View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18129_high_4 (Length: 380)

Name: NF18129_high_4
Description: NF18129
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18129_high_4
NF18129_high_4
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (14-367)||(20812086-20812439)
chr5 (14-367)||(20838441-20838794)
chr5 (14-365)||(15802722-15803073)
chr5 (14-364)||(30417632-30417982)
chr5 (14-362)||(12599091-12599439)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (22-367)||(3398567-3398912)
chr8 (16-365)||(31175658-31176007)
chr8 (20-365)||(3363980-3364325)
chr8 (20-365)||(3391581-3391926)
chr8 (14-365)||(3314669-3315020)
chr8 (14-365)||(3407362-3407713)
chr8 (14-367)||(3262666-3263018)
chr8 (14-362)||(3286554-3286902)
chr8 (21-365)||(3267244-3267588)
chr8 (22-365)||(7164699-7165043)
chr8 (123-362)||(3374892-3375131)
chr8 (25-367)||(13808514-13808856)
chr8 (20-359)||(3325045-3325384)
chr8 (237-367)||(13787255-13787385)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (15-365)||(6905846-6906196)
chr3 (20-332)||(32411128-32411437)
[»] scaffold0468 (1 HSPs)
scaffold0468 (14-365)||(6185-6536)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (22-365)||(14766994-14767337)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (20-365)||(8371704-8372049)
chr7 (151-197)||(36213885-36213931)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (14-107)||(4320538-4320631)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (163-199)||(5447564-5447600)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 20812439 - 20812086
Alignment:
Q  14 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgc 113  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20812439 catcacgtgataatccttcgtatccacatagtgatatatatgcaatgctttttgatcttgctattgaatagggcacttgtttgataccagtatttgctgc 20812340  T
Q  114 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  20812339 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaacttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattta 20812240  T
Q  214 tagatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagc 313  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20812239 tagatctctcttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgatattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagc 20812140  T
Q  314 tcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctg 367  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20812139 tcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctg 20812086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 14 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 20838794 - 20838441
Alignment:
Q  14 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgc 113  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20838794 catcatgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatccaatgctttttgatcttgctattgaatagggcacttgtttgataccagtatttgctgc 20838695  T
Q  114 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20838694 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 20838595  T
Q  214 tagatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagc 313  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20838594 tagatctctcttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgatattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagc 20838495  T
Q  314 tcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctg 367  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20838494 tcggacattccatcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctg 20838441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 14 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 15803073 - 15802722
Alignment:
Q  14 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgc 113  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||  | || ||| | ||||||| |||||  | ||||||||||||    
T  15803073 catcatgtgataatcctttatatccacatagagatatatatccaatgctttttgatctgacgatcgaaaaaggcacttgtttgactctagtatttgctgc 15802974  T
Q  114 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 213  Q
     ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | | ||||||||    
T  15802973 cattagagttttcaaggattccatttgcaatatatcttcgtctaatttgtcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagttttcactgttctcaattga 15802874  T
Q  214 tagatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagc 313  Q
    ||||||||| |||||||||||  ||||||  |||||||| |||||||||||||||  ||||| ||||| || ||||||| | |||||||||| | ||  |    
T  15802873 tagatctctcttgggagattgctaagactcgtacagtccttcaaatttatcagaagaagattgttgagatctccaatggacgggtgtacctccaacagac 15802774  T
Q  314 tcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtc 365  Q
    |  |||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  15802773 tttgacaatccttcataattagcttttctaggtttggtaattttgaaaagtc 15802722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 14 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 30417982 - 30417632
Alignment:
Q  14 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgc 113  Q
    |||||||||  ||||||||| ||||||| || ||||||||  |||||||| | || ||  |||| ||| | ||  ||| ||  ||||||||  |||||||    
T  30417982 catcacgtgcaaatccttcaaatccacacagggatatataaacaatgcttttcgaactaactatggaaaaaggtgctttttctataccagttcttgctgc 30417883  T
Q  114 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 213  Q
     ||||||| | ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||    ||| ||||||||||||  ||| || |||||| |||| || |||||||||    
T  30417882 cattagagttttcaaggatttcatttgcactacatcttcttccaattcagtaatgtttgaacaaccatcaagtatgagagttgtcacagacatcaattga 30417783  T
Q  214 tagatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagc 313  Q
     | |||||| |||| |||||| |||||||| |||| ||| | |||||||||||||  ||||| ||||| || ||||||| | ||||||||||   ||| |    
T  30417782 gatatctctcttggtagattgccaagacttgtacaatccttaaaatttatcagaagaagattattgagatctccaatggacgggtgtacctcggacaaac 30417683  T
Q  314 tcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagt 364  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||    
T  30417682 ttggacaatccttcataatgagcttttctagactcggtaataatgaaaagt 30417632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 14 - 362
Target Start/End: Original strand, 12599091 - 12599439
Alignment:
Q  14 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgc 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||||| |   ||||  |||||||| ||  |||||||| |||   ||||||   ||    
T  12599091 catcacgtgataatccttcatatccacacaaggatatatatccaatgcttttcagtcttagtattgaatgggaaacttcttttatagatgtatttttggc 12599190  T
Q  114 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 213  Q
    ||| || | ||||||||||||||| || | ||| ||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | | ||||||||    
T  12599191 aatcagtgttgtcaaggattccatctgtactatgtcttcttccaacttgctaatctttgaacaaccagaaagtataagagttttcaaagttttcaattga 12599290  T
Q  214 tagatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagc 313  Q
    ||||||||   ||||||||||| ||||||| |||||||| | ||||| | |||||  |||||| | || || ||||||| ||||| |||||||  ||| |    
T  12599291 tagatctcccgtgggagattggtaagacttgtacagtccttgaaattcaacagaagtagattcctaagatctccaatggactggtatacctcatacaaac 12599390  T
Q  314 tcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaa 362  Q
      ||||| | ||| ||| | || |||||||||||||| |||||||||||    
T  12599391 atggacaattcttgatagtaagtttttctagattcggcaattttgaaaa 12599439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 22 - 367
Target Start/End: Original strand, 3398567 - 3398912
Alignment:
Q  22 gataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaattagag 121  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  | || ||| | || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3398567 gataatcctttatatccacatagagatatatatgcaatgctttttgatctaacaatcgaaaaaggaacttgtttgacaccagtatttgctgcaattagag 3398666  T
Q  122 ctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatctc 221  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  3398667 ttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttccaatttgtcaatctttgaacaaccagaaataatgagagttttcactgatttcaattgatagatctc 3398766  T
Q  222 ttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagctcggacag 321  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||    
T  3398767 tcttgggagattggcaagacttgtacagtccctcaaatttatcagaacgagactcttgaggtccccaatggactggtgtacctcagacaagctcggacag 3398866  T
Q  322 tccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctg 367  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3398867 tccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctg 3398912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 16 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 31176007 - 31175658
Alignment:
Q  16 tcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaa 115  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31176007 tcacatgataatccttcatatccacatagagatatatatgcaatgctttttgatcttgctattgaatagggcacttgtttgataccagtatttgctgcaa 31175908  T
Q  116 ttagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgata 215  Q
    ||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||| || |||    
T  31175907 ttaaagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttccaatttgtcaatcattgaacaaccagaaagaatgagacttttcactgatctcactttata 31175808  T
Q  216 gatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagctc 315  Q
    || |||||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||| ||  ||||||||||| || ||||||| |  ||| |||||   ||| ||     
T  31175807 gacctcttttgggagattgccaagacttgtacagtccttaaaatttatcaaaagaagattcttgagatctccaatggacgtgtgcacctcggacaaactt 31175708  T
Q  316 ggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtc 365  Q
     |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  31175707 tgacaatccttcataattagcttttctagatttggtaattttgcaaagtc 31175658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 20 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 3364325 - 3363980
Alignment:
Q  20 gtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaattag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||  |||| ||| | ||   || |||||  |||||||||||||| |||||    
T  3364325 gtgataatccttcatatccacatagagatatatatccaatgctttttgatctcactatcgaaaatggtggttgtttgactccagtatttgctgccattag 3364226  T
Q  120 agctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatc 219  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||   | ||||||||||||||    
T  3364225 agttgtcaaggattccatttgcactatatcttcttccaatttgtcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagtttccactcttctcaattgatagatc 3364126  T
Q  220 tcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagctcggac 319  Q
    ||| ||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||||| || ||  ||||||||||| || ||||||| | |||||||||| | ||| ||  |||    
T  3364125 tctcttgggagattgccaagactcgtacagtccttcaaatttaacataagaagattcttgagatctccaatggacgggtgtacctccagcaaactttgac 3364026  T
Q  320 agtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtc 365  Q
    | ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  3364025 aatccttcataattagcttttctaggtttggtaattttgaaaagtc 3363980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 20 - 365
Target Start/End: Original strand, 3391581 - 3391926
Alignment:
Q  20 gtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaattag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||  |||| ||| | ||   || |||||  |||||||||||||| |||||    
T  3391581 gtgataatccttcatatccacatagagatatatatccaatgctttttgatctcactatcgaaaatggtggttgtttgactccagtatttgctgccattag 3391680  T
Q  120 agctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatc 219  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| | | ||||||||||||||    
T  3391681 agttgtcaaggattccatttgcactatatcttcttccaatttgtcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagtttccactgttctcaattgatagatc 3391780  T
Q  220 tcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagctcggac 319  Q
    ||| |||||||||||  ||||||  |||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||| || ||||||| | |||||||||| | ||  ||  |||    
T  3391781 tctcttgggagattgctaagactcgtacagtccttcaaatttaacagaagaagattcttgagatctccaatggacgggtgtacctccaacagactttgac 3391880  T
Q  320 agtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtc 365  Q
    | ||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  3391881 aatccttcataattagcttttctaggtttggtaactttgaaaagtc 3391926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 14 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 3315020 - 3314669
Alignment:
Q  14 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgc 113  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| || ||||| |  | || ||| | || |||| ||||| |||||| ||||||||    
T  3315020 catcacgtgataaaccttcatattcacatagggatatatatccaatgttttttgatttaacaatcgaaaaaggaacttgtttgacaccagtttttgctgc 3314921  T
Q  114 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 213  Q
    |||||| | |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  3314920 aattagggttgtcaatgatttcatttgcactatatcttcttccaatttttcaatctttgaacaaccagaaagaatgaaagttttcaccgatgtcaattga 3314821  T
Q  214 tagatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagc 313  Q
    ||||||||| ||||||||||   ||||||| |||||||| | ||||||||||| |  || |||||||| || ||||||| |  |||||| |||| ||| |    
T  3314820 tagatctctcttgggagatttctaagacttgtacagtccttgaaatttatcaggagaagcttcttgagatctccaatggacgagtgtacttcaaacaaac 3314721  T
Q  314 tcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtc 365  Q
    |  |||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3314720 tttgacaatctttcataatgagattttctaggttcggtaattttgaaaagtc 3314669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 14 - 365
Target Start/End: Original strand, 3407362 - 3407713
Alignment:
Q  14 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgc 113  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  |  ||| |  |||||||  | || ||| | ||||||| ||||| ||||| |||| ||||    
T  3407362 catcacgtgataatccttgatatccacatagagatatatgggtgatgttctttgatctaacaatcgaaaaaggcacttgtttgacaccagcattttctgc 3407461  T
Q  114 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 213  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||| ||    
T  3407462 aattagagttgtcaaggatttcatttgcactatatcttcttccaatttgacaatctttgaacaaccagaaaggatgagagttttcactgatctcaatcga 3407561  T
Q  214 tagatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagc 313  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||||||||  ||| ||| |||||||||| ||||  ||||||||||| || ||||||| | ||||||  ||    || |    
T  3407562 tagatctctcttgggagattaacaagacttgcacaatccttcaaatttatgagaagaagattcttgagatctccaatggacgggtgtatgtcggataaac 3407661  T
Q  314 tcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtc 365  Q
    |  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3407662 tttgacaatccttcataatgagtttttctagattcggtaattttgaaaagtc 3407713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 14 - 367
Target Start/End: Original strand, 3262666 - 3263018
Alignment:
Q  14 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgc 113  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| | ||| ||||    |||    
T  3262666 catcacgtgaaaatcct-catatccacatagggatatatatccaatgctttttgatcttactattgaatagggcacctctttcacacctgtatcctttgc 3262764  T
Q  114 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 213  Q
    ||| || | ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||  ||| |||||||     
T  3262765 aatcagtgttgtcaaggattccatctgcactatgtcttcttccaatttgtcaatctttgagcaaccagaaagtatgagagttttcaaagatttcaattgg 3262864  T
Q  214 tagatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagc 313  Q
    || || |  |||||||||||   ||||||| |||||||| |||||||||||| |   |||   ||||| || ||||||| ||||||||||| |  |||||    
T  3262865 tatatattctttgggagattttgaagacttctacagtccttcaaatttatcatatgaagacgattgagatctccaatggactggtgtaccttagacaagc 3262964  T
Q  314 tcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctg 367  Q
      ||||| | |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3262965 atggacaattcttcatgatgagcttttctagattcggtgattttgaaaagtctg 3263018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 14 - 362
Target Start/End: Original strand, 3286554 - 3286902
Alignment:
Q  14 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgc 113  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||| | | | |||||   |||    
T  3286554 catcatgtgataatccttcatatccacatagggatatatatctgatgctttttgatcttacaattgaaaagggcacttctttaacagctgtattatttgc 3286653  T
Q  114 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 213  Q
    ||| || | ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||  ||| ||| ||||    
T  3286654 aatcagtgttgtcaaggattccatctgcactatgtcttcttccaacttgtcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagtgttcaaagatttcagttga 3286753  T
Q  214 tagat-ctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaag 312  Q
    ||||| ||| ||||||||||||  ||||| | |||||||| ||||||||| || ||  || || ||||| || |||||||   |||||||||||  |||     
T  3286754 tagatactc-tttgggagattgctaagacctatacagtccttcaaatttaacataagaagtttattgagatctccaatggatgggtgtacctcagacaaa 3286852  T
Q  313 ctcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaa 362  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  3286853 cttggacaatccttcataatgagcttttcaagatttggtaattttgaaaa 3286902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 21 - 365
Target Start/End: Original strand, 3267244 - 3267588
Alignment:
Q  21 tgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaattaga 120  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| |  ||||| | | |||||| ||||| ||||| | ||| |||| |  |   |  ||     
T  3267244 tgataatccttcatatccacatagagatatatatccgatgcttttcaatcttaccactgaatacggcacctctttcacacctgtatcttttatgaccagt 3267343  T
Q  121 gctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatct 220  Q
    | ||| ||||||||||| |||| |||  ||||||| || || ||||||||||||||||||||||  || |||||| |||  ||  |||||||||  ||||    
T  3267344 gttgttaaggattccatctgcactatgccttcttctaacttgtcaatctttgaacaaccagaaatgatgagagttgtcaaagacttcaattgatttatct 3267443  T
Q  221 cttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagctcggaca 320  Q
      ||||||||||||  ||||||| |||| ||  |||||||||||||||  |||||| | ||  ||||||| | |||||||||||||  |||||| |||||    
T  3267444 tctttgggagattgctaagacttgtacaatctttcaaatttatcagaagaagattcctcagacccccaattgactggtgtacctcagacaagcttggaca 3267543  T
Q  321 gtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtc 365  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3267544 gtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtc 3267588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 22 - 365
Target Start/End: Original strand, 7164699 - 7165043
Alignment:
Q  22 gataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaattagag 121  Q
    ||||| |||||||||| |||||| ||||  ||| |||||||| |||||||| ||| | || ||||||||||||| | | | ||||    ||| || || |    
T  7164699 gataacccttcatatctacatagggataagtatccaatgctttttgatcttactaataaacagggcacttcttttacagctgtatcatttgcgatcagtg 7164798  T
Q  122 ctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaa-ttgatagatct 220  Q
     ||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |   |||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||| |||| ||||||||| |    
T  7164799 ttgtcaaggatttcatctgcattatgtcttcttccaactaggcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagttttcaatgatttcaacttgatagatat 7164898  T
Q  221 cttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagctcggaca 320  Q
       |||||||||||  ||||||| |||||||| |||||||||| || |  | ||||||||| || ||||||| ||| || |||||   ||| || |||||    
T  7164899 tccttgggagattgctaagacttgtacagtccttcaaatttattagtagaacattcttgagatctccaatggactgatgcacctcggacaaacttggaca 7164998  T
Q  321 gtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtc 365  Q
     || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7164999 atctttcataataagcttttctagatttggtaattttgaaaagtc 7165043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 123 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 3375131 - 3374892
Alignment:
Q  123 tgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatctct 222  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    | |||| ||||||||| |     
T  3375131 tgtcaaggattccatctgcattatgtcttcttccaacttgttaatctttgaacaaccagaaagtataagagttttcaaaagtttcaaatgatagatcacc 3375032  T
Q  223 tttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagctcggacagt 322  Q
     |||||||||||| ||||||| |||||||  | ||||| | |||||  |||||| | ||||| ||||||| |||||||||||||  ||| |  ||| | |    
T  3375031 cttgggagattggtaagacttgtacagtctttgaaattcaacagaagtagattcctaaggtctccaatggactggtgtacctcatacaaacatggataat 3374932  T
Q  323 ccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaa 362  Q
     ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  3374931 tcttcataataagtttttctagattcggtaattttgaaaa 3374892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 25 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 13808856 - 13808514
Alignment:
Q  25 aatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaattagagctg 124  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| | |  ||| |  |||||| || ||||  ||||| | ||| |||| |  ||| || || | ||    
T  13808856 aatccttcacatccacatagggatatatatgcgatgcctttcaatcctagtattgagtatggcatctcttttacacctgtatcttttgcgatcagtgttg 13808757  T
Q  125 tcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatctcttt 224  Q
    ||||||||||||| || | ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||  ||| |||| ||||| ||| | |     
T  13808756 tcaaggattccatctggactatgtcttcttccaacttgtcaatctttgaacaaccagaaaagattagagttttcaatgatttcaactgatatatcacctc 13808657  T
Q  225 tgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagctcggacagtcc 324  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||| | ||| |  | ||||||||| |||||||| |  ||||||| ||    |||| | ||||||| |    
T  13808656 tgggagactggcaagacttgtacagtccttcagattgagcagtagaatattcttgagatccccaatcgagtggtgtaacttggacaagtttggacagttc 13808557  T
Q  325 ttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtctg 367  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13808556 ttcataatgagcttttctagatttggtaattttgaaaagtctg 13808514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 20 - 359
Target Start/End: Original strand, 3325045 - 3325384
Alignment:
Q  20 gtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaattag 119  Q
    |||||| ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| || |||||  ||||||||| || |||| ||| | |   |||| |   ||||| ||    
T  3325045 gtgatagtccttcatatccacagagggatatatatccaatgctttttaatcttagtattgaataaggaacttgttttacagatgtatctttagcaatcag 3325144  T
Q  120 agctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatc 219  Q
     | ||||||||||||||| |||   | | |||||||||| || |||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||  ||| ||||||||||||||    
T  3325145 cgttgtcaaggattccatctgcccgaaaccttcttccaacttgtcaatctttgaacaaccagataatataagagtttccaaagatttcaattgatagatc 3325244  T
Q  220 tcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagctcggac 319  Q
    ||   |||||||||   |||||||  ||||||| ||||||| | || ||  || |||||||| || ||||||| |||||  ||||| | |||  | | ||    
T  3325245 tcccctgggagatttctaagacttgcacagtccttcaaattcaacaaaagaaggttcttgagatctccaatggactggtccacctcgaacaaattggaac 3325344  T
Q  320 agtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttga 359  Q
    | | |||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  3325345 aattcttcattataagcttttctagattcggtaattttga 3325384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 237 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 13787385 - 13787255
Alignment:
Q  237 aagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagctcggacagtccttcataatgagc 336  Q
    ||||||| |||||| | ||||||||||||||   | ||| ||||| || |||||||   |||||| ||||  ||| |  ||||| || ||||| ||||||    
T  13787385 aagacttatacagttcttcaaatttatcagatgaatattattgagatctccaatggaagggtgtatctcagacaaacatggacaatcgttcatgatgagc 13787286  T
Q  337 ttttctagattcggtaattttgaaaagtctg 367  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  13787285 ttttcaagattgggtaattttgaaaagtctg 13787255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 163; Significance: 6e-87; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 15 - 365
Target Start/End: Original strand, 6905846 - 6906196
Alignment:
Q  15 atcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgca 114  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||| |||||||  | || ||| ||||  ||| |||||  |||||||||||||||    
T  6905846 atcacgtgataatccttcatatccgcatagggatatatacacaatgctttttgatctaacaatggaaaagggtgcttgtttgacgccagtatttgctgca 6905945  T
Q  115 attagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgat 214  Q
    | ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||  ||||    
T  6905946 actagagttgtcaaggatttcatttgcactatatcttcctccaatttgtcaatctttgaacaaccaaaaagaatgagagttttcacagatatcagctgat 6906045  T
Q  215 agatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagct 314  Q
    |||||||  |||| |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||  || ||||||||  | ||||||| | |||||| |||   ||| ||    
T  6906046 agatctcccttggtagattgccaagacttgtacagtccttcaaatttatcagaagaagcttcttgagaactccaatggacgggtgtatctcggacaaact 6906145  T
Q  315 cggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtc 365  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6906146 tggacaatccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtc 6906196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 20 - 332
Target Start/End: Original strand, 32411128 - 32411437
Alignment:
Q  20 gtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaattag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||| |||||||| ||||||| ||||| | ||| |||| |  |||||| ||    
T  32411128 gtgataatccttcatatccacatagagatatatatgcgatgcttttcgatcttactattgaacagggcacctcttttacacctgtatcttttgcaatcag 32411227  T
Q  120 agctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatc 219  Q
     | |||||| ||||||||||||| |||   ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||| |||||||||| |||    
T  32411228 tgttgtcaacgattccatttgcactat---ttcttccaagttttcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagttttcaaagatttcaattgatatatc 32411324  T
Q  220 tcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagctcggac 319  Q
    |  ||||||||| ||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||  ||| | ||||| |  ||||||| ||||||||  |||  |||| | ||||    
T  32411325 ttctttgggagactgttaagacttgtacagtccttcaaatttatcagaagaagactattgagatttccaatggactggtgtatatcagacaagtttggac 32411424  T
Q  320 agtccttcataat 332  Q
    | |||||||||||    
T  32411425 aatccttcataat 32411437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0468 (Bit Score: 148; Significance: 5e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0468
Description:

Target: scaffold0468; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 14 - 365
Target Start/End: Original strand, 6185 - 6536
Alignment:
Q  14 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||| |||||||   ||| ||| ||||  ||| |||||| ||||||||||||||    
T  6185 catcacgtgataatccttcatatccgcatagggatatatacacaatgctttttgatctaaatatggaaaagggtgcttgtttgatgccagtatttgctgc 6284  T
Q  114 aattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattga 213  Q
    || || ||  ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||  |||    
T  6285 aactaaagtcgtcaaagatttcatttgcactatatcttcttccaatttgtcgatctttgaacaaccaaaaaggataagagttttcacagatatcagctga 6384  T
Q  214 tagatctcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagc 313  Q
    ||||||||  |||| |||||| |||||||| |||| ||| ||||||| |||||||  | |||||||||  | || |||| | ||||||||||   ||| |    
T  6385 tagatctcccttggtagattgccaagacttgtacaatccttcaaattaatcagaagaatattcttgagcactcctatggacgggtgtacctcggacaaac 6484  T
Q  314 tcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtc 365  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6485 ttggacaatccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtc 6536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 140; Significance: 3e-73; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 22 - 365
Target Start/End: Original strand, 14766994 - 14767337
Alignment:
Q  22 gataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaattagag 121  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| || |||||  ||||||||| || |||||||| |||   ||||||| |||||| || |    
T  14766994 gataatccttcataaccacatagggatatatatccaatgctttttaatcttagtattgaatatggaacttcttttatagatgtatttgttgcaatcagtg 14767093  T
Q  122 ctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatctc 221  Q
     ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| || ||||||||||  ||| ||||||||||||||||    
T  14767094 atgtcaaggattccatttgcacaatatcttcttccaatttgtcaatctttgaacagccggaaaggatgagagttttcaaagatttcaattgatagatctc 14767193  T
Q  222 ttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagctcggacag 321  Q
    | ||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||| ||||  | ||||||||| || ||||||| ||| ||||| |     || ||  ||||     
T  14767194 tcttgggagattttcaagacttgtacagtccttcaaatttatgagaagaacattcttgagatctccaatggactgatgtacgttggataaactttgacaa 14767293  T
Q  322 tccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtc 365  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14767294 tccttcataatgagcttttctagatttggtaattttgaaaagtc 14767337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 20 - 365
Target Start/End: Original strand, 8371704 - 8372049
Alignment:
Q  20 gtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatttgctgcaattag 119  Q
    |||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||| ||| || |||||  |||||||||||| |||||||| |||   |||   | ||  || ||    
T  8371704 gtgataatccttcataaccacatatggatatatatacaatacttcttaatcttagtattgaatagggaacttcttttatagatgtaccagttgttatcag 8371803  T
Q  120 agctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatc 219  Q
     | ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||| || | ||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8371804 tgatgtcaaggactccatctgcactatatcttcttccaatttgtcaatcgttgaacagcccgtaaggatgagagttttcaccgatttcaattgatagatc 8371903  T
Q  220 tcttttgggagattggcaagacttttacagtccctcaaatttatcagaacgagattcttgaggtccccaatgggctggtgtacctcaatcaagctcggac 319  Q
    ||| ||||||||||  ||||| || |||||||| | |||||||| ||||  ||||||||||| || ||||||| | ||||||| |    ||  ||  |||    
T  8371904 tctcttgggagattttcaagaattatacagtcctttaaatttatgagaagaagattcttgagatctccaatggacgggtgtacgttggacagactttgac 8372003  T
Q  320 agtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtc 365  Q
    | ||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  8372004 aatccttcataactagcttttccagatttggtaattttgaaaagtc 8372049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 151 - 197
Target Start/End: Original strand, 36213885 - 36213931
Alignment:
Q  151 tcttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagtttt 197  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  36213885 tcttccaatttgtcaatctttgaacatccagaaagaatgagagtttt 36213931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 14 - 107
Target Start/End: Original strand, 4320538 - 4320631
Alignment:
Q  14 catcacgtgataatccttcatatccacatagtgatatatatgcaatgcttgttgatcttgctattgaatagggcacttctttgataccagtatt 107  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || || ||| || |||||||| |||| ||| ||| |||| |||| |||| | | |||||||||||    
T  4320538 catcacgtgagaatccttcatatccacacagagaaataaatccaatgctttttgaccttactaatgaaaagggaacttttgttataccagtatt 4320631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 163 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 5447600 - 5447564
Alignment:
Q  163 tcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttca 199  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  5447600 tcaatctttaaacaaccagaaagaatgagagttttca 5447564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University