View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18121_low_22 (Length: 247)

Name: NF18121_low_22
Description: NF18121
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18121_low_22
NF18121_low_22
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (13-235)||(11851495-11851717)
chr4 (13-236)||(11849976-11850199)
chr4 (13-235)||(11854209-11854431)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (13-235)||(29071455-29071677)
chr7 (13-235)||(3617534-3617756)
chr7 (13-235)||(29058227-29058449)
chr7 (15-232)||(3618897-3619114)
chr7 (64-236)||(29073020-29073192)
chr7 (13-236)||(29101932-29102155)
chr7 (16-235)||(28956700-28956919)
chr7 (13-236)||(29116077-29116300)
chr7 (13-235)||(29068993-29069215)
chr7 (13-216)||(29110958-29111161)
chr7 (18-216)||(29078207-29078405)
chr7 (13-216)||(29098208-29098411)
chr7 (33-154)||(29066661-29066782)
chr7 (115-155)||(28982100-28982140)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 13 - 235
Target Start/End: Original strand, 11851495 - 11851717
Alignment:
Q  13 catcagtgtctactcatactaaggcatacctcacacttaacagtttccagaaaggtggagatggaggcggaccttcagcgtgtgataatcaatatcattc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11851495 catcagtgtctactcatactaaggcatacctcacacttaacagtttccagaaaggtggagatggaggcggaccttcagcgtgtgataatcaatatcattc 11851594  T
Q  113 tgatgacactccagttgttgcactttccaccggatggttcaacgacaagagcagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaagaagtgtggtg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11851595 tgatgacactccagttgttgcactttccaccggatggttcaacgacaagagcagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaagaagtgtggtg 11851694  T
Q  213 gccacagtggttgatgagtgtga 235  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  11851695 gccactgtggttgatgagtgtga 11851717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 13 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 11850199 - 11849976
Alignment:
Q  13 catcagtgtctactcatactaaggcatacctcacacttaacagtttccagaaaggtggagatggaggcggaccttcagcgtgtgataatcaatatcattc 112  Q
    ||||||| |||||||| ||||| || |  ||||| || || ||||| ||  |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11850199 catcagtatctactcacactaaagcgtttctcacgctcaatagttttcaagaaggtggagatggaggtggtccttcagcgtgtgataatcaatatcattc 11850100  T
Q  113 tgatgacactccagttgttgcactttccaccggatggttcaacgacaagagcagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaagaagtgtggtg 212  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||  || ||||| || |||||||||||||||    
T  11850099 tgatgacaccccagttgttgcactttctactggatggttcaacaacaagagtagatgtctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtg 11850000  T
Q  213 gccacagtggttgatgagtgtgat 236  Q
    |||| ||| |||||||||||||||    
T  11849999 gccaaagttgttgatgagtgtgat 11849976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 13 - 235
Target Start/End: Original strand, 11854209 - 11854431
Alignment:
Q  13 catcagtgtctactcatactaaggcatacctcacacttaacagtttccagaaaggtggagatggaggcggaccttcagcgtgtgataatcaatatcattc 112  Q
    |||||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||| |||||  | || |||||||||||||| || |||||||  ||||| || || ||||||||    
T  11854209 catcagtgtctactcacacaaaagcatatctcactcttaatagttttgaaaagggtggagatggaggtggtccttcagaatgtgacaagcagtatcattc 11854308  T
Q  113 tgatgacactccagttgttgcactttccaccggatggttcaacgacaagagcagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaagaagtgtggtg 212  Q
     ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  11854309 cgatgacactcccgttgttgcactctcaaccggatggttcaaccacaagagcaggtgcctcaacaacattaccataagtgcgaatggaaaaagtgtggtg 11854408  T
Q  213 gccacagtggttgatgagtgtga 235  Q
    ||||  || ||||||||||||||    
T  11854409 gccatggttgttgatgagtgtga 11854431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 13 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 29071677 - 29071455
Alignment:
Q  13 catcagtgtctactcatactaaggcatacctcacacttaacagtttccagaaaggtggagatggaggcggaccttcagcgtgtgataatcaatatcattc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29071677 catcagtgtctactcatactaaggcatacctcacacttaacagtttccagaaaggtggagatggaggcggaccttcagcgtgtgataatcaatatcattc 29071578  T
Q  113 tgatgacactccagttgttgcactttccaccggatggttcaacgacaagagcagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaagaagtgtggtg 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  29071577 tgatgacactccagttgttgcactttccaccggatggttcaacgacaagagcagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaagaagtgtagtg 29071478  T
Q  213 gccacagtggttgatgagtgtga 235  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  29071477 gccactgtggttgatgagtgtga 29071455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 13 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 3617756 - 3617534
Alignment:
Q  13 catcagtgtctactcatactaaggcatacctcacacttaacagtttccagaaaggtggagatggaggcggaccttcagcgtgtgataatcaatatcattc 112  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  3617756 catcagtatctactcatactaaggcatacctcacacttaatagttttcagaaaggtggagatggaggtggcccttcagcatgtgataatcagtatcattc 3617657  T
Q  113 tgatgacactccagttgttgcactttccaccggatggttcaacgacaagagcagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaagaagtgtggtg 212  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  3617656 tgatgatacaccagtcgttgcactttccacaggatggttcaacgacaagagcagatgtctgaacaagattaccataagtgccaatggaaaaagtgtagtg 3617557  T
Q  213 gccacagtggttgatgagtgtga 235  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  3617556 gccacggtggttgatgagtgtga 3617534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 13 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 29058449 - 29058227
Alignment:
Q  13 catcagtgtctactcatactaaggcatacctcacacttaacagtttccagaaaggtggagatggaggcggaccttcagcgtgtgataatcaatatcattc 112  Q
    |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  29058449 catcggtgtctgctcatactaaagcatacctcacacttaacagttttcaaaaaggtggagatggaggtggcccttcagcatgtgataatcagtatcattc 29058350  T
Q  113 tgatgacactccagttgttgcactttccaccggatggttcaacgacaagagcagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaagaagtgtggtg 212  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  29058349 tgatgacactccagtcgttgcactttccacaggatggttcaacgataagagcagatgtctcaacaaaattaccataagtgccaatggaaaaagtgtagtg 29058250  T
Q  213 gccacagtggttgatgagtgtga 235  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  29058249 gccacggtggttgatgagtgtga 29058227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 15 - 232
Target Start/End: Original strand, 3618897 - 3619114
Alignment:
Q  15 tcagtgtctactcatactaaggcatacctcacacttaacagtttccagaaaggtggagatggaggcggaccttcagcgtgtgataatcaatatcattctg 114  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||    
T  3618897 tcagcgtctactcacactaaagcatatctcacgctcaacagttttcaaaaaggtggagatggaggcggcccttcggcatgtgataaccaataccattctg 3618996  T
Q  115 atgacactccagttgttgcactttccaccggatggttcaacgacaagagcagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaagaagtgtggtggc 214  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| ||    
T  3618997 atgacactcctgttgttgcactttccactggatggttcaacaacaaaagtagatgtctgaacaaaattaccatcagcgcgaatggaagaagtgtggttgc 3619096  T
Q  215 cacagtggttgatgagtg 232  Q
    ||| || |||||||||||    
T  3619097 cacggttgttgatgagtg 3619114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 64 - 236
Target Start/End: Original strand, 29073020 - 29073192
Alignment:
Q  64 aaggtggagatggaggcggaccttcagcgtgtgataatcaatatcattctgatgacactccagttgttgcactttccaccggatggttcaacgacaagag 163  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||| |||||||    
T  29073020 aaggtggagatggaggtggtccttcagcgtgtgataatcaatatcattctgatgacactccagttgttgcactttctagtggatggttcaacaacaagag 29073119  T
Q  164 cagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaagaagtgtggtggccacagtggttgatgagtgtgat 236  Q
     |||||||||||||| ||||  || ||||| || ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  29073120 tagatgtctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgat 29073192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 13 - 236
Target Start/End: Original strand, 29101932 - 29102155
Alignment:
Q  13 catcagtgtctactcatactaaggcatacctcacacttaacagtttccagaaaggtggagatggaggcggaccttcagcgtgtgataatcaatatcattc 112  Q
    ||||||| |||||||| ||||| || || ||||| || || ||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29101932 catcagtatctactcacactaaagcgtatctcacgctcaatagttttcaagaaggtggagatggaggtggaccttcagcgtgtgataatcaatatcattc 29102031  T
Q  113 tgatgacactccagttgttgcactttccaccggatggttcaacgacaagagcagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaagaagtgtggtg 212  Q
     |||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||  || ||||| || |||||||| ||||||    
T  29102032 cgatgacaccccggttgttgcactttctactggatggttcaacaacaagagtagatgtctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagcgtggtg 29102131  T
Q  213 gccacagtggttgatgagtgtgat 236  Q
    |||| ||| |||||||||||||||    
T  29102132 gccaaagttgttgatgagtgtgat 29102155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 16 - 235
Target Start/End: Original strand, 28956700 - 28956919
Alignment:
Q  16 cagtgtctactcatactaaggcatacctcacacttaacagtttccagaaaggtggagatggaggcggaccttcagcgtgtgataatcaatatcattctga 115  Q
    ||||||||||| | || |||||||| ||||| ||||| ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  28956700 cagtgtctacttacaccaaggcatatctcactcttaatagttttcaaaatggtggtgatggaggtggcccttcagaatgtgataatcaataccattctga 28956799  T
Q  116 tgacactccagttgttgcactttccaccggatggttcaacgacaagagcagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaagaagtgtggtggcc 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| || ||||| || ||||| ||||| | |||||||||||||    
T  28956800 tgacactccagttgttgcactttccaccggatggttcaaccacgagagcaggtgtctcaaaaacattacaattagtgcgaatgggaaaagtgtggtggcc 28956899  T
Q  216 acagtggttgatgagtgtga 235  Q
    |  || ||||||||||||||    
T  28956900 atggttgttgatgagtgtga 28956919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 13 - 236
Target Start/End: Original strand, 29116077 - 29116300
Alignment:
Q  13 catcagtgtctactcatactaaggcatacctcacacttaacagtttccagaaaggtggagatggaggcggaccttcagcgtgtgataatcaatatcattc 112  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| || || |||||  |  |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29116077 catcagtatctactcacactaaagcatatctcacgctcaatagttttgaagaaggtggagatggaggtggtccttcagcgtgtgataatcaatatcattc 29116176  T
Q  113 tgatgacactccagttgttgcactttccaccggatggttcaacgacaagagcagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaagaagtgtggtg 212  Q
     || ||||| || |||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||  || ||||| || |||||||||||||||    
T  29116177 cgacgacaccccggttgttgcactttctactggatggttcaacaacaagagtagatgtctcaacaaaattaagattagtgcgaacggaagaagtgtggtg 29116276  T
Q  213 gccacagtggttgatgagtgtgat 236  Q
    |||| ||| |||||||||||||||    
T  29116277 gccaaagttgttgatgagtgtgat 29116300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 13 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 29069215 - 29068993
Alignment:
Q  13 catcagtgtctactcatactaaggcatacctcacacttaacagtttccagaaaggtggagatggaggcggaccttcagcgtgtgataatcaatatcattc 112  Q
    |||||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||| |||||  | || |||||||||||||| || |||||||  ||||| || || ||||||||    
T  29069215 catcagtgtctactcacacaaaagcatatctcactcttaatagttttgaaaagggtggagatggaggtggtccttcagaatgtgacaagcagtatcattc 29069116  T
Q  113 tgatgacactccagttgttgcactttccaccggatggttcaacgacaagagcagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaagaagtgtggtg 212  Q
     ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  29069115 cgatgacactcccgttgttgcactctcaaccggatggttcaaccgcaagagcaggtgcctcaacaacattaccataagtgcgaatggaaaaagtgtggtg 29069016  T
Q  213 gccacagtggttgatgagtgtga 235  Q
    ||||  || ||||||||||||||    
T  29069015 gccatggttgttgatgagtgtga 29068993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 29111161 - 29110958
Alignment:
Q  13 catcagtgtctactcatactaaggcatacctcacacttaacagtttccagaaaggtggagatggaggcggaccttcagcgtgtgataatcaatatcattc 112  Q
    |||||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||| || || |||||||||||||| || |||||||  ||||| || || ||||||||    
T  29111161 catcagtgtccactcacaccaaagcatatctcactcttaatagttttcaaaagggtggagatggaggtggtccttcagaatgtgacaagcagtatcattc 29111062  T
Q  113 tgatgacactccagttgttgcactttccaccggatggttcaacgacaagagcagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaagaagtgtggtg 212  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||| ||| |||    
T  29111061 tgatgacactcctgttgttgcactttccaccggatggttcaaccataaaagcaggtgtctaaacaacattacaatcagtgctaatggaagaaatgtcgtg 29110962  T
Q  213 gcca 216  Q
    ||||    
T  29110961 gcca 29110958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 29078405 - 29078207
Alignment:
Q  18 gtgtctactcatactaaggcatacctcacacttaacagtttccagaaaggtggagatggaggcggaccttcagcgtgtgataatcaatatcattctgatg 117  Q
    ||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||| |||||  | || ||||||||||||||||| |||||||  ||||| || ||||||||||| ||||    
T  29078405 gtgtccactcacaccaaagcatatctcactcttaatagttttgaaaagggtggagatggaggcggtccttcagaatgtgacaagcaatatcattcagatg 29078306  T
Q  118 acactccagttgttgcactttccaccggatggttcaacgacaagagcagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaagaagtgtggtggcca 216  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||| ||| |||||||    
T  29078305 acactcctgttgttgcactttccaccggatggttcaaccataaaagcaggtgtctaaacaacattacaatcagtgctaatggaagaaatgtcgtggcca 29078207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 13 - 216
Target Start/End: Original strand, 29098208 - 29098411
Alignment:
Q  13 catcagtgtctactcatactaaggcatacctcacacttaacagtttccagaaaggtggagatggaggcggaccttcagcgtgtgataatcaatatcattc 112  Q
    |||||||||||||| | ||||| ||||| |||| |||||| ||||| || |||||||| ||||| || || |||||    ||||||||||||||||||||    
T  29098208 catcagtgtctacttacactaaagcatatctcatacttaatagttttcaaaaaggtggtgatggtggtggtccttcgtattgtgataatcaatatcattc 29098307  T
Q  113 tgatgacactccagttgttgcactttccaccggatggttcaacgacaagagcagatgtctcaacaagattaccataagtgccaatggaagaagtgtggtg 212  Q
    ||| || ||| |||||||||||||||||| | |||||||| |  ||||||| ||||||||  |||| |||||  | | ||| ||||||||||||||||||    
T  29098308 tgacgatacttcagttgttgcactttccatctgatggttcgataacaagagtagatgtcttcacaacattacagtgaatgcaaatggaagaagtgtggtg 29098407  T
Q  213 gcca 216  Q
    ||||    
T  29098408 gcca 29098411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 33 - 154
Target Start/End: Original strand, 29066661 - 29066782
Alignment:
Q  33 aaggcatacctcacacttaacagtttccagaaaggtggagatggaggcggaccttcagcgtgtgataatcaatatcattctgatgacactccagttgttg 132  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||   ||| |||||| | ||||| ||  | ||| |||| ||||| || || || || |    
T  29066661 aaggcatatctcactcttaacagtttcgaaaaaggtggagatggtaacggcccttcaacttgtgacaacaagtattattccgatgatacgcctgtggtgg 29066760  T
Q  133 cactttccaccggatggttcaa 154  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  29066761 cactttccactggatggttcaa 29066782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 155
Target Start/End: Original strand, 28982100 - 28982140
Alignment:
Q  115 atgacactccagttgttgcactttccaccggatggttcaac 155  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  28982100 atgacactccagtagttgcactttcaaccggatggttcaac 28982140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University