View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18111_low_2 (Length: 872)

Name: NF18111_low_2
Description: NF18111
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18111_low_2
NF18111_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (11-857)||(4386666-4387508)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 735; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 735; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 857
Target Start/End: Original strand, 4386666 - 4387508
Alignment:
Q  11 cataggtcaggtaatgtaactttatatcaaacctcaacaacacttcactttctaccaatctctagttaggactttacatcttataacatgctttacactt 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4386666 cataggtcaggtaatgtaactttatatcaaacctcaacaacacttcactttccaccactctctagttaggactttacatcttataacatgatttacactt 4386765  T
Q  111 ggtagtaatctaaacttgaccaatttaagtttggtttaggccacataagtatgattatgtttggctggtgataaggatgaagaaaagctaagaatatatc 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4386766 ggtagtaatctaaacttgaccaatttaagtttggttaaggccacataagtatgattatgtttgg----tgataaggatgaagaaaagctaagaatatatc 4386861  T
Q  211 acatggaaatggtgatatgccaagtggatcaaatttaaaacaaagatataaaaataattcaccaatatatatataattaagtttgctaagacatatagct 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4386862 acatggaaatggtgatatgccaagtggatcaaatttaaaacaaagatataaaaataattcaccaatatatatataattaactttgctaagacatatagct 4386961  T
Q  311 gtgattcagtagagagcatcannnnnnnnn-gggtatggtttggcttatatattcgtctttttaaaaggaaactcacatgtgtgtgcagccaagaatcat 409  Q
    |||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4386962 gtgattcagtagagagcatcattttttttttgggtatggtttggcttatatattcgtctttttaaaaggaaactcacatgtgtgtgcagccaagaatcat 4387061  T
Q  410 ggggacatggttatgtgtatcacggtacgtttctctataattgtgactaattggtaccttatattatggctgtgattcatgccattccgatgccattggt 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4387062 ggggacatggttatgtgtatcacggtacgtttctctataattgtgactaattggtaccttatattatggctgtgattcatgccattccgatgccattggt 4387161  T
Q  510 atttggttaaaacaattccaatgaaaggtttcaactattgctnnnnnnngggctaggaaaaacgcaaatataatcacctttacatgccatgtgcgtgcca 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4387162 atttggttaaaacaattccaatgaaaggtttcaactattgctaaaaaaagggctaggaaaaacgcaaatataatcacctttacatgccatgtgcgtgcca 4387261  T
Q  610 aaaggccacatggtttagcttatcattcttctgatgatatgtgctgtgatggcaaaatttgattttgattaaattgaattcaaagtgaaatgagttgtgt 709  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4387262 aaaggccacatggtttagcttatcattcttctgatgatatgtgctgtggtggcaaaatttgattttgattaaattgaattcaaagtgaaatgagttgtgt 4387361  T
Q  710 ttgaatatattcacttaaaagtgaattaaaggtatatttgagtataaagataacatttgataataaaatttaattgtagttttaaattaaaatcatttct 809  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  4387362 ttgaatatattcacttaaaag-gaattaaaggtatatttgagtataaagataacatttgataataaaatttaactgtagttttaaattaaaatcatttat 4387460  T
Q  810 aaagacaaagtcacttactaaagatattcaattttaagtgttcagaat 857  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4387461 aaagacaaagtcacttactaaagatattcaattttaagtgttcagaat 4387508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University