View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18121_low_6 (Length: 468)

Name: NF18121_low_6
Description: NF18121
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18121_low_6
NF18121_low_6
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (13-468)||(44464975-44465430)
chr3 (121-452)||(39355364-39355694)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 44465430 - 44464975
Alignment:
Q  13 tcaggtggacaattggtatgcttctgtttgtaataatttatgaattcatgtagtttaaagtgttaatcgagagacggttatcacaatggtcaggatgtcg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44465430 tcaggtggacaattggtatgcttctgtttctaataatttatgacttcatgtattttaaagtgttaatcaagagacggttatcacaatggtcaggatgtcg 44465331  T
Q  113 tattctatgacaagtcctctgacaggagaaccnnnnnnntttgtttagagtagcaaggcattttataattaatcacaatttttcaaataaaaacgcgcac 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44465330 tattctatgacaagtcctctgacaggagaaccaaaaaaatttgtttagagtagcaaggcattttataattaatcacaatttttcaaataaaaacgcgcac 44465231  T
Q  213 ccttacacttagaaactttcttcatattaatttaggagtcacatttgcttaggagtgtggtcagtttaattagtgggccaggtgcaatacctagatgaat 312  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44465230 ccatacacttagaaactttcttcatattaatttaggagtcacatttgcttaggagtgtggtcagtttaattagtgggccaggtgcaatacctagatgaat 44465131  T
Q  313 ttgattagtttcttgcctttgattttgcaaagtatacaatttcctgcgctgcagtactataaatgaaacttatgctttcaactcagggtcatggaagtga 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44465130 ttgattagtttcttgcctttgattttgcaaagtatacaatttcctgcgctgcagtactataaatgaaacttatgctttcaactcagggtcatggaagtga 44465031  T
Q  413 tgtgaattatataaacccttcaagagtttgctttgcagaagacgtgaaagcattgc 468  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44465030 tgtggattacataaacccttcaagagtttgctttgcagaagacgtgaaagcattgc 44464975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 121 - 452
Target Start/End: Original strand, 39355364 - 39355694
Alignment:
Q  121 gacaagtcctctgacaggagaaccnnnnnnntttgtttagagtagcaaggcattttataattaatcacaatttttcaaataaaaacgcgcacccttacac 220  Q
    |||||||| |||||||||||||||       ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||  |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39355364 gacaagtcttctgacaggagaaccaaacaa-tttatttagagtagtaaggcattttagaattaatgacgttttttcaaataaaaacgcccacccttacac 39355462  T
Q  221 ttagaaactttcttcatattaatttaggagtcacatttgcttaggagtgtggtcagtttaattagtgggccaggtgcaatacctagatgaatttgattag 320  Q
    || ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||    
T  39355463 ttggaaactttcttctcattaatttaggagtcacaattgcttaggagtgtggtcagtttgattagtgggccaggttcattacctaaatgaatttgattag 39355562  T
Q  321 tttcttgcctttgattttgcaaagtatacaatttcctgcgctgcagtactataaatgaaacttatgctttcaactcagggtcatggaagtgatgtgaatt 420  Q
    || ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | |    
T  39355563 ttccttgcctttgattttacgaagtatacaatttcctgcactgcagtagtataaattaaactcatgctttcaactcagggtcatggaagagatgtggact 39355662  T
Q  421 atataaacccttcaagagtttgctttgcagaa 452  Q
     |||||| || |||||||||||||||||||||    
T  39355663 gtataaatccctcaagagtttgctttgcagaa 39355694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University