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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18108_high_2 (Length: 934)
Name: NF18108_high_2
Description: NF18108
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18108_high_2 |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 549; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 549; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 352 - 920
Target Start/End: Complemental strand, 46047699 - 46047131
Alignment:
| Q |
352 |
gttgaccatgacctgttatatcaatctattatggtggtagaatatagaaaataccctgaaagaacaggtttatgcgttgtaacaatgaactgtatttgct |
451 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
46047699 |
gttgaccatgacctgttatatcaatctattatggtggtagaatatagaaaataccctgaaagaacaggtttatgcgttgtaacaatgaactgtatttgct |
46047600 |
T |
|
| Q |
452 |
cttatgcttgaaatccaacactaatgttactttttctgaatttgattgctaatttttagttgtcaacaatatcatcaccacttttaaatttattgagatt |
551 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46047599 |
cttatgcttgaaatccaacactaatgttactttttctgaatttgattgctaagttttagttgtcaacaatatcatcaccacttttaaatttattgagatt |
46047500 |
T |
|
| Q |
552 |
ttagttggcttgcacatttatactcctttgttgatatgtagttgatgagtaatttgctttgagaagagtctatgcaaatattttcgctttgtgagaaatc |
651 |
Q |
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||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
46047499 |
ttagttggcttgcacatttttattcctttgttgatatgtagttgatgagtaatttgctttgagaagagtctatgcaaatattttcgctttgtgagaaatc |
46047400 |
T |
|
| Q |
652 |
gataccacacaagtaaatggatgcggccttttcctatcttccgtggtggttttcgagtagaaaacatcaaaagccaaaaacctcaaatgggtgttcaaca |
751 |
Q |
| |
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||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
46047399 |
gatacgacacaagtaaatggatgcggccttttcctatcttccgtggtggttgtcgagtagaaaacatcaaaagccaaaaacctcaaatgggtgttcaaca |
46047300 |
T |
|
| Q |
752 |
aattcttcacctgattctgttacgagggaatcatcaaatgttttgagatttccttttgttaatgaggaaattgtgccttccacttcaagaaaggtgaagg |
851 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
46047299 |
aattcttcacctgattctgttacgagggaatcatcaaatgttttgagatttccttttgttaatgaggaaattgtgccttccacttcaagaaaggtgaagg |
46047200 |
T |
|
| Q |
852 |
acgaacgacatagtagggaagaggcgaaaattgataaggaatgtgattttgttatcgttccgtttgatg |
920 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
46047199 |
acgaacgacatagtagggaagaggcgaaaattgataaggaatgtgattttgttatcgttccgtttgatg |
46047131 |
T |
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Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 18 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 46048032 - 46047758
Alignment:
| Q |
18 |
aatcaaactaagcatatgatcaattccatgattgttttattactaatattgtcataaaattcatattattgtatgcgtattttataagtattagatattt |
117 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
46048032 |
aatcaaactaagcatatgatcaattccatgattgttttattactaatattgtcataaaattcatattattgtatgcgtattttataagtattagatattt |
46047933 |
T |
|
| Q |
118 |
attgtaacnnnnnnnnnngtattagatattattagccgtattaaaaaagaaagatattattagctatttcaaggtttgcattttatttttatttctgtct |
217 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46047932 |
attgtaacaaaaaaaaa-gtattagatattattagccgtattaaaaaagaaagatattattagctatttcaaggtttgcattttatttttatttctgtct |
46047834 |
T |
|
| Q |
218 |
ttgaatttgtcattacgtggatattctaccatgttgaatttgattccgtttgattcaggtttctatgaaaattact |
293 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46047833 |
ttgaatttgtcattacgtggatattctaccatgttgaatttgattccgtttgattcaggtttctatgaaaattact |
46047758 |
T |
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