View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18127_low_43 (Length: 224)

Name: NF18127_low_43
Description: NF18127
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18127_low_43
NF18127_low_43
[»] chr1 (25 HSPs)
chr1 (24-224)||(48949545-48949745)
chr1 (25-224)||(51113481-51113680)
chr1 (32-224)||(5609505-5609697)
chr1 (25-221)||(4395327-4395523)
chr1 (25-224)||(44602918-44603112)
chr1 (33-220)||(36733866-36734047)
chr1 (28-221)||(25682820-25683013)
chr1 (25-224)||(2885389-2885592)
chr1 (29-222)||(16816623-16816816)
chr1 (29-224)||(44527419-44527615)
chr1 (51-216)||(21031323-21031488)
chr1 (33-222)||(24538655-24538845)
chr1 (24-217)||(14485183-14485376)
chr1 (25-205)||(48166412-48166591)
chr1 (62-191)||(17371647-17371776)
chr1 (33-158)||(5594266-5594391)
chr1 (75-220)||(52109623-52109768)
chr1 (30-199)||(4898447-4898616)
chr1 (27-86)||(3297024-3297083)
chr1 (29-220)||(23332599-23332791)
chr1 (25-81)||(23163419-23163475)
chr1 (123-184)||(23163357-23163418)
chr1 (123-220)||(38679016-38679113)
chr1 (132-181)||(13075958-13076007)
chr1 (149-198)||(22929755-22929804)
[»] chr3 (24 HSPs)
chr3 (24-224)||(34497193-34497393)
chr3 (25-224)||(27608725-27608924)
chr3 (25-224)||(55199677-55199876)
chr3 (24-224)||(19117541-19117741)
chr3 (25-221)||(31341547-31341743)
chr3 (29-224)||(53497198-53497395)
chr3 (25-224)||(42340099-42340298)
chr3 (27-214)||(26046864-26047051)
chr3 (32-223)||(2121248-2121439)
chr3 (25-224)||(55213491-55213690)
chr3 (25-199)||(646992-647166)
chr3 (25-224)||(27747508-27747706)
chr3 (39-220)||(2615653-2615834)
chr3 (42-223)||(11020020-11020200)
chr3 (29-192)||(48227566-48227729)
chr3 (25-167)||(24181749-24181895)
chr3 (65-190)||(49525056-49525181)
chr3 (161-222)||(24176938-24176999)
chr3 (90-224)||(46007465-46007599)
chr3 (132-220)||(1702818-1702906)
chr3 (44-94)||(1437383-1437433)
chr3 (45-138)||(15310817-15310910)
chr3 (132-184)||(18720845-18720897)
chr3 (32-100)||(50037086-50037153)
[»] chr7 (23 HSPs)
chr7 (25-212)||(33224382-33224569)
chr7 (32-223)||(16732100-16732291)
chr7 (32-223)||(17710234-17710425)
chr7 (25-224)||(29200778-29200976)
chr7 (39-224)||(22289407-22289592)
chr7 (29-224)||(3601818-3602013)
chr7 (24-218)||(9328423-9328617)
chr7 (25-210)||(44481267-44481452)
chr7 (25-210)||(24251619-24251801)
chr7 (33-224)||(3275200-3275392)
chr7 (28-224)||(17877564-17877760)
chr7 (32-220)||(16098660-16098851)
chr7 (25-224)||(47580041-47580239)
chr7 (32-224)||(1581782-1581975)
chr7 (25-180)||(24139221-24139376)
chr7 (34-224)||(30493441-30493631)
chr7 (30-220)||(30824323-30824511)
chr7 (27-192)||(35030482-35030643)
chr7 (29-222)||(35013727-35013920)
chr7 (99-184)||(6056273-6056358)
chr7 (87-194)||(43782921-43783028)
chr7 (134-195)||(6216488-6216549)
chr7 (132-184)||(28598159-28598211)
[»] chr4 (34 HSPs)
chr4 (25-220)||(51259351-51259546)
chr4 (27-224)||(32576872-32577069)
chr4 (24-224)||(2065019-2065219)
chr4 (35-223)||(49951480-49951668)
chr4 (25-224)||(28426349-28426548)
chr4 (25-224)||(49119222-49119421)
chr4 (25-220)||(51734794-51734989)
chr4 (42-224)||(56065799-56065981)
chr4 (32-224)||(41835141-41835332)
chr4 (30-224)||(18441974-18442168)
chr4 (33-208)||(21321712-21321887)
chr4 (33-224)||(26422432-26422623)
chr4 (45-224)||(37245694-37245873)
chr4 (32-220)||(44935911-44936099)
chr4 (25-220)||(29655488-29655683)
chr4 (33-224)||(28537613-28537808)
chr4 (45-199)||(23095405-23095559)
chr4 (37-224)||(55735175-55735368)
chr4 (34-224)||(47226163-47226351)
chr4 (39-221)||(8754299-8754481)
chr4 (33-217)||(24989764-24989948)
chr4 (25-129)||(10575271-10575375)
chr4 (25-117)||(6753941-6754032)
chr4 (29-189)||(51364555-51364710)
chr4 (33-185)||(43840155-43840307)
chr4 (25-117)||(17374597-17374689)
chr4 (25-144)||(3347351-3347470)
chr4 (28-183)||(34926171-34926326)
chr4 (132-184)||(40727169-40727221)
chr4 (132-220)||(7462589-7462677)
chr4 (132-184)||(21163373-21163425)
chr4 (24-56)||(21330756-21330788)
chr4 (65-161)||(33582916-33583012)
chr4 (125-189)||(53997623-53997687)
[»] chr5 (27 HSPs)
chr5 (25-224)||(20205121-20205320)
chr5 (28-224)||(8388252-8388448)
chr5 (25-220)||(26597288-26597474)
chr5 (32-220)||(25730978-25731166)
chr5 (24-199)||(22767094-22767269)
chr5 (29-224)||(27292600-27292794)
chr5 (32-209)||(11375351-11375528)
chr5 (25-224)||(41940558-41940758)
chr5 (37-224)||(4268265-4268456)
chr5 (29-219)||(32632686-32632875)
chr5 (25-224)||(30573499-30573698)
chr5 (55-223)||(27532758-27532926)
chr5 (26-220)||(12660486-12660680)
chr5 (49-220)||(15988593-15988766)
chr5 (29-190)||(26076480-26076642)
chr5 (88-220)||(23075002-23075134)
chr5 (25-220)||(34652083-34652271)
chr5 (27-224)||(30222662-30222859)
chr5 (37-220)||(12717679-12717862)
chr5 (32-103)||(2872262-2872339)
chr5 (37-224)||(31908233-31908417)
chr5 (37-220)||(12778903-12779086)
chr5 (29-92)||(26296365-26296428)
chr5 (32-92)||(3308174-3308234)
chr5 (32-91)||(23083639-23083698)
chr5 (37-103)||(40018900-40018966)
chr5 (125-189)||(25700218-25700282)
[»] chr2 (19 HSPs)
chr2 (24-224)||(34695725-34695925)
chr2 (24-224)||(34718137-34718337)
chr2 (33-224)||(9710121-9710312)
chr2 (24-224)||(88725-88925)
chr2 (29-224)||(12130464-12130659)
chr2 (32-224)||(1417819-1418002)
chr2 (29-220)||(11291891-11292080)
chr2 (29-224)||(35158668-35158866)
chr2 (27-224)||(26198848-26199045)
chr2 (28-224)||(14827246-14827441)
chr2 (29-222)||(13109698-13109888)
chr2 (37-223)||(25552312-25552498)
chr2 (88-220)||(18344179-18344311)
chr2 (54-184)||(22845732-22845859)
chr2 (119-224)||(44017234-44017339)
chr2 (132-213)||(10244499-10244580)
chr2 (133-218)||(36445449-36445534)
chr2 (25-115)||(43293918-43294008)
chr2 (143-208)||(43293835-43293900)
[»] chr8 (20 HSPs)
chr8 (24-220)||(477877-478073)
chr8 (32-224)||(40588559-40588751)
chr8 (32-224)||(13415189-13415381)
chr8 (25-224)||(598059-598258)
chr8 (33-224)||(11870430-11870621)
chr8 (49-220)||(33642610-33642781)
chr8 (25-208)||(36194443-36194626)
chr8 (45-224)||(185435-185612)
chr8 (77-220)||(7127393-7127536)
chr8 (73-224)||(3606607-3606760)
chr8 (62-220)||(8450982-8451140)
chr8 (33-181)||(28315316-28315463)
chr8 (25-220)||(9496948-9497142)
chr8 (122-224)||(23854098-23854200)
chr8 (132-224)||(37712239-37712331)
chr8 (24-84)||(32555081-32555141)
chr8 (86-190)||(8670197-8670301)
chr8 (44-129)||(34707886-34707971)
chr8 (96-181)||(4275914-4275999)
chr8 (167-220)||(14264970-14265023)
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (29-224)||(11731495-11731690)
chr6 (28-224)||(15605819-15606015)
chr6 (59-224)||(34104321-34104486)
chr6 (49-223)||(14680329-14680503)
chr6 (25-224)||(27443096-27443287)
chr6 (37-224)||(21944462-21944649)
chr6 (66-208)||(15053038-15053180)
chr6 (88-219)||(19690764-19690895)
chr6 (105-220)||(28107309-28107424)
chr6 (142-220)||(3100415-3100494)
chr6 (33-109)||(3101261-3101336)
chr6 (63-224)||(29367915-29368077)
chr6 (32-92)||(19690332-19690392)
chr6 (86-216)||(5542541-5542671)
chr6 (32-104)||(1992479-1992551)
[»] scaffold0446 (1 HSPs)
scaffold0446 (42-224)||(356-538)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (25-224)||(44074-44265)
[»] scaffold0198 (1 HSPs)
scaffold0198 (67-218)||(20330-20481)
[»] scaffold0922 (1 HSPs)
scaffold0922 (88-224)||(149-285)
[»] scaffold0067 (1 HSPs)
scaffold0067 (24-94)||(26122-26192)
[»] scaffold0252 (1 HSPs)
scaffold0252 (65-190)||(13321-13444)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 25)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 24 - 224
Target Start/End: Original strand, 48949545 - 48949745
Alignment:
Q  24 gaccaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccct 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48949545 gaccaaagcaaagttaactattatctttaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaataaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccct 48949644  T
Q  124 agctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagca 223  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48949645 agctaagctatgagtaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagca 48949744  T
Q  224 t 224  Q
    |    
T  48949745 t 48949745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 8e-88
Query Start/End: Original strand, 25 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 51113680 - 51113481
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||    
T  51113680 accaaaacaaagttaactattatcattaatcaaccagtattcaatacaagaagaataagaataaaaaatacggtgactaacccaagaacaggtcgcccta 51113581  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51113580 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttctctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgttaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 51113481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 32 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 5609697 - 5609505
Alignment:
Q  32 caaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagc 131  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||      
T  5609697 caaatttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggataagaataaaaaatacagtgactagcccaagaacatgccgccctagctaatg 5609598  T
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5609597 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaatagcat 5609505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 25 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 4395523 - 4395327
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4395523 accaaagcaaatttaactattatcgttaatcaactaatgttcaatacaagaaggataagaataaaaaatacggtgactagcccaagaacaggccgcccta 4395424  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatag 221  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  4395423 gctaaagtatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcaaagttgaaatgtaaagataactgataaataatactataaacaatag 4395327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 25 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 44603112 - 44602918
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  44603112 accaaagcaaagttagttattatcattaatcaaccaatgttcaatataagaaggataagaataaaaaatatggtgactagcccaagaacaggccgcccta 44603013  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
        || ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44603012 ----ag-tatgagccaccatgttcgcttgtcccctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaatagcat 44602918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 33 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 36734047 - 36733866
Alignment:
Q  33 aaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagct 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  36734047 aaagttaactattatcattaatcaaccaatattcaatacaagaaggataagaattaaaaatacgatgactagcccaagaacaggccgccctagctaaagt 36733948  T
Q  133 atgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    |||      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  36733947 atg------catgttcgcttgtctcgtaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaata 36733866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 28 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 25683013 - 25682820
Alignment:
Q  28 aaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagct 127  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||| |||| |||| ||||||||||| |||||||||| ||  ||||||||    
T  25683013 aaagtaaagttaactattatcattaatcaacaaatgttcaatataagaaagataggaattaaaagtacggtgactaacccaagaacatgcctccctagct 25682914  T
Q  128 aagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatag 221  Q
    ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25682913 aaagtatgagcaaccatgctcgcttgtctcctaacaaacttcaccttgaagttagaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatag 25682820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 25 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 2885592 - 2885389
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaat-caaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccct 123  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  2885592 accaaagcaaatttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaatgataagaataaaaaaatacggtgactagcccaagaacaggtcgccct 2885493  T
Q  124 agctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaaga----taactgaaaaataatactagaaacaat 219  Q
    ||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    ||||||| |||||||||||||||||||    
T  2885492 agctaaagtatgagcaa-catgttcgcttgtatcctaacaaacttcaccacgaagttgaaatgtaaagataattaactgataaataatactagaaacaat 2885394  T
Q  220 agcat 224  Q
    |||||    
T  2885393 agcat 2885389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 29 - 222
Target Start/End: Original strand, 16816623 - 16816816
Alignment:
Q  29 aagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagcta 128  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | |  |||||| |||    
T  16816623 aagcaaatttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacgagatggataaggataaaaaatacggtgactagcccaagaataagtcgccctaacta 16816722  T
Q  129 agctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagc 222  Q
    |  ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16816723 aagtatgagcaaccatgttctcttctctcctaacaaacttcaccttaaagttggaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaatagc 16816816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 29 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 44527615 - 44527419
Alignment:
Q  29 aagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaa-tacggtgactagcccaagaacaggctgccctagct 127  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||| || ||||||||||||| ||||||| |    
T  44527615 aagcaaatttaactattatcattaatcaagcaatgttcaatacaaaaaggataataataaaaaaatacggtgattaacccaagaacaggccgccctagtt 44527516  T
Q  128 aagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    ||  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||    
T  44527515 aaagtatgagcagccatgttcgcttgtctcctaataaacttcaccttgaagttggaatgtaaagataactaataattaatactagaaacaatagcat 44527419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 51 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 21031488 - 21031323
Alignment:
Q  51 taatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgc 150  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||    
T  21031488 taatcaaccaatgttcaatacgagaaggataagaataaaacatacggtaactaacccaaaaacaggctgccctggctaaactatgagcaatcatgttcgc 21031389  T
Q  151 ttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaac 216  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  21031388 ttgtctcctaaaaaacttcacctcgaagttaggatgtaaagataattgataaataatactagaaac 21031323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 33 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 24538845 - 24538655
Alignment:
Q  33 aaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaa-tacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagc 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||| ||  ||||| || ||||||||||| ||||||| | || |||||| ||      
T  24538845 aaagttaactattatcattaatcaactaatgtttaatacaagaaggataaaaaaaaaaaaatatggtgactagccgaagaacatgttgtcctagcaaaag 24538746  T
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagc 222  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||    
T  24538745 tatgagcaatcatgttcgcttgtttcctaacgaacttcacctcaaagttagaatgtaaagataacagataaataatactagaaataatagc 24538655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 24 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 14485376 - 14485183
Alignment:
Q  24 gaccaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccct 123  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||| |  |||||||||||||||||||||| ||||||| | | |||||| |||||||| || |||||    
T  14485376 gaccaaagaaaagttaaccattatcattaatctaccaataatcaatacaagaaggataagaataaaaaatatgattactagctcaagaacaagccgccct 14485277  T
Q  124 agctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaaca 217  Q
    ||||||  |||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||    
T  14485276 agctaaagtatgagcaactatgttcgtttgtctcctaatgaacttcaccttaaagttggaatgtaaaaataactgataaacaatactaaaaaca 14485183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 25 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 48166591 - 48166412
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||| || |||    
T  48166591 accaaaacaaagttaattattat-attaatcaaccaatattcaatacaagaaggataaaaatcaaagatacggtgactagcccaagagtaggccgctcta 48166493  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaata 205  Q
    | |||  || |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  48166492 gttaaagtacgagcaatcatgttcgtttgtttcctaacaaacttcatcttgaagttgaaatgtaaagataacagataaata 48166412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 62 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 17371776 - 17371647
Alignment:
Q  62 tgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaa 161  Q
    ||||||||||| | ||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  17371776 tgttcaatacatggaggatataactcaaaaatacggtgactagctcaagaacatgccgccctagctaaggtatgagcgaccatattcgcttgtctcctaa 17371677  T
Q  162 caaacttcacctcgaagttggaatgtaaag 191  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17371676 taaacttcaccttgaagttggaatgtaaag 17371647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 33 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 5594391 - 5594266
Alignment:
Q  33 aaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagct 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| || | ||||| |||  |    
T  5594391 aaagttaactattatcattaatcaatcaatatttaatacaagaaggataagaataaaaaatacggtgattagtccaagaacatgccgtcctagttaaagt 5594292  T
Q  133 atgagcaaccatgttcgcttgtctcc 158  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  5594291 atgagcaaccatgttcgcttgtctcc 5594266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 75 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 52109768 - 52109623
Alignment:
Q  75 aaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctc 174  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  |||||| ||||  ||||| |||| ||||| | ||||||| |||||||||| ||||     
T  52109768 aaggataagaattaaaaatacggtgactagtccaagaacatgtcgccctatctaaagtatgaacaactatgtttgtttgtctcataacaaactttacctt 52109669  T
Q  175 gaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    |||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  52109668 gaagttagaatgtaaagataactgataactaatactagaaacaata 52109623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 30 - 199
Target Start/End: Original strand, 4898447 - 4898616
Alignment:
Q  30 agcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaa 129  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| |||| ||||| ||| ||||| |||||||| | | ||| | ||||||||||  | |||| ||||    
T  4898447 agcaaagttaaccattatcattagtcaaccaatgtttaatataagaatgatgagaataaaaaatacagcgtctaactcaagaacaggtcggcctaactaa 4898546  T
Q  130 gctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactga 199  Q
      ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| ||||||    
T  4898547 agtatgagcaatcatattcgtttgtctcctaacaaactttacatcgaagttgaaatgtaaagacaactga 4898616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 27 - 86
Target Start/End: Original strand, 3297024 - 3297083
Alignment:
Q  27 caaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaat 86  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3297024 caaagcaaatttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggataagaat 3297083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 29 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 23332791 - 23332599
Alignment:
Q  29 aagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaag-aaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagct 127  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||||  ||| | |||||| | |    |||||||    
T  23332791 aagcaaagttaactattattattaatcaaacaatgttcaatacaagaaaggataaaaataaaaattacggtagctaactcaagaatacgtcatcctagct 23332692  T
Q  128 aagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
     |  |||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| ||  |||| | ||   |||||||||| | |||||||| || ||||||||    
T  23332691 caagtatgagcaaccatgctcgcttgtcttctaacaaatttcatcttaaagtagaaaaacaaagataactcacaaataataataaaaacaata 23332599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 25 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 23163475 - 23163419
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggata 81  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  23163475 accaaagcaaagttaactattattattaatcaatcaatgttcaatacaagaaggata 23163419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 123 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 23163418 - 23163357
Alignment:
Q  123 tagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaa 184  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||    
T  23163418 tagctaaagtatgagcaaccatgttcgcttgtcttctaacaaactttatctcgaagttggaa 23163357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 123 - 220
Target Start/End: Original strand, 38679016 - 38679113
Alignment:
Q  123 tagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    |||||||| |||||| || ||| |||  || || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || || | |||||||| |||||||||||    
T  38679016 tagctaaggtatgagtaatcatattcatttttcgcctaataaacttcaccttgaagttggaatgtaaagctaccttataaataatattagaaacaata 38679113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 132 - 181
Target Start/End: Original strand, 13075958 - 13076007
Alignment:
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttg 181  Q
    |||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||    
T  13075958 tatgagcagccatgttcgcttgatgcctaacaaacttcacctcaaagttg 13076007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 149 - 198
Target Start/End: Original strand, 22929755 - 22929804
Alignment:
Q  149 gcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactg 198  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||    
T  22929755 gcttgtcacctaataaacttcacctcgaagttgaaatttatagataactg 22929804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 181; Significance: 6e-98; HSPs: 24)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 24 - 224
Target Start/End: Original strand, 34497193 - 34497393
Alignment:
Q  24 gaccaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccct 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34497193 gaccaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacatgaaggataaaaataaaaaatacggtgactagcccaagaacaggccgccct 34497292  T
Q  124 agctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagca 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34497293 agctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactaggaacaatagca 34497392  T
Q  224 t 224  Q
    |    
T  34497393 t 34497393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 25 - 224
Target Start/End: Original strand, 27608725 - 27608924
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  27608725 accaaagcaaagttaactattatcattaattaaccagtattcaatacaagaaggataagaataaaaaatacggtgactagcccaagaacaggccgctcta 27608824  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27608825 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcagctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 27608924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 25 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 55199876 - 55199677
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||| ||    
T  55199876 accaaagcaaagttaacgattatcattaatcaactagtgatcagtacaagaaggataagaataaaaaatatggtcactagcgcaagaacaggccgccgta 55199777  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55199776 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagatgactgaaaaataatactagaaacaatagcat 55199677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 24 - 224
Target Start/End: Original strand, 19117541 - 19117741
Alignment:
Q  24 gaccaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccct 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||    
T  19117541 gaccaaagcaaagttaactattatcatcaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcctaagaacaggccgacct 19117640  T
Q  124 agctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagca 223  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19117641 agctaagctatgagcaactatgttcgactgtctcctaacaaacttcacctcaaatttggaatgcaaaaataactgaaaaataatactaaaaacaatagca 19117740  T
Q  224 t 224  Q
    |    
T  19117741 t 19117741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 25 - 221
Target Start/End: Original strand, 31341547 - 31341743
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31341547 accaaaacaaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatataagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaaccggctgcccta 31341646  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatag 221  Q
     ||||| |||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  31341647 actaaggtatgagcaaccatgtcagtttgtctcctaataaacttcaccttgaagttggaatgtaaagataactgataaataatattagaaacaatag 31341743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 29 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 53497395 - 53497198
Alignment:
Q  29 aagcaaagttaactattatc--attaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagc 126  Q
    ||||||| ||||||||||||  ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53497395 aagcaaatttaactattatctcattaatcaagcaatgttcaatacaagaaggataataataaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagc 53497296  T
Q  127 taagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  53497295 taaagtatgagcagccatgttcgcttgtctcctaataaacttcaccttgaagttggaatgtaaagataactgataattaatactagaaacaatagcat 53497198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 25 - 224
Target Start/End: Original strand, 42340099 - 42340298
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  42340099 accagagcaaatttaactattatcatttatcaaccaatcttcaatacaagaaggataaaaattaaaaatacggtgactagccaaagaacaggccgcccta 42340198  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
     ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||    
T  42340199 tctaaagtgtgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagatagctgataaataatattagaaacaatagcat 42340298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 27 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 26047051 - 26046864
Alignment:
Q  27 caaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagc 126  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||    
T  26047051 caaaacaaagttaactattatcattaatcaaccaatatttaatataagaaggataagaattaaaaatacggtgactagcccaagaataagccgccctagc 26046952  T
Q  127 taagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaa 214  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26046951 taaagtatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacgtcacctcaaagttagaatgtaaagataactgataaataatactagaa 26046864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 32 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 2121439 - 2121248
Alignment:
Q  32 caaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagc 131  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| | |||||| ||||      
T  2121439 caaaattaactattatcatcaatcaaccaatgtgcaatacaagaatgataagaataaaaaatacggtaactaacccaagaacagaccgccctaactaaag 2121340  T
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagca 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2121339 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaactttacctcgaagttgagatgtaaagataactgataaataatactagaaacaatagca 2121248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 25 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 55213690 - 55213491
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  55213690 accaaagcaaagttaattattatcattaatcaaccaatgttcaatataagaagaataagaataaaaaatacagtgactagcccaagaaccggccgcccta 55213591  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    | |||  ||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| | ||||||||||||    
T  55213590 gttaaagtataagcaaccatgttcgcttttctcctaacaaatttcacctcgaagttggaacgtaaagataactgatatataataccaaaaacaatagcat 55213491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 25 - 199
Target Start/End: Original strand, 646992 - 647166
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||    
T  646992 accaaatcaaaattaactattattattaatcaaccaatgttcaatacaagaaagataaaattcaaaaatacggtgattagtccaagaacaggccgcccta 647091  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactga 199  Q
     ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  647092 actaaagtatgagcaaccatgttcgtttgtctcctaacaaatttcacctcgaagttggaatgtaaagataactga 647166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 25 - 224
Target Start/End: Original strand, 27747508 - 27747706
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcc--- 121  Q
    |||| ||||||||||||||||||   |||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | | |       
T  27747508 accagagcaaagttaactattat---taatcaaccactgttgagtacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgacta-cccaagaatagaccgtcaac 27747603  T
Q  122 ctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatag 221  Q
    |||| |||  |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27747604 ctagataaagtatgagcaactatgttcgcttgtctcttaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactaaaaacaatag 27747703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 39 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 2615834 - 2615653
Alignment:
Q  39 aactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagc 138  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | | ||| |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||  |||||||    
T  2615834 aactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaacgcttaaaataaaaattacggtgactagcccaagaacaggtcgccctagttaaagtatgagc 2615735  T
Q  139 aaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  2615734 aaccatgttcgtttgtctcctaacaaacttcatctcgaggttggaatgtaaaaataactgataaataatactaaaaacaata 2615653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 42 - 223
Target Start/End: Original strand, 11020020 - 11020200
Alignment:
Q  42 tattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaac 141  Q
    ||||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| | ||| || |||||||||  |||||  |||    
T  11020020 tattatcattaatcaattaatgttcaatacaagaag-ataagaataaaaaatacagtgactagcccaaggataggttgtcctagctaaaatatgattaac 11020118  T
Q  142 catgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagca 223  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  11020119 catgttcgcttgtctccaaacaaacttcacatcgaggttgaaatgtaaagataattgataaataatactagaaacaatagca 11020200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 29 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 48227729 - 48227566
Alignment:
Q  29 aagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagcta 128  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| || || || |||||||||| |  ||||||||||    
T  48227729 aagcaaaattaactattatcattaatcaaccattgttcaatacaagaaagataaaaataaaaaatatggcgaataacccaagaacaagtcgccctagcta 48227630  T
Q  129 agctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaaga 192  Q
    |  |||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  48227629 aagtatgaggaaccatatttgcttgtctcctaacaaatttcacctcgaagttggaatgtaaaga 48227566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 25 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 24181895 - 24181749
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  24181895 accaaaacaaagttaactattatgattaatcaatcaatgttcaatacaacaaggataaaaattaaaaatatggtgactaacccaagaacaggccgcccta 24181796  T
Q  125 gctaagctatgag----caaccatgttcgcttgtctcctaacaaact 167  Q
    |||||  | ||||    ||||| |||||  |||||||||||||||||    
T  24181795 gctaaagtgtgagtaaccaaccgtgttcatttgtctcctaacaaact 24181749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 65 - 190
Target Start/End: Original strand, 49525056 - 49525181
Alignment:
Q  65 tcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaa 164  Q
    |||||||||| |||| ||   ||||||||| ||||||||| |||||||||| | |||||||| | | | |||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  49525056 tcaatacaaggaggacaaatctcaaaaatatggtgactagtccaagaacagaccgccctagcaagggtgtgagcagccatgttcgcttgtcgcctaacaa 49525155  T
Q  165 acttcacctcgaagttggaatgtaaa 190  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||    
T  49525156 actttacctcaaaattggaatgtaaa 49525181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 161 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 24176999 - 24176938
Alignment:
Q  161 acaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagc 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  24176999 acaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataacttataaataatactagatacaatagc 24176938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 90 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 46007599 - 46007465
Alignment:
Q  90 aaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaa 189  Q
    ||||||||||| ||||  ||||| | || ||||||| |||  ||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||| |||   || || ||||||||    
T  46007599 aaatacggtgattagcttaagaagatgccgccctagttaaagtatgagcaatcatgttcatttgtcttctaacaaactttaccctaaaattagaatgtaa 46007500  T
Q  190 agataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  46007499 aaataactgataaataatgctagaaacaatagcat 46007465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 132 - 220
Target Start/End: Original strand, 1702818 - 1702906
Alignment:
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    |||||| || ||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||   ||||||||||| ||| ||||    
T  1702818 tatgagtaatcatattcgcttgtcttctaacaaacttcaccttgaagttcgaatgtaaagataactagtaaataatactaaaaataata 1702906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 44 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 1437433 - 1437383
Alignment:
Q  44 ttatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaata 94  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  1437433 ttatcattaatcaagcaatgttcaatacaaaaaggataagaataaaaaata 1437383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 45 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 15310910 - 15310817
Alignment:
Q  45 tatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagc 138  Q
    |||||||||| || || ||||||||||| | ||||||  | |||| ||||| | |||||| |||||||||||| ||||||| |||  |||||||    
T  15310910 tatcattaattaaacattgttcaatacatgtaggatagaactcaataatacagcgactagtccaagaacaggccgccctagttaacgtatgagc 15310817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 18720897 - 18720845
Alignment:
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaa 184  Q
    ||||||||||||||| | ||||   |||||||||||||||||| |||||||||    
T  18720897 tatgagcaaccatgtgcacttgatgcctaacaaacttcacctcaaagttggaa 18720845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 32 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 50037153 - 50037086
Alignment:
Q  32 caaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtga 100  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||| || ||||| ||| |||||||||||||    
T  50037153 caaaattaattattatcattaatcaaccaatattcaacacaa-aaagataaaaataaaaaatacggtga 50037086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 168; Significance: 3e-90; HSPs: 23)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 25 - 212
Target Start/End: Original strand, 33224382 - 33224569
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33224382 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaatgataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 33224481  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactag 212  Q
    | |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33224482 gataagttatgagcaatcatgttcgcttgtctcctaacaaacttcaccttgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactag 33224569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 32 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 16732291 - 16732100
Alignment:
Q  32 caaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagc 131  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||      
T  16732291 caaatttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaaaaaggataagaataaaaaatacggtgactagcccaagaacagtccgccctagctaaag 16732192  T
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagca 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16732191 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaatagca 16732100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 32 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 17710425 - 17710234
Alignment:
Q  32 caaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagc 131  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||      
T  17710425 caaatttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaaaaaggataagaataaaaaatacggtgactagcccaagaacagtccgccctagctaaag 17710326  T
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagca 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17710325 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaatagca 17710234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 25 - 224
Target Start/End: Original strand, 29200778 - 29200976
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  29200778 accaaaacaaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaag-ataagaataaaaaatacagtgactagcccaagaacagaccgcccta 29200876  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29200877 gctaaagtatgagcaaccatgttcgtttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaatagcat 29200976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 39 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 22289592 - 22289407
Alignment:
Q  39 aactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagc 138  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| |||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22289592 aactattatcattaatcaactagtgttcaatataagaaggataaaaataaaaaatacggtaactagttcaagaacaggccgccctagctaagctatgagc 22289493  T
Q  139 aaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22289492 aaccatgttcgcttgtctcctaacaaacatcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 22289407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 29 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 3602013 - 3601818
Alignment:
Q  29 aagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagcta 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||    
T  3602013 aagcaaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatgcaagaaggataagaataaaaaatacggtgacaagcccaacaacagcccgccctagcta 3601914  T
Q  129 agctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3601913 aactatgagcaaccatgttcgattgtctcctaacaaacttcacctcgaatttagaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaatagcat 3601818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 24 - 218
Target Start/End: Original strand, 9328423 - 9328617
Alignment:
Q  24 gaccaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccct 123  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||  | | |    
T  9328423 gaccaaaacaaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggataaaaattaaaaatacggtgactagcccaagaataggacgtcgt 9328522  T
Q  124 agctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaa 218  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9328523 agctaaagtatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacatcgaagttggaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaa 9328617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 25 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 44481452 - 44481267
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  44481452 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaacccatgttcaatacaagatggataagaataaaaaatatggtgactagcccaagaacaggccgcccta 44481353  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatact 210  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  44481352 gctaaagtatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttgaaatgtaaagataactggtaaataatact 44481267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 25 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 24251801 - 24251619
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  24251801 accaaaacaaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaag---gataagaattaaaaatacggtgactagctcaagaacaggccgcccta 24251705  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatact 210  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24251704 gctaaagtatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgataaataatact 24251619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 33 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 3275392 - 3275200
Alignment:
Q  33 aaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagct-aagc 131  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || |||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||    
T  3275392 aaagttaattattatcattaatcaaacactgtttaatataagaaggataaaaattaaaaatacggtgactagcctaagaacaggccgccctagcttaagc 3275293  T
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3275292 tatgatcaaccatgttcgcttgtctcttaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactaaaaacaatagcat 3275200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 28 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 17877760 - 17877564
Alignment:
Q  28 aaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagct 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| || | |||| ||    
T  17877760 aaagcaaagttaactattatcattaattaatcaatgttcaatacaagaaggataaaaataaaaaatacggtgactagcccaataacatgccgtcctacct 17877661  T
Q  128 aagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    ||  |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17877660 aaagtatgagcaaccatggtcgcttgtctcataacaaacttcacctcgaaattgaaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaatagcat 17877564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 32 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 16098851 - 16098660
Alignment:
Q  32 caaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaa---tacggtgactagcccaagaacaggctgccctagcta 128  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||   ||||||||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  16098851 caaatttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggataataataaaaaaaaatacggtgactagctcatgaacaggccgccctagcta 16098752  T
Q  129 agctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  16098751 aaatatgagcaaccatgttcgcttgtctcataacaaacttcaccttgaagttggaatgtaaagataactgataactaatactagaaacaata 16098660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 25 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 47580239 - 47580041
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | ||    
T  47580239 accaaaacaaagttaattattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggatgagaat-aaaaatacggtgactagcccaagaacaggccgtctta 47580141  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
     || |   |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  47580140 actgaagaatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaccaaacttcacctcgaagttggaatataaagataactgataaataatactagatccaatagcat 47580041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 32 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 1581975 - 1581782
Alignment:
Q  32 caaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagc 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || | ||  || ||||||| |    
T  1581975 caaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggataagaataaaaaatacggtgactagcccaaaaataagcctccttagctaaac 1581876  T
Q  132 tatgagca-accatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||| ||||    
T  1581875 tatgagcaccccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacatcgaagttgaaatgtaaagataactgataaataatattataaacaatggcat 1581782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 25 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 24139376 - 24139221
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24139376 accaaaacaaaattaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggataagaataaaaaatgcggtgactagcccaagaacaggccgcccta 24139277  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagtt 180  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24139276 gctaaagtatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcaccttgaagtt 24139221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 34 - 224
Target Start/End: Original strand, 30493441 - 30493631
Alignment:
Q  34 aagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagcta 133  Q
    |||||||||||||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||    
T  30493441 aagttaactattatcagtaatcaacaaatattcaatacaagaaggataagaataaaaaatacggtgactagcccaagaacagaccgccctagctaaagta 30493540  T
Q  134 tgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    ||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  30493541 tgaacaaccatgtttggttgtctcctaacaaacttcactatgaagttgaaatgtaaagataactgataaataatactataaacaatagcat 30493631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 30 - 220
Target Start/End: Original strand, 30824323 - 30824511
Alignment:
Q  30 agcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaa 129  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |  || ||  |||    
T  30824323 agcaaagttaact-ttatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaagataagaataaaaaatatggtgactagcccaagaacagaccacc-taattaa 30824420  T
Q  130 gctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  30824421 ggtatgagcaaccatgttcgcttatctcctaacaaacttcacttcaaagttggaatgtaaagataactgataaataagactagaaacaata 30824511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 27 - 192
Target Start/End: Original strand, 35030482 - 35030643
Alignment:
Q  27 caaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagc 126  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||   || |||||| | ||||||| || ||||||||| ||| |||||    
T  35030482 caaaacaaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatactagaaagatat--at-aaaaatccagtgactaacc-aagaacaggttgctctagc 35030577  T
Q  127 taagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaaga 192  Q
    |||  |||||||||  ||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35030578 taaagtatgagcaattatgttcgcttgtctcttcgcaaacttcacctcaaagttggaatgtaaaga 35030643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 29 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 35013920 - 35013727
Alignment:
Q  29 aagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagcta 128  Q
    ||||||| | ||||| |||||||||| |   | ||||||||||| | ||||||  | ||||||| |||| |||||||| ||||| |||  ||||||||||    
T  35013920 aagcaaaatcaactaatatcattaattacatattgttcaatacatggaggatagaactcaaaaacacggcgactagccgaagaataggtcgccctagcta 35013821  T
Q  129 agctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagc 222  Q
    |  || |||| ||||| || ||||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||  ||||| |  |||||||| ||||| ||||||    
T  35013820 aagtacgagcgaccatatttgcttgtctcctaataaacttcaacttgaaattggaatgtaaaactaacttagcaataatacaagaaataatagc 35013727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 99 - 184
Target Start/End: Original strand, 6056273 - 6056358
Alignment:
Q  99 gactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaa 184  Q
    |||||| ||||||||| || |||||||| |   ||||| |||||||||||||||| | || ||||||||||||||| |||||||||    
T  6056273 gactaggccaagaacatgccgccctagcaatcgtatgaacaaccatgttcgcttgacgcccaacaaacttcacctcaaagttggaa 6056358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 87 - 194
Target Start/End: Original strand, 43782921 - 43783028
Alignment:
Q  87 caaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatg 186  Q
    |||||| | ||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||    |||||||| || | |||||||| || || |||||| |||||||||||||||||    
T  43782921 caaaaacatggtgactagcccatgaaccggccgccctcgctaaagagtgagcaactatatccgcttgtcgccgaataaactttacctcgaagttggaatg 43783020  T
Q  187 taaagata 194  Q
    || |||||    
T  43783021 tagagata 43783028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 134 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 6216549 - 6216488
Alignment:
Q  134 tgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataa 195  Q
    |||||||  |||||||||||||  | || |||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  6216549 tgagcaagtatgttcgcttgtcgacaaataaacttcacctcaaagttggaatgtatagataa 6216488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 184
Target Start/End: Original strand, 28598159 - 28598211
Alignment:
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaa 184  Q
    |||||||| ||||||| ||||| | ||| |||||||||||||| |||||||||    
T  28598159 tatgagcagccatgtttgcttgacgcctgacaaacttcacctcaaagttggaa 28598211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 168; Significance: 3e-90; HSPs: 34)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 25 - 220
Target Start/End: Original strand, 51259351 - 51259546
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| || |||| ||||||    
T  51259351 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagttttcaatacaaaaaggataataataaaaaatacggtgactagcccaaaaataggccgcccta 51259450  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51259451 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 51259546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 27 - 224
Target Start/End: Original strand, 32576872 - 32577069
Alignment:
Q  27 caaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagc 126  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32576872 caaaacaaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggataagaaacaaaaatacagtgactagcccaagaacaggctgccctagc 32576971  T
Q  127 taagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||    
T  32576972 taaagtatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgataaataatactataaacaatcgcat 32577069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 24 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 2065219 - 2065019
Alignment:
Q  24 gaccaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccct 123  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  2065219 gaccaaaacaaagttaattattatcatcaatcaaccaatgttcaatacaagaaggataagaataaaaaatacggtgactagcccaagaacatgctaccct 2065120  T
Q  124 agctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagca 223  Q
    ||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2065119 agctaaagtatgagcaaccatgttcgtttgtctcctaacaaacttcaccttgaagttgaaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaatagca 2065020  T
Q  224 t 224  Q
    |    
T  2065019 t 2065019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 35 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 49951668 - 49951480
Alignment:
Q  35 agttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctat 134  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||  |||    
T  49951668 agttaactattatcattaatcaactaatgttcaatacaataaggataagaataaaaaatacaatgactagcccaagaacaggccgccctagctaaagtat 49951569  T
Q  135 gagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagca 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49951568 gagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaatagca 49951480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 25 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 28426548 - 28426349
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||  || ||    
T  28426548 accaaaacaaagttaactattatcattaatcaaccaatgtttaatacaagaaggataagaattaaaaatacagtgactagcccaagagcaggccacctta 28426449  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  28426448 gctaaagtatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttctcctcgaagttggaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaatcgcat 28426349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 25 - 224
Target Start/End: Original strand, 49119222 - 49119421
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||  || ||    
T  49119222 accaaaacaaagttaactattatcattaatcaaccaatgtttaatacaagaaggataagaattaaaaatacagtgactagcccaagagcaggccacctta 49119321  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  49119322 gctaaagtatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttctcctcgaagttggaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaatcgcat 49119421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 25 - 220
Target Start/End: Original strand, 51734794 - 51734989
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| ||||||    
T  51734794 accaaaacaaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaaaaaggataagaatcaaagatacggtaattagcccaagaacaggccgcccta 51734893  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    |||||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  51734894 gctaaagtatgagcaaccatgttcacttgtcacctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataacagataaataatactagaaacaata 51734989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 42 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 56065981 - 56065799
Alignment:
Q  42 tattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaac 141  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||||    
T  56065981 tattatcattaatcaatcagtgtttaatacaagaagaataagaataaaaaatacggtgactagcccaaatataggccgccctagctaagctatgagcaac 56065882  T
Q  142 catgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  56065881 catgttcgcttgtctcctaacaaacttcatctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatattagaaacaatagcat 56065799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 32 - 224
Target Start/End: Original strand, 41835141 - 41835332
Alignment:
Q  32 caaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagc 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| |||| |    
T  41835141 caaagttaactattatcattaatcaaccaatgt-caatacaagaaagataagaataaaaaatatagtgactagcccaagaacaggccgccctatctaaac 41835239  T
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41835240 tatgaggaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcatctcgaaattggaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaatagcat 41835332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 30 - 224
Target Start/End: Original strand, 18441974 - 18442168
Alignment:
Q  30 agcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaa 129  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18441974 agcaaaattaactattatcaataatgaaccaatgttcaatacaagaaggataaaaattaaaaatacggtgactagcccaagaacaggccgccctagctaa 18442073  T
Q  130 gctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
      ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18442074 aatatgagcaaccattttcgtttgtctcataacaaacttcaccttgaagttggaatataaagataactgataaataatactagaaacaatagcat 18442168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 33 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 21321887 - 21321712
Alignment:
Q  33 aaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagct 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  21321887 aaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggataagaataaaaaatacggtgactagcccaagaacaggccgccctagctaaagt 21321788  T
Q  133 atgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataata 208  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  21321787 atgagcaaccatgatcgcttgtctcttaataaacttcaccttgaagttggaatgtaaagctaactgataaataata 21321712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 33 - 224
Target Start/End: Original strand, 26422432 - 26422623
Alignment:
Q  33 aaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagct 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| |||  |    
T  26422432 aaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaagaataagaattaaaaatacggtgactagcccaagaataggccgccgtagttaaagt 26422531  T
Q  133 atgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||    
T  26422532 atgagcaaccatgtttgtctgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgataaataatactaaaaacaatcgcat 26422623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 45 - 224
Target Start/End: Original strand, 37245694 - 37245873
Alignment:
Q  45 tatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccat 144  Q
    |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||  |||||||||||||    
T  37245694 tatcattaatcaactaatgtgcaatacaagaaggataagagttaaaaatgcggtgactagcccaagaacagaccgccctagctaaagtatgagcaaccat 37245793  T
Q  145 gttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37245794 gttcgattgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaatagcat 37245873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 32 - 220
Target Start/End: Original strand, 44935911 - 44936099
Alignment:
Q  32 caaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagc 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||| || | | ||||||| |    
T  44935911 caaagttaactattatcattaatcaatcaatattcaatacaagaaggataaaaaaaaaaaatacggtgactaacccaagaacatgccgtcatagctaaac 44936010  T
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  44936011 tatgagcaaccatgttcgcttgtctgctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgataaataataatagaaacaata 44936099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 25 - 220
Target Start/End: Original strand, 29655488 - 29655683
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||  ||||||    
T  29655488 accaaagcagagttaactattattattaatcaatcaatgttcaataaaagaatgataagaataaaaaatgcggtgattagccaaagaacaggtcgcccta 29655587  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  29655588 gctaaagtatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcatctcgaagtggaaatgtaaagatagctgataaataatactagaaacaata 29655683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 33 - 224
Target Start/End: Original strand, 28537613 - 28537808
Alignment:
Q  33 aaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaa--tacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaag 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||| |||||  || ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||      
T  28537613 aaagttaactattatcattaatcaaccaatattcaatataagaaggataagaataaaaaaaatatggtgactagtccaaggacaggccgccctagctata 28537712  T
Q  131 --ctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
      |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  28537713 tactatgagcaaccatgttcgcttgtcttctaccaaacttcacctcgaagttggaatgtaatgataactgattaataatactagaaacaatagcat 28537808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 45 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 23095559 - 23095405
Alignment:
Q  45 tatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccat 144  Q
    |||||||||||||| | ||| |||||||| || ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||  |||||| || |||    
T  23095559 tatcattaatcaactaatgtgcaatacaaaaatgataagaattaaaaatgcggtgactagcccaagaacaggccaccctagctaaaatatgagtaatcat 23095460  T
Q  145 gttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactga 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23095459 gttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactga 23095405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 37 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 55735368 - 55735175
Alignment:
Q  37 ttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatga 136  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| |||  ||| ||||| | ||||||||||| ||||||    
T  55735368 ttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggatgagaattaaaaatatggtgattagatcaaaaacagaccgccctagctaaactatga 55735269  T
Q  137 gcaaccatgttcgc------ttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||||||| || ||      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  55735268 gcaaccatatttgcttgtagttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttgaaatgttaagataactgatcaataatactagaaacaatagcat 55735175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 34 - 224
Target Start/End: Original strand, 47226163 - 47226351
Alignment:
Q  34 aagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagcta 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | |  ||||||| ||  |||    
T  47226163 aagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaaaaaagataagaataaaaaatacggtgattagcccaagaaaatgtcgccctagtta--cta 47226260  T
Q  134 tgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    | ||||| |||||| ||||||| |||||||  |||||| | ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47226261 taagcaatcatgtttgcttgtcgcctaacattcttcactttgaagttggaatgtaaagataattgataaataatactagaaacaatagcat 47226351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 39 - 221
Target Start/End: Original strand, 8754299 - 8754481
Alignment:
Q  39 aactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagc 138  Q
    |||||||||||||||||||  | |||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| || |||||||| | || ||| ||||  || ||||    
T  8754299 aactattatcattaatcaaataatgttgaatacaagaaaaataagaataaaaaatacggtgactatccaaagaacagaccgctctatctaaagtacgagc 8754398  T
Q  139 aaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatag 221  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  8754399 aaccatgttcgcttgtctcataacaaacttcatctcgaagttggaatgtaaagataattgataaataatactaaaaacaatag 8754481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 33 - 217
Target Start/End: Original strand, 24989764 - 24989948
Alignment:
Q  33 aaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagct 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||| |||| |||||||| |||| ||| ||||     |||||| |||  |    
T  24989764 aaagttaactattatcattaatcaatcaatgttcaatacaaaaagaataagaataaaaagtacggtgattagctcaaaaacatatcaccctagataaagt 24989863  T
Q  133 atgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaaca 217  Q
    || ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24989864 ataagcaaccgtgttcgtttgtctcttaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgataaataatactagaaaca 24989948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 25 - 129
Target Start/End: Original strand, 10575271 - 10575375
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  10575271 accaaagcaaagttaactattatcattaattaaccaatgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatatggtgactagcccaaaaacaggccgcccta 10575370  T
Q  125 gctaa 129  Q
    |||||    
T  10575371 gctaa 10575375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 25 - 117
Target Start/End: Original strand, 6753941 - 6754032
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6753941 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggataagaataaaaaatacggtgactag-ccaagaacaggc 6754032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 29 - 189
Target Start/End: Original strand, 51364555 - 51364710
Alignment:
Q  29 aagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaat-caaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagct 127  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |||| |||  ||||||||||||||  |||||||  |||| ||||||||||    
T  51364555 aagcaaaattatctattatcattaatcaaccaatgttcaatacaacaacaataaaaataaaaaaatacggtgac--gcccaagggcaggttgccctagct 51364652  T
Q  128 aagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaa 189  Q
    ||  |||||||||| || |||| |||||| ||||||||||||||    ||||||||||||||    
T  51364653 aaagtatgagcaacaatattcgtttgtcttctaacaaacttcac----aagttggaatgtaa 51364710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 33 - 185
Target Start/End: Original strand, 43840155 - 43840307
Alignment:
Q  33 aaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagct 132  Q
    |||||||||||||||| ||||||||  | | ||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| ||| ||   ||||||||| ||||||||| |||  |    
T  43840155 aaagttaactattatcgttaatcaaataattttcaatacatgaaagataagaataaaaaatacgatgattaattcaagaacagactgccctagttaaagt 43840254  T
Q  133 atgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaat 185  Q
    |||| |||||||||||| |||| ||||||| |||||||| |  ||||||||||    
T  43840255 atgaacaaccatgttcgtttgtttcctaaccaacttcactttaaagttggaat 43840307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 25 - 117
Target Start/End: Original strand, 17374597 - 17374689
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggc 117  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  17374597 accaaagtaaatttaactattatcattaatcaactaatgttaaatacaagaatgataagaacaaaaaatacggtaactatcccaagaacaggc 17374689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 25 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 3347470 - 3347351
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||||| |||||  |||||||| |||||||||  |||||| ||| |||||  | ||||||    
T  3347470 accaaagcaaagttaacgattatcattaatcaactaatgtccaatataagaaatataagaataaaaaatacgaggactagtccatgaacatcccgcccta 3347371  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccat 144  Q
    |||||  |||||||||||||    
T  3347370 gctaaaatatgagcaaccat 3347351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 28 - 183
Target Start/End: Original strand, 34926171 - 34926326
Alignment:
Q  28 aaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagct 127  Q
    |||| |||||||| ||||||||| ||||||||| | |||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||| || ||||| || |||  || ||| ||    
T  34926171 aaagtaaagttaattattatcataaatcaaccaatattcaatgcaaaaatgataagaataaaaaatacggtgattaacccaaaaataggtcgctctaact 34926270  T
Q  128 aagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttgga 183  Q
    ||  |||| ||||| || || |||||| || | | |||||||||||| ||||||||    
T  34926271 aaagtatgggcaactatatttgcttgtttcatgaaaaacttcacctcaaagttgga 34926326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 132 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 40727221 - 40727169
Alignment:
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaa 184  Q
    |||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  40727221 tatgagcaactatgctcgcttgacgcctaacaaacttcacctcaaagttggaa 40727169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 220
Target Start/End: Original strand, 7462589 - 7462677
Alignment:
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    ||||| ||| |||||||  ||| ||| ||| ||||||||| || || ||| ||||||||||||||| || |||||||| |||| |||||    
T  7462589 tatgaacaatcatgttcatttgactcttaataaacttcacttcaaaattgaaatgtaaagataactaaacaataatacaagaatcaata 7462677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 184
Target Start/End: Original strand, 21163373 - 21163425
Alignment:
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaa 184  Q
    ||||||||  |||||||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||||    
T  21163373 tatgagcagtcatgttcgcttgacgcctgacaaacttcacctcaaagttggaa 21163425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 24 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 21330788 - 21330756
Alignment:
Q  24 gaccaaagcaaagttaactattatcattaatca 56  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21330788 gaccgaagcaaagttaactattatcattaatca 21330756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 65 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 33583012 - 33582916
Alignment:
Q  65 tcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaa 161  Q
    |||||||||| |||| ||   ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||| |||| |   | |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  33583012 tcaatacaagcaggacaaatctcaaatatacgatgactagcccaagaacaagccgccttagcaagagtgtgagcagccatgttcgcttgtcgcctaa 33582916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 125 - 189
Target Start/End: Original strand, 53997623 - 53997687
Alignment:
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaa 189  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| |  | ||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  53997623 gctaaggtatgagcaaccatattcgcttgacgtcgaacaaacttgacctcaaagttgtaatgtaa 53997687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 164; Significance: 8e-88; HSPs: 27)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 8e-88
Query Start/End: Original strand, 25 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 20205320 - 20205121
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||    
T  20205320 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacgttgactggcccaagaataggctgcccta 20205221  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  20205220 gctaaagtatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctagaagttggaatgtaaagataactgatatataatactagaaacaatagcat 20205121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 28 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 8388448 - 8388252
Alignment:
Q  28 aaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagct 127  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||||    
T  8388448 aaagcaatgttaactattatcattaatcaaccagtgtttaatataagaaggataagaataaaaaatacggtgactagcccaagaacaaaccaccctagct 8388349  T
Q  128 aagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8388348 aagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcccctcgaagttggaatgtaaagaaaactgaaaaataatactggaaacaatagcat 8388252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 25 - 220
Target Start/End: Original strand, 26597288 - 26597474
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  26597288 accaaaacaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaatatacggtgattagtccaagaacaggctgcccta 26597387  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26597388 ---------tgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataattgaaaaataatactagaaacaata 26597474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 32 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 25731166 - 25730978
Alignment:
Q  32 caaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagc 131  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||      
T  25731166 caaatttaactattatcattaatcaaacaatgttcaatacaagaaggataagaataaaaaatacagtgactagcccaagaacaggccgccctagctaaag 25731067  T
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25731066 tatgagcaaccatgttcgcttatctcctaacaaacttcacctggaagttggaatgtaaatataactgataaataatactagaaacaata 25730978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 24 - 199
Target Start/End: Original strand, 22767094 - 22767269
Alignment:
Q  24 gaccaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccct 123  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |    
T  22767094 gaccaaaacaaagttaactattatcattcatcaaccaatgttcaacacaagaagaataagaattaaaaatacggtgactagcccaagaacatgccgcctt 22767193  T
Q  124 agctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactga 199  Q
    ||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22767194 agctaaagtatgagcaaccatgttcgtttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactga 22767269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 29 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 27292794 - 27292600
Alignment:
Q  29 aagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagcta 128  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||    
T  27292794 aagcaaatttaactattatcattaatcaaacaatgttcaatacaagaatgataagaataaaaaatacggtgactagcccaagaacatg-tcccctagcta 27292696  T
Q  129 agctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  27292695 aagtatgagcaaccatgttcgcttgtctcctgataaacttcactttgaagttggaatgtaaagataactgataattaatactagaaacaatagcat 27292600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 32 - 209
Target Start/End: Original strand, 11375351 - 11375528
Alignment:
Q  32 caaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagc 131  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||      
T  11375351 caaagttaattattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggataaaaattaaaaatacggtgaatagcccaagaacaggccgccctagctaaag 11375450  T
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatac 209  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  11375451 tatgagcaactatgttcgcttgtctcttaacaaacttcacctcggagttggaatgtaaagataactcataaataatac 11375528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 25 - 224
Target Start/End: Original strand, 41940558 - 41940758
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaa-atacggtgactagcccaagaacaggctgccct 123  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||| || | |||    
T  41940558 accaaagcaaagttaacaactatcattaatcaaccaatgttcaataaaagaaggataagaataaaaaaatacggtgactagcccaataacaagcagtcct 41940657  T
Q  124 agctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagca 223  Q
    ||||||  ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  41940658 agctaaagtattagcaatcatgttctcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataaccggtaaataatactagaaacaatagca 41940757  T
Q  224 t 224  Q
    |    
T  41940758 t 41940758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 37 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 4268456 - 4268265
Alignment:
Q  37 ttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaat----caaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagct 132  Q
    ||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||| |||     ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||  |    
T  4268456 ttaactattatcattaatcaaacaatgctcaatacaagaaggataataataaaaaaaaaatacggtgactagcccaagaacatgccgccctagataaagt 4268357  T
Q  133 atgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  4268356 atgagcaaccatgttcgcttgtctcctaataaacttcaccttgaagttggaatgtaaagataactgagaattaatactagaaacaatagcat 4268265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 29 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 32632875 - 32632686
Alignment:
Q  29 aagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagcta 128  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  32632875 aagcaaagttaattattatcattaatcaaccaatgttcaatccaagaaggataagaataaaaaatacggtgactagcccaagaacaggccg-cctagcta 32632777  T
Q  129 agctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaat 219  Q
    |  |||| ||||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||    
T  32632776 aagtatgggcaactatgttcgcttgtctcataataaacgtcacctcgaagttagaatgtaaagataacaaataaataatattagaaacaat 32632686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 25 - 224
Target Start/End: Original strand, 30573499 - 30573698
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| ||    
T  30573499 accaaaacaaagttaactattatcattaatcaatcaatgttcaatataagaaggataagaataaaaaatacggtgactaacccaaaaacagaccgcctta 30573598  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||  ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  30573599 gctaaaatatgaacaaccatgttcgcttgtcttctaacaaatttcacctcaaaattaaaatataaagataactgataaataatactaaaaacaatagcat 30573698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 55 - 223
Target Start/End: Original strand, 27532758 - 27532926
Alignment:
Q  55 caaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgt 154  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| |   ||||||||||  ||| || ||||||||||||||||    
T  27532758 caaccattgttcaatacgagaaggataagaataaaaaatacagtgattagcccaagaacatgtcaccctagctaaagtataagtaaccatgttcgcttgt 27532857  T
Q  155 ctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagca 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  27532858 ctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgataaataatacttgaaacaatagca 27532926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 26 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 12660680 - 12660486
Alignment:
Q  26 ccaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctag 125  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||| || |||| ||||||| || ||||| ||| ||||||| | ||| |||| ||||||||||| | |||||    
T  12660680 ccaaagcaaaaataactattatcattaatcaatcaatgtttaatacaaaaaagataaaaataaaaaatatgttgattagctcaagaacaggccgtcctag 12660581  T
Q  126 ctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    ||||  ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12660580 ctaaagtatgagcagtcatgttcgcttgtctcctaacaaacttcagctcgaagttagaatgtaaacataactgaaaaataatactagaaacaata 12660486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 49 - 220
Target Start/End: Original strand, 15988593 - 15988766
Alignment:
Q  49 attaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaa--tacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgt 146  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||  || |||||||||||||| | ||||| ||| |||||||  |||||||||||||||    
T  15988593 attaatcaactaatgttcaatacaagaaggataaaaataaaaaaaatatggtgactagcccaatagcaggccgccttagctaaagtatgagcaaccatgt 15988692  T
Q  147 tcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15988693 ctgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttgtaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaata 15988766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 29 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 26076642 - 26076480
Alignment:
Q  29 aagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagct- 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| || |||||||||||||| ||||  ||     
T  26076642 aagcaaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaagaataagaataaaaaatacagtgattatcccaagaacaggctaccctgacta 26076543  T
Q  128 aagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaa 190  Q
    ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26076542 aaaatatgagcaaccatgtttgcttgtctcctaacaaacttcaccttgaagttggaatgtaaa 26076480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 88 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 23075134 - 23075002
Alignment:
Q  88 aaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgt 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  23075134 aaaaatacggtgactagcccaagaacatgtcgtcctagctaaactatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcaccttaaagttggaatgt 23075035  T
Q  188 aaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  23075034 aaacataactgataaataatactataaacaata 23075002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 25 - 220
Target Start/End: Original strand, 34652083 - 34652271
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||||||||  |||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| | ||   ||||    
T  34652083 accaaagcaaatgtaactattgtccttaatcaaccaatattcaatacaagaaagataagaataaaaaatacggtgactaacccaagaataagccatccta 34652182  T
Q  125 gctaa--gctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    | |||    |||||||||||||||||||||||||    ||||     |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  34652183 gttaaagtatatgagcaaccatgttcgcttgtct----acaa-----acctcgaagttggaatgtaaagataattgataaataatactagaaacaata 34652271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 27 - 224
Target Start/End: Original strand, 30222662 - 30222859
Alignment:
Q  27 caaagcaaagttaactattatcattaa-tcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaa-tacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    ||||| |||| ||| |||||||||||| |||| || ||||||||| |||||| |||||| | ||||| |||| | | ||   ||||||||||| ||||||    
T  30222662 caaaggaaaggtaagtattatcattaaatcaatcaatgttcaatataagaagaataagactaaaaaaatacgctaattatgtcaagaacaggccgcccta 30222761  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
      |||  ||||||||| |||||| || |||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||| ||  ||| ||| ||||||||||||    
T  30222762 attaaagtatgagcaatcatgtttgcatgtctcttaacaaacttcacatcaaagttagaatgtaaagataattgataa--aattctataaacaatagcat 30222859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 37 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 12717862 - 12717679
Alignment:
Q  37 ttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatga 136  Q
    ||||||| |||||||||||||  | |||||| |||||| |||| ||   ||| ||| | |||||||||  ||||||| ||| ||||| |||||| |||||    
T  12717862 ttaactaatatcattaatcaataattgttcattacaagtaggagaaatctcacaaacatggtgactagatcaagaacgggccgccctcgctaaggtatga 12717763  T
Q  137 gcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    |||||||| ||||||||||  | || |||||||| ||  || ||| ||||||||  ||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  12717762 gcaaccatattcgcttgtcgtcgaataaacttcatcttaaaattgaaatgtaaaactaactcaaaaataatatgagaaacaata 12717679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 32 - 103
Target Start/End: Original strand, 2872262 - 2872339
Alignment:
Q  32 caaagttaactattatcattaatcaaccagtg------ttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgacta 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2872262 caaagttaactattatcattaatcaaccaatggcaatgttcaatacaagaaggataaaaatcaaaaatacggtgacta 2872339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 37 - 224
Target Start/End: Original strand, 31908233 - 31908417
Alignment:
Q  37 ttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatga 136  Q
    |||| ||||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||||| ||   |||||||| ||||||| | || ||  | | | | ||  |||  |||||    
T  31908233 ttaattattatcatcaattaaccaatgtttaatacaagaaggataaaaa---aaaatacgatgactagactaaaaatcgaccgtcttaattaaagtatga 31908329  T
Q  137 gcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    ||||||||||| | || ||  ||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  31908330 gcaaccatgtttgtttatcgactaacaaacttcatctcaaagttgaaatgtgaagataactgataaataatattataaacaatagcat 31908417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 37 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 12779086 - 12778903
Alignment:
Q  37 ttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatga 136  Q
    ||||||| ||| |||||||||  | |||||| |||||| |||| ||   ||| ||| | |||||||||  ||||||| ||| ||||| |||||| |||||    
T  12779086 ttaactaatattattaatcaataattgttcattacaagtaggagaaatctcacaaacatggtgactagatcaagaacgggccgccctcgctaaggtatga 12778987  T
Q  137 gcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    |||||||| ||||||||||  | || |||||||| ||  || ||| ||||||||  ||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  12778986 gcaaccatattcgcttgtcgtcgaataaacttcatcttaaaattgaaatgtaaaactaactcaaaaataatatgagaaacaata 12778903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 29 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 26296428 - 26296365
Alignment:
Q  29 aagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaa 92  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  26296428 aagcaaatttaactattatcattaatcaaacaatgttcaatacaagaaggataataataaaaaa 26296365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 32 - 92
Target Start/End: Original strand, 3308174 - 3308234
Alignment:
Q  32 caaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaa 92  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| || ||| |||||    
T  3308174 caaagttaactattatcattaatcgatcaatgttcaatacaagaaggagaaaaataaaaaa 3308234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 32 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 23083698 - 23083639
Alignment:
Q  32 caaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaa 91  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  23083698 caaagttagttattatcattaatcaatcaatattcaatacaagaaggataaaaataaaaa 23083639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 40018966 - 40018900
Alignment:
Q  37 ttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgacta 103  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||| |||| || |||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  40018966 ttaactattatcattaatcaattaatgtttaatataaaaaggataataataaaaaatacggcgacta 40018900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 125 - 189
Target Start/End: Original strand, 25700218 - 25700282
Alignment:
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaa 189  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| |  | ||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  25700218 gctaaggtatgagcaaccatattcgcttgacgtcgaacaaacttgacctcaaagttgtaatgtaa 25700282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 157; Significance: 1e-83; HSPs: 19)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 24 - 224
Target Start/End: Original strand, 34695725 - 34695925
Alignment:
Q  24 gaccaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccct 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| || |||||    
T  34695725 gaccaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggataagaataaaaaatgcggtgacaagcccaagaacaagccgccct 34695824  T
Q  124 agctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagca 223  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  34695825 agctaaagtatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactggtaaattatactagaaacaatagca 34695924  T
Q  224 t 224  Q
    |    
T  34695925 t 34695925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 24 - 224
Target Start/End: Original strand, 34718137 - 34718337
Alignment:
Q  24 gaccaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccct 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| || |||||    
T  34718137 gaccaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggataagaataaaaaatgcggtgacaagcccaagaacaagccgccct 34718236  T
Q  124 agctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagca 223  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  34718237 agctaaagtatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactggtaaattatactagaaacaatagca 34718336  T
Q  224 t 224  Q
    |    
T  34718337 t 34718337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 33 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 9710312 - 9710121
Alignment:
Q  33 aaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagct 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||| | | | |||||||  |    
T  9710312 aaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggataagaactaaaaatacggttactagcccaagaacagaccgtcttagctaaagt 9710213  T
Q  133 atgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  9710212 atgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaattgcat 9710121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 24 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 88925 - 88725
Alignment:
Q  24 gaccaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccct 123  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  88925 gaccgaagcaaaattaactattatcattaatcaaccaatgctcaatacaagaaggataagaataaaaaatacggtgactagcccaagaacaggccgccct 88826  T
Q  124 agctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagca 223  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  88825 agctaaagtatgagcaaccatgttcgcttgtctccaaataaacttcacgttgaagttggaatgtaaagctaactgataaataatactggaaacaatagca 88726  T
Q  224 t 224  Q
    |    
T  88725 t 88725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 29 - 224
Target Start/End: Original strand, 12130464 - 12130659
Alignment:
Q  29 aagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagcta 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||   ||||||||    
T  12130464 aagcaaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggataagaataaaaaatacggtaactagctcaagaataggccctcctagcta 12130563  T
Q  129 agctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  12130564 aagtatgagcaaccatgttcgcttgtctcataacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaatataactgataaataatactagaaataatagcat 12130659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 32 - 224
Target Start/End: Original strand, 1417819 - 1418002
Alignment:
Q  32 caaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaat-caaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaag 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  1417819 caaagttaactattatcattaatcaatcaatgttcaatacaagaaggataagaataaaaaaatacggtgactagcccaagaacagcctgccctagctaaa 1417918  T
Q  131 ctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    ||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1417919 ctatga----------tcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataattgataaataatactagaaacaatagcat 1418002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 29 - 220
Target Start/End: Original strand, 11291891 - 11292080
Alignment:
Q  29 aagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagcta 128  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||    
T  11291891 aagcaaagttatttattatcattaatcaaccaatgtt-aatacaggaaggataagaataaaaaatacggtgactagcccaagaacaagccgacctagcta 11291989  T
Q  129 agctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    |  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  11291990 aagtatgagcaaacatgttcgctcgtctcctaacaaacttcaccttgaagtt-gaatgtatagataactgataaataatactataaacaata 11292080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 29 - 224
Target Start/End: Original strand, 35158668 - 35158866
Alignment:
Q  29 aagcaaagttaactattatcattaatcaa-ccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagct 127  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| || ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||     
T  35158668 aagcaaagttaaatattatcattaatcaaaccaatgttcaatataaaaagcataagaataaaaaatacggtgcctagcccaagaacaggccgccctagcg 35158767  T
Q  128 aagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttca--cctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||    
T  35158768 aaactatgagcaactatgttcgcttgtctcataacaaacttcatgccttgaagttggaatgtaaaaataattgataaataataatagaaacaatagcat 35158866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 27 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 26199045 - 26198848
Alignment:
Q  27 caaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagc 126  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||| | ||| ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| | |   |||||||    
T  26199045 caaagcaaagttaattattatcattaatcaatcaatgttcaatatatgaatgataagaataaaaaatgcggtgactagctcaagaagaagtcaccctagc 26198946  T
Q  127 taagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||  |||||| |||||||||| |||||  |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  26198945 taaagtatgagaaaccatgttcacttgttacctaacaaacttcacctcaaagttgaaatgtaaagataactggtaaataatactagaaacaatagcat 26198848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 28 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 14827441 - 14827246
Alignment:
Q  28 aaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagct 127  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||||| | |  ||||||| |    
T  14827441 aaagcaaagttaactaatatcattaatcaactaatgttcaatacaagaagaataagaatagaaaatgcggtgactagcccaagaatatgtcgccctagat 14827342  T
Q  128 aagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    ||  |||||||||||||||||| |||| || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| || ||| ||||||||    
T  14827341 aaagtatgagcaaccatgttcgtttgt-tcttaactaactttacctcgaagttggaatgtaaagataactaatacataatattataaataatagcat 14827246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 29 - 222
Target Start/End: Original strand, 13109698 - 13109888
Alignment:
Q  29 aagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagcta 128  Q
    |||||||||||| ||||||| | |||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||   || |  ||||||||||    
T  13109698 aagcaaagttaattattatcgtaaatcaaacaatgttcaatacaagaaggataagagtaaaaaatacggtgactaaaccaa---catgtcgccctagcta 13109794  T
Q  129 agctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagc 222  Q
    |  ||||| |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  13109795 aagtatgaacaactatgttcgtttgtctcctgacaaacttcacctcaacgttggaatgtaaagataactgataaataatactggaaacaatagc 13109888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 37 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 25552498 - 25552312
Alignment:
Q  37 ttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatga 136  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||    |||| ||||  |||||    
T  25552498 ttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatataagaaggataagaataaaaaatacggtgactaacctaagaacaggtcttcctaactaaagtatga 25552399  T
Q  137 gcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagca 223  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||  || ||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||    
T  25552398 gcaaccatgttcacttgtctcttaacaaatttcatcttaaaattgaaatgtaaaaataactgataaataatattagaaataatagca 25552312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 88 - 220
Target Start/End: Original strand, 18344179 - 18344311
Alignment:
Q  88 aaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgt 187  Q
    ||||||||| ||| ||| | || ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  18344179 aaaaatacgatgattagtctaacaacaggccgccctagctaaagtatgagcaaccatgttcgcttatctcctaacaaatttcaccttgaagttggaatgt 18344278  T
Q  188 aaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  18344279 aaagataactgataattaatactagaaacaata 18344311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 54 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 22845859 - 22845732
Alignment:
Q  54 tcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttg 153  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||||||  |||||||||||  |||||||||  |||||||||||    
T  22845859 tcaaccaaagttcaatacaagaaggataagaataaaaaatatggtgactagcttaagaacaggtcgccctagctaaagtatgagcaa--atgttcgcttg 22845762  T
Q  154 tctcctaacaaacttcacctcgaagttggaa 184  Q
    | |||||||||||||||| | ||||||||||    
T  22845761 t-tcctaacaaacttcacattgaagttggaa 22845732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 119 - 224
Target Start/End: Original strand, 44017234 - 44017339
Alignment:
Q  119 gccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaa 218  Q
    ||||||| |||  |||||||||| |||||  |||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  44017234 gccctagttaaagtatgagcaactatgtttacttgtctcctaacacacttcatatcgaagttagaatgaaaagataactgataaataatacaagaaacaa 44017333  T
Q  219 tagcat 224  Q
    | ||||    
T  44017334 tggcat 44017339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 132 - 213
Target Start/End: Original strand, 10244499 - 10244580
Alignment:
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactaga 213  Q
    ||||||||| ||||||| |||| | | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||    
T  10244499 tatgagcaatcatgttcacttgccgcttaataaacttcacctcgaagttggaatctaaagctaactcagaaataatactaga 10244580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 133 - 218
Target Start/End: Original strand, 36445449 - 36445534
Alignment:
Q  133 atgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaa 218  Q
    ||||||||| ||||||| ||||    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||||    
T  36445449 atgagcaactatgttcgtttgttgtttaataaacttcacctcgaagttggaatgtaaagagaattgaaaaataatatgagaaacaa 36445534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 25 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 43294008 - 43293918
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacag 115  Q
    |||||| |||| ||||||   ||||||||| || |  |||| ||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43294008 accaaaacaaacttaacttaaatcattaattaaacgatgtttaatacaagaaggataaagataaaaaatacggtgactagtccaagaacag 43293918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 143 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 43293900 - 43293835
Alignment:
Q  143 atgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataata 208  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||| ||||||||||||| |||  |||||||    
T  43293900 atgttcgcttgtcgcctaataagcttcacctcgaggttgaaatgtaaagataattgagcaataata 43293835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 153; Significance: 3e-81; HSPs: 20)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 24 - 220
Target Start/End: Original strand, 477877 - 478073
Alignment:
Q  24 gaccaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccct 123  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  |||||    
T  477877 gaccaaaacaaagttaattattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggataagaataaaaaatacggtgattagcccaagaacaggacgccct 477976  T
Q  124 agctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  477977 agctaaggtatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcaccttgaagttggaatgtaaagataactgataaataatattagaaacaata 478073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 32 - 224
Target Start/End: Original strand, 40588559 - 40588751
Alignment:
Q  32 caaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagc 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||      
T  40588559 caaagttaactattatcattaatcaactaatgttcaatacaagaaggataaaaataaaaaatacggtgactagcccaagaacaggccgccctagctaaag 40588658  T
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  40588659 tatgtgcaatcatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgataaataatactataaacaatagcat 40588751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 32 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 13415381 - 13415189
Alignment:
Q  32 caaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagc 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||      
T  13415381 caaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggataaaaataaaaaatacggtgactagcccaagaacagaccgccctagctaaag 13415282  T
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  13415281 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctagcaaacttcaccttgaagttggaatgtaaagataattgataaataatactaaaaacaatagcat 13415189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 25 - 224
Target Start/End: Original strand, 598059 - 598258
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||    
T  598059 accaaagcaaatttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatataagaaggataagaataaaaaatacggtgactagcctaagaacagaccgcctta 598158  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  598159 gctaaagtatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaatttcaccacgaagttgaaatgtaaagataactaataaataatactagaaacaatagcat 598258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 33 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 11870621 - 11870430
Alignment:
Q  33 aaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagct 132  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |    
T  11870621 aaagttaactattattattaaccaacaaatgttcaatacaagtaggataagaataaaaaatatggtgattagcccaagaacaggttgccctagctaaagt 11870522  T
Q  133 atgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11870521 atgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttagaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaatagcat 11870430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 49 - 220
Target Start/End: Original strand, 33642610 - 33642781
Alignment:
Q  49 attaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttc 148  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||  ||||| |||||||||||    
T  33642610 attaatcaactaatgttcaatacaagaatgataagaataaaaaatacggtgactagcccaagaacagaccaccctagctaaagtatgaacaaccatgttc 33642709  T
Q  149 gcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33642710 gcttgtctcctaacaaacttcgccttgaagttggaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaata 33642781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 25 - 208
Target Start/End: Original strand, 36194443 - 36194626
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |   |||||    
T  36194443 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggataagaattaaaaatacggtgactagctcaagaacatgtcacccta 36194542  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataata 208  Q
    ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||  || ||||||||    
T  36194543 gctaaactatgagcaaccatgttttcttgtctcctaacaaacttcatctcgaaattgaaatataaagataatcgataaataata 36194626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 45 - 224
Target Start/End: Original strand, 185435 - 185612
Alignment:
Q  45 tatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccat 144  Q
    |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| || |||| ||||  ||||||||||| |||||| |||| ||    
T  185435 tatcattaattaaccaatgtgcaatacaagaaggataagaattaaaaatgcggtgactatcc-aagatcaggtcgccctagctaaactatgaccaactat 185533  T
Q  145 gttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  185534 gttcgcttgtctcctaacaaactacacctcgaa-tgtgaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaatagcat 185612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 77 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 7127536 - 7127393
Alignment:
Q  77 ggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcga 176  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  7127536 ggataagaattaaaaatgcggtgactagcccaagaacagaccgccctagctaaagtatgagcaatcatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacatcaa 7127437  T
Q  177 agttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  7127436 agttggaatgtaaagataactgataaataatacttgaaacaata 7127393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 73 - 224
Target Start/End: Original strand, 3606607 - 3606760
Alignment:
Q  73 agaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgc--cctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttca 170  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  |  |||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3606607 agaatgataagaattaaaaatacggtgactagcctaagaacaggcgtcaccctagctaaagtatgaacaaccatattcgcttgtctcctaacaaacttca 3606706  T
Q  171 cctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3606707 cctcgaagttagaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaatagcat 3606760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 62 - 220
Target Start/End: Original strand, 8450982 - 8451140
Alignment:
Q  62 tgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaa 161  Q
    ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||   ||| |||||| |||   ||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  8450982 tgttccatacaagaaggataaggataaaaaatacggtgactagcctaagacagggccgccctaactagagtatgaacaaccatgttcgcttgtctcntaa 8451081  T
Q  162 caaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  8451082 caaacttcacctcgaagtttgaatgtaaagataactgatanataatactagacacaata 8451140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 33 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 28315463 - 28315316
Alignment:
Q  33 aaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagct 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||||| |||||| | |||||||||||  |    
T  28315463 aaagttaactattatcattaatcaattaatgttcaatacaagaaggataaaaataaaaaa-acggcgactagcccaggaacagaccgccctagctaaaat 28315365  T
Q  133 atgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttg 181  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||||||||    
T  28315364 atgagcaaccatgtttgcttatctgctaacaaacttcgcctcgaagttg 28315316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 25 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 9497142 - 9496948
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||| || |||||||  ||  || ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  9497142 accaaagcaaaattaattattatcattaatcaatcaatgttcaac-cagaaaagataagaataaaaaatacggtgactagtccaagaacaggccgcccta 9497044  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    |||||  ||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| ||||||| || || || |||||||  ||| |||||||    
T  9497043 gctaaagtataagcaactatgttcgcttgtctcctaataaacttcactctgaagttgggatgtaaatatcacagataaataatgttagcaacaata 9496948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 122 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 23854200 - 23854098
Alignment:
Q  122 ctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatag 221  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||    
T  23854200 ctagctaaagtatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaagttcaccttgaagttggaatgtaaagataacggataactaatactagaaacaatag 23854101  T
Q  222 cat 224  Q
    |||    
T  23854100 cat 23854098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 132 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 37712331 - 37712239
Alignment:
Q  132 tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||||||||||||||| || |||||| ||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  37712331 tatgagcaaccatgtttgcatgtctcttaacagacttcacatcgaagttagaatgtaaagataactcataaataatactagaaacaatagcat 37712239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 24 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 32555141 - 32555081
Alignment:
Q  24 gaccaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataaga 84  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  32555141 gaccaaaacaaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaataaaagaaggataaga 32555081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 86 - 190
Target Start/End: Original strand, 8670197 - 8670301
Alignment:
Q  86 tcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagc-tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaa 184  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||  | |||||||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||| ||||||| |    
T  8670197 tcaaagatacggtgactagtccaagaacaggccgccctag-taagagtgtgagcaaccatgtttgtttgtcgcctaacaaactttacctcaaagttggga 8670295  T
Q  185 tgtaaa 190  Q
    ||||||    
T  8670296 tgtaaa 8670301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 44 - 129
Target Start/End: Original strand, 34707886 - 34707971
Alignment:
Q  44 ttatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaa 129  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||  | ||||| |||| || ||||||||    
T  34707886 ttatcattaatcaatcaatgttcaatacaagaagaataagaataaaaaatacgatgactaatctaagaataggccgctctagctaa 34707971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 96 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 4275999 - 4275914
Alignment:
Q  96 ggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttg 181  Q
    ||||||||||| |||||| ||   ||||| ||||  |||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||    
T  4275999 ggtgactagcctaagaaccggtcaccctaactaaattatgagcaaccatactcgcttgtcgcctaataaacttcacctcaaagttg 4275914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 167 - 220
Target Start/End: Original strand, 14264970 - 14265023
Alignment:
Q  167 ttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    |||||||||||||||||| ||| || |||||||  |||||||| ||||||||||    
T  14264970 ttcacctcgaagttggaacgtatagctaactgatcaataatacaagaaacaata 14265023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 144; Significance: 7e-76; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 29 - 224
Target Start/End: Original strand, 11731495 - 11731690
Alignment:
Q  29 aagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagcta 128  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11731495 aagcaaagctaactattatcattaatcaacgaatgttcaatacaagaagaataagaataaaaaatatggtgactagcccaagagcaggctgccctagcta 11731594  T
Q  129 agctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  11731595 aagtatgagcaaccatgttcgcttgcctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgataaatattactagaaacagtagcat 11731690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 28 - 224
Target Start/End: Original strand, 15605819 - 15606015
Alignment:
Q  28 aaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagct 127  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| | || |||||||||    
T  15605819 aaagcaaaattaactattatcattaattaaccaatgttcaatacaagaaggataagaataataaatatggtgactagcccaagaataagccgccctagct 15605918  T
Q  128 aagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    ||   |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15605919 aaagcatgagcaaccatgttcgcttgtctgctaacaaaattcacctcgaagttggaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaatagcat 15606015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 59 - 224
Target Start/End: Original strand, 34104321 - 34104486
Alignment:
Q  59 cagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcc 158  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34104321 cagtgttcaatacgagaaggataagaataaaaaatacggtgactagcccaagaacatgccgccatagctaagctatgagcaaccatgtttgcttgtctcc 34104420  T
Q  159 taacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34104421 taacaaacttcacctcgaagttcgaatgtaaagataactgaaaaataatactaaaaacaatagcat 34104486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 49 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 14680503 - 14680329
Alignment:
Q  49 attaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttc 148  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||||||    
T  14680503 attaatcaaccaatgttcaatacaagaaggatgaaaataaaaaatacggtgactagcctgagaacaggccgccctagttaaagtatgagcaaccatgttc 14680404  T
Q  149 gcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagca 223  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14680403 gcatgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgataaataatactagaaacaatagca 14680329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 25 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 27443287 - 27443096
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||           || |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  27443287 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaa-----------tagaagaaggatatgaatcaaaaatacagtgactagcccaagaacagaccgcccta 27443199  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagt---tggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatag 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27443198 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttctctcctaacaaacttcacctcaaagttggtggaatgtaaagataactgaaatataatactagaaacaatag 27443099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 37 - 224
Target Start/End: Original strand, 21944462 - 21944649
Alignment:
Q  37 ttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatga 136  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||| ||||  |||||    
T  21944462 ttaacaattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaaggataagaataaaaaatacggtgactagcacaagaacctgctgctctaactaaagtatga 21944561  T
Q  137 gcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    ||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21944562 gcaacaatgatcgcttgtcttttaacaaacttcacatcgaagttggaatataaaaataactgataaataatactagaaacaatagcat 21944649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 66 - 208
Target Start/End: Original strand, 15053038 - 15053180
Alignment:
Q  66 caatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaa 165  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||| |||||||| ||||||||    
T  15053038 caatataagaaggataagaattaaaaatacggtgattaacctaggaacaggctgccctagctaaagtatgagcaatcatgtttgcttgtcttctaacaaa 15053137  T
Q  166 cttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataata 208  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  15053138 cttcacctcgaaattggaatgtaaatataattgataaataata 15053180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 88 - 219
Target Start/End: Original strand, 19690764 - 19690895
Alignment:
Q  88 aaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgt 187  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| || ||   |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||||    
T  19690764 aaaaatacagtgactagcccaagaacaggtcgcccttgcaaaaacatgagcaatcatgttcgcttgtttcctaacaaacttcacctcaaagtttaaatgt 19690863  T
Q  188 aaagataactgaaaaataatactagaaacaat 219  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19690864 aaagataactgataaataatactagaaacaat 19690895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 105 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 28107424 - 28107309
Alignment:
Q  105 cccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaat 204  Q
    |||||||||| | ||||||||||||  |||||||||||||||| | ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  28107424 cccaagaacaagttgccctagctaaagtatgagcaaccatgtttggttgtctcctaacaaactacagctcgaagttggaatgtaaagataactaataaat 28107325  T
Q  205 aatactagaaacaata 220  Q
    ||||||||||||||||    
T  28107324 aatactagaaacaata 28107309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 142 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 3100494 - 3100415
Alignment:
Q  142 catgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgt-aaagataactgaaaaataatactagaaacaata 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  3100494 catgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcaaagttggaatgtaaaagataactgataaataatactataaacaata 3100415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 33 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 3101336 - 3101261
Alignment:
Q  33 aaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaa 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3101336 aaagttaactattatcattaatcaacaa-tgttcaatacaacaaggataagaataaaaaatacggtgactagcccaa 3101261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 63 - 224
Target Start/End: Original strand, 29367915 - 29368077
Alignment:
Q  63 gttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagc-tatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaa 161  Q
    |||||||||||||| |||||| || |||||||  |||  ||||  ||||||| |  |||||| ||||   |||||  ||| |||||||||||| ||||||    
T  29367915 gttcaatacaagaacgataagtataaaaaatagtgtggttagcgtaagaacatgtcgccctaactaaaagtatgaataactatgttcgcttgtttcctaa 29368014  T
Q  162 caaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    ||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||    
T  29368015 caaactttaccttgaagttggaaggtaaagataactgataactaatactagaagcaatagcat 29368077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 32 - 92
Target Start/End: Original strand, 19690332 - 19690392
Alignment:
Q  32 caaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaa 92  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  19690332 caaagttaactattatcattaatcaaccaatgttcaatacaagaagaataagaataaaaaa 19690392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 86 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 5542671 - 5542541
Alignment:
Q  86 tcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaat 185  Q
    ||||||| | ||||||||| ||||||| | || |||||||| |   |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |  || |||| |||||    
T  5542671 tcaaaaacatggtgactagaccaagaatatgccgccctagcaagtgtatgagcaaccatgttcgcttgtcgcctagcaaactttatgtcaaagtcggaat 5542572  T
Q  186 gtaaagataactgaaaaataatactagaaac 216  Q
    || ||| ||||  | |||||||| |||||||    
T  5542571 gtgaagctaacatagaaataatattagaaac 5542541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 32 - 104
Target Start/End: Original strand, 1992479 - 1992551
Alignment:
Q  32 caaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactag 104  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| | || |||  ||||||||||||||| ||||||| | |||||||    
T  1992479 caaagttaactattataattaatcaaccaatattaaatctaagaaggataagaataaaaaatatgatgactag 1992551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0446 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 1)
Name: scaffold0446
Description:

Target: scaffold0446; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 42 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 538 - 356
Alignment:
Q  42 tattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaac 141  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||||    
T  538 tattatcattaatcaatcagtgtttaatacaagaagaataagaataaaaaatacggtgactagcccaaatataggccgccctagctaagctatgagcaac 439  T
Q  142 catgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  438 catgttcgcttgtctcctaacaaacttcatctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatattagaaacaatagcat 356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 119; Significance: 6e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 25 - 224
Target Start/End: Original strand, 44074 - 44265
Alignment:
Q  25 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgcccta 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||           || |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  44074 accaaagcaaagttaactattatcattaatcaa-----------tagaagaaggatatgaatcaaaaatacagtgactagcccaagaacagaccgcccta 44162  T
Q  125 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagt---tggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaatag 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  44163 gctaagctatgagcaaccatgttcgcttctctcctaacaaacttcacctcaaagttggtggaatgtaaagataactgaaatataatactagaaacaatag 44262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0198 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0198
Description:

Target: scaffold0198; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 67 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 20481 - 20330
Alignment:
Q  67 aatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaac 166  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| || ||| |||||||||||||||||||||    
T  20481 aatacaagaatgataagaataaaaaatacgatgactagcccaagaacaggttgccctagctaaagtatgagtaatcatattcgcttgtctcctaacaaac 20382  T
Q  167 ttcacctcgaagttggaatgtaaagataactgaaaaataatactagaaacaa 218  Q
    |||||||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20381 ttcacctcaaagttgacatgtaaagataactgataaataatactagaaacaa 20330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0922 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0922
Description:

Target: scaffold0922; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 88 - 224
Target Start/End: Original strand, 149 - 285
Alignment:
Q  88 aaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaaacttcacctcgaagttggaatgt 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||| |||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  149 aaaaatacggtgactagcccaagaacaagtcgtcctagttaaagtatgagcaaccgtgttcgcttgtctcctaacaaacttcacatcgaagttggaatgt 248  T
Q  188 aaagataactgaaaaataatactagaaacaatagcat 224  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  249 aaggataactgataaataatactagaaacaatagcat 285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0067 (Bit Score: 47; Significance: 5e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0067
Description:

Target: scaffold0067; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 24 - 94
Target Start/End: Original strand, 26122 - 26192
Alignment:
Q  24 gaccaaagcaaagttaactattatcattaatcaaccagtgttcaatacaagaaggataagaatcaaaaata 94  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26122 gaccgaagcaaagttaaccattatcattaatcgaacaatgttcaatacaagaaggataagaataaaaaata 26192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0252 (Bit Score: 46; Significance: 2e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0252
Description:

Target: scaffold0252; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 65 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 13444 - 13321
Alignment:
Q  65 tcaatacaagaaggataagaatcaaaaatacggtgactagcccaagaacaggctgccctagctaagctatgagcaaccatgttcgcttgtctcctaacaa 164  Q
    |||||||||| |||| ||   ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||   |||||| |||||||||||||||  |||||||    
T  13444 tcaatacaaggaggacaaatctcaaagacacggtgactagcccaagaacaggccgccctagc-aagag-tgagcagccatgttcgcttgtcgtctaacaa 13347  T
Q  165 acttcacctcgaagttggaatgtaaa 190  Q
    |||| ||||| ||||||| |||||||    
T  13346 actttacctcaaagttgggatgtaaa 13321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University