View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18125_low_1 (Length: 959)

Name: NF18125_low_1
Description: NF18125
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18125_low_1
NF18125_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (15-944)||(51961762-51962679)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 859; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 859; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 944
Target Start/End: Complemental strand, 51962679 - 51961762
Alignment:
Q  15 cacagagacacagatctagagtgtagagaggcttttaattcaggcattgcattgcaattttaagatataagttaatatattactcctagctagttgagga 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     |||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||    
T  51962679 cacagagacacagatctagagtgtagagaggcttttaattcaggcattgta-----attttaagatataagttaatatattactcctag----ttgagga 51962589  T
Q  115 tgaattgtcttgtggtttgtcaatctaggttgtggatagtgacaattgtgttgtacacatgtgttttcatcccattgaagcaactcaagatgtcacttgc 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51962588 tgaattgtcttgtggtttgtcaatctaggttgtggatagtgacaattgtgttgtacacatgtgttttcatcccattgaagcaactcaagatgtcacttgc 51962489  T
Q  215 aaacatatttggcctcatcctcatgtttttcttttcttatgaaagtaaatgtacagccaaagagatggaatttccagatattccatccttaccggcagtg 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51962488 aaacatatttggcctcatcctcatgtttttcttttcttatgaaagtaaatgtacagccaaagagatggaatttccagatattccatccttaccggcagtg 51962389  T
Q  315 cgattcgaggatttagacggagatgaagatgagatttgttccatttgtttagttgagtttgagagggaagatggagtgagcaagttgaggagatgtgggc 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51962388 cgattcgaggatttagacggagatgaagatgagatttgttccatttgtttagttgagtttgagagggaagatggagtgagcaagttgaggagatgtgggc 51962289  T
Q  415 atgtgtttcattttaattgcattgagcaatggcttgaacgaagtcaattctcttgcccactttgtaggtcttctttattttctgaaattcatacaaacaa 514  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51962288 atgtgtttcattttaattgcattaatcaatggcttgaacgaagtcaattctcttgcccactttgtaggtcttctttattttctgaaattcatacaaacaa 51962189  T
Q  515 ctagaaatagatcttttttgtgatttatttttgtaagaggaaactagctagtaccaacctcatgtatattatttcatcatgagtttcactttcatagctc 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51962188 ctagaaatagatcttttttgtgatttatttttgtaagaggaaactagctagtaccaacctcatgtatattatttcatcatgagtttcactttcatagctc 51962089  T
Q  615 cttgagattgttattgttcaagttttttcatgaatattatgaaaatggtctcacctttttctgcaaaacttgtgttctaataacattattcaatcccaat 714  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51962088 cttgagattgttattgtacaagttttttcatgaatattatgaaaatggtctcacctttttctgcaaaagttgtgttctaataacattattcaatcccaat 51961989  T
Q  715 tgctcaaaaagttggaaacgaaaaatttatttattgatcagtagtatatgtgtttacatgtcttcaaggcacacgacataatagagtcattacattttaa 814  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51961988 tgctcaaaaagttggaaacgaaaaatttatttattgatc---agtatatgtgtttacatgtcttcaaggcacacgacataatagagtcattacattttaa 51961892  T
Q  815 aagagaacttcatgtgtctcttggatttaatagctctataacatgttacatgctgcagagaatcaaaatcacacaacatatcaatttttgtaagtcaatt 914  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51961891 aagagaacttcatgtgtctcttggatttaatagctctataacatgttacatgctgcagagaatcaaaatcacacaacatatcaatttttgtaagtcaatt 51961792  T
Q  915 ttttctagaagtatatagtagtgtatatgt 944  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51961791 ttttctagaagtatatagtagtgtatatgt 51961762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University