View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18123_high_1 (Length: 974)

Name: NF18123_high_1
Description: NF18123
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18123_high_1
NF18123_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-958)||(2442184-2443142)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 839; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 839; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 958
Target Start/End: Complemental strand, 2443142 - 2442184
Alignment:
Q  7 ggagaagcaaagggagaatgagcgccgaaggattcttatggacgaagttgagaagcagcagaatgacaaggattggtggaaacgcttgaataataaaatc 106  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2443142 ggagaagaaaagggagaatgagcgccgaaggattcttatggacgaagttgagaagcagcagaatgacaaggattggtggaaacgcttgaataataaaatc 2443043  T
Q  107 actgaaagatggacaaactctaggtaaattttgagcccattttacgttattttgattcaattagat------gcttaaaattgtatattttgagtcaatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2443042 actgaaagatggacaaactctaggtaaattttgagcccattttacgttattttgattcaattagatttagatgcttaaaattgtatattttgagtcaatt 2442943  T
Q  201 ttaggtgattttgattccaatacatgcttaaatttgtatgtttttgatgactatgcgannnnnnnnnccgttaaaatagtgtttttggaattaggcttgt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2442942 ttaggtgattttgattccaatacatgcttaaatttgtatgtttttgatgactatgcgatttttttttccgttaaaatagtgtttttggaattaggcttgt 2442843  T
Q  301 ggttccttgctacgaattttgttttatttaggtacattctataaaagctacatgtgttgtgtatttattgtttgttaatgacttaggaaaagaccagaga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2442842 ggttccttgctacgaattttgttttatttaggtacattctataaaagctacatgtgttgtgtatttattgtttgttaatgacttaggaaaagaccagaga 2442743  T
Q  401 atgtggatccaggggtaggaaaatgggtttcttatcttaaacgtgagaagaagctcgattcactggttggtcgccgtccaactgctcctccagctcccaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2442742 atgtggatccaggggtaggaaaatgggtttcttatcttaaacgtgagaagaagctcgattcactggttggtcgccgtccaactgctcctccagctcccaa 2442643  T
Q  501 aggactttacatatatggcaatgtgggcagtggtacttaccttcttttatttgtcttttgggtaaattatcttttccattccatcctcatgatgattaaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2442642 aggactttacatatatggcaatgtgggcagtggtacttaccttcttttatttgtcttttgggtaaattatcttttccattccatcctcatgatgattaaa 2442543  T
Q  601 tttacattgtcctttcctctgattttaaaaatcacactcccctctcttagaagatgaatgagttactatttattccattattacgtaaacatgtttttta 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2442542 tttacattgtcctttcctctgattttgaaaatcacactcccctctcttagaagatgaatgagttactatttattccattattacgtaaacatgtttttta 2442443  T
Q  701 gggannnnnnnncctgtatgctagtatcaacattactgatatctaattttgaacctctattgtcaactgagacttaagaaaatgaaacgaagggttgggt 800  Q
    ||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2442442 gggattttttttcctgtatgctagtatcaacattactgatatctaattttgaacctctattgtcaactgagacttaagaaaatgaaacgaagggttgggt 2442343  T
Q  801 gaagtttcaaagttaataggaggagacttcatttcttcttgttaagttataaattcaacaagacattcaaaatagttgtta-nnnnnnnnnnaatggcat 899  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||    
T  2442342 gaagtttcaaagttaataggaggagacttcatttcttcttgttaagttataaattcaacaagacattcaaaatagttgttatttttttttttaatggcat 2442243  T
Q  900 tcaaaatagttgttattgaaaattgtaaaaagaagaaaaatgtcggagggagttcattt 958  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2442242 tcaaaatagttgttattgaaaattgtaaaaagaagaaaaatgtcggagggagttcattt 2442184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University