View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18126_low_2 (Length: 799)

Name: NF18126_low_2
Description: NF18126
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18126_low_2
NF18126_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-781)||(43788052-43788801)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 668; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 668; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 781
Target Start/End: Original strand, 43788052 - 43788801
Alignment:
Q  15 catagggtcgaacataatcccacatggttgaacaccataatgactttagtcatattggaatggatcacccaccggagcaagttgtcttcactgaaatgag 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43788052 catagggtcgaacataatcccacatggttgaacaccataatgactttagtcatattggaatggatcccccaccggagcaagttgtgttcactgaaatgag 43788151  T
Q  115 gacaaacaaagccacgctgattagtgcaatgtacaccccaaagggcagtttgtatagtgtcataagtggacattgacacattgtcccatgtaggttgctt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43788152 gacaaacaaagccacgctgattagtgcaatgtacaccccaaagggcagtttgtatagtgtcataagtggacattgacacattgtcccatgtaggttgctt 43788251  T
Q  215 atgcttgaatcatggggaactaataagggtataaagctactactgaaagctatgtcatgagcagataagatatactatgaggcactttgtcttcatgcat 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43788252 atgcttgaatcatggggaactaataagggtataaagctactactgaaagctatgtcatgagcagataagatatactatgaggcactttgtcttcatgcat 43788351  T
Q  315 tttggattctatatgaatatcaagaatctcaataaactatttgatattgaacttgattaattagggtgatgcaatatatttgaatgtgtaatacattata 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43788352 tttggattctatatgaatatcaagaatctcaataaactatttgatattgaacttgattaattagggtgatgcaatatatttgaatgtgtaatacattata 43788451  T
Q  415 caccaaacctcacatggttgacttcaatattcaacactagatttgactaaagctaatgtggttgttttctcttttatgttttcttctcttatttaatatc 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  43788452 caccaaacctcacatggttgacttcaatattcaacactagatttgactaaagctaatgtggttgttttctcttctatgttttcttctcttatttaatatc 43788551  T
Q  515 caacaagtaggttgttttggttgagaaaaacaattgtcttaattaacttaaccctcttaattaaattaatttgatagtagaaaatacatatatggagatt 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43788552 caacaagtaggttgttttggttgagaaaaacaattgtc------------------ttaattaaattaatttgatagtagaaaatacatatatggagatt 43788633  T
Q  615 ctacacatatggaagatgacaagggacacacctaacattgtcctactcttcaaagataagctcaagggaaaatgtaaaaatagaaaagcctaaacgtgta 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43788634 ctacacatatggaagatgacaagggacacacctaacattgtcctactcttcaaagataagctcaagggaaaatgtaaaaatagaaaagcctaaacgtgta 43788733  T
Q  715 aaagttttatgctcattca-nnnnnnncctaactatcattatgaaaactcactcccactttctcatat 781  Q
    |||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43788734 aaagttttatgctcattcattttttttcctaactatcattatgaaaactcactcccactttctcatat 43788801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University