |||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || ||      
T  15731457 agggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaatctttcctgggaattaataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaatgg 15731556  T
Q  296 cg-ttggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttcta 394  Q
     | ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| ||    
T  15731557 tgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt-ta 15731655  T
Q  395 t--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgta 490  Q
    |  || |||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | ||| |||        |||| ||||    
T  15731656 ttcccgtccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccgggaatta--ttttttaactttgta 15731753  T
Q  491 ataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccccctt 566  Q
    | |||| |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15731754 acaaacataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataattttttaaaccaggaaacaaacaccccctt 15731830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 193 - 473
Target Start/End: Original strand, 42927355 - 42927639
Alignment:
Q  193 ataagggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaaca 292  Q
    ||||||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || |    
T  42927355 ataagggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaacctttcctgggaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaa 42927454  T
Q  293 ttacgtt-ggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaaccttt 391  Q
    ||  ||| ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| ||||    
T  42927455 ttgtgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt 42927554  T
Q  392 ctat--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagtta 473  Q
     |||  ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | |||||||    
T  42927555 -tattcccgcccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccgggagtta 42927639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 196 - 561
Target Start/End: Original strand, 23435251 - 23435620
Alignment:
Q  196 agggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacatta 295  Q
    |||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || ||| |||| ||  ||| ||||||| ||||||||||| ||  ||||||||| || ||      
T  23435251 agggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaatcttttctgggaattaataatgggcatcttatttctgagtatttttagaaaatgg 23435350  T
Q  296 cg-ttggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttcta 394  Q
     | ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| ||    
T  23435351 tgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt-ta 23435449  T
Q  395 t--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgta 490  Q
    |  || |||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | |||||| |       |||| ||||    
T  23435450 ttcccgtccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccgggagtt-atttttttaactttgta 23435548  T
Q  491 ataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacacc 561  Q
    | |||| |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23435549 acaaacataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataattttttaaaccaggaaacaaacacc 23435620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 194 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 50650533 - 50650160
Alignment:
Q  194 taagggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacat 293  Q
    |||||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || ||| ||||| |  ||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || |     
T  50650533 taagggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaatctttcttgggaattaataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaac 50650434  T
Q  294 tacgtt-ggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttc 392  Q
       ||| ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||| ||| ||||     
T  50650433 ggtgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgagaatcttt- 50650335  T
Q  393 tat--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtcct--aaattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtg 488  Q
    |||  || |||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || ||||  ||||| ||||||  | | |||| |       |||| ||    
T  50650334 tattcccgtccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaaaaattctttattaccggaagtt-atttttttaactttg 50650236  T
Q  489 taataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacacccc 563  Q
    ||| |||| |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  50650235 taacaaacataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataattttttaaaccaggaaacaaacacccc 50650160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 201 - 565
Target Start/End: Original strand, 36371012 - 36371380
Alignment:
Q  201 gcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacattacgtt- 299  Q
    |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || |||  |||     
T  36371012 gcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaacctttcctgggaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaattgtgttt 36371111  T
Q  300 ggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttctat--cc 397  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| |||  ||    
T  36371112 ggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt-tattccc 36371210  T
Q  398 atccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgtaataaa 495  Q
      ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | |||||| |       |||| ||||| |||    
T  36371211 gcccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccgggagtt-atttttttaactttgtaacaaa 36371309  T
Q  496 cttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccccct 565  Q
    | |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36371310 cataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataattttttaaaccaggaaacaaacaccccct 36371380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 251 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 10254984 - 10254666
Alignment:
Q  251 gaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacattacgtt-ggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatg 349  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || |||  ||| ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||    
T  10254984 gaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaattgtgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatg 10254885  T
Q  350 gatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttctat--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgt 447  Q
    | |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| |||  ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |    
T  10254884 ggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt-tattcccgcccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttattttttt 10254786  T
Q  448 ccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgtaataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaa 544  Q
    ||||  |||| ||||||| | |||||| |       |||| ||||| |||| |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| |||||||    
T  10254785 cctaggaattctttattcccgggagtt-atttttttaactttgtaacaaacataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataattttttaa 10254687  T
Q  545 accaggaaacaaacaccccct 565  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  10254686 accaggaaacaaacaccccct 10254666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 191 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 26936739 - 26936364
Alignment:
Q  191 tcataagggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaa 290  Q
    ||||| |||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||| || |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||    
T  26936739 tcatatgggtgcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcatgggattaacctttcctgggaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttagaa 26936640  T
Q  291 cattacgtt-ggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacct 389  Q
     |||  ||| ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| ||| |||||| |||||| ||| ||||| ||||||| ||    
T  26936639 aattgtgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagctatttccattttagtaccatttacatgggaatct 26936540  T
Q  390 ttctatccat--ccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaact 485  Q
    || ||| | |  ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | ||| || |       ||||    
T  26936539 tt-tattcctgcccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccggga-tttatttttttaact 26936442  T
Q  486 gtgtaataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccc 562  Q
     ||||| |||| |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26936441 ttgtaacaaacataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataattttttaaaccaggaaacaaacaccc 26936364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 196 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 30155746 - 30155372
Alignment:
Q  196 agggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacatta 295  Q
    |||| |||||| ||||  |||| |||||||||||  || || |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || ||      
T  30155746 agggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcatttctgggattaacctttcctgggaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaatgg 30155647  T
Q  296 cg-ttggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttcta 394  Q
     | ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| ||    
T  30155646 tgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt-ta 30155548  T
Q  395 t--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgta 490  Q
    |  ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | |||||| |       |||| ||||    
T  30155547 ttcccgcccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccgggagtt-atttttttaactttgta 30155449  T
Q  491 ataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccccctt 566  Q
    | |||| |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30155448 acaaacataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataattttttaaaccaggaaacaaacaccccctt 30155372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 201 - 471
Target Start/End: Original strand, 32793559 - 32793832
Alignment:
Q  201 gcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatt-tttaaaacattacgtt 299  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||   ||| ||| || |||||||||||| | |||||| |||||||  |    ||    
T  32793559 gcgtttgtttgaaggttgaaaatttcactcatgggaaaaacctttcctcgaaaacaatgatgggcatcttattcttgggtattctttaaaatttggattt 32793658  T
Q  300 ggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttctat--cc 397  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||    
T  32793659 ggtaaataattgtcagattcatgggaattatttgtgatagtggttatatgagcagttatttcaattttattactatttacatgggaaccttt-tattccc 32793757  T
Q  398 atccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagt 471  Q
    |||||| ||| |||  |||||||  |||||||| || ||||||||||| | |||  ||||||||||| | ||||||    
T  32793758 atccac-ttccttgaaaataaaagtatggataagtggaagttattattttgctaggaattttttattttaaggagt 32793832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 194 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 39151338 - 39150963
Alignment:
Q  194 taagggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacat 293  Q
    |||||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || ||    
T  39151338 taagggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaacctttcctgggaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaat 39151239  T
Q  294 tacgtt-ggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttc 392  Q
    |  ||| ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| ||||     
T  39151238 tgtgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt- 39151140  T
Q  393 tat--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtg 488  Q
    |||  ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | |||||| |       |||| ||    
T  39151139 tattcccgcccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccgggagtt-atttttttaactttg 39151041  T
Q  489 taataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccccct 565  Q
    ||| |||| |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39151040 taacaaacataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataattttttaaacaaggaaacaaacaccccct 39150963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 196 - 564
Target Start/End: Original strand, 2552559 - 2552931
Alignment:
Q  196 agggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacatta 295  Q
    |||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || ||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || ||      
T  2552559 agggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaatctttcctgggaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaatgg 2552658  T
Q  296 cg-ttggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttcta 394  Q
     | ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| ||    
T  2552659 tgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt-ta 2552757  T
Q  395 t--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgta 490  Q
    |  || |||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | |||||| |       |||| ||||    
T  2552758 ttcccgtccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccgggagtt-atttttttaactttgta 2552856  T
Q  491 ataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccccc 564  Q
    | |||| |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2552857 acaaacataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataattttttaaaccaggaaacaaacaccccc 2552931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 196 - 562
Target Start/End: Original strand, 4087555 - 4087925
Alignment:
Q  196 agggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacatta 295  Q
    |||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || ||| |||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || ||      
T  4087555 agggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaatctttcctgggaattaataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaatgg 4087654  T
Q  296 cg-ttggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttcta 394  Q
     | ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| ||    
T  4087655 tgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt-ta 4087753  T
Q  395 t--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgta 490  Q
    |  || |||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | |||||| |       |||| ||||    
T  4087754 ttcccgtccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccgggagtt-atttttttaactttgta 4087852  T
Q  491 ataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccc 562  Q
    | |||| |||||||||||||||  |||||||| ||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4087853 acaaacataggaatctataattccaacctccatattcctgggaataattttttaaaccaggaaacaaacaccc 4087925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 193 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 8240343 - 8240059
Alignment:
Q  193 ataagggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaaca 292  Q
    ||||||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || |    
T  8240343 ataagggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaacctttcctgggaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaa 8240244  T
Q  293 ttacgtt-ggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaaccttt 391  Q
    ||  ||| ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| ||||    
T  8240243 ttgtgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtggatatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt 8240144  T
Q  392 ctat--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagtta 473  Q
     |||  ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | |||||||    
T  8240143 -tattcccgcccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccgggagtta 8240059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 194 - 565
Target Start/End: Original strand, 39258708 - 39259083
Alignment:
Q  194 taagggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacat 293  Q
    |||||| |||||| ||||  |||| |||||||||||  || || ||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || ||    
T  39258708 taagggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcatttctgggattaatctttcctgggaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaat 39258807  T
Q  294 tacg-ttggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttc 392  Q
       | ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| ||||     
T  39258808 ggtgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatttgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt- 39258906  T
Q  393 tat--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtg 488  Q
    |||  || |||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | |||||| |       |||| ||    
T  39258907 tattcccgtccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccgggagtt-atttttttaactttg 39259005  T
Q  489 taataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccccct 565  Q
    ||| |||| |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39259006 taacaaacataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataattttttaaaccaggaaacaaacaccccct 39259083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 214 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 46107331 - 46106975
Alignment:
Q  214 ggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacattacgtt-ggtaaataattgt 312  Q
    |||| |||||||||||| || || |||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||  ||||||||| || |||  ||| |||||||||||||    
T  46107331 ggtttaaaatttcattcctgggattaacctttcctgggaaataataatgggtatcttattcctgagtatttttagaaaattgtgtttggtaaataattgt 46107232  T
Q  313 gagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttctat--ccatccactttcttt 410  Q
     |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||| ||| |||| |||  ||  |||||||||||    
T  46107231 cagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgagaatcttt-tattcccgcccactttcttt 46107133  T
Q  411 gggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgtaataaacttaggaatctat 508  Q
    |||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | |||||| |       |||| ||||| |||| |||||||||||    
T  46107132 gggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccgggagtt-atttttttaactttgtaacaaacataggaatctat 46107034  T
Q  509 aattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccccctt 566  Q
    ||||  ||||||||  |||||   ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  46107033 aattccaacctccatgttcctgggaataattttttaaaccaggaaacaaacacctcctt 46106975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 251 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 9737326 - 9737205
Alignment:
Q  251 gaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacattacg-ttggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtgg--atata 347  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | || | || |||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||  |||||    
T  9737326 gaaataataataggcatcttattcctgggtatttttaaaaaaatatgttttgtaaataattgtcagatttatgggcattatttgtgatagtgggtatata 9737227  T
Q  348 tggatagttatttcaattttat 369  Q
    ||| ||||||||||||||||||    
T  9737226 tgggtagttatttcaattttat 9737205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 397 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 9737204 - 9737156
Alignment:
Q  397 catccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattatt 445  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9737204 catccactttatttgagaataaaatcatggataagtgaaagttattatt 9737156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 196 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 732494 - 732120
Alignment:
Q  196 agggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacatta 295  Q
    |||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || ||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || ||      
T  732494 agggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaatctttcctgggaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaatgg 732395  T
Q  296 cg-ttggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttcta 394  Q
     | ||||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| ||    
T  732394 tgtttggtaaataattgtcagattcatgagaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacatgggaatcttt-ta 732296  T
Q  395 t--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgta 490  Q
    |  || |||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | ||| || |       |||| ||||    
T  732295 ttcccgtccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccgggaatt-atttttttaactttgta 732197  T
Q  491 ataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacaccccctt 566  Q
    | |||| |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  732196 acaaacataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataattttttaaaccaggaaacaaacaccccctt 732120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 196 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 8436601 - 8436230
Alignment:
Q  196 agggtgcgtttatttggtggttgaaaatttcattcatgtgaataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacatta 295  Q
    |||| |||||| ||||  |||| |||||||||||| || || |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || ||      
T  8436601 agggggcgtttgtttgacggtttaaaatttcattcctgggattaacctttcctgggaaataataatgggcatcttattcctgagtatttttagaaaatgg 8436502  T
Q  296 cg-ttggtaaataattgtgagattcatggaaattatttgtgatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaacctttcta 394  Q
     | ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| || |||| |||| ||    
T  8436501 tgtttggtaaataattgtcagattcatgggaattgtttgtgatagtgggtatatgggtagttatttccattttagtaccatttacataggaatcttt-ta 8436403  T
Q  395 t--ccatccactttctttgggaataaaatcatggataaatgaaagttattattgtccta--aattttttattctcaggagttaannnnnnnaactgtgta 490  Q
    |  ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || |||||  |||| ||||||| | |||||| |       |||| ||||    
T  8436402 ttcccgcccactttctttgggaataaaatcatgggtaagtggaagttatttttttcctaggaattctttattcccgggagtt-atttttttaactttgta 8436304  T
Q  491 ataaacttaggaatctataattgtaacctccacattccttaaaataa-tttttaaaccaggaaacaaacacccc 563  Q
    | |||| |||||||||||||||  ||||||||  |||||   ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  8436303 acaaacataggaatctataattccaacctccatgttcctgggaataattttttaaacgaggaaacaaacacccc 8436230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 2)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 236 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 39809 - 39653
Alignment:
Q  236 aataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacattacgttgg-taaataattgtgagattcatggaaattatttgt 334  Q
    ||||| |||||||  | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||  || || |  ||   | ||||||||| || ||||||| ||||||||||    
T  39809 aataatctttcctggggaataataatgggcatcttattcctcggtatttttttaaaatcatatttcattaataattgtcaggttcatggtaattatttgt 39710  T
Q  335 gatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaaccttt 391  Q
    |||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39709 gatagtggctatatgagtagttgtttcaattttattactatttacatgggaaccttt 39653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 236 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 47005 - 46849
Alignment:
Q  236 aataacctttcctttgaaataataataggcatcttattcctaggtatttttaaaacattacgttgg-taaataattgtgagattcatggaaattatttgt 334  Q
    ||||| |||||||  | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||  || || |  ||   | ||||||||| || ||||||| ||||||||||    
T  47005 aataatctttcctggggaataataatgggcatcttattcctcggtatttttttaaaatcatatttcattaataattgtcaggttcatggtaattatttgt 46906  T
Q  335 gatagtggatatatggatagttatttcaattttattactatttatatgggaaccttt 391  Q
    |||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  46905 gatagtgggtatatgagtagttgtttcaattttattactatttacatgggaaccttt 46849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University