View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18121_low_1 (Length: 1004)

Name: NF18121_low_1
Description: NF18121
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18121_low_1
NF18121_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (10-987)||(7904897-7905862)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 808; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 808; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 987
Target Start/End: Original strand, 7904897 - 7905862
Alignment:
Q  10 acatcatcaaagggaggtccatcatcaatgtggagacgacaagcataatcaagaggagtactaaccggtttacaagtggttaggcctgcatctgaaagta 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7904897 acatcatcaaagggaggtccatcatcaatgtgaagaagacaagcataatcaagaggagtactaaccgatttacaagtggttaggcctgcatctgaaagta 7904996  T
Q  110 agtcgaggcaatatttgcgttgacagagggatatacctttaaaccttttgaggaatgagcaacctccaagccaagaaagaacttgagctggccaaggtct 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  7904997 agtcgaggcaatatttgcgttgacagagggatatacct--------tttgaggaatgagcaacctccaagccaagaaagaacttgagctagcctaggtct 7905088  T
Q  210 ttgatacgaaaatgatgatcaagcaattgcttaatctcagcaaaagcagcaaggcagtcaccagccaatataatgtcattcacgtatattaataaagctg 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905089 ttgatacgaaaatgatgatcaagcaattgcttaatctcagcaaaagcagcaaggcagtcaccagccaatataatgtcattcacgtatattaataaagctg 7905188  T
Q  310 tgaaagaagttggagaagcacgaattaaaaaggagtgatcagctgaagcttgcacaaaaccaatggtcaggaggagtgaaataagcttttcaaaccaacg 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905189 tgaaagaagttggagaagcacgaattaaaaaggagtgatcagctgaagcttgcacaaaaccaatggtcaggaggagtgaaataagcttttcaaaccaacg 7905288  T
Q  410 ccggctggcatgtttgaggccgtataaggacttgagcagcttacaaacctgcccaggcctaggaggagaaacaccttgaggagggtgcatgtagacatcc 509  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905289 ccggctggcttgtttgaggccgtataaggacttgagcagcttacaaacctgcccaggcctaggaggagaaacaccttgaggagggtgcatgtagacatcc 7905388  T
Q  510 tcttgaagatcaccgtgcaagaaggcgttgttaacgtctaattggtggagatgccatcgttttatagaagcaacaacaagcaacaatcaaacagttgaca 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  7905389 tcttgaagatcaccgtgcaagaaggtgttgttagcgtctaattggtggagatgccatcgtttaatagaagtaacagcaagcaacaatcaaacaattgaca 7905488  T
Q  610 gtttttccaccagagagagtgcnnnnnnnnnnntccacgccttcgatttgattgtaacccttggctacaagacgtgctctatagcgctcaatagaaccat 709  Q
    ||||| |||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||    
T  7905489 gttttgccaccagagagagtg-taaaaaaaaaatccacgccttcgatttgattgtaacccttggctacaagacatgcattatagcgctcaatagaaccat 7905587  T
Q  710 tggcatgccgtttaatcttgaagacccatttgcttccaatgggagaaatattggggggaggatctacaaatatccatgttccagttgcttccaaagcact 809  Q
    |||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905588 tggcataccgtttaatc-tgaagatccatttgcttccaatgggagaaatattggggggaggatctacaaatatccatgttccagttgcttccaaagcact 7905686  T
Q  810 aaagctcaggagacatagcaagttgccaacgtggatcactttgggcctgtttaaaagaagaaggttcaatgtctgatgagatggcaagagtgaagctaca 909  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905687 -aagctcaggggacatagcaagttgccaacgtggatcactttgggcctgtttaaaagaagaaggttcaatgtctgatgagatggcaagagtgaagctaca 7905785  T
Q  910 atatgagggagataacgggtgataagacaaggaagcggagatgggaaagagctgagcaaacaaagtcttgaagatgag 987  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7905786 atatgagggagataacgggtgataagacaaggaagcggagatggg-aagagctgagcaaacaaagtcttgaagatgag 7905862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University